logo

Genes within 1Mb (chr1:53115167:G:A):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000058799 YIPF1 -774631 sc-eQTL 4.05e-01 0.168 0.202 0.052 DC L1
ENSG00000058804 NDC1 -723296 sc-eQTL 4.01e-01 -0.155 0.185 0.052 DC L1
ENSG00000081870 HSPB11 -830762 sc-eQTL 7.33e-01 -0.0595 0.174 0.052 DC L1
ENSG00000116157 GPX7 512796 sc-eQTL 4.44e-01 -0.108 0.141 0.052 DC L1
ENSG00000116171 SCP2 187891 sc-eQTL 3.27e-01 -0.141 0.144 0.052 DC L1
ENSG00000116205 TCEANC2 -938417 sc-eQTL 1.04e-01 0.298 0.182 0.052 DC L1
ENSG00000116209 TMEM59 -938337 sc-eQTL 3.07e-01 0.147 0.144 0.052 DC L1
ENSG00000116212 LRRC42 -830918 sc-eQTL 6.59e-02 -0.343 0.186 0.052 DC L1
ENSG00000121310 ECHDC2 187955 sc-eQTL 5.48e-01 -0.114 0.189 0.052 DC L1
ENSG00000134744 TUT4 561680 sc-eQTL 7.61e-01 -0.0437 0.144 0.052 DC L1
ENSG00000134748 PRPF38A 710565 sc-eQTL 6.99e-01 -0.0745 0.193 0.052 DC L1
ENSG00000154222 CC2D1B 748974 sc-eQTL 9.91e-01 -0.00224 0.202 0.052 DC L1
ENSG00000157184 CPT2 -81625 sc-eQTL 3.15e-01 -0.195 0.194 0.052 DC L1
ENSG00000157193 LRP8 -213302 sc-eQTL 7.36e-01 -0.0527 0.156 0.052 DC L1
ENSG00000162377 COA7 416820 sc-eQTL 1.84e-01 0.246 0.185 0.052 DC L1
ENSG00000162378 ZYG11B 388714 sc-eQTL 5.67e-01 -0.11 0.192 0.052 DC L1
ENSG00000162384 CZIB -105467 sc-eQTL 7.78e-01 -0.0479 0.17 0.052 DC L1
ENSG00000162385 MAGOH -123351 sc-eQTL 1.04e-01 -0.253 0.155 0.052 DC L1
ENSG00000230138 LINC02812 -253078 sc-eQTL 7.91e-01 0.0235 0.0888 0.052 DC L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000058799 YIPF1 -774631 sc-eQTL 8.45e-02 0.351 0.202 0.054 B_Activated L2
ENSG00000058804 NDC1 -723296 sc-eQTL 6.89e-01 -0.077 0.192 0.054 B_Activated L2
ENSG00000081870 HSPB11 -830762 sc-eQTL 9.72e-01 0.00731 0.207 0.054 B_Activated L2
ENSG00000116157 GPX7 512796 sc-eQTL 9.24e-01 0.0199 0.209 0.054 B_Activated L2
ENSG00000116171 SCP2 187891 sc-eQTL 2.80e-01 -0.212 0.196 0.054 B_Activated L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -938417 sc-eQTL 4.33e-01 0.149 0.19 0.054 B_Activated L2
ENSG00000116209 TMEM59 -938337 sc-eQTL 6.15e-01 -0.102 0.202 0.054 B_Activated L2
ENSG00000116212 LRRC42 -830918 sc-eQTL 7.40e-01 -0.065 0.196 0.054 B_Activated L2
ENSG00000121310 ECHDC2 187955 sc-eQTL 8.85e-01 0.032 0.221 0.054 B_Activated L2
ENSG00000134744 TUT4 561680 sc-eQTL 7.13e-01 0.077 0.209 0.054 B_Activated L2
ENSG00000134748 PRPF38A 710565 sc-eQTL 7.24e-01 0.0748 0.212 0.054 B_Activated L2
ENSG00000154222 CC2D1B 748974 sc-eQTL 2.49e-01 0.238 0.206 0.054 B_Activated L2
ENSG00000157184 CPT2 -81625 sc-eQTL 3.47e-01 -0.178 0.189 0.054 B_Activated L2
ENSG00000157193 LRP8 -213302 sc-eQTL 3.44e-01 -0.174 0.183 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162377 COA7 416820 sc-eQTL 3.47e-01 -0.166 0.176 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162378 ZYG11B 388714 sc-eQTL 5.42e-01 0.132 0.216 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162384 CZIB -105467 sc-eQTL 3.16e-01 -0.213 0.212 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162385 MAGOH -123351 sc-eQTL 5.95e-01 0.118 0.221 0.054 B_Activated L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 481999 sc-eQTL 8.38e-01 -0.039 0.19 0.054 B_Activated L2
ENSG00000230138 LINC02812 -253078 sc-eQTL 3.14e-01 -0.186 0.184 0.054 B_Activated L2
ENSG00000058799 YIPF1 -774631 sc-eQTL 5.46e-01 0.134 0.221 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000058804 NDC1 -723296 sc-eQTL 8.57e-01 -0.0395 0.218 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000081870 HSPB11 -830762 sc-eQTL 2.30e-01 -0.273 0.227 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116157 GPX7 512796 sc-eQTL 8.16e-01 -0.0535 0.23 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116171 SCP2 187891 sc-eQTL 5.23e-01 0.118 0.185 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -938417 sc-eQTL 3.97e-02 -0.441 0.213 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116209 TMEM59 -938337 sc-eQTL 3.53e-01 -0.182 0.195 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116212 LRRC42 -830918 sc-eQTL 2.08e-01 0.273 0.216 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000121310 ECHDC2 187955 sc-eQTL 7.96e-01 0.0602 0.232 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000134744 TUT4 561680 sc-eQTL 7.90e-01 -0.0578 0.216 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000134748 PRPF38A 710565 sc-eQTL 5.23e-02 -0.445 0.228 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000154222 CC2D1B 748974 sc-eQTL 4.26e-01 -0.182 0.229 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000157077 ZFYVE9 973073 sc-eQTL 9.51e-01 0.0129 0.211 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000157184 CPT2 -81625 sc-eQTL 2.20e-01 0.269 0.218 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000157193 LRP8 -213302 sc-eQTL 8.23e-01 -0.05 0.223 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000162378 ZYG11B 388714 sc-eQTL 6.72e-01 -0.096 0.226 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000162384 CZIB -105467 sc-eQTL 6.08e-01 0.12 0.234 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000162385 MAGOH -123351 sc-eQTL 8.61e-01 -0.0375 0.213 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 481999 sc-eQTL 2.14e-01 -0.254 0.204 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000058799 YIPF1 -774631 sc-eQTL 3.18e-01 -0.207 0.207 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000058804 NDC1 -723296 sc-eQTL 5.38e-01 -0.119 0.193 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000081870 HSPB11 -830762 sc-eQTL 2.52e-01 0.205 0.179 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116157 GPX7 512796 sc-eQTL 8.50e-01 -0.0392 0.207 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116171 SCP2 187891 sc-eQTL 9.62e-01 -0.00857 0.178 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -938417 sc-eQTL 7.62e-01 0.0594 0.196 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116209 TMEM59 -938337 sc-eQTL 1.70e-02 0.408 0.17 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116212 LRRC42 -830918 sc-eQTL 7.11e-01 0.0756 0.204 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000121310 ECHDC2 187955 sc-eQTL 2.66e-01 0.228 0.204 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000134744 TUT4 561680 sc-eQTL 6.07e-01 -0.0981 0.19 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000134748 PRPF38A 710565 sc-eQTL 4.31e-01 -0.149 0.189 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000154222 CC2D1B 748974 sc-eQTL 7.13e-01 0.0699 0.19 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000157077 ZFYVE9 973073 sc-eQTL 6.85e-01 -0.079 0.194 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000157184 CPT2 -81625 sc-eQTL 4.68e-01 -0.149 0.204 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000157193 LRP8 -213302 sc-eQTL 1.00e-01 -0.297 0.18 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000162378 ZYG11B 388714 sc-eQTL 4.26e-01 -0.152 0.19 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000162383 SLC1A7 -27465 sc-eQTL 3.51e-01 -0.0387 0.0414 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000162384 CZIB -105467 sc-eQTL 9.69e-01 0.00746 0.194 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000162385 MAGOH -123351 sc-eQTL 2.04e-01 -0.233 0.182 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 481999 sc-eQTL 8.38e-01 0.0383 0.188 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000058799 YIPF1 -774631 sc-eQTL 3.27e-01 -0.213 0.217 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000058804 NDC1 -723296 sc-eQTL 7.62e-01 -0.0657 0.217 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000081870 HSPB11 -830762 sc-eQTL 4.50e-01 -0.156 0.206 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000116157 GPX7 512796 sc-eQTL 4.71e-01 -0.153 0.212 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000116171 SCP2 187891 sc-eQTL 3.17e-02 0.362 0.167 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -938417 sc-eQTL 7.66e-01 0.0593 0.199 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000116209 TMEM59 -938337 sc-eQTL 9.62e-01 0.00939 0.198 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000116212 LRRC42 -830918 sc-eQTL 8.45e-01 0.042 0.215 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000121310 ECHDC2 187955 sc-eQTL 4.33e-01 -0.171 0.218 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000134744 TUT4 561680 sc-eQTL 9.55e-01 -0.0122 0.216 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000134748 PRPF38A 710565 sc-eQTL 6.89e-01 -0.087 0.217 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000154222 CC2D1B 748974 sc-eQTL 1.63e-01 0.314 0.224 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000157184 CPT2 -81625 sc-eQTL 2.57e-01 0.229 0.201 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000157193 LRP8 -213302 sc-eQTL 5.78e-01 -0.114 0.205 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000162377 COA7 416820 sc-eQTL 7.84e-01 -0.0529 0.193 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000162378 ZYG11B 388714 sc-eQTL 9.31e-01 0.0185 0.212 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000162383 SLC1A7 -27465 sc-eQTL 6.44e-01 -0.0904 0.195 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000162384 CZIB -105467 sc-eQTL 8.19e-01 -0.0469 0.205 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000162385 MAGOH -123351 sc-eQTL 5.86e-01 0.107 0.196 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000174348 PODN 53115 sc-eQTL 7.02e-01 0.078 0.204 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 481999 sc-eQTL 1.10e-01 -0.343 0.214 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000058799 YIPF1 -774631 sc-eQTL 7.85e-01 0.0532 0.195 0.051 cDC L2
ENSG00000058804 NDC1 -723296 sc-eQTL 2.92e-01 -0.208 0.197 0.051 cDC L2
ENSG00000081870 HSPB11 -830762 sc-eQTL 7.36e-01 -0.0703 0.208 0.051 cDC L2
ENSG00000116157 GPX7 512796 sc-eQTL 3.94e-01 -0.15 0.176 0.051 cDC L2
ENSG00000116171 SCP2 187891 sc-eQTL 1.49e-01 -0.249 0.172 0.051 cDC L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -938417 sc-eQTL 3.69e-01 0.171 0.19 0.051 cDC L2
ENSG00000116209 TMEM59 -938337 sc-eQTL 3.58e-01 0.148 0.161 0.051 cDC L2
ENSG00000116212 LRRC42 -830918 sc-eQTL 5.48e-01 -0.119 0.197 0.051 cDC L2
ENSG00000121310 ECHDC2 187955 sc-eQTL 3.99e-01 -0.169 0.2 0.051 cDC L2
ENSG00000134744 TUT4 561680 sc-eQTL 1.24e-01 -0.321 0.207 0.051 cDC L2
ENSG00000134748 PRPF38A 710565 sc-eQTL 6.24e-01 -0.0942 0.192 0.051 cDC L2
ENSG00000154222 CC2D1B 748974 sc-eQTL 9.03e-01 -0.0256 0.209 0.051 cDC L2
ENSG00000157184 CPT2 -81625 sc-eQTL 8.08e-01 -0.0487 0.201 0.051 cDC L2
ENSG00000157193 LRP8 -213302 sc-eQTL 9.50e-01 -0.0129 0.205 0.051 cDC L2
ENSG00000162377 COA7 416820 sc-eQTL 2.77e-01 0.215 0.197 0.051 cDC L2
ENSG00000162378 ZYG11B 388714 sc-eQTL 3.95e-01 -0.178 0.208 0.051 cDC L2
ENSG00000162384 CZIB -105467 sc-eQTL 4.14e-01 -0.154 0.187 0.051 cDC L2
ENSG00000162385 MAGOH -123351 sc-eQTL 7.28e-01 -0.0598 0.172 0.051 cDC L2
ENSG00000230138 LINC02812 -253078 sc-eQTL 8.80e-01 0.0267 0.177 0.051 cDC L2
ENSG00000058799 YIPF1 -774631 sc-eQTL 5.47e-01 0.146 0.242 0.055 gdT L2
ENSG00000058804 NDC1 -723296 sc-eQTL 6.40e-01 0.111 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000081870 HSPB11 -830762 sc-eQTL 6.29e-01 0.131 0.27 0.055 gdT L2
ENSG00000085840 ORC1 710744 sc-eQTL 6.16e-01 0.0964 0.192 0.055 gdT L2
ENSG00000116157 GPX7 512796 sc-eQTL 5.35e-01 0.15 0.24 0.055 gdT L2
ENSG00000116171 SCP2 187891 sc-eQTL 8.92e-01 0.0252 0.185 0.055 gdT L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -938417 sc-eQTL 4.16e-01 -0.177 0.217 0.055 gdT L2
ENSG00000116209 TMEM59 -938337 sc-eQTL 5.24e-01 0.141 0.22 0.055 gdT L2
ENSG00000116212 LRRC42 -830918 sc-eQTL 1.97e-01 0.335 0.258 0.055 gdT L2
ENSG00000121310 ECHDC2 187955 sc-eQTL 1.07e-01 -0.431 0.266 0.055 gdT L2
ENSG00000134744 TUT4 561680 sc-eQTL 9.26e-01 -0.024 0.258 0.055 gdT L2
ENSG00000134748 PRPF38A 710565 sc-eQTL 9.66e-01 -0.0111 0.258 0.055 gdT L2
ENSG00000154222 CC2D1B 748974 sc-eQTL 4.14e-01 0.19 0.232 0.055 gdT L2
ENSG00000157077 ZFYVE9 973073 sc-eQTL 4.51e-01 -0.168 0.223 0.055 gdT L2
ENSG00000157184 CPT2 -81625 sc-eQTL 2.71e-01 -0.281 0.255 0.055 gdT L2
ENSG00000157193 LRP8 -213302 sc-eQTL 6.75e-01 -0.105 0.251 0.055 gdT L2
ENSG00000162377 COA7 416820 sc-eQTL 9.09e-01 0.0257 0.225 0.055 gdT L2
ENSG00000162378 ZYG11B 388714 sc-eQTL 6.84e-01 -0.0996 0.245 0.055 gdT L2
ENSG00000162383 SLC1A7 -27465 sc-eQTL 5.58e-02 -0.327 0.17 0.055 gdT L2
ENSG00000162384 CZIB -105467 sc-eQTL 1.32e-01 -0.359 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000162385 MAGOH -123351 sc-eQTL 2.13e-01 0.303 0.242 0.055 gdT L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 481999 sc-eQTL 1.58e-01 -0.326 0.23 0.055 gdT L2
ENSG00000058799 YIPF1 -774631 sc-eQTL 2.58e-01 0.263 0.231 0.051 pDC L2
ENSG00000058804 NDC1 -723296 sc-eQTL 5.84e-01 0.127 0.231 0.051 pDC L2
ENSG00000081870 HSPB11 -830762 sc-eQTL 8.08e-01 0.0495 0.203 0.051 pDC L2
ENSG00000116157 GPX7 512796 sc-eQTL 8.96e-01 0.0235 0.18 0.051 pDC L2
ENSG00000116171 SCP2 187891 sc-eQTL 7.98e-01 -0.0553 0.216 0.051 pDC L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -938417 sc-eQTL 3.43e-01 0.213 0.224 0.051 pDC L2
ENSG00000116209 TMEM59 -938337 sc-eQTL 1.18e-01 0.28 0.178 0.051 pDC L2
ENSG00000116212 LRRC42 -830918 sc-eQTL 4.78e-01 -0.159 0.223 0.051 pDC L2
ENSG00000121310 ECHDC2 187955 sc-eQTL 7.51e-01 0.0743 0.233 0.051 pDC L2
ENSG00000134744 TUT4 561680 sc-eQTL 6.06e-01 0.0999 0.193 0.051 pDC L2
ENSG00000134748 PRPF38A 710565 sc-eQTL 4.30e-01 -0.196 0.248 0.051 pDC L2
ENSG00000154222 CC2D1B 748974 sc-eQTL 1.55e-01 0.337 0.236 0.051 pDC L2
ENSG00000157184 CPT2 -81625 sc-eQTL 3.86e-01 -0.195 0.224 0.051 pDC L2
ENSG00000157193 LRP8 -213302 sc-eQTL 9.04e-01 0.0241 0.198 0.051 pDC L2
ENSG00000162377 COA7 416820 sc-eQTL 1.40e-01 0.283 0.191 0.051 pDC L2
ENSG00000162378 ZYG11B 388714 sc-eQTL 7.24e-01 0.0818 0.231 0.051 pDC L2
ENSG00000162384 CZIB -105467 sc-eQTL 4.73e-01 0.167 0.232 0.051 pDC L2
ENSG00000162385 MAGOH -123351 sc-eQTL 4.65e-03 -0.583 0.203 0.051 pDC L2
ENSG00000230138 LINC02812 -253078 sc-eQTL 8.68e-01 0.0266 0.16 0.051 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000116171 SCP2 187891 eQTL 0.472 0.0249 0.0347 0.00152 0.0 0.0554
ENSG00000134748 PRPF38A 710565 eQTL 7.40e-04 0.138 0.0409 0.0148 0.00721 0.0554
ENSG00000162383 SLC1A7 -27465 eQTL 0.00019 -0.222 0.0593 0.0 0.0 0.0554
ENSG00000226754 AL606760.1 -123443 eQTL 0.00912 -0.227 0.0871 0.00297 0.0 0.0554
ENSG00000228929 RPS13P2 342519 eQTL 0.0341 -0.114 0.0537 0.00111 0.0 0.0554

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000162385 \N -123351 4.41e-06 4.88e-06 8.95e-07 2.94e-06 7.73e-07 1.35e-06 3.65e-06 1.01e-06 3.32e-06 1.69e-06 4.65e-06 3.52e-06 7.5e-06 2.31e-06 1.22e-06 3.09e-06 2.02e-06 3.05e-06 1.45e-06 1.05e-06 1.8e-06 3.92e-06 3.42e-06 1.8e-06 6.11e-06 1.24e-06 2.27e-06 1.57e-06 4.4e-06 3.38e-06 1.98e-06 4.9e-07 6.49e-07 1.8e-06 2.19e-06 8.53e-07 9.07e-07 3.79e-07 1.27e-06 3.47e-07 2.11e-07 5.79e-06 4e-07 1.78e-07 3.14e-07 5.51e-07 7.44e-07 4.11e-07 1.78e-07