logo

Genes within 1Mb (chr12:96390245:A:G):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 6.01e-01 -0.0345 0.0659 0.85 B L1
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 9.33e-01 0.00789 0.0933 0.85 B L1
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 3.15e-01 0.0824 0.0817 0.85 B L1
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.79e-02 -0.191 0.0862 0.85 B L1
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 6.71e-01 0.0457 0.108 0.85 B L1
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 6.48e-01 0.0362 0.0792 0.85 B L1
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 7.97e-01 0.0297 0.116 0.85 B L1
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 6.22e-01 -0.0265 0.0537 0.85 CD4T L1
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 4.87e-01 0.0522 0.0748 0.85 CD4T L1
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 7.36e-01 -0.0249 0.0737 0.85 CD4T L1
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 6.75e-01 -0.0335 0.0799 0.85 CD4T L1
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 2.53e-01 -0.13 0.114 0.85 CD4T L1
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 9.27e-01 0.00637 0.0698 0.85 CD4T L1
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 3.29e-01 -0.084 0.0858 0.85 CD4T L1
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 1.93e-02 -0.131 0.0555 0.85 CD8T L1
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 7.90e-01 -0.0242 0.0908 0.85 CD8T L1
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 4.38e-01 -0.0468 0.0603 0.85 CD8T L1
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 1.91e-01 -0.119 0.0905 0.85 CD8T L1
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 2.82e-01 -0.111 0.103 0.85 CD8T L1
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 3.75e-01 0.0661 0.0744 0.85 CD8T L1
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 7.78e-03 -0.262 0.0974 0.85 CD8T L1
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 5.98e-01 0.0535 0.101 0.851 DC L1
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 2.65e-01 0.129 0.115 0.851 DC L1
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 9.79e-01 0.00336 0.127 0.851 DC L1
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 5.32e-01 0.0591 0.0945 0.851 DC L1
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.39e-01 0.136 0.115 0.851 DC L1
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 1.49e-01 0.139 0.0958 0.851 DC L1
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 8.69e-01 0.0204 0.124 0.851 DC L1
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 5.43e-01 -0.0679 0.111 0.851 DC L1
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 3.53e-03 -0.236 0.08 0.85 Mono L1
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 7.00e-02 0.186 0.102 0.85 Mono L1
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 1.70e-01 0.122 0.0885 0.85 Mono L1
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 2.88e-01 0.123 0.116 0.85 Mono L1
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 3.51e-02 -0.164 0.0772 0.85 Mono L1
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 5.81e-01 -0.0407 0.0735 0.85 Mono L1
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 6.16e-01 -0.0566 0.113 0.85 Mono L1
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 9.01e-02 0.185 0.109 0.85 Mono L1
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 5.86e-02 -0.114 0.06 0.852 NK L1
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 2.99e-01 0.093 0.0893 0.852 NK L1
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 4.07e-02 -0.209 0.102 0.852 NK L1
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.71e-01 -0.107 0.0971 0.852 NK L1
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 8.40e-01 -0.0164 0.0808 0.852 NK L1
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 1.45e-01 -0.149 0.102 0.852 NK L1
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 1.40e-01 -0.0745 0.0503 0.85 Other_T L1
ENSG00000074527 NTN4 599093 sc-eQTL 4.64e-01 0.0684 0.0933 0.85 Other_T L1
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 6.65e-01 0.0418 0.0964 0.85 Other_T L1
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 6.63e-02 -0.193 0.105 0.85 Other_T L1
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 7.86e-01 -0.0224 0.0824 0.85 Other_T L1
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 7.28e-01 -0.0267 0.0766 0.85 Other_T L1
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 8.42e-01 -0.0232 0.117 0.85 Other_T L1
ENSG00000188596 CFAP54 -99326 sc-eQTL 2.64e-01 -0.135 0.12 0.85 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 8.96e-01 -0.0152 0.117 0.852 B_Activated L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 6.40e-01 0.0689 0.147 0.852 B_Activated L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 7.52e-01 0.0419 0.132 0.852 B_Activated L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.64e-01 -0.156 0.14 0.852 B_Activated L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 3.65e-01 -0.0975 0.107 0.852 B_Activated L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 1.37e-01 -0.196 0.131 0.852 B_Activated L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 5.09e-01 0.0913 0.138 0.852 B_Activated L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 4.09e-01 -0.0836 0.101 0.85 B_Intermediate L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 7.05e-01 -0.0441 0.116 0.85 B_Intermediate L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 8.85e-01 0.0142 0.0981 0.85 B_Intermediate L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 7.82e-01 -0.0307 0.111 0.85 B_Intermediate L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 9.25e-01 -0.0123 0.13 0.85 B_Intermediate L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 7.01e-01 0.0423 0.11 0.85 B_Intermediate L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 9.69e-01 0.0051 0.129 0.85 B_Intermediate L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 6.99e-01 0.037 0.0954 0.849 B_Memory L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 5.43e-01 0.0755 0.124 0.849 B_Memory L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 3.46e-01 0.104 0.11 0.849 B_Memory L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 9.70e-01 -0.00412 0.108 0.849 B_Memory L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 2.68e-01 -0.132 0.118 0.849 B_Memory L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 9.63e-01 0.00529 0.115 0.849 B_Memory L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 1.81e-02 -0.298 0.125 0.849 B_Memory L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 5.55e-01 -0.0479 0.081 0.85 B_Naive1 L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 8.44e-01 0.0206 0.105 0.85 B_Naive1 L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 1.41e-01 0.125 0.0845 0.85 B_Naive1 L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 1.66e-01 -0.139 0.0999 0.85 B_Naive1 L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 4.97e-01 -0.0858 0.126 0.85 B_Naive1 L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 2.42e-01 0.114 0.0973 0.85 B_Naive1 L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 7.91e-01 0.0332 0.125 0.85 B_Naive1 L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 5.56e-01 -0.0597 0.101 0.85 B_Naive2 L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 5.50e-01 -0.0732 0.122 0.85 B_Naive2 L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 9.22e-01 -0.00941 0.096 0.85 B_Naive2 L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.50e-01 -0.13 0.113 0.85 B_Naive2 L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 3.97e-01 -0.104 0.122 0.85 B_Naive2 L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 4.40e-01 0.0868 0.112 0.85 B_Naive2 L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 4.02e-01 0.112 0.133 0.85 B_Naive2 L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 2.48e-01 -0.108 0.0934 0.848 CD4_CTL L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 4.04e-01 -0.112 0.134 0.848 CD4_CTL L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 1.03e-02 -0.337 0.13 0.848 CD4_CTL L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 9.11e-01 0.015 0.134 0.848 CD4_CTL L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 4.96e-01 0.0727 0.107 0.848 CD4_CTL L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 6.06e-01 -0.06 0.116 0.848 CD4_CTL L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 6.54e-01 0.0603 0.134 0.848 CD4_CTL L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 9.29e-01 0.00531 0.0593 0.85 CD4_Naive L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 4.58e-01 0.0635 0.0854 0.85 CD4_Naive L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 9.81e-01 0.002 0.0858 0.85 CD4_Naive L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 4.72e-01 -0.0617 0.0857 0.85 CD4_Naive L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 5.42e-01 -0.0733 0.12 0.85 CD4_Naive L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 5.14e-01 0.0497 0.0762 0.85 CD4_Naive L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 1.32e-01 -0.141 0.0934 0.85 CD4_Naive L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 1.58e-01 -0.0814 0.0574 0.85 CD4_TCM L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 7.00e-01 -0.0379 0.0982 0.85 CD4_TCM L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 4.42e-01 -0.0752 0.0977 0.85 CD4_TCM L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 1.30e-01 -0.146 0.0957 0.85 CD4_TCM L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 5.29e-01 -0.0838 0.133 0.85 CD4_TCM L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 9.77e-01 -0.00225 0.079 0.85 CD4_TCM L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 3.79e-01 0.095 0.108 0.85 CD4_TCM L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 5.94e-01 -0.0379 0.071 0.85 CD4_TEM L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 3.29e-01 -0.116 0.119 0.85 CD4_TEM L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 3.45e-01 -0.104 0.11 0.85 CD4_TEM L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 7.57e-01 -0.0316 0.102 0.85 CD4_TEM L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 8.74e-01 -0.0198 0.125 0.85 CD4_TEM L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 5.39e-01 -0.0657 0.107 0.85 CD4_TEM L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 1.70e-01 -0.173 0.126 0.85 CD4_TEM L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 3.43e-03 -0.198 0.0669 0.85 CD8_CTL L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 5.38e-01 -0.0726 0.118 0.85 CD8_CTL L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 2.34e-01 -0.147 0.123 0.85 CD8_CTL L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.12e-01 -0.14 0.112 0.85 CD8_CTL