logo

Genes within 1Mb (chr1:53538627:G:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000058799 YIPF1 -351171 sc-eQTL 1.04e-01 -0.336 0.205 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000058804 NDC1 -299836 sc-eQTL 8.10e-01 -0.0491 0.204 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000081870 HSPB11 -407302 sc-eQTL 2.23e-01 0.259 0.211 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116157 GPX7 936256 sc-eQTL 2.67e-01 0.238 0.214 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116171 SCP2 611351 sc-eQTL 5.43e-01 0.105 0.173 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -514957 sc-eQTL 7.83e-01 0.0553 0.201 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116209 TMEM59 -514877 sc-eQTL 6.90e-01 -0.0729 0.182 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116212 LRRC42 -407458 sc-eQTL 2.26e-01 -0.245 0.202 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116221 MRPL37 -645414 sc-eQTL 9.92e-01 -0.00218 0.224 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000121310 ECHDC2 611415 sc-eQTL 7.18e-01 -0.0783 0.217 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000134744 TUT4 985140 sc-eQTL 3.64e-01 0.183 0.201 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000157184 CPT2 341835 sc-eQTL 1.59e-02 0.49 0.201 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000157193 LRP8 210158 sc-eQTL 8.98e-01 0.0267 0.208 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000157216 SSBP3 -874852 sc-eQTL 3.85e-01 -0.12 0.138 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000162378 ZYG11B 812174 sc-eQTL 8.83e-01 0.0312 0.211 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000162384 CZIB 317993 sc-eQTL 4.55e-01 0.163 0.218 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000162385 MAGOH 300109 sc-eQTL 8.02e-01 0.0499 0.199 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 905459 sc-eQTL 9.87e-01 0.00316 0.191 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000058799 YIPF1 -351171 sc-eQTL 8.65e-01 0.0365 0.214 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000058804 NDC1 -299836 sc-eQTL 5.10e-01 0.141 0.214 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000081870 HSPB11 -407302 sc-eQTL 3.51e-01 0.19 0.203 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116157 GPX7 936256 sc-eQTL 2.27e-01 0.252 0.208 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116171 SCP2 611351 sc-eQTL 3.55e-01 0.154 0.167 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -514957 sc-eQTL 9.32e-01 0.0169 0.197 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116209 TMEM59 -514877 sc-eQTL 2.71e-01 0.215 0.195 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116212 LRRC42 -407458 sc-eQTL 6.76e-01 -0.0886 0.212 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116221 MRPL37 -645414 sc-eQTL 5.18e-01 -0.139 0.215 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000121310 ECHDC2 611415 sc-eQTL 6.79e-01 -0.0891 0.215 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000134744 TUT4 985140 sc-eQTL 8.89e-02 -0.361 0.211 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000157184 CPT2 341835 sc-eQTL 1.54e-01 0.284 0.198 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000157193 LRP8 210158 sc-eQTL 8.97e-01 0.0263 0.202 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000157216 SSBP3 -874852 sc-eQTL 2.15e-01 0.218 0.175 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162377 COA7 840280 sc-eQTL 4.49e-01 0.144 0.19 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162378 ZYG11B 812174 sc-eQTL 4.81e-01 0.148 0.209 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162383 SLC1A7 395995 sc-eQTL 3.81e-01 0.169 0.192 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162384 CZIB 317993 sc-eQTL 1.63e-01 -0.281 0.201 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162385 MAGOH 300109 sc-eQTL 4.79e-01 0.137 0.193 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000174348 PODN 476575 sc-eQTL 7.90e-01 0.0535 0.201 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 905459 sc-eQTL 4.65e-01 0.155 0.212 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000058799 YIPF1 -351171 sc-eQTL 5.32e-01 0.102 0.162 0.056 PB L2
ENSG00000058804 NDC1 -299836 sc-eQTL 3.59e-01 -0.222 0.241 0.056 PB L2
ENSG00000081870 HSPB11 -407302 sc-eQTL 3.72e-01 -0.182 0.203 0.056 PB L2
ENSG00000116157 GPX7 936256 sc-eQTL 8.08e-01 0.0494 0.203 0.056 PB L2
ENSG00000116171 SCP2 611351 sc-eQTL 2.81e-01 -0.19 0.175 0.056 PB L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -514957 sc-eQTL 5.77e-02 -0.471 0.246 0.056 PB L2
ENSG00000116209 TMEM59 -514877 sc-eQTL 2.46e-02 0.232 0.102 0.056 PB L2
ENSG00000116212 LRRC42 -407458 sc-eQTL 5.16e-01 -0.153 0.235 0.056 PB L2
ENSG00000116221 MRPL37 -645414 sc-eQTL 4.41e-01 0.146 0.189 0.056 PB L2
ENSG00000121310 ECHDC2 611415 sc-eQTL 3.28e-01 -0.257 0.261 0.056 PB L2
ENSG00000134744 TUT4 985140 sc-eQTL 7.27e-01 -0.084 0.24 0.056 PB L2
ENSG00000157184 CPT2 341835 sc-eQTL 1.55e-01 0.32 0.224 0.056 PB L2
ENSG00000157193 LRP8 210158 sc-eQTL 9.59e-01 0.0123 0.239 0.056 PB L2
ENSG00000157216 SSBP3 -874852 sc-eQTL 7.24e-01 -0.0775 0.219 0.056 PB L2
ENSG00000162377 COA7 840280 sc-eQTL 7.91e-01 -0.0616 0.232 0.056 PB L2
ENSG00000162378 ZYG11B 812174 sc-eQTL 2.18e-01 0.313 0.252 0.056 PB L2
ENSG00000162384 CZIB 317993 sc-eQTL 4.32e-02 0.5 0.244 0.056 PB L2
ENSG00000162385 MAGOH 300109 sc-eQTL 5.36e-03 0.631 0.222 0.056 PB L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 905459 sc-eQTL 4.33e-01 -0.166 0.211 0.056 PB L2
ENSG00000215883 CYB5RL -661409 sc-eQTL 4.94e-01 0.176 0.257 0.056 PB L2
ENSG00000230138 LINC02812 170382 sc-eQTL 1.20e-01 -0.287 0.183 0.056 PB L2
ENSG00000058799 YIPF1 -351171 sc-eQTL 2.37e-01 0.28 0.236 0.052 gdT L2
ENSG00000058804 NDC1 -299836 sc-eQTL 6.56e-01 -0.104 0.232 0.052 gdT L2
ENSG00000081870 HSPB11 -407302 sc-eQTL 2.89e-02 0.574 0.26 0.052 gdT L2
ENSG00000116157 GPX7 936256 sc-eQTL 6.97e-01 0.092 0.235 0.052 gdT L2
ENSG00000116171 SCP2 611351 sc-eQTL 6.51e-01 0.0821 0.181 0.052 gdT L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -514957 sc-eQTL 7.44e-01 0.0698 0.213 0.052 gdT L2
ENSG00000116209 TMEM59 -514877 sc-eQTL 3.08e-01 0.22 0.215 0.052 gdT L2
ENSG00000116212 LRRC42 -407458 sc-eQTL 9.74e-01 -0.0082 0.254 0.052 gdT L2
ENSG00000116221 MRPL37 -645414 sc-eQTL 6.61e-01 0.109 0.248 0.052 gdT L2
ENSG00000121310 ECHDC2 611415 sc-eQTL 6.37e-01 -0.124 0.262 0.052 gdT L2
ENSG00000134744 TUT4 985140 sc-eQTL 9.86e-01 0.00437 0.252 0.052 gdT L2
ENSG00000157184 CPT2 341835 sc-eQTL 6.00e-01 -0.132 0.25 0.052 gdT L2
ENSG00000157193 LRP8 210158 sc-eQTL 2.16e-01 0.304 0.244 0.052 gdT L2
ENSG00000157216 SSBP3 -874852 sc-eQTL 6.77e-01 0.0633 0.152 0.052 gdT L2
ENSG00000162377 COA7 840280 sc-eQTL 6.13e-01 -0.111 0.22 0.052 gdT L2
ENSG00000162378 ZYG11B 812174 sc-eQTL 9.27e-01 0.0219 0.24 0.052 gdT L2
ENSG00000162383 SLC1A7 395995 sc-eQTL 7.74e-01 -0.0484 0.168 0.052 gdT L2
ENSG00000162384 CZIB 317993 sc-eQTL 2.83e-01 -0.251 0.233 0.052 gdT L2
ENSG00000162385 MAGOH 300109 sc-eQTL 3.41e-01 0.227 0.238 0.052 gdT L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 905459 sc-eQTL 5.57e-02 -0.432 0.224 0.052 gdT L2
ENSG00000215883 CYB5RL -661409 sc-eQTL 8.44e-01 -0.0419 0.212 0.052 gdT L2
ENSG00000058799 YIPF1 -351171 sc-eQTL 7.33e-01 0.0774 0.227 0.051 pDC L2
ENSG00000058804 NDC1 -299836 sc-eQTL 6.20e-01 0.112 0.226 0.051 pDC L2
ENSG00000081870 HSPB11 -407302 sc-eQTL 4.01e-01 0.167 0.198 0.051 pDC L2
ENSG00000116157 GPX7 936256 sc-eQTL 1.95e-01 0.227 0.175 0.051 pDC L2
ENSG00000116171 SCP2 611351 sc-eQTL 3.92e-01 0.18 0.21 0.051 pDC L2
ENSG00000116205 TCEANC2 -514957 sc-eQTL 8.83e-01 -0.0324 0.219 0.051 pDC L2
ENSG00000116209 TMEM59 -514877 sc-eQTL 1.03e-01 0.285 0.174 0.051 pDC L2
ENSG00000116212 LRRC42 -407458 sc-eQTL 5.00e-01 0.147 0.218 0.051 pDC L2
ENSG00000116221 MRPL37 -645414 sc-eQTL 3.36e-01 -0.224 0.232 0.051 pDC L2
ENSG00000121310 ECHDC2 611415 sc-eQTL 4.73e-02 -0.45 0.225 0.051 pDC L2
ENSG00000134744 TUT4 985140 sc-eQTL 8.10e-01 -0.0455 0.189 0.051 pDC L2
ENSG00000157184 CPT2 341835 sc-eQTL 9.43e-01 0.0157 0.219 0.051 pDC L2
ENSG00000157193 LRP8 210158 sc-eQTL 1.31e-02 0.477 0.19 0.051 pDC L2
ENSG00000157216 SSBP3 -874852 sc-eQTL 3.18e-01 -0.206 0.206 0.051 pDC L2
ENSG00000162377 COA7 840280 sc-eQTL 5.33e-02 0.361 0.186 0.051 pDC L2
ENSG00000162378 ZYG11B 812174 sc-eQTL 3.16e-01 0.227 0.225 0.051 pDC L2
ENSG00000162384 CZIB 317993 sc-eQTL 5.91e-02 0.427 0.224 0.051 pDC L2
ENSG00000162385 MAGOH 300109 sc-eQTL 5.66e-01 0.117 0.203 0.051 pDC L2
ENSG00000215883 CYB5RL -661409 sc-eQTL 2.81e-02 0.438 0.197 0.051 pDC L2
ENSG00000230138 LINC02812 170382 sc-eQTL 9.27e-01 0.0143 0.156 0.051 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000174348 PODN 476575 eQTL 0.025 0.113 0.0503 0.0 0.0 0.0363
ENSG00000182183 SHISAL2A 905459 eQTL 0.0341 -0.0961 0.0453 0.0 0.0 0.0363

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000162377 \N 840280 2.91e-07 1.36e-07 6.04e-08 1.9e-07 9.8e-08 8.45e-08 1.81e-07 5.62e-08 1.54e-07 6.75e-08 1.59e-07 1.19e-07 1.79e-07 7.64e-08 5.72e-08 7.98e-08 4.45e-08 1.64e-07 6.92e-08 4.8e-08 1.25e-07 1.39e-07 1.58e-07 3.17e-08 1.68e-07 1.31e-07 1.17e-07 1.01e-07 1.31e-07 1e-07 1.06e-07 3.1e-08 3.51e-08 9.3e-08 3.63e-08 2.95e-08 5.3e-08 8.72e-08 6.43e-08 4.19e-08 5.28e-08 1.46e-07 5.21e-08 1.2e-08 3.84e-08 1.89e-08 1.15e-07 1.88e-09 4.99e-08