logo

Genes within 1Mb (chr1:64670517:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 2.23e-01 0.0897 0.0734 0.16 B L1
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 3.91e-01 0.0807 0.0939 0.16 B L1
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 6.19e-01 -0.0349 0.0701 0.16 CD4T L1
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 3.59e-01 0.0674 0.0734 0.16 CD4T L1
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 5.31e-01 -0.0721 0.115 0.16 CD4T L1
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 8.38e-01 0.0249 0.121 0.16 CD8T L1
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 3.32e-01 -0.058 0.0596 0.16 CD8T L1
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 2.78e-01 0.102 0.0939 0.16 CD8T L1
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 9.07e-01 -0.0146 0.125 0.16 CD8T L1
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 2.06e-01 -0.151 0.119 0.16 DC L1
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 5.62e-01 -0.0585 0.101 0.16 DC L1
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 8.31e-01 0.0179 0.0837 0.16 DC L1
ENSG00000162437 RAVER2 -74578 sc-eQTL 3.83e-01 -0.0936 0.107 0.16 DC L1
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 2.29e-01 0.143 0.118 0.16 DC L1
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 7.25e-01 0.0422 0.12 0.16 Mono L1
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 3.74e-01 -0.0975 0.109 0.16 Mono L1
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 6.47e-01 0.0358 0.0781 0.16 Mono L1
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 4.12e-01 -0.0635 0.0773 0.16 Mono L1
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 6.51e-02 0.214 0.115 0.161 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 4.83e-01 0.0385 0.0548 0.161 NK L1
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 8.45e-01 0.0245 0.125 0.161 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 9.58e-01 0.00422 0.0795 0.16 Other_T L1
ENSG00000162437 RAVER2 -74578 sc-eQTL 2.23e-01 -0.141 0.115 0.16 Other_T L1
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 8.58e-01 0.0224 0.125 0.16 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 6.57e-01 -0.0563 0.127 0.181 B_Activated L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 5.06e-01 -0.088 0.132 0.181 B_Activated L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 7.22e-01 -0.0374 0.105 0.161 B_Intermediate L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 2.59e-01 -0.139 0.123 0.161 B_Intermediate L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 2.65e-01 -0.116 0.104 0.159 B_Memory L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 1.81e-01 0.162 0.121 0.159 B_Memory L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 4.39e-01 0.0723 0.0932 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 3.51e-01 0.114 0.122 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 2.11e-01 0.123 0.0982 0.161 B_Naive2 L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 1.79e-01 -0.16 0.118 0.161 B_Naive2 L2
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 3.65e-01 0.0419 0.0461 0.164 CD4_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 5.22e-01 -0.073 0.114 0.164 CD4_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 9.99e-01 -0.000103 0.131 0.164 CD4_CTL L2
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 6.15e-01 -0.0356 0.0705 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 2.61e-01 0.0809 0.0718 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 4.46e-01 -0.089 0.117 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 4.42e-01 -0.0759 0.0986 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 7.79e-01 0.0227 0.0808 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 5.87e-01 -0.0637 0.117 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 8.92e-01 0.0102 0.0749 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 3.77e-01 -0.0941 0.106 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 9.02e-01 0.0156 0.126 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 4.98e-01 -0.08 0.118 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 3.37e-01 -0.0509 0.0529 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 3.88e-01 0.0855 0.0989 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 8.28e-01 0.0263 0.121 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 7.93e-01 0.032 0.122 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 1.85e-01 -0.112 0.0839 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 7.30e-01 0.0351 0.101 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 5.31e-01 -0.0779 0.124 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 4.62e-01 -0.0892 0.121 0.164 CD8_TCM L2
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 5.36e-01 -0.0404 0.0653 0.164 CD8_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 8.44e-01 0.0207 0.105 0.164 CD8_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 4.42e-01 -0.101 0.131 0.164 CD8_TCM L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 9.27e-01 -0.0103 0.112 0.158 CD8_TEM L2
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 6.74e-01 -0.0113 0.0268 0.158 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 1.22e-01 -0.195 0.126 0.158 CD8_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 2.06e-01 0.165 0.13 0.158 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 9.20e-01 -0.011 0.109 0.16 MAIT L2
ENSG00000162437 RAVER2 -74578 sc-eQTL 2.86e-02 -0.252 0.114 0.16 MAIT L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 8.30e-01 -0.0269 0.125 0.16 MAIT L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 4.80e-01 0.0822 0.116 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 9.68e-01 -0.00325 0.0796 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 8.53e-01 0.0243 0.131 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 4.93e-01 0.0834 0.122 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 5.53e-01 0.0377 0.0635 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 6.19e-01 -0.064 0.128 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 1.79e-01 0.144 0.107 0.162 NK_HLA L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 6.69e-01 0.0357 0.0834 0.162 NK_HLA L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 9.21e-01 0.0129 0.129 0.162 NK_HLA L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 5.67e-02 0.226 0.118 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 9.70e-01 -0.00259 0.0692 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 1.11e-01 0.2 0.125 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 9.39e-01 -0.0086 0.113 0.181 PB L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 6.40e-01 0.0739 0.158 0.181 PB L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 5.33e-02 -0.153 0.0789 0.161 Pro_T L2
ENSG00000162437 RAVER2 -74578 sc-eQTL 8.58e-01 -0.0188 0.105 0.161 Pro_T L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 7.12e-01 0.0457 0.124 0.161 Pro_T L2
ENSG00000158966 CACHD1 200388 sc-eQTL 9.56e-02 -0.156 0.0929 0.16 Treg L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 4.92e-01 0.0686 0.0996 0.16 Treg L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 5.24e-01 -0.0824 0.129 0.16 Treg L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 4.68e-01 -0.0902 0.124 0.154 cDC L2
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 9.22e-01 -0.0107 0.11 0.154 cDC L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 6.36e-01 0.0485 0.102 0.154 cDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 -74578 sc-eQTL 1.73e-01 -0.153 0.112 0.154 cDC L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 3.64e-01 0.113 0.125 0.154 cDC L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 9.51e-01 -0.0073 0.12 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 6.78e-01 -0.0459 0.11 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 1.81e-01 0.134 0.0999 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 8.99e-01 0.0103 0.081 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 2.64e-01 0.131 0.117 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 5.05e-01 -0.0744 0.111 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 8.90e-01 -0.0143 0.103 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 5.17e-01 -0.0624 0.0962 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 9.76e-01 -0.00433 0.143 0.17 gdT L2
ENSG00000162437 RAVER2 -74578 sc-eQTL 1.99e-01 0.161 0.125 0.17 gdT L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 8.99e-01 -0.019 0.15 0.17 gdT L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 6.70e-01 -0.0495 0.116 0.162 intMono L2
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 2.08e-01 -0.138 0.109 0.162 intMono L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 7.75e-01 0.029 0.101 0.162 intMono L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 5.64e-02 -0.185 0.0966 0.162 intMono L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 2.20e-01 -0.147 0.119 0.154 ncMono L2
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 7.94e-01 0.028 0.107 0.154 ncMono L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 5.00e-01 -0.0584 0.0863 0.154 ncMono L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 3.99e-01 -0.103 0.122 0.154 ncMono L2
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 3.04e-01 -0.127 0.123 0.164 pDC L2
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 1.85e-01 -0.107 0.0801 0.164 pDC L2
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 6.89e-01 -0.0431 0.108 0.164 pDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 -74578 sc-eQTL 2.20e-01 -0.149 0.121 0.164 pDC L2
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 6.23e-01 0.0657 0.133 0.164 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 4.95e-01 -0.0639 0.0934 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 9.81e-01 0.00282 0.12 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 1.99e-01 0.116 0.0901 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 4.51e-01 0.0862 0.114 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 5.58e-01 0.0688 0.117 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 4.61e-01 -0.0829 0.112 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 4.16e-01 0.0766 0.094 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 8.99e-01 -0.01 0.0789 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 2.42e-01 -0.139 0.118 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 -477032 sc-eQTL 4.59e-01 -0.0797 0.107 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 8.60e-01 -0.0128 0.0724 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 6.77e-02 -0.184 0.1 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR -750135 sc-eQTL 1.04e-01 0.194 0.119 0.162 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -397237 sc-eQTL 5.17e-01 0.0363 0.056 0.162 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -750070 sc-eQTL 9.81e-01 -0.00301 0.124 0.162 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000162434 JAK1 -296032 eQTL 0.00803 -0.0536 0.0202 0.0 0.0 0.149
ENSG00000233877 AL606517.1 -271462 eQTL 0.00333 0.128 0.0436 0.00197 0.00233 0.149

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina