logo

Genes within 1Mb (chr1:74480689:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 1.33e-01 0.113 0.0747 0.188 B L1
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 6.28e-01 0.0512 0.106 0.188 B L1
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 9.69e-01 0.0042 0.108 0.188 B L1
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 7.91e-01 0.0208 0.0783 0.188 CD4T L1
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 1.09e-01 0.149 0.0929 0.188 CD4T L1
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 7.83e-03 0.245 0.0914 0.188 CD4T L1
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 6.47e-01 0.0372 0.0809 0.188 CD8T L1
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 9.57e-01 0.00538 0.0995 0.188 CD8T L1
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 3.45e-02 0.231 0.108 0.188 CD8T L1
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 7.71e-01 -0.0324 0.111 0.191 DC L1
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 3.67e-01 -0.0992 0.11 0.191 DC L1
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 8.92e-01 0.0153 0.113 0.191 DC L1
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 3.44e-01 0.117 0.124 0.188 Mono L1
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 5.14e-01 0.0732 0.112 0.188 Mono L1
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 2.59e-01 0.107 0.095 0.188 Mono L1
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 4.86e-01 0.0594 0.0852 0.189 NK L1
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 4.17e-01 0.0826 0.102 0.189 NK L1
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 3.90e-01 0.0881 0.102 0.189 NK L1
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 6.08e-01 0.054 0.105 0.188 Other_T L1
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 2.26e-01 -0.113 0.0934 0.188 Other_T L1
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 6.21e-01 -0.0568 0.115 0.188 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 9.58e-01 -0.00656 0.123 0.186 B_Activated L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 3.88e-02 0.268 0.129 0.186 B_Activated L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 2.99e-01 0.122 0.118 0.186 B_Activated L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 8.85e-01 -0.0133 0.0917 0.189 B_Intermediate L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 8.84e-01 0.0177 0.121 0.189 B_Intermediate L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 8.81e-01 0.0169 0.113 0.189 B_Intermediate L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 3.22e-01 -0.0988 0.0996 0.188 B_Memory L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 1.47e-01 -0.172 0.118 0.188 B_Memory L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 6.74e-01 0.0504 0.12 0.188 B_Memory L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 7.78e-02 0.174 0.0981 0.188 B_Naive1 L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 4.57e-01 0.09 0.121 0.188 B_Naive1 L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 4.89e-01 -0.0782 0.113 0.188 B_Naive1 L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 2.47e-01 0.115 0.0992 0.189 B_Naive2 L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 9.99e-01 0.000193 0.119 0.189 B_Naive2 L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 8.74e-01 -0.0182 0.115 0.189 B_Naive2 L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 7.40e-01 0.0397 0.119 0.18 CD4_CTL L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 8.72e-02 0.215 0.125 0.18 CD4_CTL L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 5.64e-01 -0.0632 0.109 0.18 CD4_CTL L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 7.50e-01 0.028 0.0877 0.188 CD4_Naive L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 4.42e-02 0.211 0.104 0.188 CD4_Naive L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 1.80e-02 0.241 0.101 0.188 CD4_Naive L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 9.87e-01 -0.00147 0.0888 0.188 CD4_TCM L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 9.33e-01 -0.00949 0.112 0.188 CD4_TCM L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 3.34e-02 0.241 0.112 0.188 CD4_TCM L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 3.72e-01 0.0931 0.104 0.188 CD4_TEM L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 2.65e-01 0.134 0.12 0.188 CD4_TEM L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 8.51e-01 -0.0214 0.114 0.188 CD4_TEM L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 9.76e-01 0.00284 0.0956 0.188 CD8_CTL L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 3.45e-01 -0.11 0.117 0.188 CD8_CTL L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 6.11e-01 -0.0564 0.111 0.188 CD8_CTL L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 4.79e-02 0.188 0.0943 0.188 CD8_Naive L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 1.82e-01 -0.143 0.107 0.188 CD8_Naive L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 2.06e-02 0.259 0.111 0.188 CD8_Naive L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 4.76e-01 -0.0788 0.11 0.185 CD8_TCM L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 7.61e-01 0.0389 0.128 0.185 CD8_TCM L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 8.33e-01 -0.0243 0.115 0.185 CD8_TCM L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 8.69e-01 -0.0194 0.117 0.189 CD8_TEM L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 3.37e-01 0.115 0.12 0.189 CD8_TEM L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 3.96e-02 0.222 0.107 0.189 CD8_TEM L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 6.00e-01 0.0554 0.105 0.184 MAIT L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 4.12e-01 -0.103 0.125 0.184 MAIT L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 1.54e-01 -0.153 0.107 0.184 MAIT L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 4.85e-01 -0.0814 0.117 0.189 NK_CD56bright L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 4.30e-01 -0.099 0.125 0.189 NK_CD56bright L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 7.02e-01 0.0421 0.11 0.189 NK_CD56bright L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 1.99e-01 0.125 0.0971 0.188 NK_CD56dim L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 1.63e-01 0.153 0.11 0.188 NK_CD56dim L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 3.04e-01 0.117 0.113 0.188 NK_CD56dim L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 9.76e-01 -0.00359 0.118 0.189 NK_HLA L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 2.03e-01 0.155 0.121 0.189 NK_HLA L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 6.77e-01 -0.0493 0.118 0.189 NK_HLA L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 5.32e-01 0.063 0.101 0.188 NK_cytokine L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 9.71e-01 -0.00401 0.11 0.188 NK_cytokine L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 4.91e-01 0.0743 0.108 0.188 NK_cytokine L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 3.54e-01 0.136 0.146 0.204 PB L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 1.51e-01 -0.202 0.14 0.204 PB L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 4.65e-01 0.102 0.139 0.204 PB L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 2.53e-01 0.138 0.12 0.187 Pro_T L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 4.87e-01 -0.0657 0.0944 0.187 Pro_T L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 4.96e-01 -0.0735 0.108 0.187 Pro_T L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 8.95e-02 -0.189 0.111 0.188 Treg L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 8.28e-01 0.0246 0.113 0.188 Treg L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 4.14e-01 0.0903 0.11 0.188 Treg L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 3.00e-01 0.121 0.117 0.195 cDC L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 7.77e-01 -0.0334 0.118 0.195 cDC L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 4.83e-01 -0.0848 0.121 0.195 cDC L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 5.36e-01 0.0756 0.122 0.188 cMono_IL1B L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 4.16e-01 0.0947 0.116 0.188 cMono_IL1B L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 6.73e-02 0.201 0.109 0.188 cMono_IL1B L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 8.56e-01 -0.0217 0.119 0.188 cMono_S100A L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 8.07e-01 0.0297 0.122 0.188 cMono_S100A L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 4.08e-01 -0.09 0.109 0.188 cMono_S100A L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 2.41e-01 0.155 0.132 0.182 gdT L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 6.41e-01 0.0666 0.142 0.182 gdT L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 4.41e-01 0.104 0.134 0.182 gdT L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 9.84e-01 -0.00222 0.114 0.191 intMono L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 5.60e-01 0.072 0.123 0.191 intMono L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 1.78e-01 0.155 0.114 0.191 intMono L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 8.11e-01 0.0271 0.113 0.19 ncMono L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 9.64e-01 -0.00563 0.126 0.19 ncMono L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 3.78e-01 0.0955 0.108 0.19 ncMono L2
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 8.24e-02 -0.218 0.125 0.186 pDC L2
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 7.72e-01 0.0361 0.124 0.186 pDC L2
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 7.07e-01 0.0434 0.115 0.186 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 8.22e-01 -0.0188 0.0831 0.188 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 8.82e-01 0.0178 0.12 0.188 B_Memory LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 2.19e-01 0.143 0.116 0.188 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 8.97e-02 0.151 0.0886 0.188 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 6.80e-01 0.0483 0.117 0.188 B_Naive LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 4.57e-01 -0.084 0.113 0.188 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 5.91e-01 0.0668 0.124 0.188 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 4.69e-01 0.0819 0.113 0.188 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 5.93e-01 0.0548 0.102 0.188 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 5.56e-01 0.0699 0.118 0.19 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 4.77e-01 -0.0858 0.12 0.19 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 8.31e-02 0.192 0.11 0.19 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116791 CRYZ -252719 sc-eQTL 3.35e-01 0.0848 0.0878 0.188 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -252463 sc-eQTL 2.76e-01 0.113 0.103 0.188 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 282477 sc-eQTL 3.73e-01 0.097 0.109 0.188 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000162620 LRRIQ3 282502 eQTL 0.00367 0.146 0.0503 0.0 0.0 0.163
ENSG00000254685 FPGT 282477 eQTL 1.03e-05 0.11 0.0249 0.0 0.0 0.163

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000254685 FPGT 282477 1.3e-06 2.24e-06 3.17e-07 1.42e-06 4.41e-07 7.28e-07 1.32e-06 4.27e-07 1.71e-06 6.9e-07 2e-06 1.25e-06 2.7e-06 5.86e-07 4.26e-07 1.01e-06 1.12e-06 1.06e-06 6.7e-07 5.88e-07 7.33e-07 1.93e-06 1.03e-06 5.81e-07 2.49e-06 7.58e-07 1.01e-06 8.87e-07 1.62e-06 1.62e-06 8.49e-07 2.65e-07 3e-07 5.83e-07 7.04e-07 6.2e-07 8.44e-07 4.58e-07 4.82e-07 2.31e-07 2.67e-07 1.68e-06 6.36e-07 1.81e-07 3.14e-07 2.82e-07 4.15e-07 2e-07 1.91e-07