L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 4.64e-01 0.0916 0.125 0.85 CD8_CTL L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 9.56e-01 -0.00572 0.103 0.85 CD8_CTL L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 7.74e-01 0.0332 0.116 0.85 CD8_CTL L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 2.57e-01 -0.0939 0.0825 0.85 CD8_Naive L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 3.15e-01 0.11 0.11 0.85 CD8_Naive L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 6.33e-01 0.0474 0.0991 0.85 CD8_Naive L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 6.54e-01 -0.0471 0.105 0.85 CD8_Naive L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 7.87e-01 -0.0298 0.11 0.85 CD8_Naive L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 6.69e-01 0.0403 0.0943 0.85 CD8_Naive L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 8.07e-03 -0.295 0.11 0.85 CD8_Naive L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 6.55e-01 0.0401 0.0895 0.845 CD8_TCM L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 4.53e-01 -0.1 0.133 0.845 CD8_TCM L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 5.31e-01 0.0824 0.131 0.845 CD8_TCM L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 4.54e-01 0.0835 0.111 0.845 CD8_TCM L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 2.72e-01 0.133 0.12 0.845 CD8_TCM L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 5.45e-01 -0.0778 0.128 0.845 CD8_TCM L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 2.57e-04 -0.452 0.121 0.845 CD8_TCM L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 4.55e-01 -0.0835 0.112 0.854 CD8_TEM L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 5.62e-01 -0.0763 0.131 0.854 CD8_TEM L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 9.72e-01 0.00479 0.137 0.854 CD8_TEM L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 1.70e-01 -0.185 0.134 0.854 CD8_TEM L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 9.22e-01 0.0112 0.115 0.854 CD8_TEM L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 8.96e-01 0.0164 0.125 0.854 CD8_TEM L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 2.58e-01 -0.153 0.135 0.854 CD8_TEM L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 6.17e-03 -0.202 0.073 0.853 MAIT L2
ENSG00000074527 NTN4 599093 sc-eQTL 2.84e-01 0.107 0.1 0.853 MAIT L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 5.90e-01 0.0681 0.126 0.853 MAIT L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 1.47e-01 -0.166 0.114 0.853 MAIT L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 5.56e-01 -0.0568 0.0963 0.853 MAIT L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 4.57e-01 -0.0831 0.112 0.853 MAIT L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 1.82e-01 -0.167 0.125 0.853 MAIT L2
ENSG00000188596 CFAP54 -99326 sc-eQTL 6.81e-01 -0.0512 0.124 0.853 MAIT L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 1.71e-01 -0.105 0.0767 0.847 NK_CD56bright L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 7.84e-02 0.228 0.129 0.847 NK_CD56bright L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 5.70e-01 -0.0648 0.114 0.847 NK_CD56bright L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 4.53e-01 0.0909 0.121 0.847 NK_CD56bright L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 4.57e-01 0.0942 0.126 0.847 NK_CD56bright L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 3.97e-01 -0.108 0.127 0.847 NK_CD56bright L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 3.00e-01 -0.0672 0.0647 0.851 NK_CD56dim L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 4.98e-01 0.0771 0.113 0.851 NK_CD56dim L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 6.29e-02 -0.217 0.116 0.851 NK_CD56dim L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 3.65e-01 -0.0939 0.103 0.851 NK_CD56dim L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 5.94e-01 -0.0526 0.0986 0.851 NK_CD56dim L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 7.10e-01 -0.0423 0.114 0.851 NK_CD56dim L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 5.44e-02 -0.192 0.0994 0.845 NK_HLA L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 7.74e-02 0.223 0.125 0.845 NK_HLA L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 1.41e-02 -0.321 0.129 0.845 NK_HLA L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 6.45e-01 -0.0563 0.122 0.845 NK_HLA L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 3.17e-01 0.127 0.127 0.845 NK_HLA L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 6.35e-01 -0.0572 0.12 0.845 NK_HLA L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 8.31e-02 -0.123 0.0709 0.851 NK_cytokine L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 9.30e-01 0.0104 0.119 0.851 NK_cytokine L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 2.15e-02 -0.276 0.119 0.851 NK_cytokine L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 4.88e-01 -0.0803 0.115 0.851 NK_cytokine L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 6.32e-01 0.0469 0.0978 0.851 NK_cytokine L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 1.24e-01 -0.186 0.12 0.851 NK_cytokine L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 8.35e-01 0.0288 0.138 0.852 PB L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 6.73e-01 0.0682 0.161 0.852 PB L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 6.33e-01 -0.0582 0.122 0.852 PB L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.10e-01 -0.195 0.155 0.852 PB L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 1.58e-01 0.204 0.143 0.852 PB L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 5.75e-01 -0.0855 0.152 0.852 PB L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 3.06e-01 0.185 0.18 0.852 PB L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 8.23e-01 0.0177 0.0793 0.848 Pro_T L2
ENSG00000074527 NTN4 599093 sc-eQTL 3.34e-01 0.086 0.0888 0.848 Pro_T L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 3.73e-01 -0.0936 0.105 0.848 Pro_T L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 5.00e-02 -0.204 0.104 0.848 Pro_T L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 7.69e-01 0.0373 0.127 0.848 Pro_T L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 9.67e-01 0.0033 0.0798 0.848 Pro_T L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 9.95e-01 -0.000672 0.116 0.848 Pro_T L2
ENSG00000188596 CFAP54 -99326 sc-eQTL 9.67e-01 0.0039 0.0938 0.848 Pro_T L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 2.15e-01 -0.112 0.0902 0.85 Treg L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 3.42e-02 0.26 0.122 0.85 Treg L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 9.16e-01 -0.012 0.115 0.85 Treg L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 7.72e-01 -0.0302 0.104 0.85 Treg L2
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 7.03e-01 0.0446 0.117 0.85 Treg L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 4.23e-01 -0.0965 0.12 0.85 Treg L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 6.34e-01 -0.0641 0.134 0.85 Treg L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 4.84e-01 -0.0749 0.107 0.846 cDC L2
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 6.53e-01 -0.05 0.111 0.846 cDC L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 8.17e-01 -0.0311 0.134 0.846 cDC L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 1.36e-01 0.142 0.0946 0.846 cDC L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 1.54e-01 0.179 0.125 0.846 cDC L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 8.97e-01 0.0137 0.105 0.846 cDC L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 3.46e-02 -0.27 0.127 0.846 cDC L2
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 9.11e-01 -0.0121 0.108 0.846 cDC L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 1.25e-03 -0.301 0.0919 0.85 cMono_IL1B L2
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 1.27e-01 0.157 0.102 0.85 cMono_IL1B L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 8.58e-01 0.0191 0.107 0.85 cMono_IL1B L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 3.29e-01 0.108 0.111 0.85 cMono_IL1B L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 1.55e-01 -0.122 0.0851 0.85 cMono_IL1B L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 2.38e-01 0.104 0.088 0.85 cMono_IL1B L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 7.06e-01 -0.046 0.121 0.85 cMono_IL1B L2
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 2.08e-02 0.261 0.112 0.85 cMono_IL1B L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 2.39e-01 -0.125 0.106 0.85 cMono_S100A L2
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 2.61e-01 0.134 0.119 0.85 cMono_S100A L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 1.51e-01 0.173 0.12 0.85 cMono_S100A L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 3.23e-01 0.118 0.119 0.85 cMono_S100A L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 5.88e-02 -0.183 0.0963 0.85 cMono_S100A L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 3.17e-01 -0.096 0.0957 0.85 cMono_S100A L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 6.63e-01 -0.0566 0.129 0.85 cMono_S100A L2
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 1.57e-01 0.172 0.121 0.85 cMono_S100A L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 3.62e-01 -0.0943 0.103 0.842 gdT L2
ENSG00000074527 NTN4 599093 sc-eQTL 8.10e-01 -0.0286 0.119 0.842 gdT L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 8.43e-01 0.0294 0.149 0.842 gdT L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 9.22e-01 -0.0152 0.155 0.842 gdT L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 7.58e-01 -0.0443 0.143 0.842 gdT L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 9.60e-01 0.00689 0.138 0.842 gdT L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 9.38e-01 0.0119 0.153 0.842 gdT L2
ENSG00000188596 CFAP54 -99326 sc-eQTL 2.50e-01 0.154 0.133 0.842 gdT L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 4.50e-01 -0.0913 0.121 0.851 intMono L2
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 6.40e-01 -0.0572 0.122 0.851 intMono L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 1.47e-01 0.2 0.138 0.851 intMono L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 5.94e-01 0.0668 0.125 0.851 intMono L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.26e-01 -0.135 0.111 0.851 intMono L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 7.82e-01 0.0331 0.119 0.851 intMono L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 9.21e-01 -0.0123 0.124 0.851 intMono L2
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 1.86e-01 0.165 0.124 0.851 intMono L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 6.23e-01 -0.0465 0.0946 0.848 ncMono L2
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 1.14e-01 0.167 0.105 0.848 ncMono L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 3.18e-01 0.128 0.127 0.848 ncMono L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 1.12e-01 0.187 0.117 0.848 ncMono L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 1.11e-01 -0.161 0.101 0.848 ncMono L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 2.20e-01 -0.127 0.103 0.848 ncMono L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 7.30e-01 -0.0379 0.11 0.848 ncMono L2
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 1.89e-01 0.165 0.125 0.848 ncMono L2
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 5.78e-01 0.0685 0.123 0.833 pDC L2
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 8.67e-03 0.27 0.102 0.833 pDC L2
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 4.27e-01 0.112 0.14 0.833 pDC L2
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 7.82e-01 -0.0322 0.116 0.833 pDC L2
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 8.17e-01 -0.0331 0.142 0.833 pDC L2
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 3.91e-01 0.107 0.124 0.833 pDC L2
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 1.70e-02 0.325 0.135 0.833 pDC L2
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 3.48e-01 0.11 0.117 0.833 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 7.11e-01 -0.0315 0.0847 0.85 B_Memory LOneK1K
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 7.52e-01 0.0372 0.118 0.85 B_Memory LOneK1K
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 1.99e-01 0.113 0.0877 0.85 B_Memory LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 5.03e-01 -0.0675 0.1 0.85 B_Memory LOneK1K
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 9.86e-01 -0.00224 0.125 0.85 B_Memory LOneK1K
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 5.41e-01 0.0596 0.0974 0.85 B_Memory LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 1.03e-01 -0.208 0.127 0.85 B_Memory LOneK1K
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 2.96e-01 -0.076 0.0726 0.85 B_Naive LOneK1K
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 5.01e-01 -0.0663 0.0984 0.85 B_Naive LOneK1K
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 1.35e-01 0.122 0.0813 0.85 B_Naive LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 3.69e-02 -0.193 0.092 0.85 B_Naive LOneK1K
ENSG00000136014 USP44 838769 sc-eQTL 9.42e-01 0.00825 0.114 0.85 B_Naive LOneK1K
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 5.99e-01 0.0493 0.0936 0.85 B_Naive LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 2.46e-01 0.144 0.124 0.85 B_Naive LOneK1K
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 3.63e-03 -0.245 0.0834 0.85 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 1.48e-01 0.149 0.103 0.85 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 3.32e-01 0.0943 0.0969 0.85 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 2.68e-01 0.125 0.113 0.85 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.37e-02 -0.184 0.0808 0.85 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 9.87e-01 -0.0013 0.0789 0.85 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 5.69e-01 -0.0704 0.124 0.85 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 4.93e-02 0.225 0.114 0.85 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 3.15e-01 -0.0884 0.0878 0.853 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000084110 HAL 393880 sc-eQTL 1.69e-01 0.143 0.104 0.853 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 9.38e-02 0.197 0.117 0.853 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 7.97e-02 0.202 0.115 0.853 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 8.76e-02 -0.145 0.0848 0.853 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 9.88e-01 -0.00136 0.088 0.853 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 8.79e-01 -0.0173 0.113 0.853 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000257715 AC007298.1 364922 sc-eQTL 4.05e-01 0.0996 0.119 0.853 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000059758 CDK17 -10235 sc-eQTL 5.75e-02 -0.116 0.0607 0.851 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000111142 METAP2 916725 sc-eQTL 3.62e-01 0.0849 0.093 0.851 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000111144 LTA4H 346725 sc-eQTL 1.69e-02 -0.253 0.105 0.851 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000111145 ELK3 195870 sc-eQTL 2.10e-01 -0.122 0.0971 0.851 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000139343 SNRPF 531317 sc-eQTL 8.34e-01 -0.0175 0.0834 0.851 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000139350 NEDD1 -516978 sc-eQTL 2.70e-01 -0.115 0.104 0.851 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000111145 ELK3 195870 eQTL 0.00211 -0.0774 0.0251 0.0 0.0 0.125
ENSG00000188596 CFAP54 -99330 eQTL 0.0451 -0.0586 0.0292 0.0 0.0 0.125

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000188596 CFAP54 -99330 7.22e-06 9.3e-06 7.62e-07 4.31e-06 1.89e-06 3.11e-06 9.36e-06 1.17e-06 5.22e-06 3.75e-06 8.8e-06 3.89e-06 1.12e-05 3.42e-06 1.57e-06 4.67e-06 3.71e-06 3.79e-06 1.93e-06 2.16e-06 3.12e-06 7.57e-06 5.66e-06 1.89e-06 1.05e-05 2.19e-06 3.93e-06 2.27e-06 6.69e-06 7.66e-06 3.97e-06 5.23e-07 7.87e-07 2.18e-06 3.13e-06 1.32e-06 1.2e-06 1.06e-06 9.07e-07 7.17e-07 7.54e-07 8.54e-06 8.79e-07 1.56e-07 7.7e-07 9.77e-07 1.02e-06 7.05e-07 5.44e-07