logo

Genes within 1Mb (chr6:127719694:T:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 2.58e-01 -0.0639 0.0564 0.16 B L1
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 4.12e-01 -0.0738 0.0899 0.16 B L1
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 1.06e-02 0.174 0.0673 0.16 B L1
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 5.62e-01 0.0409 0.0704 0.16 CD4T L1
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 4.48e-01 0.073 0.0961 0.16 CD4T L1
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 4.03e-01 0.0615 0.0733 0.16 CD4T L1
ENSG00000214338 SOGA3 200503 sc-eQTL 8.10e-01 0.015 0.0624 0.16 CD4T L1
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 1.33e-01 -0.128 0.0847 0.16 CD8T L1
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 4.66e-01 0.0798 0.109 0.16 CD8T L1
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 9.94e-01 -0.000435 0.0594 0.16 CD8T L1
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 4.05e-01 0.0709 0.0848 0.16 CD8T L1
ENSG00000227945 AL590006.1 -308192 sc-eQTL 5.97e-01 0.045 0.085 0.16 CD8T L1
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 8.37e-01 -0.02 0.0969 0.158 DC L1
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 3.31e-02 0.251 0.117 0.158 DC L1
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 8.39e-01 0.014 0.0692 0.16 Mono L1
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 7.87e-01 0.0208 0.0769 0.16 Mono L1
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 2.36e-01 0.0986 0.0829 0.161 NK L1
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 1.49e-01 0.139 0.0957 0.161 NK L1
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 2.37e-01 0.128 0.108 0.161 NK L1
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 5.52e-01 -0.0462 0.0776 0.16 Other_T L1
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 9.07e-01 -0.0131 0.112 0.16 Other_T L1
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 3.56e-01 0.075 0.081 0.16 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 9.90e-01 0.0016 0.128 0.173 B_Activated L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 9.73e-01 -0.00444 0.13 0.173 B_Activated L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 1.30e-01 0.18 0.118 0.173 B_Activated L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 9.02e-01 -0.0112 0.0901 0.159 B_Intermediate L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 2.50e-02 -0.258 0.114 0.159 B_Intermediate L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 1.58e-01 0.159 0.112 0.159 B_Intermediate L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 7.95e-01 0.0269 0.103 0.159 B_Memory L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 2.44e-01 0.14 0.12 0.159 B_Memory L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 7.79e-01 0.0314 0.112 0.159 B_Memory L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 5.89e-01 -0.0368 0.068 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 3.84e-01 0.0932 0.107 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 2.68e-01 0.0957 0.0861 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 2.55e-01 -0.0987 0.0865 0.161 B_Naive2 L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 7.28e-01 -0.0418 0.12 0.161 B_Naive2 L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 4.66e-02 0.19 0.0949 0.161 B_Naive2 L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 7.40e-01 0.0421 0.127 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 3.01e-01 0.128 0.124 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 5.24e-01 -0.0534 0.0835 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000214338 SOGA3 200503 sc-eQTL 5.83e-02 -0.211 0.111 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 9.46e-01 -0.00586 0.0863 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 6.85e-01 -0.0419 0.103 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 8.72e-01 -0.012 0.0741 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000214338 SOGA3 200503 sc-eQTL 9.16e-01 -0.00741 0.0705 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 3.84e-02 0.182 0.0875 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 7.61e-03 0.303 0.113 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 1.25e-02 0.21 0.0832 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000214338 SOGA3 200503 sc-eQTL 6.18e-01 0.0433 0.0868 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 9.31e-01 -0.00893 0.103 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 6.27e-01 0.0571 0.117 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 5.46e-01 0.0569 0.0939 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000214338 SOGA3 200503 sc-eQTL 4.34e-01 0.0762 0.0971 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 2.97e-03 -0.309 0.103 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 9.74e-01 -0.00404 0.124 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 1.39e-01 0.155 0.104 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 7.67e-01 0.0266 0.0898 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000227945 AL590006.1 -308192 sc-eQTL 6.86e-01 0.0361 0.0892 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 6.11e-01 -0.0552 0.108 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 3.43e-01 0.11 0.116 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 4.18e-01 -0.0692 0.0852 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 9.02e-01 -0.00895 0.0724 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000227945 AL590006.1 -308192 sc-eQTL 6.30e-01 -0.0533 0.11 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 2.84e-01 -0.121 0.112 0.164 CD8_TCM L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 8.38e-01 0.0268 0.131 0.164 CD8_TCM L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 7.87e-01 -0.0289 0.107 0.164 CD8_TCM L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 3.34e-01 0.11 0.114 0.164 CD8_TCM L2
ENSG00000227945 AL590006.1 -308192 sc-eQTL 3.92e-02 0.215 0.103 0.164 CD8_TCM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 6.69e-01 -0.0527 0.123 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 3.22e-01 0.124 0.125 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 2.81e-02 0.216 0.0977 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 7.45e-01 0.0363 0.112 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000227945 AL590006.1 -308192 sc-eQTL 8.92e-01 -0.013 0.0957 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 4.66e-01 0.0817 0.112 0.16 MAIT L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 6.84e-01 0.0483 0.119 0.16 MAIT L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 5.81e-01 0.0522 0.0945 0.16 MAIT L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 5.06e-01 -0.0785 0.118 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 1.28e-01 -0.188 0.123 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 3.42e-01 0.0855 0.0897 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 8.25e-01 0.0209 0.0943 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 7.25e-01 0.0381 0.108 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 6.77e-01 0.0447 0.107 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 7.21e-02 0.216 0.119 0.167 NK_HLA L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 1.64e-01 0.172 0.123 0.167 NK_HLA L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 9.69e-01 -0.00376 0.0967 0.167 NK_HLA L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 6.26e-01 0.0508 0.104 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 1.73e-01 0.146 0.107 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 2.91e-01 0.107 0.101 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 4.87e-01 -0.0908 0.13 0.133 PB L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 8.31e-01 0.0374 0.175 0.133 PB L2
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 8.44e-01 0.0239 0.121 0.133 PB L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 7.61e-01 0.0283 0.0931 0.163 Pro_T L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 4.44e-01 0.0871 0.114 0.163 Pro_T L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 2.57e-02 -0.176 0.0781 0.163 Pro_T L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 8.00e-01 -0.0282 0.111 0.16 Treg L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 4.62e-01 0.0889 0.121 0.16 Treg L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 3.74e-01 0.105 0.118 0.16 Treg L2
ENSG00000214338 SOGA3 200503 sc-eQTL 6.52e-01 -0.0454 0.1 0.16 Treg L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 9.14e-01 0.0126 0.116 0.159 cDC L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 2.14e-02 0.294 0.127 0.159 cDC L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 3.64e-01 0.0717 0.0788 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 9.53e-01 -0.00555 0.0933 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 1.69e-01 -0.128 0.0931 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 2.90e-01 0.107 0.101 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 8.58e-01 0.0231 0.129 0.167 gdT L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 8.76e-01 0.0205 0.131 0.167 gdT L2
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 1.71e-01 0.168 0.122 0.167 gdT L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 5.39e-01 0.065 0.106 0.158 intMono L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 4.53e-01 -0.0836 0.111 0.158 intMono L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 9.13e-01 -0.0118 0.107 0.163 ncMono L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 6.10e-01 -0.0528 0.103 0.163 ncMono L2
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 9.33e-01 0.00932 0.11 0.155 pDC L2
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 4.58e-01 0.104 0.14 0.155 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 6.99e-01 0.0302 0.0779 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 1.30e-01 -0.169 0.111 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 6.41e-02 0.187 0.101 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 1.99e-01 -0.0792 0.0615 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 5.27e-01 0.067 0.106 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000152894 PTPRK -800980 sc-eQTL 8.52e-02 0.133 0.0769 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 8.30e-01 0.0153 0.0712 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 4.36e-01 0.0661 0.0847 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 7.99e-01 0.025 0.0983 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 3.43e-01 -0.087 0.0916 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 376085 sc-eQTL 2.22e-01 0.107 0.0876 0.162 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 453084 sc-eQTL 1.04e-01 0.162 0.0993 0.162 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000172673 THEMIS -198937 sc-eQTL 2.15e-01 0.133 0.107 0.162 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000152894 PTPRK -800980 pQTL 0.0142 0.0715 0.0291 0.0 0.0 0.171
ENSG00000172673 THEMIS -198937 eQTL 0.01 0.0491 0.019 0.00178 0.0 0.175

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina