logo

Genes within 1Mb (chr6:127666418:T:TTACTC):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 3.45e-01 -0.0537 0.0567 0.16 B L1
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 3.65e-01 -0.082 0.0903 0.16 B L1
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 5.92e-03 0.188 0.0675 0.16 B L1
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 7.06e-01 0.0266 0.0704 0.16 CD4T L1
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 2.45e-01 0.112 0.0958 0.16 CD4T L1
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 5.05e-01 0.0489 0.0733 0.16 CD4T L1
ENSG00000214338 SOGA3 147227 sc-eQTL 8.52e-01 -0.0116 0.0624 0.16 CD4T L1
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 7.62e-02 -0.15 0.0844 0.16 CD8T L1
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 8.44e-01 0.0215 0.109 0.16 CD8T L1
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 7.36e-01 0.02 0.0593 0.16 CD8T L1
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 4.78e-01 0.0603 0.0847 0.16 CD8T L1
ENSG00000227945 AL590006.1 -361468 sc-eQTL 6.87e-01 0.0343 0.0849 0.16 CD8T L1
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 6.49e-01 -0.044 0.0966 0.158 DC L1
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 1.30e-01 0.179 0.117 0.158 DC L1
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 5.30e-01 0.0434 0.069 0.16 Mono L1
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 9.66e-01 0.00324 0.0767 0.16 Mono L1
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 2.16e-01 0.103 0.0828 0.161 NK L1
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 7.97e-02 0.168 0.0954 0.161 NK L1
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 1.92e-01 0.142 0.108 0.161 NK L1
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 6.64e-01 -0.0334 0.077 0.16 Other_T L1
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 8.25e-01 -0.0245 0.111 0.16 Other_T L1
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 9.04e-01 0.00973 0.0804 0.16 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 9.81e-01 0.00299 0.128 0.176 B_Activated L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 7.15e-01 -0.0474 0.13 0.176 B_Activated L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 1.38e-01 0.175 0.118 0.176 B_Activated L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 9.92e-01 0.000906 0.0905 0.159 B_Intermediate L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 1.28e-02 -0.287 0.114 0.159 B_Intermediate L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 2.11e-01 0.142 0.113 0.159 B_Intermediate L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 8.02e-01 0.026 0.104 0.159 B_Memory L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 2.78e-01 0.131 0.12 0.159 B_Memory L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 8.32e-01 0.0237 0.112 0.159 B_Memory L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 4.67e-01 -0.0497 0.0682 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 4.50e-01 0.0811 0.107 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 3.02e-01 0.0894 0.0864 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 3.89e-01 -0.0748 0.0865 0.161 B_Naive2 L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 8.77e-01 -0.0186 0.12 0.161 B_Naive2 L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 3.04e-02 0.206 0.0947 0.161 B_Naive2 L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 6.31e-01 0.0608 0.126 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 7.63e-01 0.0373 0.124 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 4.91e-01 -0.0575 0.0833 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000214338 SOGA3 147227 sc-eQTL 6.49e-02 -0.205 0.11 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 9.21e-01 -0.0086 0.0863 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 8.64e-01 0.0177 0.103 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 7.80e-01 -0.0207 0.0741 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000214338 SOGA3 147227 sc-eQTL 5.97e-01 -0.0373 0.0705 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 8.20e-02 0.153 0.0874 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 4.02e-03 0.325 0.112 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 1.95e-02 0.195 0.083 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000214338 SOGA3 147227 sc-eQTL 7.51e-01 0.0275 0.0865 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 7.15e-01 -0.038 0.104 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 6.71e-01 0.0503 0.118 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 4.83e-01 0.0663 0.0944 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000214338 SOGA3 147227 sc-eQTL 3.20e-01 0.0973 0.0975 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 2.00e-02 -0.243 0.104 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 9.83e-01 -0.00259 0.124 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 2.30e-01 0.126 0.104 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 9.06e-01 0.0106 0.0897 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000227945 AL590006.1 -361468 sc-eQTL 6.01e-01 0.0467 0.089 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 3.71e-01 -0.0971 0.108 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 4.41e-01 0.0896 0.116 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 5.87e-01 -0.0463 0.0852 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 6.70e-01 -0.0309 0.0724 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000227945 AL590006.1 -361468 sc-eQTL 5.16e-01 -0.0718 0.11 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 2.89e-01 -0.119 0.112 0.167 CD8_TCM L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 6.01e-01 -0.0681 0.13 0.167 CD8_TCM L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 8.56e-01 0.0193 0.106 0.167 CD8_TCM L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 2.66e-01 0.126 0.113 0.167 CD8_TCM L2
ENSG00000227945 AL590006.1 -361468 sc-eQTL 6.71e-02 0.19 0.103 0.167 CD8_TCM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 8.25e-01 0.0271 0.122 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 2.61e-01 0.14 0.125 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 1.14e-01 0.155 0.0977 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 6.32e-01 0.0532 0.111 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000227945 AL590006.1 -361468 sc-eQTL 9.14e-01 -0.0102 0.0952 0.155 CD8_TEM L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 5.44e-01 0.0676 0.111 0.16 MAIT L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 8.27e-01 0.0259 0.118 0.16 MAIT L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 6.08e-01 0.0482 0.0939 0.16 MAIT L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 3.80e-01 -0.104 0.118 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 2.69e-01 -0.136 0.123 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 4.17e-01 0.0728 0.0896 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 9.10e-01 0.0107 0.0942 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 4.25e-01 0.0862 0.108 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 8.06e-01 0.0264 0.107 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 1.10e-01 0.192 0.12 0.167 NK_HLA L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 1.42e-01 0.182 0.123 0.167 NK_HLA L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 8.59e-01 0.0172 0.0967 0.167 NK_HLA L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 3.49e-01 0.0976 0.104 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 1.89e-01 0.141 0.107 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 2.56e-01 0.116 0.101 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 3.06e-01 -0.134 0.13 0.133 PB L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 8.84e-01 0.0257 0.175 0.133 PB L2
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 6.61e-01 0.0533 0.121 0.133 PB L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 8.57e-01 0.0168 0.0929 0.163 Pro_T L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 3.58e-01 0.104 0.113 0.163 Pro_T L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 8.34e-03 -0.207 0.0776 0.163 Pro_T L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 6.35e-01 -0.0527 0.111 0.16 Treg L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 4.44e-01 0.0923 0.12 0.16 Treg L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 5.41e-01 0.0723 0.118 0.16 Treg L2
ENSG00000214338 SOGA3 147227 sc-eQTL 5.83e-01 -0.0551 0.1 0.16 Treg L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 8.54e-01 0.0214 0.116 0.159 cDC L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 5.13e-02 0.248 0.126 0.159 cDC L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 4.11e-01 0.0648 0.0786 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 6.26e-01 -0.0454 0.093 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 4.93e-01 -0.0638 0.093 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 2.69e-01 0.112 0.101 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 8.48e-01 0.0245 0.128 0.173 gdT L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 7.06e-01 0.0489 0.129 0.173 gdT L2
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 2.37e-01 0.144 0.121 0.173 gdT L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 5.95e-01 0.0559 0.105 0.158 intMono L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 6.02e-01 -0.0578 0.111 0.158 intMono L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 8.05e-01 -0.0265 0.107 0.163 ncMono L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 5.46e-01 -0.0625 0.103 0.163 ncMono L2
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 5.78e-01 -0.0621 0.111 0.15 pDC L2
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 5.44e-01 0.0859 0.141 0.15 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 6.46e-01 0.0359 0.0781 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 1.09e-01 -0.179 0.111 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 8.35e-02 0.176 0.101 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 2.37e-01 -0.0731 0.0616 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 5.05e-01 0.0707 0.106 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000152894 PTPRK -854256 sc-eQTL 7.23e-02 0.139 0.0771 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 6.00e-01 0.0372 0.0709 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 5.65e-01 0.0486 0.0844 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 7.32e-01 0.0334 0.0976 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 4.57e-01 -0.0678 0.091 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000093144 ECHDC1 322809 sc-eQTL 2.01e-01 0.112 0.0875 0.162 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000118518 RNF146 399808 sc-eQTL 5.87e-02 0.188 0.099 0.162 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000172673 THEMIS -252213 sc-eQTL 1.64e-01 0.15 0.107 0.162 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000152894 PTPRK -854256 pQTL 0.0244 0.0664 0.0295 0.0 0.0 0.169
ENSG00000172673 THEMIS -252213 eQTL 0.00861 0.0507 0.0192 0.00192 0.0 0.173

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina