logo

Genes within 1Mb (chr1:69398924:AGG:A):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 3.10e-01 0.131 0.128 0.1 B L1
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 1.96e-01 0.129 0.0993 0.1 B L1
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 7.11e-01 0.0431 0.116 0.1 B L1
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 4.11e-01 -0.105 0.128 0.1 B L1
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 3.06e-01 -0.109 0.106 0.1 CD4T L1
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.50e-01 0.0961 0.0833 0.1 CD4T L1
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 5.13e-02 0.151 0.0769 0.1 CD4T L1
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 4.32e-01 -0.0846 0.108 0.1 CD4T L1
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 9.60e-01 0.00617 0.122 0.1 CD8T L1
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 1.70e-01 -0.139 0.101 0.1 CD8T L1
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 7.27e-01 0.0334 0.0957 0.1 CD8T L1
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 2.50e-01 0.13 0.113 0.1 CD8T L1
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 3.34e-02 0.325 0.152 0.099 DC L1
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 6.66e-01 0.0444 0.103 0.099 DC L1
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 2.83e-01 0.15 0.139 0.099 DC L1
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 3.67e-01 0.125 0.138 0.099 DC L1
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 2.95e-01 0.146 0.139 0.1 Mono L1
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 8.69e-01 -0.0133 0.0805 0.1 Mono L1
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 3.61e-01 0.119 0.13 0.1 Mono L1
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 8.00e-01 -0.0315 0.124 0.099 NK L1
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 4.54e-01 0.0821 0.109 0.099 NK L1
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 8.61e-01 -0.0192 0.11 0.099 NK L1
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 2.16e-01 0.171 0.138 0.099 NK L1
ENSG00000024526 DEPDC1 901703 sc-eQTL 6.04e-02 0.128 0.0678 0.1 Other_T L1
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 1.87e-01 0.189 0.143 0.1 Other_T L1
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 8.81e-02 -0.192 0.112 0.1 Other_T L1
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 6.10e-01 -0.0694 0.136 0.1 Other_T L1
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 4.27e-02 -0.29 0.142 0.1 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 2.23e-01 0.185 0.151 0.102 B_Activated L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.19e-01 0.197 0.16 0.102 B_Activated L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 5.05e-01 0.108 0.162 0.102 B_Activated L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 4.63e-03 -0.38 0.133 0.102 B_Activated L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 7.07e-01 -0.0558 0.148 0.101 B_Intermediate L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.17e-01 0.156 0.126 0.101 B_Intermediate L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 8.65e-01 -0.0245 0.144 0.101 B_Intermediate L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 5.73e-01 -0.0851 0.151 0.101 B_Intermediate L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 4.92e-01 -0.104 0.151 0.101 B_Memory L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.26e-02 0.305 0.133 0.101 B_Memory L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 4.04e-01 -0.104 0.124 0.101 B_Memory L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 7.70e-01 -0.0417 0.143 0.101 B_Memory L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 2.55e-01 0.165 0.144 0.1 B_Naive1 L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 5.65e-01 0.0663 0.115 0.1 B_Naive1 L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 8.67e-01 -0.0206 0.123 0.1 B_Naive1 L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 3.93e-01 -0.12 0.14 0.1 B_Naive1 L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 8.11e-01 0.0359 0.15 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 9.38e-01 -0.0102 0.132 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 3.96e-01 -0.132 0.155 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 8.37e-01 -0.0294 0.142 0.101 B_Naive2 L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 6.79e-01 0.0637 0.154 0.095 CD4_CTL L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.49e-01 0.184 0.159 0.095 CD4_CTL L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 6.92e-02 0.267 0.146 0.095 CD4_CTL L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 5.60e-01 0.0871 0.149 0.095 CD4_CTL L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 8.80e-01 -0.0181 0.12 0.1 CD4_Naive L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.47e-01 0.1 0.0865 0.1 CD4_Naive L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 9.82e-02 0.151 0.091 0.1 CD4_Naive L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 9.73e-02 -0.19 0.114 0.1 CD4_Naive L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 4.49e-01 -0.108 0.142 0.1 CD4_TCM L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 1.49e-01 0.151 0.104 0.1 CD4_TCM L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 8.56e-02 0.187 0.108 0.1 CD4_TCM L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 6.50e-01 -0.0649 0.143 0.1 CD4_TCM L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 4.29e-01 -0.116 0.146 0.1 CD4_TEM L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.61e-01 0.143 0.127 0.1 CD4_TEM L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 3.55e-01 0.119 0.128 0.1 CD4_TEM L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 9.74e-01 0.00483 0.146 0.1 CD4_TEM L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 2.50e-02 0.295 0.13 0.1 CD8_CTL L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.67e-01 -0.139 0.125 0.1 CD8_CTL L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 7.06e-01 0.0539 0.143 0.1 CD8_CTL L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 7.79e-01 -0.04 0.142 0.1 CD8_CTL L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 2.57e-01 0.173 0.152 0.1 CD8_Naive L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 6.35e-02 0.21 0.113 0.1 CD8_Naive L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 6.57e-02 0.204 0.11 0.1 CD8_Naive L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 6.54e-01 0.0571 0.127 0.1 CD8_Naive L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 8.42e-01 -0.0325 0.163 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 8.13e-02 0.261 0.149 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 5.30e-01 -0.0985 0.157 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 1.35e-01 0.237 0.158 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 6.53e-01 -0.0676 0.15 0.096 CD8_TEM L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.87e-02 -0.305 0.138 0.096 CD8_TEM L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 9.54e-01 0.00902 0.156 0.096 CD8_TEM L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 2.31e-01 -0.177 0.147 0.096 CD8_TEM L2
ENSG00000024526 DEPDC1 901703 sc-eQTL 3.46e-01 0.0503 0.0533 0.1 MAIT L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 5.64e-02 -0.283 0.147 0.1 MAIT L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 1.90e-02 -0.34 0.144 0.1 MAIT L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 8.76e-01 0.0213 0.137 0.1 MAIT L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 3.71e-02 -0.275 0.131 0.1 MAIT L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 9.28e-01 -0.0145 0.159 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 6.32e-01 -0.0673 0.141 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 5.73e-01 0.0893 0.158 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 7.33e-01 0.052 0.152 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 8.80e-01 0.0198 0.131 0.099 NK_CD56dim L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 3.46e-01 0.12 0.127 0.099 NK_CD56dim L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 6.58e-01 0.0565 0.127 0.099 NK_CD56dim L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 5.44e-01 0.0914 0.15 0.099 NK_CD56dim L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 7.94e-01 0.0402 0.154 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.27e-01 0.168 0.139 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 3.13e-02 -0.338 0.156 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 9.40e-01 0.0116 0.155 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 4.09e-01 0.126 0.152 0.099 NK_cytokine L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.35e-01 -0.154 0.129 0.099 NK_cytokine L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 7.52e-01 0.0461 0.146 0.099 NK_cytokine L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 5.06e-01 0.0943 0.141 0.099 NK_cytokine L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 1.99e-01 -0.208 0.161 0.126 PB L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 5.76e-01 -0.0819 0.146 0.126 PB L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 6.20e-01 0.082 0.165 0.126 PB L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 7.55e-02 -0.276 0.154 0.126 PB L2
ENSG00000024526 DEPDC1 901703 sc-eQTL 2.63e-01 0.0991 0.0883 0.102 Pro_T L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 1.76e-01 0.195 0.143 0.102 Pro_T L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.37e-01 0.147 0.124 0.102 Pro_T L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 5.00e-01 0.0983 0.145 0.102 Pro_T L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 6.47e-01 -0.0661 0.144 0.102 Pro_T L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 8.42e-01 0.0302 0.152 0.1 Treg L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 5.42e-01 -0.0774 0.127 0.1 Treg L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 2.44e-01 0.155 0.133 0.1 Treg L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 7.70e-01 -0.043 0.147 0.1 Treg L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 2.01e-01 0.2 0.156 0.1 cDC L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 8.86e-01 0.0168 0.117 0.1 cDC L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 7.87e-01 -0.045 0.166 0.1 cDC L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 2.72e-01 -0.167 0.151 0.1 cDC L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 3.55e-02 0.297 0.14 0.1 cMono_IL1B L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 9.27e-01 0.0086 0.0937 0.1 cMono_IL1B L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 5.72e-01 0.0781 0.138 0.1 cMono_IL1B L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 3.69e-01 -0.137 0.152 0.1 cMono_S100A L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 7.41e-01 -0.0361 0.109 0.1 cMono_S100A L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 9.68e-01 -0.0063 0.155 0.1 cMono_S100A L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 9.57e-01 0.011 0.203 0.085 gdT L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 1.54e-01 -0.275 0.192 0.085 gdT L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 1.16e-01 -0.316 0.2 0.085 gdT L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 9.19e-03 -0.486 0.184 0.085 gdT L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 2.28e-01 0.178 0.147 0.102 intMono L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 6.35e-01 -0.0611 0.129 0.102 intMono L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 4.77e-01 0.106 0.15 0.102 intMono L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 7.38e-01 -0.0521 0.155 0.1 ncMono L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 8.57e-01 -0.0217 0.12 0.1 ncMono L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 8.67e-01 0.0227 0.135 0.1 ncMono L2
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 7.21e-01 0.06 0.168 0.102 pDC L2
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.24e-02 0.322 0.14 0.102 pDC L2
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 1.50e-02 0.412 0.167 0.102 pDC L2
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 3.72e-01 0.134 0.15 0.102 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 5.02e-01 -0.0945 0.141 0.1 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 2.15e-02 0.282 0.122 0.1 B_Memory LOneK1K
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 6.47e-01 -0.0609 0.133 0.1 B_Memory LOneK1K
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 3.82e-01 -0.127 0.145 0.1 B_Memory LOneK1K
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 1.56e-01 0.203 0.142 0.1 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 4.33e-01 0.095 0.121 0.1 B_Naive LOneK1K
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 6.57e-01 0.0545 0.122 0.1 B_Naive LOneK1K
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 4.83e-01 -0.0967 0.138 0.1 B_Naive LOneK1K
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 2.56e-01 0.161 0.141 0.1 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 9.56e-01 -0.00464 0.0849 0.1 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 7.17e-01 0.0516 0.142 0.1 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 9.91e-01 -0.00162 0.144 0.099 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 5.26e-01 -0.0706 0.111 0.099 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 2.39e-01 0.158 0.134 0.099 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 sc-eQTL 7.97e-01 0.0335 0.13 0.099 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000116754 SRSF11 -806758 sc-eQTL 5.64e-01 0.0654 0.113 0.099 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000118454 ANKRD13C -955810 sc-eQTL 6.54e-01 -0.0516 0.115 0.099 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 sc-eQTL 3.08e-01 0.143 0.14 0.099 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000066557 LRRC40 -806655 eQTL 0.0457 -0.0503 0.0251 0.0 0.0 0.0957
ENSG00000197568 HHLA3 -955881 eQTL 0.0493 -0.0829 0.0421 0.0 0.0 0.0957

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina