logo

Genes within 1Mb (chr1:74350182:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 5.73e-01 -0.0505 0.0894 0.1 B L1
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 4.60e-01 -0.093 0.126 0.1 B L1
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 9.73e-01 0.00438 0.129 0.1 B L1
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 5.25e-01 0.0596 0.0935 0.1 CD4T L1
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 5.44e-02 0.214 0.111 0.1 CD4T L1
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 2.03e-01 0.141 0.111 0.1 CD4T L1
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 6.83e-01 -0.0397 0.0973 0.1 CD8T L1
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 5.95e-01 -0.0636 0.12 0.1 CD8T L1
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 7.83e-01 0.0364 0.132 0.1 CD8T L1
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 8.28e-01 -0.0303 0.139 0.099 DC L1
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 4.63e-02 -0.274 0.136 0.099 DC L1
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 5.93e-01 -0.0756 0.141 0.099 DC L1
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 8.95e-01 -0.019 0.144 0.1 Mono L1
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 4.47e-01 -0.0992 0.13 0.1 Mono L1
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 6.21e-02 0.206 0.11 0.1 Mono L1
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 2.73e-01 0.112 0.102 0.101 NK L1
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 6.37e-02 -0.226 0.121 0.101 NK L1
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 8.31e-01 -0.0264 0.123 0.101 NK L1
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 7.94e-01 0.0326 0.125 0.1 Other_T L1
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 9.32e-01 0.00956 0.111 0.1 Other_T L1
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 7.71e-02 -0.24 0.135 0.1 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 5.93e-01 -0.0778 0.145 0.099 B_Activated L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 5.90e-01 -0.083 0.154 0.099 B_Activated L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 9.82e-01 0.00307 0.139 0.099 B_Activated L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 7.58e-01 -0.0334 0.108 0.101 B_Intermediate L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 8.87e-01 -0.0204 0.143 0.101 B_Intermediate L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 7.23e-01 0.0474 0.134 0.101 B_Intermediate L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 9.52e-01 -0.00708 0.117 0.101 B_Memory L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 3.82e-01 -0.121 0.138 0.101 B_Memory L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 9.66e-01 -0.00596 0.14 0.101 B_Memory L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 1.13e-01 -0.186 0.117 0.1 B_Naive1 L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 7.21e-01 0.0516 0.144 0.1 B_Naive1 L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 7.52e-01 -0.0426 0.135 0.1 B_Naive1 L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 9.48e-01 -0.00767 0.118 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 1.43e-01 -0.206 0.14 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 4.35e-01 -0.106 0.135 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 9.52e-01 0.0084 0.139 0.102 CD4_CTL L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 4.66e-01 0.107 0.147 0.102 CD4_CTL L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 2.21e-01 0.156 0.127 0.102 CD4_CTL L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 5.94e-01 -0.0559 0.105 0.1 CD4_Naive L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 3.02e-03 0.37 0.123 0.1 CD4_Naive L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 1.16e-01 0.192 0.122 0.1 CD4_Naive L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 2.50e-01 0.121 0.104 0.1 CD4_TCM L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 3.21e-01 -0.131 0.132 0.1 CD4_TCM L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 9.57e-01 -0.0072 0.134 0.1 CD4_TCM L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 1.68e-01 0.172 0.124 0.1 CD4_TEM L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 6.66e-02 0.263 0.143 0.1 CD4_TEM L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 5.98e-01 -0.0717 0.136 0.1 CD4_TEM L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 4.77e-01 -0.082 0.115 0.1 CD8_CTL L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 4.20e-01 0.114 0.141 0.1 CD8_CTL L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 3.43e-01 0.127 0.133 0.1 CD8_CTL L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 5.27e-01 0.0723 0.114 0.1 CD8_Naive L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 2.19e-01 -0.158 0.128 0.1 CD8_Naive L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 9.13e-01 -0.0148 0.135 0.1 CD8_Naive L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 3.61e-01 0.121 0.132 0.095 CD8_TCM L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 7.91e-01 0.0405 0.153 0.095 CD8_TCM L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 1.32e-01 0.207 0.137 0.095 CD8_TCM L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 8.57e-01 -0.0251 0.139 0.1 CD8_TEM L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 8.82e-01 0.0211 0.142 0.1 CD8_TEM L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 4.44e-02 0.258 0.127 0.1 CD8_TEM L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 3.24e-01 0.125 0.126 0.097 MAIT L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 8.30e-01 -0.0323 0.15 0.097 MAIT L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 2.10e-02 -0.296 0.127 0.097 MAIT L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 7.51e-01 0.0449 0.141 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 4.97e-01 -0.103 0.152 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 1.92e-01 -0.174 0.132 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 3.40e-02 0.247 