logo

Genes within 1Mb (chr1:55500924:G:A):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 8.51e-01 -0.0205 0.109 0.147 B L1
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 3.25e-01 -0.102 0.103 0.147 B L1
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 2.85e-01 -0.0673 0.0628 0.147 B L1
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 4.32e-01 0.0829 0.105 0.147 B L1
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 3.20e-01 0.084 0.0843 0.147 CD4T L1
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 1.59e-01 -0.0847 0.0599 0.147 CD4T L1
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 6.30e-01 0.0437 0.0906 0.147 CD4T L1
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 4.15e-01 0.06 0.0735 0.147 CD8T L1
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 6.53e-01 -0.0274 0.0608 0.147 CD8T L1
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 2.13e-01 -0.131 0.105 0.147 CD8T L1
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 4.61e-01 0.0738 0.0999 0.149 DC L1
ENSG00000162390 ACOT11 958667 sc-eQTL 1.87e-01 -0.134 0.101 0.149 DC L1
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 3.05e-01 0.0627 0.061 0.149 DC L1
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 2.21e-01 -0.146 0.119 0.149 DC L1
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 1.87e-01 0.0938 0.0709 0.147 Mono L1
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 5.76e-01 -0.0364 0.0651 0.147 Mono L1
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 8.22e-01 0.0259 0.115 0.147 Mono L1
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 6.63e-01 0.0421 0.0967 0.148 NK L1
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 9.16e-01 0.0104 0.0976 0.148 NK L1
ENSG00000162398 LEXM 694861 sc-eQTL 5.50e-01 -0.0546 0.0912 0.148 NK L1
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 9.40e-01 -0.00419 0.0553 0.148 NK L1
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 3.04e-01 -0.107 0.104 0.148 NK L1
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 3.53e-01 0.0813 0.0874 0.147 Other_T L1
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 8.02e-01 -0.017 0.0679 0.147 Other_T L1
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 5.00e-01 -0.0543 0.0804 0.147 Other_T L1
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 7.93e-01 -0.0288 0.11 0.147 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 5.72e-01 -0.0526 0.0928 0.145 B_Activated L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 6.15e-01 0.0549 0.109 0.145 B_Activated L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 7.63e-01 0.0359 0.119 0.145 B_Activated L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 1.73e-01 -0.155 0.113 0.145 B_Activated L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 1.19e-01 -0.181 0.115 0.148 B_Intermediate L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 2.29e-01 -0.13 0.107 0.148 B_Intermediate L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 4.37e-01 -0.066 0.0848 0.148 B_Intermediate L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 7.15e-01 -0.0399 0.109 0.148 B_Intermediate L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 1.53e-01 0.158 0.111 0.149 B_Memory L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 5.22e-01 -0.0707 0.11 0.149 B_Memory L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 4.73e-01 -0.0652 0.0908 0.149 B_Memory L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 4.85e-01 0.0814 0.116 0.149 B_Memory L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 8.83e-01 -0.017 0.116 0.147 B_Naive1 L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 6.99e-01 0.0421 0.109 0.147 B_Naive1 L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 2.10e-02 -0.179 0.077 0.147 B_Naive1 L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 6.03e-02 0.199 0.105 0.147 B_Naive1 L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 1.15e-01 0.184 0.116 0.148 B_Naive2 L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 1.89e-01 0.134 0.101 0.148 B_Naive2 L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 9.42e-01 0.0062 0.0854 0.148 B_Naive2 L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 8.06e-01 -0.0307 0.125 0.148 B_Naive2 L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 3.28e-01 -0.106 0.108 0.15 CD4_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 7.00e-01 0.0405 0.105 0.15 CD4_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 4.97e-01 -0.0798 0.117 0.15 CD4_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 4.48e-01 0.0754 0.0991 0.147 CD4_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 8.68e-01 -0.0108 0.0652 0.147 CD4_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 6.17e-01 -0.0497 0.0993 0.147 CD4_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 2.35e-01 0.124 0.104 0.147 CD4_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 2.95e-01 -0.0817 0.0778 0.147 CD4_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 4.10e-01 0.0926 0.112 0.147 CD4_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 8.47e-01 -0.0232 0.12 0.147 CD4_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 8.15e-02 -0.154 0.0881 0.147 CD4_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 8.03e-01 0.0292 0.117 0.147 CD4_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 9.16e-01 0.0102 0.0962 0.147 CD8_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 6.85e-01 -0.0303 0.0746 0.147 CD8_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 5.31e-01 0.07 0.112 0.147 CD8_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 3.76e-01 0.0955 0.108 0.147 CD8_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 2.97e-01 -0.0821 0.0785 0.147 CD8_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 1.39e-01 -0.17 0.115 0.147 CD8_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 2.44e-01 0.133 0.113 0.157 CD8_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 2.36e-01 -0.114 0.0957 0.157 CD8_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 3.26e-01 -0.115 0.117 0.157 CD8_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 2.78e-01 0.126 0.116 0.142 CD8_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 7.58e-01 0.0367 0.119 0.142 CD8_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 5.60e-01 -0.0706 0.121 0.142 CD8_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 8.01e-01 0.0262 0.104 0.147 MAIT L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 9.54e-01 -0.00447 0.0767 0.147 MAIT L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 4.96e-01 -0.0635 0.0932 0.147 MAIT L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 5.97e-01 0.057 0.108 0.147 MAIT L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 8.58e-01 0.0216 0.121 0.14 NK_CD56bright L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 3.90e-01 0.0919 0.107 0.14 NK_CD56bright L2
ENSG00000162398 LEXM 694861 sc-eQTL 4.83e-01 0.0768 0.109 0.14 NK_CD56bright L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 7.24e-01 -0.0333 0.0942 0.14 NK_CD56bright L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 5.99e-01 0.0626 0.119 0.14 NK_CD56bright L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 6.96e-01 -0.0384 0.0979 0.147 NK_CD56dim L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 9.95e-01 -0.000638 0.102 0.147 NK_CD56dim L2
ENSG00000162398 LEXM 694861 sc-eQTL 2.31e-01 -0.12 0.1 0.147 NK_CD56dim L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 6.31e-01 0.0307 0.0638 0.147 NK_CD56dim L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 4.17e-02 -0.222 0.108 0.147 NK_CD56dim L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 5.87e-01 0.0622 0.114 0.151 NK_HLA L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 8.60e-01 -0.0196 0.111 0.151 NK_HLA L2
ENSG00000162398 LEXM 694861 sc-eQTL 6.03e-01 0.0564 0.108 0.151 NK_HLA L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 4.02e-01 -0.0666 0.0794 0.151 NK_HLA L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 4.50e-01 0.0897 0.119 0.151 NK_HLA L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 4.93e-01 0.0714 0.104 0.147 NK_cytokine L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 7.61e-01 0.032 0.105 0.147 NK_cytokine L2
ENSG00000162398 LEXM 694861 sc-eQTL 7.62e-01 -0.0333 0.11 0.147 NK_cytokine L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 4.96e-01 0.0509 0.0748 0.147 NK_cytokine L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 5.67e-01 -0.0636 0.111 0.147 NK_cytokine L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 5.30e-01 -0.0863 0.137 0.152 PB L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 7.68e-01 -0.0359 0.122 0.152 PB L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 2.68e-01 0.163 0.147 0.152 PB L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 6.85e-01 -0.0581 0.143 0.152 PB L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 7.75e-01 -0.0318 0.111 0.146 Pro_T L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 5.79e-01 0.0524 0.0943 0.146 Pro_T L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 2.75e-01 0.117 0.107 0.146 Pro_T L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 5.13e-02 -0.228 0.117 0.146 Pro_T L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 6.37e-01 -0.0498 0.105 0.147 Treg L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 7.83e-02 -0.165 0.0932 0.147 Treg L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 9.55e-02 0.197 0.118 0.147 Treg L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 3.32e-01 0.0965 0.0993 0.146 cDC L2
ENSG00000162390 ACOT11 958667 sc-eQTL 1.76e-01 -0.148 0.109 0.146 cDC L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 1.45e-02 0.298 0.121 0.146 cDC L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 7.85e-02 -0.221 0.125 0.146 cDC L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 5.53e-01 0.0409 0.0687 0.147 cMono_IL1B L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 5.77e-01 -0.0435 0.0778 0.147 cMono_IL1B L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 2.77e-01 0.129 0.119 0.147 cMono_IL1B L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 1.45e-01 0.0935 0.0639 0.147 cMono_S100A L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 1.33e-01 -0.143 0.0948 0.147 cMono_S100A L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 7.65e-01 -0.0357 0.119 0.147 cMono_S100A L2
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 9.44e-03 0.284 0.108 0.148 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 5.51e-01 0.0737 0.123 0.148 gdT L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 8.67e-01 -0.0199 0.118 0.148 gdT L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 5.13e-01 0.0907 0.139 0.148 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 7.12e-01 -0.032 0.0865 0.149 intMono L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 5.71e-01 0.0626 0.11 0.149 intMono L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 9.77e-01 -0.0034 0.117 0.149 intMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 2.28e-01 0.106 0.0876 0.14 ncMono L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 5.74e-01 0.0557 0.0991 0.14 ncMono L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 6.98e-01 -0.0456 0.117 0.14 ncMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 6.04e-01 -0.0561 0.108 0.141 pDC L2
ENSG00000162390 ACOT11 958667 sc-eQTL 5.32e-01 0.0321 0.0513 0.141 pDC L2
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 8.52e-01 0.0162 0.0867 0.141 pDC L2
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 8.94e-01 -0.0182 0.137 0.141 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 3.50e-01 -0.105 0.112 0.147 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 1.13e-01 -0.178 0.112 0.147 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 7.01e-01 -0.0309 0.0805 0.147 B_Memory LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 5.07e-01 -0.0738 0.111 0.147 B_Memory LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 5.83e-01 0.0643 0.117 0.147 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 5.96e-01 0.0559 0.105 0.147 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 7.18e-02 -0.134 0.074 0.147 B_Naive LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 2.25e-01 0.135 0.111 0.147 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 1.40e-01 0.0983 0.0663 0.147 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 2.32e-01 -0.0871 0.0726 0.147 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 5.01e-01 0.0813 0.121 0.147 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 8.82e-01 -0.0124 0.0834 0.144 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 2.85e-01 0.1 0.0936 0.144 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 6.10e-01 -0.0601 0.118 0.144 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 699601 sc-eQTL 6.62e-01 0.0415 0.0948 0.147 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 613729 sc-eQTL 9.54e-01 -0.00572 0.099 0.147 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162398 LEXM 694861 sc-eQTL 2.90e-01 -0.0984 0.0928 0.147 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 285560 sc-eQTL 9.02e-01 0.00731 0.059 0.147 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 785063 sc-eQTL 8.67e-02 -0.18 0.104 0.147 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000162399 BSND 502731 pQTL 0.00707 -0.114 0.0421 0.00252 0.0 0.15
ENSG00000184313 MROH7 859170 eQTL 0.00309 -0.113 0.0381 0.00487 0.0 0.143

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina