logo

Genes within 1Mb (chr1:55689578:A:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 2.70e-01 0.109 0.0985 0.22 B L1
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 8.23e-01 0.0209 0.0934 0.22 B L1
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 5.61e-01 0.0332 0.0569 0.22 B L1
ENSG00000162407 PLPP3 -955723 sc-eQTL 8.24e-02 0.168 0.096 0.22 B L1
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 5.16e-01 -0.062 0.0954 0.22 B L1
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 2.29e-02 -0.177 0.0772 0.22 CD4T L1
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 7.73e-01 0.0161 0.0556 0.22 CD4T L1
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 1.06e-01 -0.135 0.0832 0.22 CD4T L1
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 5.39e-01 -0.0419 0.068 0.22 CD8T L1
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 2.30e-01 0.0675 0.0561 0.22 CD8T L1
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 4.03e-01 -0.0817 0.0974 0.22 CD8T L1
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 7.62e-01 0.0281 0.0925 0.218 DC L1
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 3.49e-01 0.0531 0.0565 0.218 DC L1
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 4.63e-01 -0.0808 0.11 0.218 DC L1
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 3.38e-01 0.0619 0.0645 0.22 Mono L1
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 4.95e-01 -0.0403 0.0591 0.22 Mono L1
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 3.19e-01 0.104 0.104 0.22 Mono L1
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 2.35e-01 0.108 0.0905 0.219 NK L1
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 7.25e-02 -0.164 0.091 0.219 NK L1
ENSG00000162398 LEXM 883515 sc-eQTL 8.54e-01 0.0158 0.0857 0.219 NK L1
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 9.01e-01 0.00645 0.052 0.219 NK L1
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 8.63e-01 -0.017 0.0983 0.219 NK L1
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 8.55e-02 0.139 0.0802 0.22 Other_T L1
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 3.63e-01 -0.057 0.0625 0.22 Other_T L1
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 2.91e-01 0.0783 0.074 0.22 Other_T L1
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 4.89e-01 -0.0699 0.101 0.22 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 5.95e-01 0.0439 0.0825 0.227 B_Activated L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 7.69e-01 0.0285 0.0969 0.227 B_Activated L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 3.61e-01 0.0964 0.105 0.227 B_Activated L2
ENSG00000162407 PLPP3 -955723 sc-eQTL 9.43e-01 0.00765 0.106 0.227 B_Activated L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 6.71e-01 -0.043 0.101 0.227 B_Activated L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 5.78e-01 0.059 0.106 0.221 B_Intermediate L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 9.11e-01 -0.011 0.0984 0.221 B_Intermediate L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 3.93e-01 0.0664 0.0775 0.221 B_Intermediate L2
ENSG00000162407 PLPP3 -955723 sc-eQTL 7.52e-01 0.0314 0.0992 0.221 B_Intermediate L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 9.58e-01 0.00524 0.0999 0.221 B_Intermediate L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 3.45e-01 0.0967 0.102 0.222 B_Memory L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 6.65e-01 -0.044 0.101 0.222 B_Memory L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 4.97e-01 0.0569 0.0836 0.222 B_Memory L2
ENSG00000162407 PLPP3 -955723 sc-eQTL 8.36e-02 0.161 0.0927 0.222 B_Memory L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 3.88e-01 0.0927 0.107 0.222 B_Memory L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 4.22e-01 0.0848 0.105 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 2.87e-01 -0.105 0.0987 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 7.13e-01 -0.0261 0.0709 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000162407 PLPP3 -955723 sc-eQTL 2.60e-01 0.11 0.0977 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 5.52e-01 -0.0575 0.0965 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 6.12e-01 0.0542 0.107 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 4.99e-01 0.063 0.093 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 5.05e-01 0.0521 0.0781 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000162407 PLPP3 -955723 sc-eQTL 8.06e-01 -0.0225 0.0917 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 2.94e-01 0.12 0.114 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 9.81e-02 -0.17 0.103 0.216 CD4_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 9.17e-01 -0.0104 0.1 0.216 CD4_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 5.86e-01 0.0613 0.112 0.216 CD4_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 7.05e-02 -0.166 0.0911 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 3.32e-01 0.0586 0.0602 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 2.94e-01 -0.0965 0.0917 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 5.95e-01 -0.0515 0.0967 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 8.96e-01 0.00947 0.0725 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 1.84e-01 -0.139 0.104 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 7.34e-01 -0.0375 0.11 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 2.28e-01 -0.098 0.081 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 1.19e-01 -0.167 0.107 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 3.63e-01 0.0813 0.0891 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 6.07e-01 0.0356 0.0692 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 6.75e-01 0.0435 0.104 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 8.07e-01 -0.0245 0.1 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 1.01e-01 0.12 0.0728 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 4.45e-01 -0.0819 0.107 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 8.15e-01 -0.0263 0.112 0.215 CD8_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 1.91e-01 -0.124 0.0944 0.215 CD8_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 6.57e-01 0.0512 0.115 0.215 CD8_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 9.59e-01 0.00548 0.107 0.219 CD8_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 3.59e-01 0.1 0.109 0.219 CD8_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 3.16e-01 -0.111 0.111 0.219 CD8_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 1.81e-01 0.131 0.0976 0.216 MAIT L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 5.22e-01 0.0464 0.0725 0.216 MAIT L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 5.20e-01 0.0568 0.0881 0.216 MAIT L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 4.52e-01 -0.0767 0.102 0.216 MAIT L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 5.64e-01 0.0626 0.108 0.218 NK_CD56bright L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 6.60e-01 -0.0422 0.0956 0.218 NK_CD56bright L2
ENSG00000162398 LEXM 883515 sc-eQTL 9.17e-01 0.0102 0.098 0.218 NK_CD56bright L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 5.50e-01 -0.0504 0.0843 0.218 NK_CD56bright L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 2.26e-02 0.241 0.105 0.218 NK_CD56bright L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 7.70e-01 -0.0266 0.091 0.22 NK_CD56dim L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 1.40e-02 -0.232 0.0936 0.22 NK_CD56dim L2
ENSG00000162398 LEXM 883515 sc-eQTL 7.52e-01 -0.0295 0.0933 0.22 NK_CD56dim L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 2.87e-01 0.0631 0.0592 0.22 NK_CD56dim L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 9.83e-01 -0.00218 0.102 0.22 NK_CD56dim L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 6.22e-01 0.0556 0.113 0.219 NK_HLA L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 1.88e-02 -0.257 0.108 0.219 NK_HLA L2
ENSG00000162398 LEXM 883515 sc-eQTL 1.33e-01 -0.16 0.106 0.219 NK_HLA L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 3.95e-01 0.0666 0.0782 0.219 NK_HLA L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 2.63e-01 -0.131 0.117 0.219 NK_HLA L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 3.06e-01 0.0986 0.0961 0.22 NK_cytokine L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 7.93e-01 -0.0256 0.0975 0.22 NK_cytokine L2
ENSG00000162398 LEXM 883515 sc-eQTL 2.47e-01 0.118 0.101 0.22 NK_cytokine L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 8.51e-01 -0.0131 0.0693 0.22 NK_cytokine L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 3.05e-01 -0.105 0.102 0.22 NK_cytokine L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 6.45e-01 0.0551 0.119 0.244 PB L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 2.65e-01 0.118 0.105 0.244 PB L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 5.86e-01 0.0702 0.128 0.244 PB L2
ENSG00000162407 PLPP3 -955723 sc-eQTL 6.00e-01 0.0609 0.116 0.244 PB L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 2.99e-01 -0.129 0.124 0.244 PB L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 4.02e-01 -0.0823 0.098 0.22 Pro_T L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 3.81e-01 -0.0731 0.0833 0.22 Pro_T L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 4.94e-01 0.0648 0.0946 0.22 Pro_T L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 5.52e-01 -0.062 0.104 0.22 Pro_T L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 9.88e-01 0.00152 0.0975 0.22 Treg L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 7.95e-02 -0.152 0.0862 0.22 Treg L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 1.35e-01 0.163 0.109 0.22 Treg L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 7.15e-01 0.0327 0.0897 0.217 cDC L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 8.62e-01 -0.0193 0.11 0.217 cDC L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 7.44e-01 -0.0371 0.113 0.217 cDC L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 3.87e-01 0.0547 0.0632 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 8.18e-01 -0.0165 0.0716 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 2.39e-01 0.129 0.109 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 1.23e-01 0.0914 0.0589 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 3.26e-01 -0.0864 0.0877 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 5.00e-01 0.0743 0.11 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 9.82e-03 0.268 0.102 0.2 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 6.45e-01 -0.0538 0.117 0.2 gdT L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 1.29e-01 0.17 0.111 0.2 gdT L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 7.31e-01 0.0453 0.131 0.2 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 6.81e-01 0.0328 0.0797 0.22 intMono L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 2.15e-01 -0.126 0.101 0.22 intMono L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 7.66e-01 -0.0322 0.108 0.22 intMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 1.17e-01 0.124 0.0786 0.224 ncMono L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 9.57e-01 -0.00485 0.0892 0.224 ncMono L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 2.13e-01 0.131 0.105 0.224 ncMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 5.59e-01 0.0599 0.102 0.215 pDC L2
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 8.11e-01 -0.0197 0.0822 0.215 pDC L2
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 5.47e-01 -0.0783 0.13 0.215 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 3.20e-01 0.1 0.101 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 5.19e-01 -0.0654 0.101 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 3.25e-01 0.0712 0.0722 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162407 PLPP3 -955723 sc-eQTL 3.33e-01 0.0872 0.0899 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 6.48e-01 0.0456 0.0998 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 3.62e-01 0.0969 0.106 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 8.70e-01 -0.0157 0.0957 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 7.57e-01 0.021 0.0677 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162407 PLPP3 -955723 sc-eQTL 4.34e-01 0.0827 0.106 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 8.68e-01 -0.0168 0.101 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 2.68e-01 0.0676 0.0609 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 6.39e-01 -0.0313 0.0667 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 2.52e-01 0.127 0.11 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 2.78e-01 0.0813 0.0747 0.22 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 7.82e-01 -0.0234 0.0843 0.22 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 6.41e-01 0.0493 0.106 0.22 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 888255 sc-eQTL 3.93e-01 0.076 0.0888 0.22 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 802383 sc-eQTL 5.77e-02 -0.176 0.0921 0.22 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162398 LEXM 883515 sc-eQTL 8.31e-01 0.0187 0.0873 0.22 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 474214 sc-eQTL 6.72e-01 0.0234 0.0554 0.22 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 973717 sc-eQTL 4.20e-01 -0.0795 0.0984 0.22 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000234810 AL603840.1 360290 eQTL 3.59e-05 0.151 0.0363 0.0 0.0 0.224

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000234810 AL603840.1 360290 1.28e-06 2.15e-06 2.77e-07 1.42e-06 3.68e-07 6.63e-07 1.44e-06 4.23e-07 1.74e-06 6.69e-07 2.02e-06 1.18e-06 2.61e-06 3.39e-07 4.8e-07 9.52e-07 1.12e-06 1.13e-06 5.65e-07 6.49e-07 6.58e-07 1.97e-06 1.14e-06 5.67e-07 2.49e-06 8.38e-07 1.03e-06 1.05e-06 1.63e-06 1.3e-06 7.63e-07 2.74e-07 3.74e-07 5.87e-07 6.12e-07 6.33e-07 7.01e-07 3.36e-07 5.34e-07 3.32e-07 2.88e-07 1.68e-06 3.95e-07 2.07e-07 3.13e-07 2.13e-07 3.98e-07 2.71e-07 2.4e-07