0.116 0.101 NK_CD56dim L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 8.38e-01 0.0271 0.132 0.101 NK_CD56dim L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 6.84e-01 0.0555 0.136 0.101 NK_CD56dim L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 7.90e-01 -0.0374 0.14 0.105 NK_HLA L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 9.51e-01 -0.00888 0.145 0.105 NK_HLA L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 9.27e-01 0.0129 0.14 0.105 NK_HLA L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 9.50e-01 0.00754 0.12 0.101 NK_cytokine L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 6.68e-02 -0.24 0.13 0.101 NK_cytokine L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 8.62e-01 0.0224 0.129 0.101 NK_cytokine L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 5.37e-01 0.102 0.166 0.111 PB L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 9.84e-01 0.00315 0.16 0.111 PB L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 9.35e-01 0.0129 0.158 0.111 PB L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 1.61e-01 0.203 0.145 0.098 Pro_T L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 1.15e-01 -0.179 0.113 0.098 Pro_T L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 6.41e-01 -0.0608 0.13 0.098 Pro_T L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 1.39e-01 -0.196 0.132 0.1 Treg L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 7.89e-01 -0.036 0.135 0.1 Treg L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 3.07e-01 0.135 0.131 0.1 Treg L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 4.21e-01 -0.115 0.142 0.105 cDC L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 1.41e-01 -0.21 0.142 0.105 cDC L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 6.45e-01 0.0676 0.147 0.105 cDC L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 9.79e-01 0.004 0.148 0.1 cMono_IL1B L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 9.13e-01 -0.0155 0.142 0.1 cMono_IL1B L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 4.79e-02 0.264 0.133 0.1 cMono_IL1B L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 8.77e-01 0.0226 0.146 0.1 cMono_S100A L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 5.82e-01 0.0818 0.148 0.1 cMono_S100A L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 2.11e-01 0.166 0.132 0.1 cMono_S100A L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 8.32e-01 -0.0341 0.16 0.097 gdT L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 5.90e-01 0.0929 0.172 0.097 gdT L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 2.47e-01 0.188 0.162 0.097 gdT L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 2.65e-01 -0.154 0.138 0.1 intMono L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 5.21e-01 0.0968 0.15 0.1 intMono L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 2.03e-01 0.178 0.139 0.1 intMono L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 4.54e-01 0.102 0.136 0.1 ncMono L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 3.12e-02 -0.326 0.15 0.1 ncMono L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 6.30e-01 0.0628 0.13 0.1 ncMono L2
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 3.99e-01 -0.13 0.153 0.099 pDC L2
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 7.30e-01 -0.0523 0.151 0.099 pDC L2
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 3.82e-02 -0.29 0.139 0.099 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 9.68e-01 -0.00393 0.0992 0.1 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 4.77e-01 -0.102 0.143 0.1 B_Memory LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 6.48e-01 0.0636 0.139 0.1 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 1.99e-01 -0.136 0.106 0.1 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 4.20e-01 -0.113 0.139 0.1 B_Naive LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 5.20e-01 -0.0866 0.134 0.1 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 9.23e-01 -0.0144 0.149 0.1 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 8.92e-01 -0.0183 0.135 0.1 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 7.54e-02 0.218 0.122 0.1 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 7.86e-01 -0.0381 0.14 0.101 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 7.70e-02 -0.252 0.142 0.101 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 2.41e-01 0.154 0.131 0.101 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116791 CRYZ -383226 sc-eQTL 2.27e-01 0.128 0.106 0.101 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162623 TYW3 -382970 sc-eQTL 1.10e-01 -0.199 0.124 0.101 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000254685 FPGT 151970 sc-eQTL 7.68e-01 0.0386 0.131 0.101 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000162620 LRRIQ3 151995 eQTL 8.6e-15 0.456 0.0578 0.0 0.0 0.103
ENSG00000162623 TYW3 -382970 eQTL 0.00813 0.0594 0.0224 0.0 0.0 0.103
ENSG00000254685 FPGT 151970 eQTL 3.27e-09 0.174 0.0292 0.0 0.0 0.103

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000162620 LRRIQ3 151995 4.26e-06 3.76e-06 7.63e-07 1.8e-06 1.33e-06 9.7e-07 2.91e-06 1.01e-06 3.49e-06 1.69e-06 4.08e-06 2.65e-06 6.49e-06 1.35e-06 1.26e-06 2.67e-06 1.82e-06 2.75e-06 1.27e-06 1.01e-06 2.29e-06 3.92e-06 3.54e-06 1.36e-06 4.75e-06 1.43e-06 2.21e-06 1.43e-06 4.19e-06 3.61e-06 1.96e-06 5.08e-07 6.92e-07 1.44e-06 1.98e-06 8.84e-07 1e-06 4.75e-07 1.06e-06 4.08e-07 7.64e-07 4.74e-06 4.64e-07 1.62e-07 6.09e-07 3.75e-07 7.75e-07 2.87e-07 3.74e-07
ENSG00000254685 FPGT 151970 4.26e-06 3.76e-06 7.63e-07 1.8e-06 1.33e-06 9.7e-07 2.91e-06 1.01e-06 3.49e-06 1.69e-06 4.08e-06 2.65e-06 6.49e-06 1.35e-06 1.26e-06 2.67e-06 1.82e-06 2.75e-06 1.27e-06 1.01e-06 2.29e-06 3.92e-06 3.54e-06 1.36e-06 4.75e-06 1.43e-06 2.21e-06 1.43e-06 4.19e-06 3.61e-06 1.96e-06 5.08e-07 6.92e-07 1.44e-06 1.98e-06 8.84e-07 1e-06 4.75e-07 1.06e-06 4.08e-07 7.64e-07 4.74e-06 4.64e-07 1.62e-07 6.09e-07 3.75e-07 7.75e-07 2.87e-07 3.74e-07