logo

Genes within 1Mb (chr1:64643593:T:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 5.08e-01 0.0506 0.0763 0.158 B L1
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 9.23e-01 0.00948 0.0976 0.158 B L1
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 2.40e-01 -0.0845 0.0717 0.158 CD4T L1
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 5.47e-01 0.0454 0.0753 0.158 CD4T L1
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 2.05e-01 -0.149 0.117 0.158 CD4T L1
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 5.18e-01 0.0813 0.126 0.158 CD8T L1
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 3.82e-01 -0.0541 0.0618 0.158 CD8T L1
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 3.53e-01 0.0906 0.0973 0.158 CD8T L1
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 7.96e-01 0.0335 0.129 0.158 CD8T L1
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 8.06e-01 -0.0311 0.126 0.158 DC L1
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 1.59e-01 -0.149 0.106 0.158 DC L1
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 6.06e-01 0.0457 0.0883 0.158 DC L1
ENSG00000162437 RAVER2 -101502 sc-eQTL 5.83e-01 -0.0623 0.113 0.158 DC L1
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 1.87e-01 0.165 0.125 0.158 DC L1
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 3.52e-01 0.117 0.126 0.158 Mono L1
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 6.37e-02 -0.213 0.114 0.158 Mono L1
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 4.11e-01 0.0676 0.082 0.158 Mono L1
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 3.70e-01 -0.073 0.0812 0.158 Mono L1
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 1.65e-02 0.285 0.118 0.159 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 3.57e-01 0.0521 0.0565 0.159 NK L1
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 6.57e-01 -0.0573 0.129 0.159 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 7.72e-01 -0.0237 0.0819 0.158 Other_T L1
ENSG00000162437 RAVER2 -101502 sc-eQTL 3.05e-01 -0.122 0.119 0.158 Other_T L1
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 5.51e-01 -0.0767 0.128 0.158 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 4.04e-01 0.111 0.133 0.171 B_Activated L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 2.08e-01 -0.175 0.139 0.171 B_Activated L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 5.50e-01 -0.0647 0.108 0.157 B_Intermediate L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 9.37e-02 -0.212 0.126 0.157 B_Intermediate L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 1.48e-01 -0.156 0.108 0.157 B_Memory L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 2.35e-01 0.149 0.125 0.157 B_Memory L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 4.37e-01 0.0754 0.0969 0.158 B_Naive1 L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 5.58e-01 0.0743 0.126 0.158 B_Naive1 L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 6.87e-01 0.0409 0.101 0.159 B_Naive2 L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 7.98e-01 -0.0314 0.122 0.159 B_Naive2 L2
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 3.32e-01 0.0461 0.0474 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 2.73e-01 -0.129 0.117 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 8.44e-01 -0.0265 0.135 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 2.65e-01 -0.0811 0.0725 0.158 CD4_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 4.99e-01 0.0503 0.0742 0.158 CD4_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 2.97e-01 -0.126 0.12 0.158 CD4_Naive L2
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 3.96e-01 -0.0858 0.101 0.158 CD4_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 8.77e-01 0.0128 0.0828 0.158 CD4_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 1.01e-01 -0.196 0.119 0.158 CD4_TCM L2
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 5.78e-01 -0.0431 0.0772 0.158 CD4_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 3.81e-01 -0.0962 0.11 0.158 CD4_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 6.47e-01 -0.0598 0.13 0.158 CD4_TEM L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 6.43e-01 -0.0564 0.122 0.158 CD8_CTL L2
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 3.92e-01 -0.0469 0.0546 0.158 CD8_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 2.25e-01 0.124 0.102 0.158 CD8_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 3.75e-01 0.111 0.125 0.158 CD8_CTL L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 9.46e-01 -0.00859 0.126 0.158 CD8_Naive L2
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 1.91e-01 -0.114 0.0869 0.158 CD8_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 8.68e-01 0.0175 0.105 0.158 CD8_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 6.42e-01 -0.0598 0.128 0.158 CD8_Naive L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 7.22e-01 0.0443 0.124 0.162 CD8_TCM L2
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 8.71e-01 -0.0109 0.0671 0.162 CD8_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 9.12e-01 -0.0119 0.108 0.162 CD8_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 3.97e-01 -0.114 0.135 0.162 CD8_TCM L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 8.59e-01 0.0207 0.117 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 6.24e-01 -0.0137 0.0279 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 2.85e-01 -0.141 0.132 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 2.29e-01 0.164 0.136 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 3.23e-01 -0.111 0.112 0.156 MAIT L2
ENSG00000162437 RAVER2 -101502 sc-eQTL 6.45e-02 -0.221 0.119 0.156 MAIT L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 3.52e-01 -0.121 0.129 0.156 MAIT L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 6.34e-01 0.0573 0.12 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 6.03e-01 0.0429 0.0823 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 8.56e-01 0.0246 0.135 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 1.40e-01 0.184 0.125 0.159 NK_CD56dim L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 3.50e-01 0.0612 0.0653 0.159 NK_CD56dim L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 5.02e-01 -0.089 0.132 0.159 NK_CD56dim L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 1.54e-01 0.158 0.11 0.16 NK_HLA L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 6.17e-01 0.0432 0.0862 0.16 NK_HLA L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 6.12e-01 -0.068 0.134 0.16 NK_HLA L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 1.21e-02 0.303 0.12 0.159 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 6.71e-01 0.0301 0.0708 0.159 NK_cytokine L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 3.03e-01 0.133 0.128 0.159 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 3.56e-01 -0.11 0.119 0.174 PB L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 7.02e-01 -0.064 0.167 0.174 PB L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 5.68e-01 -0.0469 0.082 0.159 Pro_T L2
ENSG00000162437 RAVER2 -101502 sc-eQTL 9.48e-01 0.00705 0.108 0.159 Pro_T L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 8.42e-01 0.0255 0.128 0.159 Pro_T L2
ENSG00000158966 CACHD1 173464 sc-eQTL 3.84e-02 -0.2 0.0961 0.158 Treg L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 5.83e-01 0.0569 0.103 0.158 Treg L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 5.11e-01 -0.0882 0.134 0.158 Treg L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 7.67e-01 -0.0381 0.128 0.154 cDC L2
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 4.24e-01 -0.0906 0.113 0.154 cDC L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 3.51e-01 0.0986 0.106 0.154 cDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 -101502 sc-eQTL 2.79e-01 -0.126 0.116 0.154 cDC L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 1.14e-01 0.204 0.128 0.154 cDC L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 7.80e-01 -0.0352 0.126 0.158 cMono_IL1B L2
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 2.94e-01 -0.121 0.115 0.158 cMono_IL1B L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 5.13e-02 0.204 0.104 0.158 cMono_IL1B L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 7.96e-01 0.0219 0.085 0.158 cMono_IL1B L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 2.65e-02 0.271 0.121 0.158 cMono_S100A L2
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 7.47e-02 -0.207 0.116 0.158 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 7.90e-01 -0.0286 0.107 0.158 cMono_S100A L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 2.21e-01 -0.123 0.1 0.158 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 5.23e-01 0.0928 0.145 0.17 gdT L2
ENSG00000162437 RAVER2 -101502 sc-eQTL 9.73e-01 0.00433 0.128 0.17 gdT L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 4.83e-01 -0.107 0.153 0.17 gdT L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 5.88e-01 -0.0657 0.121 0.164 intMono L2
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 2.47e-01 -0.132 0.114 0.164 intMono L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 8.88e-01 0.0149 0.105 0.164 intMono L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 1.95e-01 -0.131 0.101 0.164 intMono L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 5.22e-01 -0.0781 0.122 0.156 ncMono L2
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 4.55e-01 0.0813 0.109 0.156 ncMono L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 4.62e-01 0.0647 0.0879 0.156 ncMono L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 1.80e-01 -0.167 0.124 0.156 ncMono L2
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 6.11e-01 -0.0653 0.128 0.164 pDC L2
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 1.38e-01 -0.124 0.0829 0.164 pDC L2
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 6.29e-01 -0.054 0.111 0.164 pDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 -101502 sc-eQTL 6.44e-01 -0.0582 0.126 0.164 pDC L2
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 7.44e-01 -0.0452 0.138 0.164 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 3.41e-01 -0.0923 0.0967 0.158 B_Memory LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 5.23e-01 -0.0795 0.124 0.158 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 3.86e-01 0.0816 0.094 0.158 B_Naive LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 5.15e-01 0.0776 0.119 0.158 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 2.74e-01 0.134 0.123 0.158 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 3.60e-02 -0.246 0.117 0.158 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 2.05e-01 0.125 0.0982 0.158 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 8.55e-01 -0.0152 0.0826 0.158 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 5.09e-01 -0.0813 0.123 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 -503956 sc-eQTL 8.66e-01 -0.0188 0.111 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 4.01e-01 0.063 0.0749 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 1.29e-01 -0.158 0.104 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR -777059 sc-eQTL 1.77e-02 0.29 0.121 0.159 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -424161 sc-eQTL 4.66e-01 0.0421 0.0576 0.159 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -776994 sc-eQTL 4.78e-01 -0.0906 0.127 0.159 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000162434 JAK1 -322956 eQTL 0.0162 -0.048 0.0199 0.0 0.0 0.158
ENSG00000162437 RAVER2 -101502 eQTL 0.0215 -0.0691 0.03 0.0 0.0 0.158
ENSG00000233877 AL606517.1 -298386 eQTL 0.0387 0.0893 0.0431 0.0 0.0 0.158

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina