logo

Genes within 1Mb (chr1:55584699:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 4.36e-02 -0.271 0.133 0.103 B L1
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 5.46e-01 -0.0771 0.127 0.103 B L1
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 2.66e-01 0.0864 0.0775 0.103 B L1
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 9.35e-01 -0.0106 0.13 0.103 B L1
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 9.38e-01 0.00815 0.105 0.103 CD4T L1
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 2.26e-01 -0.0906 0.0745 0.103 CD4T L1
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 3.93e-01 -0.0962 0.112 0.103 CD4T L1
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 5.07e-01 -0.0601 0.0905 0.103 CD8T L1
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 5.12e-01 -0.0492 0.0749 0.103 CD8T L1
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 2.30e-01 -0.156 0.13 0.103 CD8T L1
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 5.26e-01 0.0772 0.122 0.101 DC L1
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 8.59e-01 -0.0132 0.0745 0.101 DC L1
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 1.62e-01 -0.202 0.144 0.101 DC L1
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 4.98e-01 -0.0584 0.0859 0.103 Mono L1
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 6.70e-01 0.0335 0.0787 0.103 Mono L1
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 5.67e-01 -0.0794 0.138 0.103 Mono L1
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 7.97e-01 -0.0305 0.118 0.103 NK L1
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 3.07e-01 -0.122 0.119 0.103 NK L1
ENSG00000162398 LEXM 778636 sc-eQTL 1.63e-01 0.156 0.111 0.103 NK L1
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 4.76e-02 -0.134 0.0671 0.103 NK L1
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 6.98e-02 -0.232 0.127 0.103 NK L1
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 9.52e-02 -0.176 0.105 0.103 Other_T L1
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 6.88e-01 0.0329 0.0819 0.103 Other_T L1
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 5.73e-01 0.0548 0.097 0.103 Other_T L1
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 1.73e-01 -0.18 0.132 0.103 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 8.33e-01 -0.0232 0.11 0.105 B_Activated L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 2.69e-02 -0.284 0.127 0.105 B_Activated L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 9.58e-01 0.00733 0.14 0.105 B_Activated L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 9.11e-01 -0.0151 0.134 0.105 B_Activated L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 7.98e-02 -0.254 0.144 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 7.83e-01 -0.0371 0.135 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 3.22e-01 -0.105 0.106 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 7.88e-01 0.0368 0.137 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 3.75e-01 -0.122 0.137 0.099 B_Memory L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 6.32e-01 -0.0652 0.136 0.099 B_Memory L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 6.93e-01 -0.0443 0.112 0.099 B_Memory L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 9.23e-01 0.0138 0.144 0.099 B_Memory L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 8.42e-01 -0.0286 0.144 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 8.00e-01 0.0341 0.135 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 1.99e-01 0.124 0.0962 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 7.72e-01 -0.0382 0.132 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 1.04e-01 -0.234 0.143 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 7.95e-01 -0.0326 0.126 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 9.58e-01 -0.00552 0.105 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 6.93e-01 -0.061 0.154 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 9.88e-01 -0.00204 0.133 0.107 CD4_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 8.40e-01 0.0263 0.13 0.107 CD4_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 1.24e-01 0.223 0.144 0.107 CD4_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 4.97e-01 0.0837 0.123 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 1.90e-01 -0.106 0.0805 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 2.16e-01 -0.152 0.123 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 4.28e-01 -0.102 0.128 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 3.07e-01 -0.0984 0.0961 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 8.23e-01 -0.0311 0.139 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 3.20e-01 -0.148 0.149 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 7.68e-01 0.0325 0.11 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 3.88e-01 -0.126 0.145 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 1.47e-01 -0.171 0.118 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 4.24e-01 0.0733 0.0915 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 1.42e-01 -0.201 0.136 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 7.44e-01 0.0437 0.134 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 1.74e-01 -0.133 0.0974 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 1.32e-01 -0.215 0.142 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 5.72e-01 -0.0807 0.143 0.102 CD8_TCM L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 6.82e-01 0.0494 0.12 0.102 CD8_TCM L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 6.23e-01 0.0721 0.146 0.102 CD8_TCM L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 9.83e-01 -0.00297 0.137 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 1.98e-01 -0.18 0.139 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 9.02e-01 0.0175 0.142 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 5.20e-01 -0.0817 0.127 0.104 MAIT L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 6.81e-01 -0.0387 0.094 0.104 MAIT L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 7.23e-01 0.0406 0.114 0.104 MAIT L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 5.61e-01 0.0768 0.132 0.104 MAIT L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 6.50e-01 0.0653 0.144 0.107 NK_CD56bright L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 4.53e-01 -0.0953 0.127 0.107 NK_CD56bright L2
ENSG00000162398 LEXM 778636 sc-eQTL 3.26e-01 0.128 0.13 0.107 NK_CD56bright L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 2.32e-01 -0.134 0.112 0.107 NK_CD56bright L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 1.14e-02 -0.355 0.139 0.107 NK_CD56bright L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 2.13e-01 -0.148 0.119 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 6.61e-01 -0.0545 0.124 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000162398 LEXM 778636 sc-eQTL 2.21e-01 0.15 0.122 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 8.44e-02 -0.134 0.0772 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 6.24e-01 -0.0653 0.133 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 9.86e-01 -0.00239 0.141 0.11 NK_HLA L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 7.68e-01 -0.0406 0.137 0.11 NK_HLA L2
ENSG00000162398 LEXM 778636 sc-eQTL 1.17e-01 0.209 0.133 0.11 NK_HLA L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 4.01e-01 -0.0822 0.0978 0.11 NK_HLA L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 9.74e-01 0.00481 0.146 0.11 NK_HLA L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 7.87e-01 -0.0344 0.127 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 1.57e-01 -0.182 0.128 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000162398 LEXM 778636 sc-eQTL 9.59e-01 -0.00689 0.134 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 4.67e-01 -0.0666 0.0913 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 8.67e-02 -0.232 0.135 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 7.54e-01 0.054 0.172 0.104 PB L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 2.49e-02 0.339 0.149 0.104 PB L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 5.14e-01 0.121 0.185 0.104 PB L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 8.25e-01 -0.0396 0.179 0.104 PB L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 4.39e-01 0.101 0.13 0.102 Pro_T L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 1.43e-01 0.162 0.11 0.102 Pro_T L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 6.22e-01 -0.0619 0.125 0.102 Pro_T L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 9.68e-01 -0.00545 0.138 0.102 Pro_T L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 2.92e-01 0.139 0.131 0.103 Treg L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 1.17e-01 0.184 0.117 0.103 Treg L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 6.32e-01 -0.0709 0.148 0.103 Treg L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 9.40e-01 -0.00873 0.116 0.105 cDC L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 5.95e-01 0.076 0.143 0.105 cDC L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 2.81e-01 -0.158 0.146 0.105 cDC L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 8.72e-01 -0.0135 0.0838 0.103 cMono_IL1B L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 5.25e-01 0.0603 0.0947 0.103 cMono_IL1B L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 9.13e-01 0.0159 0.145 0.103 cMono_IL1B L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 4.34e-01 -0.0615 0.0784 0.103 cMono_S100A L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 9.16e-02 0.196 0.116 0.103 cMono_S100A L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 3.01e-01 -0.151 0.145 0.103 cMono_S100A L2
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 8.39e-02 -0.233 0.134 0.103 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 3.41e-01 -0.143 0.15 0.103 gdT L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 4.45e-01 -0.111 0.144 0.103 gdT L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 5.75e-02 -0.32 0.167 0.103 gdT L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 8.28e-02 0.18 0.103 0.104 intMono L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 2.27e-01 -0.16 0.132 0.104 intMono L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 9.15e-01 0.0151 0.141 0.104 intMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 5.27e-01 0.0666 0.105 0.106 ncMono L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 2.71e-01 -0.13 0.118 0.106 ncMono L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 9.76e-01 -0.00426 0.14 0.106 ncMono L2
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 7.96e-01 0.0337 0.13 0.096 pDC L2
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 3.10e-01 -0.106 0.104 0.096 pDC L2
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 8.44e-01 0.0326 0.165 0.096 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 1.82e-02 -0.322 0.135 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 2.81e-01 -0.148 0.137 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 4.39e-01 -0.076 0.0981 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 5.68e-01 0.0775 0.136 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 1.54e-01 -0.206 0.144 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 8.33e-01 0.0275 0.131 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 4.05e-01 0.0771 0.0924 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 5.33e-01 -0.0861 0.138 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 4.56e-01 -0.0601 0.0804 0.103 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 1.38e-01 0.13 0.0875 0.103 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 5.35e-01 -0.0905 0.146 0.103 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 1.06e-01 0.16 0.0988 0.103 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 8.70e-02 -0.191 0.111 0.103 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 7.07e-01 0.0529 0.14 0.103 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000006555 TTC22 783376 sc-eQTL 4.31e-01 -0.0917 0.116 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000116133 DHCR24 697504 sc-eQTL 3.92e-01 -0.104 0.121 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162398 LEXM 778636 sc-eQTL 4.01e-01 0.0961 0.114 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162402 USP24 369335 sc-eQTL 5.65e-02 -0.138 0.0718 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000243725 TTC4 868838 sc-eQTL 3.64e-01 -0.117 0.129 0.103 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000162396 PARS2 820176 eQTL 0.033 0.0977 0.0457 0.00107 0.0 0.0913
ENSG00000234810 AL603840.1 255411 eQTL 0.00484 -0.145 0.0513 0.0 0.0 0.0913

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina