logo

Genes within 1Mb (chr12:97162018:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 4.64e-01 0.0465 0.0635 0.16 B L1
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 7.50e-01 -0.0267 0.084 0.16 B L1
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 9.91e-01 -0.00119 0.111 0.16 B L1
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 7.73e-01 0.0155 0.0535 0.16 CD4T L1
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 4.78e-01 -0.0566 0.0795 0.16 CD4T L1
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 9.36e-01 -0.00684 0.0857 0.16 CD4T L1
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 2.81e-01 0.0587 0.0543 0.16 CD8T L1
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 8.45e-01 0.0172 0.088 0.16 CD8T L1
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 3.47e-01 -0.0902 0.0956 0.16 CD8T L1
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 9.38e-01 0.00794 0.102 0.162 DC L1
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 9.27e-01 -0.0107 0.116 0.162 DC L1
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 8.46e-01 -0.0242 0.124 0.162 DC L1
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 6.51e-03 -0.221 0.0804 0.16 Mono L1
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 1.60e-01 0.11 0.0778 0.16 Mono L1
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 8.13e-03 -0.297 0.111 0.16 Mono L1
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 4.55e-01 0.0449 0.06 0.161 NK L1
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 3.27e-01 0.0949 0.0965 0.161 NK L1
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.16e-01 -0.051 0.101 0.161 NK L1
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 3.08e-01 -0.0523 0.0511 0.16 Other_T L1
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 7.25e-01 0.0294 0.0835 0.16 Other_T L1
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 2.69e-01 -0.131 0.118 0.16 Other_T L1
ENSG00000188596 CFAP54 672447 sc-eQTL 2.58e-01 -0.139 0.122 0.16 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 7.81e-02 0.199 0.112 0.163 B_Activated L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 1.26e-01 0.207 0.135 0.163 B_Activated L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 7.22e-01 -0.0476 0.134 0.163 B_Activated L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 5.26e-01 0.0632 0.0995 0.161 B_Intermediate L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 4.13e-02 0.221 0.108 0.161 B_Intermediate L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 7.13e-01 -0.0466 0.127 0.161 B_Intermediate L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 5.75e-01 0.0547 0.0975 0.159 B_Memory L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 5.39e-02 -0.213 0.11 0.159 B_Memory L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 9.35e-01 0.0106 0.13 0.159 B_Memory L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 1.79e-01 0.107 0.0796 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 7.19e-01 -0.0356 0.0989 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 7.38e-01 0.0413 0.123 0.16 B_Naive1 L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 1.18e-01 -0.158 0.101 0.159 B_Naive2 L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 1.81e-01 -0.151 0.113 0.159 B_Naive2 L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 4.08e-01 -0.111 0.133 0.159 B_Naive2 L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 4.01e-02 0.195 0.0942 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 4.07e-01 -0.113 0.136 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.73e-01 -0.0577 0.137 0.159 CD4_CTL L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 8.79e-01 -0.00898 0.0587 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 7.08e-01 0.0318 0.0849 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 2.59e-01 0.105 0.0926 0.16 CD4_Naive L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 5.06e-01 -0.0377 0.0566 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 4.54e-01 -0.0709 0.0945 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 3.24e-01 -0.105 0.106 0.16 CD4_TCM L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 1.16e-01 -0.109 0.0694 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 6.80e-01 -0.0413 0.1 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 4.05e-01 -0.104 0.124 0.16 CD4_TEM L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 7.49e-02 0.12 0.067 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 7.41e-01 0.0368 0.111 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.15e-01 -0.0577 0.114 0.16 CD8_CTL L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 7.03e-02 -0.148 0.0813 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 9.62e-01 -0.00492 0.104 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 2.60e-01 -0.125 0.111 0.16 CD8_Naive L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 5.90e-01 -0.0484 0.0899 0.16 CD8_TCM L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 4.03e-01 0.0935 0.112 0.16 CD8_TCM L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.56e-01 -0.0563 0.126 0.16 CD8_TCM L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 3.03e-01 0.115 0.112 0.162 CD8_TEM L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 1.06e-01 0.217 0.134 0.162 CD8_TEM L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 3.54e-01 -0.126 0.136 0.162 CD8_TEM L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 8.88e-01 0.0105 0.0739 0.16 MAIT L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 9.30e-01 0.00847 0.0958 0.16 MAIT L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.74e-01 0.0524 0.125 0.16 MAIT L2
ENSG00000188596 CFAP54 672447 sc-eQTL 6.91e-01 -0.0492 0.124 0.16 MAIT L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 8.13e-01 -0.0182 0.0766 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 9.73e-01 -0.00404 0.12 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 8.25e-01 -0.0282 0.127 0.162 NK_CD56bright L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 8.19e-01 -0.0149 0.0652 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 4.80e-01 0.0738 0.104 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.68e-01 -0.0492 0.114 0.162 NK_CD56dim L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 5.34e-01 -0.0636 0.102 0.164 NK_HLA L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 5.63e-01 -0.072 0.124 0.164 NK_HLA L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 5.04e-01 -0.082 0.122 0.164 NK_HLA L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 5.46e-01 0.0434 0.0717 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 4.35e-01 0.0907 0.116 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.79e-01 -0.0505 0.122 0.162 NK_cytokine L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 8.68e-01 0.0224 0.135 0.156 PB L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 5.97e-02 -0.286 0.15 0.156 PB L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 7.65e-01 0.0529 0.177 0.156 PB L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 8.09e-01 -0.0195 0.0803 0.161 Pro_T L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 2.81e-01 0.138 0.128 0.161 Pro_T L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 4.70e-02 -0.233 0.116 0.161 Pro_T L2
ENSG00000188596 CFAP54 672447 sc-eQTL 2.56e-01 -0.108 0.0948 0.161 Pro_T L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 7.96e-01 0.023 0.0887 0.16 Treg L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 7.17e-01 -0.037 0.102 0.16 Treg L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 9.11e-01 -0.0147 0.132 0.16 Treg L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 5.50e-01 0.0645 0.108 0.171 cDC L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 3.24e-01 0.125 0.127 0.171 cDC L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 8.74e-01 0.0206 0.129 0.171 cDC L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 1.35e-03 -0.3 0.0925 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 6.53e-01 0.0388 0.086 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 5.53e-02 -0.233 0.121 0.16 cMono_IL1B L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 7.50e-02 -0.191 0.107 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 9.14e-01 0.0106 0.098 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 9.35e-01 0.0106 0.131 0.16 cMono_S100A L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 9.94e-02 -0.165 0.0996 0.164 gdT L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 3.01e-01 0.144 0.139 0.164 gdT L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 2.35e-01 -0.176 0.148 0.164 gdT L2
ENSG00000188596 CFAP54 672447 sc-eQTL 5.22e-02 -0.251 0.128 0.164 gdT L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 7.59e-01 -0.0369 0.12 0.16 intMono L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 1.26e-02 0.275 0.109 0.16 intMono L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.73e-03 -0.331 0.121 0.16 intMono L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 7.60e-02 0.168 0.0944 0.165 ncMono L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 4.64e-01 0.0745 0.102 0.165 ncMono L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 3.97e-01 -0.0935 0.11 0.165 ncMono L2
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 3.71e-01 0.115 0.128 0.164 pDC L2
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 5.37e-01 -0.0916 0.148 0.164 pDC L2
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.68e-01 -0.0612 0.142 0.164 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 4.40e-01 0.0638 0.0826 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 8.89e-01 0.0137 0.0981 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 5.42e-01 -0.0761 0.125 0.16 B_Memory LOneK1K
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 8.23e-01 -0.0161 0.0717 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 3.58e-01 -0.0843 0.0915 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 8.14e-01 0.0287 0.122 0.16 B_Naive LOneK1K
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 3.62e-03 -0.248 0.0842 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 4.21e-01 0.0664 0.0824 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 1.92e-01 -0.163 0.124 0.16 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 5.55e-01 0.0514 0.087 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 3.25e-02 0.18 0.0835 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 1.68e-02 -0.266 0.11 0.159 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000059758 CDK17 761538 sc-eQTL 6.72e-01 0.0259 0.061 0.162 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 967643 sc-eQTL 3.88e-01 0.0838 0.0969 0.162 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 254795 sc-eQTL 6.86e-01 -0.042 0.104 0.162 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000188596 CFAP54 672443 eQTL 0.0333 0.0599 0.0281 0.0 0.0 0.133
ENSG00000258177 AC008149.1 938045 eQTL 0.0356 0.113 0.0539 0.0 0.0 0.133

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000258177 AC008149.1 938045 2.76e-07 1.27e-07 5.14e-08 1.81e-07 9.24e-08 9.9e-08 1.6e-07 5.66e-08 1.5e-07 6.08e-08 1.63e-07 1.05e-07 1.59e-07 7.13e-08 6.12e-08 7.23e-08 4.01e-08 1.4e-07 5.97e-08 4.31e-08 1.22e-07 1.25e-07 1.44e-07 2.93e-08 1.63e-07 1.22e-07 1.1e-07 9.74e-08 1.23e-07 1.07e-07 1.06e-07 3.64e-08 3.66e-08 8.72e-08 6.67e-08 3.04e-08 5.31e-08 9.36e-08 6.59e-08 3.76e-08 5.43e-08 1.4e-07 5.27e-08 2.1e-08 5.19e-08 1.84e-08 1.22e-07 3.83e-09 4.94e-08