logo

Genes within 1Mb (chr1:55715736:T:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 7.43e-01 -0.0421 0.128 0.13 B L1
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 4.72e-01 -0.0873 0.121 0.13 B L1
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 1.12e-01 0.117 0.0735 0.13 B L1
ENSG00000162407 PLPP3 -929565 sc-eQTL 2.44e-02 0.281 0.124 0.13 B L1
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 2.79e-02 0.271 0.123 0.13 B L1
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 5.60e-02 -0.187 0.0974 0.13 CD4T L1
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 1.37e-01 0.104 0.0696 0.13 CD4T L1
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 6.88e-02 0.191 0.104 0.13 CD4T L1
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 5.26e-02 0.163 0.0836 0.13 CD8T L1
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 7.05e-03 0.187 0.0686 0.13 CD8T L1
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 7.96e-01 0.0314 0.121 0.13 CD8T L1
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 9.55e-03 -0.302 0.115 0.124 DC L1
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 7.32e-01 -0.0246 0.0719 0.124 DC L1
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 5.03e-01 -0.0938 0.14 0.124 DC L1
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 3.14e-03 -0.236 0.0788 0.13 Mono L1
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 3.77e-01 0.0651 0.0735 0.13 Mono L1
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 7.01e-01 0.0499 0.13 0.13 Mono L1
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 2.99e-01 0.117 0.112 0.129 NK L1
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 4.69e-02 -0.225 0.113 0.129 NK L1
ENSG00000162398 LEXM 909673 sc-eQTL 6.74e-01 -0.0449 0.106 0.129 NK L1
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 8.68e-01 0.0107 0.0645 0.129 NK L1
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 3.05e-02 0.263 0.121 0.129 NK L1
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 2.48e-01 -0.117 0.101 0.13 Other_T L1
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 1.63e-02 -0.188 0.0776 0.13 Other_T L1
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 1.35e-01 0.139 0.0928 0.13 Other_T L1
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 5.36e-01 -0.0785 0.127 0.13 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 4.59e-01 -0.0783 0.106 0.13 B_Activated L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 8.48e-01 0.0238 0.124 0.13 B_Activated L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 5.01e-01 0.091 0.135 0.13 B_Activated L2
ENSG00000162407 PLPP3 -929565 sc-eQTL 9.55e-01 0.00768 0.136 0.13 B_Activated L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 1.20e-01 0.201 0.129 0.13 B_Activated L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 6.70e-02 -0.255 0.138 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 1.54e-01 -0.184 0.129 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 9.26e-01 -0.00954 0.102 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000162407 PLPP3 -929565 sc-eQTL 4.20e-01 0.105 0.13 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 8.52e-01 -0.0246 0.132 0.129 B_Intermediate L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 7.74e-02 0.23 0.13 0.129 B_Memory L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 5.95e-01 0.0692 0.13 0.129 B_Memory L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 7.77e-02 0.188 0.106 0.129 B_Memory L2
ENSG00000162407 PLPP3 -929565 sc-eQTL 5.79e-01 0.0663 0.119 0.129 B_Memory L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 4.96e-01 0.0934 0.137 0.129 B_Memory L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 6.02e-01 0.0698 0.134 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 9.04e-01 -0.0152 0.126 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 4.12e-02 0.183 0.0892 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000162407 PLPP3 -929565 sc-eQTL 3.35e-01 0.12 0.124 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 7.94e-02 0.215 0.122 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 9.25e-01 0.0125 0.133 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 8.35e-02 -0.2 0.115 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 7.44e-01 0.0317 0.0971 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000162407 PLPP3 -929565 sc-eQTL 6.72e-02 0.208 0.113 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 6.02e-01 -0.0742 0.142 0.131 B_Naive2 L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 2.38e-02 0.309 0.135 0.123 CD4_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 5.10e-01 0.0879 0.133 0.123 CD4_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 2.20e-01 -0.183 0.149 0.123 CD4_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 3.56e-02 -0.242 0.115 0.13 CD4_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 2.33e-01 0.0907 0.0758 0.13 CD4_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 7.08e-02 0.209 0.115 0.13 CD4_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 1.82e-01 -0.162 0.121 0.13 CD4_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 2.14e-01 0.113 0.0907 0.13 CD4_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 8.98e-02 0.222 0.13 0.13 CD4_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 5.05e-01 -0.0952 0.142 0.13 CD4_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 1.74e-01 0.143 0.105 0.13 CD4_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 1.24e-01 0.213 0.138 0.13 CD4_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 3.63e-02 0.229 0.109 0.13 CD8_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 1.73e-01 0.116 0.0847 0.13 CD8_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 7.77e-01 -0.0362 0.127 0.13 CD8_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 8.04e-01 -0.0311 0.125 0.13 CD8_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 1.22e-02 0.228 0.0902 0.13 CD8_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 3.06e-01 -0.137 0.134 0.13 CD8_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 4.14e-01 -0.113 0.138 0.125 CD8_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 7.92e-01 0.0308 0.117 0.125 CD8_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 8.87e-01 0.0202 0.142 0.125 CD8_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 9.42e-01 0.00975 0.133 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 5.79e-01 0.0756 0.136 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 8.89e-01 -0.0193 0.138 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 7.40e-02 -0.214 0.119 0.13 MAIT L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 8.26e-01 -0.0195 0.0888 0.13 MAIT L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 5.21e-02 0.209 0.107 0.13 MAIT L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 1.70e-01 -0.171 0.124 0.13 MAIT L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 3.05e-01 0.143 0.139 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 1.66e-01 -0.171 0.123 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000162398 LEXM 909673 sc-eQTL 2.83e-01 -0.136 0.126 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 2.68e-01 0.12 0.108 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 6.32e-01 -0.0658 0.137 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 3.30e-01 0.111 0.113 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 2.49e-02 -0.264 0.117 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000162398 LEXM 909673 sc-eQTL 5.08e-01 0.077 0.116 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 5.05e-01 0.0493 0.0739 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 5.63e-01 0.0732 0.127 0.129 NK_CD56dim L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 6.34e-01 -0.0654 0.137 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 8.15e-01 -0.0314 0.134 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000162398 LEXM 909673 sc-eQTL 2.90e-01 -0.138 0.13 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 8.04e-01 -0.0237 0.0955 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 2.91e-01 0.151 0.142 0.123 NK_HLA L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 2.98e-01 0.126 0.12 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 3.13e-01 -0.123 0.122 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000162398 LEXM 909673 sc-eQTL 2.68e-01 -0.141 0.127 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 9.77e-01 0.00252 0.0867 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 2.79e-03 0.381 0.126 0.129 NK_cytokine L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 4.74e-01 -0.102 0.142 0.137 PB L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 6.24e-02 -0.233 0.124 0.137 PB L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 7.96e-01 -0.0395 0.153 0.137 PB L2
ENSG00000162407 PLPP3 -929565 sc-eQTL 7.08e-02 -0.248 0.136 0.137 PB L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 5.15e-01 0.0964 0.148 0.137 PB L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 3.56e-01 -0.115 0.124 0.128 Pro_T L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 3.27e-02 -0.224 0.104 0.128 Pro_T L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 3.89e-01 0.103 0.12 0.128 Pro_T L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 8.78e-01 -0.0201 0.131 0.128 Pro_T L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 8.83e-02 -0.21 0.123 0.13 Treg L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 1.89e-01 0.145 0.11 0.13 Treg L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 4.23e-01 -0.111 0.139 0.13 Treg L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 4.44e-01 -0.0905 0.118 0.122 cDC L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 7.60e-01 -0.0446 0.146 0.122 cDC L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 8.74e-01 -0.0237 0.149 0.122 cDC L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 4.80e-04 -0.268 0.0757 0.13 cMono_IL1B L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 3.79e-01 0.0777 0.088 0.13 cMono_IL1B L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 8.13e-01 0.032 0.135 0.13 cMono_IL1B L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 5.62e-01 -0.0426 0.0734 0.13 cMono_S100A L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 6.62e-01 0.0477 0.109 0.13 cMono_S100A L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 1.14e-01 0.215 0.136 0.13 cMono_S100A L2
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 5.69e-01 -0.0802 0.14 0.109 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 7.81e-01 -0.0437 0.157 0.109 gdT L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 4.32e-01 -0.118 0.15 0.109 gdT L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 8.85e-01 -0.0256 0.176 0.109 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 9.97e-02 -0.164 0.0989 0.129 intMono L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 4.73e-01 0.091 0.127 0.129 intMono L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 1.30e-01 -0.204 0.134 0.129 intMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 1.53e-01 -0.141 0.0981 0.127 ncMono L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 3.31e-01 0.108 0.111 0.127 ncMono L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 5.07e-01 -0.0875 0.131 0.127 ncMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 2.45e-02 -0.288 0.127 0.116 pDC L2
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 3.29e-01 0.101 0.103 0.116 pDC L2
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 2.24e-01 -0.199 0.163 0.116 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 3.64e-01 -0.117 0.128 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 8.66e-01 0.0218 0.129 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 2.97e-01 0.0961 0.092 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162407 PLPP3 -929565 sc-eQTL 2.78e-01 0.125 0.115 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 2.59e-01 0.144 0.127 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 6.55e-01 0.0604 0.135 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 4.28e-01 -0.0964 0.121 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 6.79e-02 0.157 0.0855 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162407 PLPP3 -929565 sc-eQTL 1.34e-02 0.33 0.132 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 7.80e-02 0.226 0.127 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 6.64e-03 -0.203 0.0742 0.13 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 3.74e-01 0.0733 0.0824 0.13 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 4.59e-01 0.101 0.137 0.13 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 3.83e-02 -0.197 0.0943 0.129 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 3.50e-01 0.1 0.107 0.129 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 3.85e-01 -0.117 0.134 0.129 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 914413 sc-eQTL 3.68e-01 0.0996 0.11 0.129 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 828541 sc-eQTL 4.64e-02 -0.229 0.114 0.129 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162398 LEXM 909673 sc-eQTL 8.27e-01 -0.0238 0.108 0.129 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 500372 sc-eQTL 7.48e-01 0.0221 0.0688 0.129 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 999875 sc-eQTL 1.53e-02 0.295 0.121 0.129 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000162398 \N 909673 2.77e-07 1.34e-07 5.64e-08 1.82e-07 9.87e-08 9.48e-08 1.67e-07 5.62e-08 1.5e-07 6.4e-08 1.73e-07 1.19e-07 1.59e-07 7.64e-08 5.72e-08 7.74e-08 4.18e-08 1.51e-07 6.75e-08 4.78e-08 1.25e-07 1.26e-07 1.5e-07 2.87e-08 1.63e-07 1.22e-07 1.18e-07 9.92e-08 1.24e-07 9.49e-08 1.08e-07 2.96e-08 3.73e-08 8.89e-08 5.64e-08 2.99e-08 5.29e-08 9.23e-08 6.71e-08 4.55e-08 5.34e-08 1.46e-07 5.27e-08 2.63e-08 3.83e-08 1.87e-08 1.21e-07 1.88e-09 4.99e-08