logo

Genes within 1Mb (chr6:128034171:A:G):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 8.73e-01 0.0144 0.0899 0.06 B L1
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 3.54e-02 -0.3 0.142 0.06 B L1
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 8.20e-01 -0.0247 0.109 0.06 B L1
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 8.11e-01 0.0268 0.112 0.06 CD4T L1
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 3.77e-01 0.135 0.153 0.06 CD4T L1
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 1.03e-01 -0.19 0.116 0.06 CD4T L1
ENSG00000214338 SOGA3 514980 sc-eQTL 6.78e-01 -0.0413 0.0992 0.06 CD4T L1
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 9.10e-02 -0.227 0.134 0.06 CD8T L1
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 8.75e-01 -0.0272 0.173 0.06 CD8T L1
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 8.04e-01 -0.0233 0.0938 0.06 CD8T L1
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 6.23e-01 -0.0662 0.134 0.06 CD8T L1
ENSG00000227945 AL590006.1 6285 sc-eQTL 6.20e-01 0.0667 0.134 0.06 CD8T L1
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 3.76e-01 0.132 0.149 0.061 DC L1
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 4.19e-01 -0.147 0.182 0.061 DC L1
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 6.00e-01 -0.057 0.108 0.06 Mono L1
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 7.05e-02 -0.217 0.12 0.06 Mono L1
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 3.84e-01 -0.115 0.132 0.06 NK L1
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 3.42e-01 -0.145 0.153 0.06 NK L1
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 1.90e-01 -0.227 0.172 0.06 NK L1
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 5.12e-01 -0.0801 0.122 0.06 Other_T L1
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 2.87e-01 -0.187 0.175 0.06 Other_T L1
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 2.63e-01 0.142 0.127 0.06 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 6.97e-03 -0.57 0.209 0.061 B_Activated L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 5.50e-01 -0.13 0.216 0.061 B_Activated L2
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 6.39e-01 -0.0929 0.198 0.061 B_Activated L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 5.64e-01 -0.0821 0.142 0.06 B_Intermediate L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 9.22e-01 0.018 0.183 0.06 B_Intermediate L2
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 3.37e-01 -0.171 0.178 0.06 B_Intermediate L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 2.26e-02 -0.366 0.159 0.06 B_Memory L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 8.75e-01 -0.0295 0.188 0.06 B_Memory L2
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 6.37e-01 -0.0824 0.174 0.06 B_Memory L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 3.32e-01 0.105 0.108 0.06 B_Naive1 L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 2.76e-01 -0.185 0.169 0.06 B_Naive1 L2
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 6.13e-01 0.0693 0.137 0.06 B_Naive1 L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 7.19e-01 0.0504 0.14 0.06 B_Naive2 L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 1.44e-01 -0.283 0.193 0.06 B_Naive2 L2
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 3.09e-01 -0.157 0.154 0.06 B_Naive2 L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 9.27e-01 -0.0174 0.189 0.064 CD4_CTL L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 5.31e-01 0.116 0.185 0.064 CD4_CTL L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 5.70e-01 -0.071 0.125 0.064 CD4_CTL L2
ENSG00000214338 SOGA3 514980 sc-eQTL 6.57e-01 -0.0742 0.167 0.064 CD4_CTL L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 4.95e-01 -0.0926 0.136 0.06 CD4_Naive L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 3.77e-01 0.143 0.162 0.06 CD4_Naive L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 1.28e-01 -0.177 0.116 0.06 CD4_Naive L2
ENSG00000214338 SOGA3 514980 sc-eQTL 3.54e-01 -0.103 0.111 0.06 CD4_Naive L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 4.11e-01 0.116 0.141 0.06 CD4_TCM L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 1.79e-01 0.245 0.182 0.06 CD4_TCM L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 8.87e-01 0.0191 0.135 0.06 CD4_TCM L2
ENSG00000214338 SOGA3 514980 sc-eQTL 3.20e-01 -0.138 0.138 0.06 CD4_TCM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 2.25e-01 0.201 0.165 0.06 CD4_TEM L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 2.16e-01 -0.233 0.188 0.06 CD4_TEM L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 6.41e-01 0.0705 0.151 0.06 CD4_TEM L2
ENSG00000214338 SOGA3 514980 sc-eQTL 4.74e-01 0.112 0.156 0.06 CD4_TEM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 5.78e-02 -0.312 0.163 0.06 CD8_CTL L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 3.37e-01 -0.187 0.195 0.06 CD8_CTL L2
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 9.68e-01 -0.00652 0.165 0.06 CD8_CTL L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 2.11e-01 -0.176 0.14 0.06 CD8_CTL L2
ENSG00000227945 AL590006.1 6285 sc-eQTL 7.49e-01 -0.0448 0.14 0.06 CD8_CTL L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 6.85e-01 -0.0685 0.168 0.06 CD8_Naive L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 5.86e-01 0.0983 0.18 0.06 CD8_Naive L2
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 8.74e-01 -0.0211 0.132 0.06 CD8_Naive L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 3.28e-01 0.11 0.112 0.06 CD8_Naive L2
ENSG00000227945 AL590006.1 6285 sc-eQTL 2.98e-01 0.179 0.171 0.06 CD8_Naive L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 3.07e-01 -0.174 0.17 0.065 CD8_TCM L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 5.76e-01 -0.111 0.198 0.065 CD8_TCM L2
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 4.06e-01 -0.134 0.161 0.065 CD8_TCM L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 7.03e-01 -0.0659 0.172 0.065 CD8_TCM L2
ENSG00000227945 AL590006.1 6285 sc-eQTL 3.25e-01 -0.156 0.158 0.065 CD8_TCM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 4.56e-01 -0.136 0.182 0.064 CD8_TEM L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 1.41e-01 -0.273 0.184 0.064 CD8_TEM L2
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 4.53e-01 0.11 0.146 0.064 CD8_TEM L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 7.94e-01 0.043 0.165 0.064 CD8_TEM L2
ENSG00000227945 AL590006.1 6285 sc-eQTL 9.09e-01 0.0161 0.141 0.064 CD8_TEM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 7.68e-01 -0.0512 0.173 0.061 MAIT L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 6.94e-01 -0.0722 0.183 0.061 MAIT L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 3.56e-01 0.135 0.146 0.061 MAIT L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 1.00e-01 -0.302 0.183 0.062 NK_CD56bright L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 1.21e-02 -0.481 0.19 0.062 NK_CD56bright L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 6.53e-01 -0.0631 0.14 0.062 NK_CD56bright L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 7.86e-01 -0.0405 0.149 0.06 NK_CD56dim L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 3.37e-01 -0.164 0.17 0.06 NK_CD56dim L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 5.51e-02 -0.323 0.167 0.06 NK_CD56dim L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 2.72e-01 -0.213 0.193 0.059 NK_HLA L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 3.21e-01 0.199 0.2 0.059 NK_HLA L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 3.58e-01 0.143 0.156 0.059 NK_HLA L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 9.84e-01 0.00321 0.164 0.06 NK_cytokine L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 8.80e-01 0.0255 0.169 0.06 NK_cytokine L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 2.01e-01 -0.204 0.159 0.06 NK_cytokine L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 6.22e-01 0.0732 0.148 0.061 Pro_T L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 6.01e-01 -0.0948 0.181 0.061 Pro_T L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 4.14e-01 -0.103 0.126 0.061 Pro_T L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 9.74e-01 0.00568 0.175 0.06 Treg L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 4.60e-01 0.14 0.19 0.06 Treg L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 9.09e-01 -0.0215 0.187 0.06 Treg L2
ENSG00000214338 SOGA3 514980 sc-eQTL 6.36e-01 0.075 0.158 0.06 Treg L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 5.86e-01 0.0954 0.175 0.063 cDC L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 2.62e-01 -0.217 0.193 0.063 cDC L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 5.15e-01 0.0794 0.122 0.06 cMono_IL1B L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 2.53e-01 -0.165 0.144 0.06 cMono_IL1B L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 1.65e-01 -0.2 0.143 0.06 cMono_S100A L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 7.08e-01 -0.0586 0.156 0.06 cMono_S100A L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 3.48e-01 -0.187 0.199 0.067 gdT L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 1.41e-02 -0.491 0.198 0.067 gdT L2
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 2.27e-01 -0.23 0.189 0.067 gdT L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 4.56e-01 -0.122 0.163 0.062 intMono L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 8.64e-01 -0.0295 0.172 0.062 intMono L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 5.02e-01 -0.112 0.166 0.063 ncMono L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 6.71e-02 -0.293 0.159 0.063 ncMono L2
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 4.08e-01 0.128 0.154 0.073 pDC L2
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 9.38e-01 0.0153 0.196 0.073 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 5.65e-02 -0.234 0.122 0.06 B_Memory LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 4.09e-01 -0.146 0.176 0.06 B_Memory LOneK1K
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 3.82e-01 -0.14 0.16 0.06 B_Memory LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 1.16e-01 0.154 0.0977 0.06 B_Naive LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 5.74e-02 -0.319 0.167 0.06 B_Naive LOneK1K
ENSG00000152894 PTPRK -486503 sc-eQTL 8.07e-01 -0.0302 0.123 0.06 B_Naive LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 8.33e-01 -0.0237 0.112 0.06 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 1.91e-01 -0.175 0.133 0.06 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 3.82e-01 -0.134 0.152 0.06 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 1.13e-01 -0.225 0.142 0.06 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 690562 sc-eQTL 9.53e-01 -0.00821 0.139 0.06 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 767561 sc-eQTL 6.81e-01 -0.0652 0.158 0.06 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000172673 THEMIS 115540 sc-eQTL 7.66e-02 -0.301 0.169 0.06 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000152894 PTPRK -486503 eQTL 0.00421 0.0842 0.0293 0.00249 0.00113 0.0608

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina