logo

Genes within 1Mb (chr1:54568563:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000058799 YIPF1 678765 sc-eQTL 9.96e-01 -0.0011 0.206 0.052 DC L1
ENSG00000058804 NDC1 730100 sc-eQTL 7.25e-01 -0.0663 0.188 0.052 DC L1
ENSG00000081870 HSPB11 622634 sc-eQTL 3.64e-01 -0.161 0.177 0.052 DC L1
ENSG00000116133 DHCR24 -318632 sc-eQTL 1.38e-01 -0.246 0.166 0.052 DC L1
ENSG00000116205 TCEANC2 514979 sc-eQTL 8.91e-01 0.0256 0.186 0.052 DC L1
ENSG00000116209 TMEM59 515059 sc-eQTL 9.87e-01 0.00236 0.147 0.052 DC L1
ENSG00000116212 LRRC42 622478 sc-eQTL 1.73e-01 0.259 0.19 0.052 DC L1
ENSG00000116221 MRPL37 384522 sc-eQTL 3.84e-01 -0.172 0.197 0.052 DC L1
ENSG00000157216 SSBP3 155084 sc-eQTL 6.42e-01 0.0817 0.176 0.052 DC L1
ENSG00000162390 ACOT11 26306 sc-eQTL 5.22e-01 0.108 0.169 0.052 DC L1
ENSG00000162402 USP24 -646801 sc-eQTL 4.44e-01 0.078 0.102 0.052 DC L1
ENSG00000215883 CYB5RL 368527 sc-eQTL 2.23e-02 0.419 0.182 0.052 DC L1
ENSG00000243725 TTC4 -147298 sc-eQTL 2.61e-01 -0.223 0.198 0.052 DC L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 -232760 sc-eQTL 2.38e-01 -0.221 0.187 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000058799 YIPF1 678765 sc-eQTL 7.98e-02 0.347 0.197 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000058804 NDC1 730100 sc-eQTL 3.53e-01 -0.182 0.195 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000081870 HSPB11 622634 sc-eQTL 9.08e-01 -0.0237 0.204 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116205 TCEANC2 514979 sc-eQTL 5.23e-01 -0.123 0.193 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116209 TMEM59 515059 sc-eQTL 3.85e-02 -0.362 0.174 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116212 LRRC42 622478 sc-eQTL 6.06e-02 -0.364 0.193 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116221 MRPL37 384522 sc-eQTL 4.78e-01 -0.153 0.216 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000157216 SSBP3 155084 sc-eQTL 6.34e-01 0.0633 0.133 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 -646801 sc-eQTL 6.33e-01 0.0871 0.182 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 -147298 sc-eQTL 1.25e-01 -0.313 0.203 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 -232760 sc-eQTL 1.63e-01 -0.267 0.191 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000058799 YIPF1 678765 sc-eQTL 2.15e-01 0.256 0.205 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000058804 NDC1 730100 sc-eQTL 3.84e-02 0.404 0.194 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000081870 HSPB11 622634 sc-eQTL 8.07e-01 0.0453 0.186 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116205 TCEANC2 514979 sc-eQTL 9.06e-01 -0.0237 0.2 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116209 TMEM59 515059 sc-eQTL 8.55e-01 -0.0354 0.194 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116212 LRRC42 622478 sc-eQTL 1.97e-01 -0.269 0.208 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116221 MRPL37 384522 sc-eQTL 7.07e-01 0.074 0.196 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000157216 SSBP3 155084 sc-eQTL 9.26e-01 -0.0172 0.186 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 -646801 sc-eQTL 6.92e-01 0.0776 0.196 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 -147298 sc-eQTL 6.75e-01 -0.0834 0.199 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 -232760 sc-eQTL 1.63e-01 -0.277 0.198 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000058799 YIPF1 678765 sc-eQTL 8.02e-01 0.0512 0.204 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000058804 NDC1 730100 sc-eQTL 3.05e-01 -0.208 0.203 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000081870 HSPB11 622634 sc-eQTL 6.34e-01 -0.092 0.193 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116133 DHCR24 -318632 sc-eQTL 1.26e-01 0.296 0.193 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116205 TCEANC2 514979 sc-eQTL 3.79e-01 -0.164 0.186 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116209 TMEM59 515059 sc-eQTL 4.47e-01 -0.141 0.185 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116212 LRRC42 622478 sc-eQTL 8.78e-01 -0.0309 0.201 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116221 MRPL37 384522 sc-eQTL 9.14e-01 -0.0221 0.204 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000157216 SSBP3 155084 sc-eQTL 4.78e-01 0.118 0.167 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162398 LEXM -237500 sc-eQTL 9.14e-01 -0.0202 0.188 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162402 USP24 -646801 sc-eQTL 8.55e-01 0.0252 0.138 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000243725 TTC4 -147298 sc-eQTL 4.84e-01 0.144 0.206 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000006555 TTC22 -232760 sc-eQTL 2.25e-01 0.222 0.182 0.05 Pro_T L2
ENSG00000058799 YIPF1 678765 sc-eQTL 8.41e-02 -0.298 0.172 0.05 Pro_T L2
ENSG00000058804 NDC1 730100 sc-eQTL 9.88e-01 -0.0021 0.137 0.05 Pro_T L2
ENSG00000081870 HSPB11 622634 sc-eQTL 9.77e-01 -0.0035 0.123 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116133 DHCR24 -318632 sc-eQTL 9.01e-01 -0.0194 0.155 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116205 TCEANC2 514979 sc-eQTL 8.67e-01 -0.0318 0.19 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116209 TMEM59 515059 sc-eQTL 5.70e-01 0.0749 0.131 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116212 LRRC42 622478 sc-eQTL 5.93e-02 -0.318 0.168 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116221 MRPL37 384522 sc-eQTL 8.63e-01 -0.0222 0.129 0.05 Pro_T L2
ENSG00000157216 SSBP3 155084 sc-eQTL 7.06e-01 -0.0547 0.144 0.05 Pro_T L2
ENSG00000162402 USP24 -646801 sc-eQTL 1.11e-01 0.28 0.175 0.05 Pro_T L2
ENSG00000215883 CYB5RL 368527 sc-eQTL 6.10e-01 0.0888 0.174 0.05 Pro_T L2
ENSG00000243725 TTC4 -147298 sc-eQTL 4.44e-01 0.148 0.193 0.05 Pro_T L2
ENSG00000058799 YIPF1 678765 sc-eQTL 9.43e-01 -0.0139 0.194 0.051 cDC L2
ENSG00000058804 NDC1 730100 sc-eQTL 2.98e-01 -0.205 0.196 0.051 cDC L2
ENSG00000081870 HSPB11 622634 sc-eQTL 2.78e-01 -0.225 0.207 0.051 cDC L2
ENSG00000116133 DHCR24 -318632 sc-eQTL 6.69e-02 -0.294 0.159 0.051 cDC L2
ENSG00000116205 TCEANC2 514979 sc-eQTL 3.83e-01 0.166 0.189 0.051 cDC L2
ENSG00000116209 TMEM59 515059 sc-eQTL 6.50e-01 -0.0732 0.161 0.051 cDC L2
ENSG00000116212 LRRC42 622478 sc-eQTL 9.39e-01 0.015 0.197 0.051 cDC L2
ENSG00000116221 MRPL37 384522 sc-eQTL 5.09e-02 -0.401 0.204 0.051 cDC L2
ENSG00000157216 SSBP3 155084 sc-eQTL 4.94e-01 0.13 0.19 0.051 cDC L2
ENSG00000162390 ACOT11 26306 sc-eQTL 1.85e-01 0.234 0.176 0.051 cDC L2
ENSG00000162402 USP24 -646801 sc-eQTL 2.67e-01 0.22 0.197 0.051 cDC L2
ENSG00000215883 CYB5RL 368527 sc-eQTL 1.29e-01 0.258 0.169 0.051 cDC L2
ENSG00000243725 TTC4 -147298 sc-eQTL 1.06e-01 -0.328 0.202 0.051 cDC L2
ENSG00000058799 YIPF1 678765 sc-eQTL 8.58e-01 -0.0354 0.198 0.051 intMono L2
ENSG00000058804 NDC1 730100 sc-eQTL 2.88e-01 0.216 0.202 0.051 intMono L2
ENSG00000081870 HSPB11 622634 sc-eQTL 9.89e-01 -0.00261 0.194 0.051 intMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 -318632 sc-eQTL 4.15e-01 0.121 0.148 0.051 intMono L2
ENSG00000116205 TCEANC2 514979 sc-eQTL 3.00e-01 -0.191 0.184 0.051 intMono L2
ENSG00000116209 TMEM59 515059 sc-eQTL 7.82e-01 0.0376 0.136 0.051 intMono L2
ENSG00000116212 LRRC42 622478 sc-eQTL 8.72e-01 0.0343 0.213 0.051 intMono L2
ENSG00000116221 MRPL37 384522 sc-eQTL 8.85e-01 0.0301 0.207 0.051 intMono L2
ENSG00000157216 SSBP3 155084 sc-eQTL 6.94e-01 0.0834 0.212 0.051 intMono L2
ENSG00000162402 USP24 -646801 sc-eQTL 8.45e-01 0.037 0.189 0.051 intMono L2
ENSG00000243725 TTC4 -147298 sc-eQTL 3.68e-01 -0.181 0.201 0.051 intMono L2
ENSG00000058799 YIPF1 678765 sc-eQTL 5.74e-01 0.105 0.186 0.052 ncMono L2
ENSG00000058804 NDC1 730100 sc-eQTL 7.73e-01 0.0531 0.184 0.052 ncMono L2
ENSG00000081870 HSPB11 622634 sc-eQTL 5.77e-02 0.37 0.194 0.052 ncMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 -318632 sc-eQTL 6.07e-01 -0.0722 0.14 0.052 ncMono L2
ENSG00000116205 TCEANC2 514979 sc-eQTL 4.67e-01 -0.127 0.175 0.052 ncMono L2
ENSG00000116209 TMEM59 515059 sc-eQTL 3.08e-01 0.143 0.14 0.052 ncMono L2
ENSG00000116212 LRRC42 622478 sc-eQTL 1.77e-01 0.258 0.19 0.052 ncMono L2
ENSG00000116221 MRPL37 384522 sc-eQTL 9.42e-01 -0.0132 0.181 0.052 ncMono L2
ENSG00000157216 SSBP3 155084 sc-eQTL 9.52e-01 0.012 0.198 0.052 ncMono L2
ENSG00000162402 USP24 -646801 sc-eQTL 5.48e-02 0.302 0.156 0.052 ncMono L2
ENSG00000243725 TTC4 -147298 sc-eQTL 6.64e-01 0.0813 0.187 0.052 ncMono L2
ENSG00000058799 YIPF1 678765 sc-eQTL 9.48e-01 -0.0141 0.213 0.051 pDC L2
ENSG00000058804 NDC1 730100 sc-eQTL 8.26e-01 -0.047 0.213 0.051 pDC L2
ENSG00000081870 HSPB11 622634 sc-eQTL 9.10e-01 -0.0211 0.187 0.051 pDC L2
ENSG00000116133 DHCR24 -318632 sc-eQTL 8.92e-01 -0.0233 0.172 0.051 pDC L2
ENSG00000116205 TCEANC2 514979 sc-eQTL 4.90e-01 0.142 0.206 0.051 pDC L2
ENSG00000116209 TMEM59 515059 sc-eQTL 9.59e-01 0.00848 0.165 0.051 pDC L2
ENSG00000116212 LRRC42 622478 sc-eQTL 1.56e-01 0.29 0.204 0.051 pDC L2
ENSG00000116221 MRPL37 384522 sc-eQTL 9.47e-01 0.0145 0.219 0.051 pDC L2
ENSG00000157216 SSBP3 155084 sc-eQTL 8.93e-01 0.0261 0.194 0.051 pDC L2
ENSG00000162390 ACOT11 26306 sc-eQTL 4.48e-01 -0.062 0.0815 0.051 pDC L2
ENSG00000162402 USP24 -646801 sc-eQTL 3.00e-01 0.143 0.137 0.051 pDC L2
ENSG00000215883 CYB5RL 368527 sc-eQTL 1.16e-01 0.296 0.187 0.051 pDC L2
ENSG00000243725 TTC4 -147298 sc-eQTL 8.33e-01 0.0459 0.218 0.051 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000184313 MROH7 -73191 eQTL 0.0167 -0.126 0.0525 0.0 0.0 0.0667

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina