logo

Genes within 1Mb (chr1:52875862:T:G):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000058804 NDC1 -962601 sc-eQTL 1.18e-01 -0.303 0.193 0.052 DC L1
ENSG00000078618 NRDC 996925 sc-eQTL 6.73e-01 0.0732 0.173 0.052 DC L1
ENSG00000116157 GPX7 273491 sc-eQTL 2.09e-01 -0.186 0.148 0.052 DC L1
ENSG00000116171 SCP2 -51414 sc-eQTL 5.22e-02 0.293 0.15 0.052 DC L1
ENSG00000117862 TXNDC12 819691 sc-eQTL 1.66e-02 -0.442 0.183 0.052 DC L1
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 sc-eQTL 2.86e-01 0.212 0.198 0.052 DC L1
ENSG00000134717 BTF3L4 819663 sc-eQTL 4.70e-01 -0.12 0.166 0.052 DC L1
ENSG00000134744 TUT4 322375 sc-eQTL 4.92e-01 0.104 0.151 0.052 DC L1
ENSG00000134748 PRPF38A 471260 sc-eQTL 8.47e-01 0.0392 0.203 0.052 DC L1
ENSG00000154222 CC2D1B 509669 sc-eQTL 3.72e-01 -0.189 0.212 0.052 DC L1
ENSG00000157184 CPT2 -320930 sc-eQTL 7.54e-02 -0.361 0.202 0.052 DC L1
ENSG00000157193 LRP8 -452607 sc-eQTL 7.27e-01 -0.0574 0.164 0.052 DC L1
ENSG00000162377 COA7 177515 sc-eQTL 4.37e-01 -0.152 0.195 0.052 DC L1
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 sc-eQTL 9.46e-02 0.336 0.2 0.052 DC L1
ENSG00000162384 CZIB -344772 sc-eQTL 8.15e-01 -0.0418 0.178 0.052 DC L1
ENSG00000162385 MAGOH -362656 sc-eQTL 7.55e-01 -0.0511 0.164 0.052 DC L1
ENSG00000198841 KTI12 842052 sc-eQTL 3.53e-01 0.192 0.206 0.052 DC L1
ENSG00000230138 LINC02812 -492383 sc-eQTL 1.87e-01 0.123 0.093 0.052 DC L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000058804 NDC1 -962601 sc-eQTL 8.22e-01 0.0463 0.206 0.054 B_Activated L2
ENSG00000078618 NRDC 996925 sc-eQTL 3.58e-01 -0.224 0.243 0.054 B_Activated L2
ENSG00000116157 GPX7 273491 sc-eQTL 4.32e-01 -0.176 0.223 0.054 B_Activated L2
ENSG00000116171 SCP2 -51414 sc-eQTL 7.70e-01 0.0615 0.21 0.054 B_Activated L2
ENSG00000117862 TXNDC12 819691 sc-eQTL 4.06e-02 0.467 0.226 0.054 B_Activated L2
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 sc-eQTL 4.21e-01 0.191 0.236 0.054 B_Activated L2
ENSG00000134717 BTF3L4 819663 sc-eQTL 3.36e-01 0.232 0.241 0.054 B_Activated L2
ENSG00000134744 TUT4 322375 sc-eQTL 7.81e-01 -0.0624 0.224 0.054 B_Activated L2
ENSG00000134748 PRPF38A 471260 sc-eQTL 5.47e-01 -0.137 0.227 0.054 B_Activated L2
ENSG00000154222 CC2D1B 509669 sc-eQTL 4.26e-01 -0.176 0.221 0.054 B_Activated L2
ENSG00000157184 CPT2 -320930 sc-eQTL 1.24e-01 0.311 0.202 0.054 B_Activated L2
ENSG00000157193 LRP8 -452607 sc-eQTL 8.93e-01 0.0265 0.196 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162377 COA7 177515 sc-eQTL 8.48e-01 -0.0363 0.189 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 sc-eQTL 4.08e-01 -0.191 0.231 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162384 CZIB -344772 sc-eQTL 4.68e-01 -0.165 0.228 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162385 MAGOH -362656 sc-eQTL 8.08e-01 -0.0575 0.237 0.054 B_Activated L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 242694 sc-eQTL 6.32e-02 -0.377 0.201 0.054 B_Activated L2
ENSG00000198841 KTI12 842052 sc-eQTL 6.98e-01 -0.0754 0.194 0.054 B_Activated L2
ENSG00000230138 LINC02812 -492383 sc-eQTL 1.90e-01 -0.26 0.197 0.054 B_Activated L2
ENSG00000058804 NDC1 -962601 sc-eQTL 9.62e-01 0.00956 0.198 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000078618 NRDC 996925 sc-eQTL 1.64e-01 -0.295 0.211 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116157 GPX7 273491 sc-eQTL 1.82e-01 0.278 0.208 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116171 SCP2 -51414 sc-eQTL 6.06e-01 -0.087 0.168 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000117862 TXNDC12 819691 sc-eQTL 3.27e-01 0.201 0.205 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 sc-eQTL 1.91e-01 0.276 0.21 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000134717 BTF3L4 819663 sc-eQTL 6.65e-01 0.0902 0.208 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000134744 TUT4 322375 sc-eQTL 8.52e-01 -0.0367 0.196 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000134748 PRPF38A 471260 sc-eQTL 4.84e-01 0.146 0.209 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000154222 CC2D1B 509669 sc-eQTL 9.38e-01 0.0162 0.208 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000157077 ZFYVE9 733768 sc-eQTL 7.24e-01 0.0677 0.192 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000157184 CPT2 -320930 sc-eQTL 8.13e-01 -0.0471 0.199 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000157193 LRP8 -452607 sc-eQTL 2.63e-01 -0.227 0.202 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 sc-eQTL 2.76e-01 0.224 0.205 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000162384 CZIB -344772 sc-eQTL 7.99e-01 -0.0542 0.212 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000162385 MAGOH -362656 sc-eQTL 5.41e-01 -0.119 0.194 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 242694 sc-eQTL 4.17e-01 -0.151 0.186 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000198841 KTI12 842052 sc-eQTL 9.72e-02 0.333 0.2 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000058804 NDC1 -962601 sc-eQTL 5.07e-01 0.14 0.211 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000078618 NRDC 996925 sc-eQTL 8.05e-01 0.0531 0.215 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116157 GPX7 273491 sc-eQTL 1.83e-02 -0.504 0.212 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116171 SCP2 -51414 sc-eQTL 3.27e-01 -0.179 0.182 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000117862 TXNDC12 819691 sc-eQTL 6.08e-01 -0.107 0.208 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 sc-eQTL 5.23e-01 0.148 0.231 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000134717 BTF3L4 819663 sc-eQTL 1.77e-01 -0.304 0.224 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000134744 TUT4 322375 sc-eQTL 1.06e-01 -0.333 0.205 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000134748 PRPF38A 471260 sc-eQTL 7.59e-01 0.0661 0.215 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000154222 CC2D1B 509669 sc-eQTL 3.53e-01 0.199 0.213 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000157077 ZFYVE9 733768 sc-eQTL 6.86e-01 0.0786 0.194 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000157184 CPT2 -320930 sc-eQTL 5.35e-01 0.136 0.219 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000157193 LRP8 -452607 sc-eQTL 9.63e-01 -0.0097 0.211 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 sc-eQTL 6.60e-02 0.4 0.216 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000162383 SLC1A7 -266770 sc-eQTL 5.40e-01 0.0833 0.136 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000162384 CZIB -344772 sc-eQTL 4.26e-01 -0.179 0.225 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000162385 MAGOH -362656 sc-eQTL 3.65e-01 -0.172 0.19 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 242694 sc-eQTL 5.78e-01 0.115 0.206 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000198841 KTI12 842052 sc-eQTL 8.55e-01 0.0393 0.215 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000058804 NDC1 -962601 sc-eQTL 2.23e-01 0.26 0.213 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000078618 NRDC 996925 sc-eQTL 4.55e-01 0.165 0.22 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116157 GPX7 273491 sc-eQTL 8.29e-01 -0.045 0.208 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116171 SCP2 -51414 sc-eQTL 4.13e-01 0.136 0.166 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000117862 TXNDC12 819691 sc-eQTL 2.17e-01 0.261 0.211 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 sc-eQTL 2.32e-01 0.256 0.214 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000134717 BTF3L4 819663 sc-eQTL 1.10e-01 0.338 0.211 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000134744 TUT4 322375 sc-eQTL 4.29e-02 0.428 0.21 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000134748 PRPF38A 471260 sc-eQTL 9.70e-01 0.0081 0.214 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000154222 CC2D1B 509669 sc-eQTL 8.97e-01 -0.0288 0.222 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000157184 CPT2 -320930 sc-eQTL 2.23e-01 0.242 0.198 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000157193 LRP8 -452607 sc-eQTL 8.37e-01 -0.0414 0.201 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162377 COA7 177515 sc-eQTL 4.13e-02 0.385 0.188 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 sc-eQTL 9.66e-01 -0.00879 0.209 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162383 SLC1A7 -266770 sc-eQTL 7.03e-01 -0.0733 0.192 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162384 CZIB -344772 sc-eQTL 8.53e-01 -0.0374 0.202 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000162385 MAGOH -362656 sc-eQTL 4.57e-01 0.144 0.193 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000174348 PODN -186190 sc-eQTL 5.20e-01 -0.129 0.2 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 242694 sc-eQTL 7.44e-01 0.0691 0.212 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000198841 KTI12 842052 sc-eQTL 2.29e-01 0.251 0.208 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000058804 NDC1 -962601 sc-eQTL 9.07e-01 -0.0239 0.203 0.054 cDC L2
ENSG00000078618 NRDC 996925 sc-eQTL 7.62e-01 0.0593 0.196 0.054 cDC L2
ENSG00000116157 GPX7 273491 sc-eQTL 9.39e-01 -0.0138 0.181 0.054 cDC L2
ENSG00000116171 SCP2 -51414 sc-eQTL 1.42e-01 0.26 0.177 0.054 cDC L2
ENSG00000117862 TXNDC12 819691 sc-eQTL 2.78e-01 -0.207 0.19 0.054 cDC L2
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 sc-eQTL 8.55e-01 -0.0376 0.206 0.054 cDC L2
ENSG00000134717 BTF3L4 819663 sc-eQTL 9.29e-01 -0.0172 0.193 0.054 cDC L2
ENSG00000134744 TUT4 322375 sc-eQTL 3.68e-01 -0.194 0.214 0.054 cDC L2
ENSG00000134748 PRPF38A 471260 sc-eQTL 9.70e-01 -0.00746 0.198 0.054 cDC L2
ENSG00000154222 CC2D1B 509669 sc-eQTL 1.87e-01 0.283 0.214 0.054 cDC L2
ENSG00000157184 CPT2 -320930 sc-eQTL 3.41e-01 -0.197 0.206 0.054 cDC L2
ENSG00000157193 LRP8 -452607 sc-eQTL 8.22e-01 -0.0474 0.211 0.054 cDC L2
ENSG00000162377 COA7 177515 sc-eQTL 8.49e-01 0.0388 0.204 0.054 cDC L2
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 sc-eQTL 4.24e-01 0.172 0.214 0.054 cDC L2
ENSG00000162384 CZIB -344772 sc-eQTL 5.21e-01 -0.124 0.193 0.054 cDC L2
ENSG00000162385 MAGOH -362656 sc-eQTL 4.98e-01 0.12 0.177 0.054 cDC L2
ENSG00000198841 KTI12 842052 sc-eQTL 4.55e-02 0.402 0.2 0.054 cDC L2
ENSG00000230138 LINC02812 -492383 sc-eQTL 4.05e-02 0.371 0.18 0.054 cDC L2
ENSG00000058804 NDC1 -962601 sc-eQTL 7.29e-01 -0.0821 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000078618 NRDC 996925 sc-eQTL 7.13e-01 0.0845 0.23 0.055 gdT L2
ENSG00000085840 ORC1 471439 sc-eQTL 5.78e-01 -0.107 0.191 0.055 gdT L2
ENSG00000116157 GPX7 273491 sc-eQTL 6.22e-01 -0.118 0.24 0.055 gdT L2
ENSG00000116171 SCP2 -51414 sc-eQTL 3.96e-01 -0.157 0.184 0.055 gdT L2
ENSG00000117862 TXNDC12 819691 sc-eQTL 4.06e-01 -0.203 0.244 0.055 gdT L2
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 sc-eQTL 4.09e-01 0.221 0.267 0.055 gdT L2
ENSG00000134717 BTF3L4 819663 sc-eQTL 7.57e-01 -0.0773 0.249 0.055 gdT L2
ENSG00000134744 TUT4 322375 sc-eQTL 7.74e-01 0.0739 0.257 0.055 gdT L2
ENSG00000134748 PRPF38A 471260 sc-eQTL 2.19e-01 0.316 0.256 0.055 gdT L2
ENSG00000154222 CC2D1B 509669 sc-eQTL 5.20e-03 0.641 0.226 0.055 gdT L2
ENSG00000157077 ZFYVE9 733768 sc-eQTL 2.15e-01 0.276 0.221 0.055 gdT L2
ENSG00000157184 CPT2 -320930 sc-eQTL 5.93e-01 -0.137 0.255 0.055 gdT L2
ENSG00000157193 LRP8 -452607 sc-eQTL 2.36e-01 0.297 0.249 0.055 gdT L2
ENSG00000162377 COA7 177515 sc-eQTL 3.02e-01 -0.232 0.223 0.055 gdT L2
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 sc-eQTL 4.79e-01 0.173 0.244 0.055 gdT L2
ENSG00000162383 SLC1A7 -266770 sc-eQTL 6.89e-01 -0.0688 0.172 0.055 gdT L2
ENSG00000162384 CZIB -344772 sc-eQTL 9.60e-01 -0.0119 0.238 0.055 gdT L2
ENSG00000162385 MAGOH -362656 sc-eQTL 5.38e-01 -0.15 0.243 0.055 gdT L2
ENSG00000182183 SHISAL2A 242694 sc-eQTL 4.06e-01 -0.192 0.231 0.055 gdT L2
ENSG00000198841 KTI12 842052 sc-eQTL 5.68e-01 0.134 0.234 0.055 gdT L2
ENSG00000058804 NDC1 -962601 sc-eQTL 6.77e-01 -0.0876 0.21 0.051 intMono L2
ENSG00000078618 NRDC 996925 sc-eQTL 8.17e-01 -0.0442 0.191 0.051 intMono L2
ENSG00000116171 SCP2 -51414 sc-eQTL 8.20e-01 -0.0392 0.172 0.051 intMono L2
ENSG00000117862 TXNDC12 819691 sc-eQTL 5.63e-01 0.0879 0.152 0.051 intMono L2
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 sc-eQTL 1.24e-02 0.518 0.205 0.051 intMono L2
ENSG00000134717 BTF3L4 819663 sc-eQTL 1.90e-03 -0.575 0.183 0.051 intMono L2
ENSG00000134744 TUT4 322375 sc-eQTL 4.68e-01 0.154 0.211 0.051 intMono L2
ENSG00000134748 PRPF38A 471260 sc-eQTL 8.82e-01 0.0329 0.222 0.051 intMono L2
ENSG00000154222 CC2D1B 509669 sc-eQTL 7.69e-01 -0.0647 0.22 0.051 intMono L2
ENSG00000157184 CPT2 -320930 sc-eQTL 2.97e-01 -0.219 0.209 0.051 intMono L2
ENSG00000157193 LRP8 -452607 sc-eQTL 8.01e-01 0.0508 0.202 0.051 intMono L2
ENSG00000162377 COA7 177515 sc-eQTL 2.63e-01 0.222 0.198 0.051 intMono L2
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 sc-eQTL 6.97e-01 0.0833 0.214 0.051 intMono L2
ENSG00000162384 CZIB -344772 sc-eQTL 2.84e-01 0.225 0.209 0.051 intMono L2
ENSG00000162385 MAGOH -362656 sc-eQTL 8.01e-01 0.0438 0.173 0.051 intMono L2
ENSG00000198841 KTI12 842052 sc-eQTL 5.20e-01 -0.137 0.213 0.051 intMono L2
ENSG00000058804 NDC1 -962601 sc-eQTL 7.99e-01 -0.0568 0.222 0.054 pDC L2
ENSG00000078618 NRDC 996925 sc-eQTL 9.18e-01 0.0192 0.185 0.054 pDC L2
ENSG00000116157 GPX7 273491 sc-eQTL 6.52e-01 -0.078 0.172 0.054 pDC L2
ENSG00000116171 SCP2 -51414 sc-eQTL 5.47e-01 -0.125 0.207 0.054 pDC L2
ENSG00000117862 TXNDC12 819691 sc-eQTL 1.78e-01 -0.299 0.221 0.054 pDC L2
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 sc-eQTL 1.24e-03 0.713 0.217 0.054 pDC L2
ENSG00000134717 BTF3L4 819663 sc-eQTL 1.58e-01 -0.308 0.217 0.054 pDC L2
ENSG00000134744 TUT4 322375 sc-eQTL 3.62e-02 0.387 0.183 0.054 pDC L2
ENSG00000134748 PRPF38A 471260 sc-eQTL 5.71e-01 -0.135 0.238 0.054 pDC L2
ENSG00000154222 CC2D1B 509669 sc-eQTL 5.55e-01 -0.135 0.227 0.054 pDC L2
ENSG00000157184 CPT2 -320930 sc-eQTL 6.09e-01 -0.11 0.215 0.054 pDC L2
ENSG00000157193 LRP8 -452607 sc-eQTL 9.41e-01 -0.0141 0.19 0.054 pDC L2
ENSG00000162377 COA7 177515 sc-eQTL 9.26e-01 -0.0171 0.184 0.054 pDC L2
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 sc-eQTL 2.34e-01 0.264 0.221 0.054 pDC L2
ENSG00000162384 CZIB -344772 sc-eQTL 6.69e-01 0.0956 0.223 0.054 pDC L2
ENSG00000162385 MAGOH -362656 sc-eQTL 6.96e-01 -0.0783 0.2 0.054 pDC L2
ENSG00000198841 KTI12 842052 sc-eQTL 6.07e-01 -0.109 0.211 0.054 pDC L2
ENSG00000230138 LINC02812 -492383 sc-eQTL 2.89e-01 0.163 0.153 0.054 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000078618 NRDC 996925 eQTL 0.0375 -0.0434 0.0208 0.0 0.0 0.0363
ENSG00000116171 SCP2 -51414 pQTL 0.0438 0.108 0.0536 0.0 0.0 0.0379
ENSG00000116171 SCP2 -51414 eQTL 0.00783 0.113 0.0424 0.0 0.0 0.0363
ENSG00000121310 ECHDC2 -51350 eQTL 1.88e-33 0.544 0.0434 0.0 0.0 0.0363
ENSG00000162378 ZYG11B 149409 eQTL 0.0489 0.103 0.0524 0.00108 0.0 0.0363
ENSG00000226147 TUBBP10 -118864 eQTL 0.00661 0.284 0.104 0.0 0.0 0.0363

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina