logo

Genes within 1Mb (chr6:131294247:CT:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 3.52e-01 -0.0815 0.0875 0.15 B L1
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 3.09e-01 0.0978 0.0959 0.15 B L1
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 4.41e-01 0.0878 0.114 0.15 B L1
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 7.12e-01 0.0371 0.1 0.15 B L1
ENSG00000228495 LINC01013 -837641 sc-eQTL 5.83e-01 0.0416 0.0756 0.15 B L1
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 9.78e-01 0.00315 0.115 0.15 CD4T L1
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 7.10e-01 -0.0277 0.0742 0.15 CD4T L1
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 3.86e-02 0.205 0.0986 0.15 CD4T L1
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 4.48e-01 0.0662 0.0871 0.15 CD4T L1
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 9.71e-01 -0.00335 0.0911 0.15 CD8T L1
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 2.07e-01 0.131 0.103 0.15 CD8T L1
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 2.61e-01 -0.0534 0.0475 0.15 CD8T L1
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 9.52e-01 0.00583 0.0977 0.151 DC L1
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 5.31e-01 -0.0787 0.125 0.151 DC L1
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 4.21e-03 0.35 0.121 0.151 DC L1
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 9.83e-01 0.00225 0.108 0.15 Mono L1
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 8.74e-01 -0.0165 0.105 0.15 Mono L1
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 3.00e-02 0.224 0.103 0.15 Mono L1
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 5.25e-01 -0.0566 0.0888 0.15 NK L1
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 1.62e-02 0.254 0.105 0.15 NK L1
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 4.46e-01 0.0453 0.0593 0.15 NK L1
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 6.21e-01 -0.0545 0.11 0.15 Other_T L1
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 5.38e-01 -0.0766 0.124 0.15 Other_T L1
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 2.54e-01 0.124 0.108 0.15 Other_T L1
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 3.81e-01 0.0508 0.0579 0.15 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 1.44e-01 -0.171 0.116 0.153 B_Activated L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 3.24e-01 -0.136 0.138 0.153 B_Activated L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 3.83e-01 0.12 0.137 0.153 B_Activated L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 1.43e-01 0.137 0.0933 0.153 B_Activated L2
ENSG00000228495 LINC01013 -837641 sc-eQTL 2.86e-01 -0.127 0.118 0.153 B_Activated L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 4.97e-02 0.241 0.122 0.15 B_Intermediate L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 1.40e-01 -0.175 0.118 0.15 B_Intermediate L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 5.37e-01 0.0745 0.12 0.15 B_Intermediate L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 2.62e-01 0.114 0.101 0.15 B_Intermediate L2
ENSG00000228495 LINC01013 -837641 sc-eQTL 9.34e-01 -0.00909 0.11 0.15 B_Intermediate L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 1.11e-01 -0.184 0.115 0.151 B_Memory L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 3.27e-01 0.119 0.121 0.151 B_Memory L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 5.07e-01 0.0839 0.126 0.151 B_Memory L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 6.64e-02 0.211 0.114 0.151 B_Memory L2
ENSG00000228495 LINC01013 -837641 sc-eQTL 4.79e-01 0.0819 0.115 0.151 B_Memory L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 5.48e-01 -0.059 0.098 0.15 B_Naive1 L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 4.09e-01 0.0862 0.104 0.15 B_Naive1 L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 6.40e-01 0.0612 0.131 0.15 B_Naive1 L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 9.15e-01 -0.0109 0.102 0.15 B_Naive1 L2
ENSG00000228495 LINC01013 -837641 sc-eQTL 2.29e-01 0.0991 0.0821 0.15 B_Naive1 L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 1.75e-01 -0.152 0.112 0.15 B_Naive2 L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 1.70e-02 0.303 0.126 0.15 B_Naive2 L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 5.69e-01 0.0765 0.134 0.15 B_Naive2 L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 6.28e-01 -0.0423 0.087 0.15 B_Naive2 L2
ENSG00000228495 LINC01013 -837641 sc-eQTL 5.68e-01 0.0508 0.0889 0.15 B_Naive2 L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 2.76e-01 -0.116 0.106 0.148 CD4_CTL L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 5.51e-02 -0.26 0.135 0.148 CD4_CTL L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 7.75e-01 -0.0374 0.131 0.148 CD4_CTL L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 2.90e-02 0.187 0.0848 0.148 CD4_CTL L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 1.47e-01 -0.172 0.118 0.15 CD4_Naive L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 4.52e-01 -0.0646 0.0858 0.15 CD4_Naive L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 6.32e-02 0.208 0.111 0.15 CD4_Naive L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 8.65e-01 0.0176 0.103 0.15 CD4_Naive L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 1.55e-01 0.172 0.12 0.15 CD4_TCM L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 3.58e-01 0.0854 0.0927 0.15 CD4_TCM L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 1.98e-01 0.138 0.107 0.15 CD4_TCM L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 7.11e-01 -0.0364 0.0982 0.15 CD4_TCM L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 7.87e-01 0.0349 0.129 0.15 CD4_TEM L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 1.82e-01 0.159 0.118 0.15 CD4_TEM L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 5.98e-03 0.356 0.128 0.15 CD4_TEM L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 4.22e-01 0.0668 0.0831 0.15 CD4_TEM L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 6.47e-02 -0.209 0.113 0.15 CD8_CTL L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 7.81e-01 -0.0355 0.127 0.15 CD8_CTL L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 2.00e-01 0.103 0.0805 0.15 CD8_CTL L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 4.57e-01 0.0781 0.105 0.15 CD8_Naive L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 7.77e-02 0.208 0.118 0.15 CD8_Naive L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 6.39e-02 -0.194 0.104 0.15 CD8_Naive L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 6.54e-01 0.059 0.131 0.146 CD8_TCM L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 8.90e-01 -0.0196 0.141 0.146 CD8_TCM L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 3.26e-01 0.118 0.12 0.146 CD8_TCM L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 6.33e-01 -0.0638 0.134 0.146 CD8_TEM L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 5.46e-01 -0.0822 0.136 0.146 CD8_TEM L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 2.54e-01 -0.111 0.0967 0.146 CD8_TEM L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 2.91e-01 -0.125 0.118 0.149 MAIT L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 7.18e-01 0.0467 0.129 0.149 MAIT L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 1.56e-01 0.181 0.127 0.149 MAIT L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 7.01e-01 0.0293 0.0761 0.149 MAIT L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 4.55e-01 -0.1 0.134 0.147 NK_CD56bright L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 2.82e-01 0.14 0.13 0.147 NK_CD56bright L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 9.00e-03 0.267 0.101 0.147 NK_CD56bright L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 8.20e-01 0.0241 0.106 0.149 NK_CD56dim L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 3.78e-01 0.099 0.112 0.149 NK_CD56dim L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 4.52e-01 -0.0462 0.0613 0.149 NK_CD56dim L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 3.04e-01 -0.137 0.133 0.142 NK_HLA L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 8.40e-01 -0.028 0.138 0.142 NK_HLA L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 8.31e-01 -0.0244 0.114 0.142 NK_HLA L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 5.79e-01 0.0649 0.117 0.149 NK_cytokine L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 1.29e-01 0.179 0.117 0.149 NK_cytokine L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 1.30e-01 0.112 0.0734 0.149 NK_cytokine L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 8.68e-01 0.0278 0.167 0.174 PB L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 4.98e-02 -0.306 0.154 0.174 PB L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 4.08e-01 -0.127 0.152 0.174 PB L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 8.43e-01 -0.0287 0.145 0.174 PB L2
ENSG00000228495 LINC01013 -837641 sc-eQTL 2.28e-01 0.119 0.0981 0.174 PB L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 4.12e-01 -0.0955 0.116 0.15 Pro_T L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 1.49e-01 -0.195 0.135 0.15 Pro_T L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 6.58e-01 0.0515 0.116 0.15 Pro_T L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 5.72e-01 0.0425 0.075 0.15 Pro_T L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 9.12e-01 0.0138 0.124 0.15 Treg L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 8.80e-01 0.0192 0.127 0.15 Treg L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 5.32e-02 0.212 0.109 0.15 Treg L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 7.35e-01 0.0358 0.106 0.15 Treg L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 8.26e-01 -0.0246 0.112 0.149 cDC L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 5.73e-01 0.0812 0.144 0.149 cDC L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 3.22e-02 0.298 0.138 0.149 cDC L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 8.03e-01 -0.029 0.116 0.15 cMono_IL1B L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 3.25e-01 0.113 0.114 0.15 cMono_IL1B L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 7.77e-03 0.294 0.109 0.15 cMono_IL1B L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 9.26e-01 0.0112 0.121 0.15 cMono_S100A L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 5.85e-01 -0.0656 0.12 0.15 cMono_S100A L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 1.88e-01 0.154 0.117 0.15 cMono_S100A L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 8.37e-01 0.0291 0.141 0.136 gdT L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 6.03e-01 0.0825 0.159 0.136 gdT L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 9.83e-01 0.00355 0.166 0.136 gdT L2
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 1.72e-01 0.172 0.125 0.136 gdT L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 4.19e-01 0.0992 0.123 0.151 intMono L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 5.23e-01 0.0845 0.132 0.151 intMono L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 8.39e-03 0.337 0.127 0.151 intMono L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 7.43e-01 0.0387 0.118 0.154 ncMono L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 4.24e-02 -0.26 0.127 0.154 ncMono L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 5.31e-01 -0.0781 0.124 0.154 ncMono L2
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 4.93e-01 0.102 0.148 0.147 pDC L2
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 2.51e-01 -0.172 0.15 0.147 pDC L2
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 2.29e-01 0.147 0.122 0.147 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 5.50e-01 0.0671 0.112 0.15 B_Memory LOneK1K
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 2.52e-01 -0.126 0.11 0.15 B_Memory LOneK1K
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 3.61e-01 0.102 0.112 0.15 B_Memory LOneK1K
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 8.54e-02 0.192 0.111 0.15 B_Memory LOneK1K
ENSG00000228495 LINC01013 -837641 sc-eQTL 9.29e-01 -0.0103 0.115 0.15 B_Memory LOneK1K
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 4.09e-01 -0.0765 0.0925 0.15 B_Naive LOneK1K
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 5.41e-02 0.197 0.102 0.15 B_Naive LOneK1K
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 3.42e-01 0.123 0.129 0.15 B_Naive LOneK1K
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 9.80e-01 -0.00273 0.111 0.15 B_Naive LOneK1K
ENSG00000228495 LINC01013 -837641 sc-eQTL 3.83e-01 0.0671 0.0767 0.15 B_Naive LOneK1K
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 9.95e-01 -0.000768 0.112 0.15 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 6.82e-01 0.0443 0.108 0.15 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 4.01e-02 0.217 0.105 0.15 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 sc-eQTL 5.59e-01 0.0688 0.117 0.151 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 9.27e-01 -0.011 0.12 0.151 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 3.58e-01 0.113 0.122 0.151 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000112282 MED23 -333995 sc-eQTL 9.34e-01 -0.00787 0.095 0.149 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000118507 AKAP7 158780 sc-eQTL 3.37e-02 0.222 0.104 0.149 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000164483 SAMD3 928822 sc-eQTL 9.04e-01 0.00685 0.057 0.149 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000079819 EPB41L2 230925 eQTL 0.0123 0.0775 0.0309 0.0 0.0 0.132
ENSG00000118507 AKAP7 158780 eQTL 1.12e-06 0.147 0.03 0.0 0.0 0.132
ENSG00000154269 ENPP3 -334195 eQTL 0.0464 -0.0714 0.0358 0.0 0.0 0.132

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000118507 AKAP7 158780 1.45e-05 2.03e-05 6.49e-06 5.08e-06 2.38e-06 3.88e-06 1.32e-05 1.25e-06 9.26e-06 4.06e-06 1.24e-05 5.74e-06 1.69e-05 4.08e-06 5.16e-06 7.79e-06 8.33e-06 9.66e-06 3.31e-06 2.63e-06 5.7e-06 1.27e-05 1.52e-05 3.17e-06 2.06e-05 3.1e-06 5.21e-06 3.2e-06 1.3e-05 8.34e-06 5.8e-06 8.91e-07 7.8e-07 2.73e-06 4.46e-06 2.1e-06 1.75e-06 1.87e-06 1.35e-06 1.03e-06 7.14e-07 1.89e-05 4.71e-06 3.24e-07 9.12e-07 2.36e-06 1.31e-06 6.95e-07 5.25e-07
ENSG00000164484 \N 928513 1.25e-06 9.88e-07 3.02e-07 3.04e-07 1.38e-07 4.35e-07 1.33e-06 6.2e-08 6.53e-07 2.82e-07 1.1e-06 5.28e-07 1.48e-06 1.97e-07 3.35e-07 4.84e-07 2.77e-07 5.48e-07 3.36e-07 1.51e-07 2.3e-07 7.58e-07 8.27e-07 1.36e-07 1.95e-06 2.54e-07 4.16e-07 2.13e-07 6.19e-07 7.63e-07 3.93e-07 2.99e-08 4.96e-08 1.4e-07 3.37e-07 7.68e-08 1.03e-07 8.04e-08 6.35e-08 5.8e-08 4.92e-08 1.3e-06 5.49e-08 9.61e-08 3.07e-08 2.18e-07 7.83e-08 3.78e-09 4.99e-08