logo

Genes within 1Mb (chr1:55688418:T:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 7.43e-01 -0.0421 0.128 0.13 B L1
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 4.72e-01 -0.0873 0.121 0.13 B L1
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 1.12e-01 0.117 0.0735 0.13 B L1
ENSG00000162407 PLPP3 -956883 sc-eQTL 2.44e-02 0.281 0.124 0.13 B L1
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 2.79e-02 0.271 0.123 0.13 B L1
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 5.60e-02 -0.187 0.0974 0.13 CD4T L1
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 1.37e-01 0.104 0.0696 0.13 CD4T L1
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 6.88e-02 0.191 0.104 0.13 CD4T L1
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 5.26e-02 0.163 0.0836 0.13 CD8T L1
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 7.05e-03 0.187 0.0686 0.13 CD8T L1
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 7.96e-01 0.0314 0.121 0.13 CD8T L1
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 9.55e-03 -0.302 0.115 0.124 DC L1
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 7.32e-01 -0.0246 0.0719 0.124 DC L1
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 5.03e-01 -0.0938 0.14 0.124 DC L1
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 3.14e-03 -0.236 0.0788 0.13 Mono L1
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 3.77e-01 0.0651 0.0735 0.13 Mono L1
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 7.01e-01 0.0499 0.13 0.13 Mono L1
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 2.99e-01 0.117 0.112 0.129 NK L1
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 4.69e-02 -0.225 0.113 0.129 NK L1
ENSG00000162398 LEXM 882355 sc-eQTL 6.74e-01 -0.0449 0.106 0.129 NK L1
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 8.68e-01 0.0107 0.0645 0.129 NK L1
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 3.05e-02 0.263 0.121 0.129 NK L1
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 2.48e-01 -0.117 0.101 0.13 Other_T L1
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 1.63e-02 -0.188 0.0776 0.13 Other_T L1
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 1.35e-01 0.139 0.0928 0.13 Other_T L1
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 5.36e-01 -0.0785 0.127 0.13 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 4.59e-01 -0.0783 0.106 0.13 B_Activated L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 8.48e-01 0.0238 0.124 0.13 B_Activated L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 5.01e-01 0.091 0.135 0.13 B_Activated L2
ENSG00000162407 PLPP3 -956883 sc-eQTL 9.55e-01 0.00768 0.136 0.13 B_Activated L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 1.20e-01 0.201 0.129 0.13 B_Activated L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 6.70e-02 -0.255 0.138 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 1.54e-01 -0.184 0.129 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 9.26e-01 -0.00954 0.102 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000162407 PLPP3 -956883 sc-eQTL 4.20e-01 0.105 0.13 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 8.52e-01 -0.0246 0.132 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 7.74e-02 0.23 0.13 0.129 B_Memory L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 5.95e-01 0.0692 0.13 0.129 B_Memory L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 7.77e-02 0.188 0.106 0.129 B_Memory L2
ENSG00000162407 PLPP3 -956883 sc-eQTL 5.79e-01 0.0663 0.119 0.129 B_Memory L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 4.96e-01 0.0934 0.137 0.129 B_Memory L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 6.02e-01 0.0698 0.134 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 9.04e-01 -0.0152 0.126 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 4.12e-02 0.183 0.0892 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000162407 PLPP3 -956883 sc-eQTL 3.35e-01 0.12 0.124 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 7.94e-02 0.215 0.122 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 9.25e-01 0.0125 0.133 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 8.35e-02 -0.2 0.115 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 7.44e-01 0.0317 0.0971 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000162407 PLPP3 -956883 sc-eQTL 6.72e-02 0.208 0.113 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 6.02e-01 -0.0742 0.142 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 2.38e-02 0.309 0.135 0.123 CD4_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 5.10e-01 0.0879 0.133 0.123 CD4_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 2.20e-01 -0.183 0.149 0.123 CD4_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 3.56e-02 -0.242 0.115 0.13 CD4_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 2.33e-01 0.0907 0.0758 0.13 CD4_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 7.08e-02 0.209 0.115 0.13 CD4_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 1.82e-01 -0.162 0.121 0.13 CD4_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 2.14e-01 0.113 0.0907 0.13 CD4_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 8.98e-02 0.222 0.13 0.13 CD4_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 5.05e-01 -0.0952 0.142 0.13 CD4_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 1.74e-01 0.143 0.105 0.13 CD4_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 1.24e-01 0.213 0.138 0.13 CD4_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 3.63e-02 0.229 0.109 0.13 CD8_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 1.73e-01 0.116 0.0847 0.13 CD8_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 7.77e-01 -0.0362 0.127 0.13 CD8_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 8.04e-01 -0.0311 0.125 0.13 CD8_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 1.22e-02 0.228 0.0902 0.13 CD8_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 3.06e-01 -0.137 0.134 0.13 CD8_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 4.14e-01 -0.113 0.138 0.125 CD8_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 7.92e-01 0.0308 0.117 0.125 CD8_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 8.87e-01 0.0202 0.142 0.125 CD8_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 9.42e-01 0.00975 0.133 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 5.79e-01 0.0756 0.136 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 8.89e-01 -0.0193 0.138 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 7.40e-02 -0.214 0.119 0.13 MAIT L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 8.26e-01 -0.0195 0.0888 0.13 MAIT L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 5.21e-02 0.209 0.107 0.13 MAIT L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 1.70e-01 -0.171 0.124 0.13 MAIT L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 3.05e-01 0.143 0.139 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 1.66e-01 -0.171 0.123 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000162398 LEXM 882355 sc-eQTL 2.83e-01 -0.136 0.126 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 2.68e-01 0.12 0.108 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 6.32e-01 -0.0658 0.137 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 3.30e-01 0.111 0.113 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 2.49e-02 -0.264 0.117 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000162398 LEXM 882355 sc-eQTL 5.08e-01 0.077 0.116 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 5.05e-01 0.0493 0.0739 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 5.63e-01 0.0732 0.127 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 6.34e-01 -0.0654 0.137 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 8.15e-01 -0.0314 0.134 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000162398 LEXM 882355 sc-eQTL 2.90e-01 -0.138 0.13 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 8.04e-01 -0.0237 0.0955 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 2.91e-01 0.151 0.142 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 2.98e-01 0.126 0.12 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 3.13e-01 -0.123 0.122 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000162398 LEXM 882355 sc-eQTL 2.68e-01 -0.141 0.127 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 9.77e-01 0.00252 0.0867 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 2.79e-03 0.381 0.126 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 4.74e-01 -0.102 0.142 0.137 PB L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 6.24e-02 -0.233 0.124 0.137 PB L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 7.96e-01 -0.0395 0.153 0.137 PB L2
ENSG00000162407 PLPP3 -956883 sc-eQTL 7.08e-02 -0.248 0.136 0.137 PB L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 5.15e-01 0.0964 0.148 0.137 PB L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 3.56e-01 -0.115 0.124 0.128 Pro_T L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 3.27e-02 -0.224 0.104 0.128 Pro_T L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 3.89e-01 0.103 0.12 0.128 Pro_T L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 8.78e-01 -0.0201 0.131 0.128 Pro_T L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 8.83e-02 -0.21 0.123 0.13 Treg L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 1.89e-01 0.145 0.11 0.13 Treg L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 4.23e-01 -0.111 0.139 0.13 Treg L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 4.44e-01 -0.0905 0.118 0.122 cDC L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 7.60e-01 -0.0446 0.146 0.122 cDC L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 8.74e-01 -0.0237 0.149 0.122 cDC L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 4.80e-04 -0.268 0.0757 0.13 cMono_IL1B L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 3.79e-01 0.0777 0.088 0.13 cMono_IL1B L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 8.13e-01 0.032 0.135 0.13 cMono_IL1B L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 5.62e-01 -0.0426 0.0734 0.13 cMono_S100A L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 6.62e-01 0.0477 0.109 0.13 cMono_S100A L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 1.14e-01 0.215 0.136 0.13 cMono_S100A L2
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 5.69e-01 -0.0802 0.14 0.109 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 7.81e-01 -0.0437 0.157 0.109 gdT L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 4.32e-01 -0.118 0.15 0.109 gdT L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 8.85e-01 -0.0256 0.176 0.109 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 9.97e-02 -0.164 0.0989 0.129 intMono L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 4.73e-01 0.091 0.127 0.129 intMono L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 1.30e-01 -0.204 0.134 0.129 intMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 1.53e-01 -0.141 0.0981 0.127 ncMono L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 3.31e-01 0.108 0.111 0.127 ncMono L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 5.07e-01 -0.0875 0.131 0.127 ncMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 2.45e-02 -0.288 0.127 0.116 pDC L2
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 3.29e-01 0.101 0.103 0.116 pDC L2
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 2.24e-01 -0.199 0.163 0.116 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 3.64e-01 -0.117 0.128 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 8.66e-01 0.0218 0.129 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 2.97e-01 0.0961 0.092 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162407 PLPP3 -956883 sc-eQTL 2.78e-01 0.125 0.115 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 2.59e-01 0.144 0.127 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 6.55e-01 0.0604 0.135 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 4.28e-01 -0.0964 0.121 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 6.79e-02 0.157 0.0855 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162407 PLPP3 -956883 sc-eQTL 1.34e-02 0.33 0.132 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 7.80e-02 0.226 0.127 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 6.64e-03 -0.203 0.0742 0.13 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 3.74e-01 0.0733 0.0824 0.13 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 4.59e-01 0.101 0.137 0.13 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 3.83e-02 -0.197 0.0943 0.129 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 3.50e-01 0.1 0.107 0.129 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 3.85e-01 -0.117 0.134 0.129 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 887095 sc-eQTL 3.68e-01 0.0996 0.11 0.129 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 801223 sc-eQTL 4.64e-02 -0.229 0.114 0.129 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162398 LEXM 882355 sc-eQTL 8.27e-01 -0.0238 0.108 0.129 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 473054 sc-eQTL 7.48e-01 0.0221 0.0688 0.129 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 972557 sc-eQTL 1.53e-02 0.295 0.121 0.129 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000162398 LEXM 882355 eQTL 0.0433 0.0658 0.0325 0.0 0.0 0.101

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000162398 LEXM 882355 2.74e-07 1.19e-07 3.72e-08 1.82e-07 9.01e-08 9.61e-08 1.49e-07 5.19e-08 1.44e-07 4.74e-08 1.6e-07 8.36e-08 1.41e-07 6.56e-08 6e-08 7.37e-08 3.94e-08 1.21e-07 5.36e-08 4.21e-08 1.04e-07 1.23e-07 1.34e-07 3.68e-08 1.37e-07 1.16e-07 1.08e-07 9.36e-08 1.08e-07 1.1e-07 9.91e-08 3.7e-08 3.28e-08 8.49e-08 8.96e-08 3.76e-08 5.03e-08 9.65e-08 7.47e-08 3.55e-08 4.41e-08 1.33e-07 4.89e-08 1.23e-08 5.75e-08 1.83e-08 1.19e-07 3.92e-09 4.81e-08