logo

Genes within 1Mb (chr1:65609453:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 2.24e-01 -0.103 0.0847 0.124 B L1
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 9.65e-01 -0.0039 0.0888 0.124 B L1
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 6.56e-02 -0.199 0.108 0.124 B L1
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 2.30e-01 -0.0963 0.0799 0.124 CD4T L1
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 8.63e-01 0.0165 0.0956 0.124 CD4T L1
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 4.71e-04 -0.433 0.122 0.124 CD4T L1
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 1.17e-01 -0.21 0.133 0.124 CD8T L1
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 1.60e-01 -0.146 0.103 0.124 CD8T L1
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 9.89e-01 0.00125 0.0887 0.124 CD8T L1
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 5.12e-02 -0.268 0.136 0.124 CD8T L1
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 7.26e-01 -0.0493 0.14 0.126 DC L1
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 2.24e-01 0.144 0.118 0.126 DC L1
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 3.79e-01 -0.0864 0.0981 0.126 DC L1
ENSG00000162437 RAVER2 864358 sc-eQTL 1.12e-01 0.2 0.125 0.126 DC L1
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 7.07e-01 0.0287 0.0761 0.126 DC L1
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 9.35e-02 -0.233 0.138 0.126 DC L1
ENSG00000285079 AL513493.1 -94509 sc-eQTL 3.89e-01 0.0647 0.0749 0.126 DC L1
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 7.38e-03 -0.363 0.134 0.124 Mono L1
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 8.59e-01 -0.0222 0.125 0.124 Mono L1
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 9.80e-01 -0.00226 0.0892 0.124 Mono L1
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 3.26e-01 0.0484 0.0493 0.124 Mono L1
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 5.47e-02 -0.169 0.0875 0.124 Mono L1
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 5.48e-01 0.0795 0.132 0.122 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 6.24e-02 -0.116 0.062 0.122 NK L1
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 5.26e-01 -0.0542 0.0852 0.122 NK L1
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 9.24e-02 -0.24 0.142 0.122 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 8.43e-02 -0.155 0.0895 0.124 Other_T L1
ENSG00000162437 RAVER2 864358 sc-eQTL 3.41e-01 -0.125 0.131 0.124 Other_T L1
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 2.64e-01 -0.109 0.0977 0.124 Other_T L1
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 9.77e-01 -0.00403 0.142 0.124 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 5.26e-01 -0.0985 0.155 0.107 B_Activated L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 2.86e-02 -0.268 0.122 0.107 B_Activated L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 9.28e-01 -0.0146 0.162 0.107 B_Activated L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 3.26e-01 0.115 0.117 0.124 B_Intermediate L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 3.57e-01 0.0879 0.0953 0.124 B_Intermediate L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 4.78e-01 -0.0974 0.137 0.124 B_Intermediate L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 7.81e-01 0.0327 0.118 0.125 B_Memory L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 8.69e-01 -0.0198 0.12 0.125 B_Memory L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 4.19e-01 -0.111 0.136 0.125 B_Memory L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 8.27e-01 -0.0232 0.106 0.124 B_Naive1 L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 8.43e-01 0.0203 0.102 0.124 B_Naive1 L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 5.03e-01 -0.0926 0.138 0.124 B_Naive1 L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 7.06e-01 -0.0421 0.112 0.124 B_Naive2 L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 6.45e-01 -0.0407 0.0882 0.124 B_Naive2 L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 7.18e-01 -0.0486 0.135 0.124 B_Naive2 L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 7.67e-02 -0.226 0.127 0.123 CD4_CTL L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 2.81e-01 -0.122 0.113 0.123 CD4_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 8.85e-01 -0.0213 0.147 0.123 CD4_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 3.45e-01 -0.0739 0.078 0.124 CD4_Naive L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 4.19e-01 0.0792 0.0977 0.124 CD4_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 1.19e-02 -0.317 0.125 0.124 CD4_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 7.04e-01 -0.0338 0.0886 0.124 CD4_TCM L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 9.26e-01 -0.00948 0.102 0.124 CD4_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 1.94e-04 -0.472 0.124 0.124 CD4_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 4.93e-01 -0.0827 0.12 0.124 CD4_TEM L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 8.25e-01 -0.0246 0.111 0.124 CD4_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 3.58e-02 -0.299 0.142 0.124 CD4_TEM L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 9.13e-01 0.0144 0.132 0.124 CD8_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 1.01e-01 -0.181 0.11 0.124 CD8_CTL L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 2.72e-01 -0.113 0.102 0.124 CD8_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 1.29e-02 -0.335 0.134 0.124 CD8_CTL L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 3.18e-01 -0.133 0.133 0.124 CD8_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 2.09e-01 -0.139 0.11 0.124 CD8_Naive L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 8.16e-01 0.0217 0.0932 0.124 CD8_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 5.97e-01 -0.0719 0.136 0.124 CD8_Naive L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 2.61e-01 -0.152 0.135 0.123 CD8_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 8.06e-01 0.0291 0.118 0.123 CD8_TCM L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 8.08e-01 0.0316 0.13 0.123 CD8_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 8.86e-01 0.0211 0.147 0.123 CD8_TCM L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 9.58e-01 -0.00674 0.127 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 5.16e-01 -0.093 0.143 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 8.41e-01 -0.0245 0.122 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 3.87e-01 -0.128 0.147 0.123 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 4.87e-01 -0.0846 0.121 0.121 MAIT L2
ENSG00000162437 RAVER2 864358 sc-eQTL 4.18e-01 -0.105 0.129 0.121 MAIT L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 1.87e-01 -0.137 0.104 0.121 MAIT L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 7.21e-01 0.0501 0.14 0.121 MAIT L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 5.47e-01 0.079 0.131 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 9.52e-01 0.00546 0.0898 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 7.87e-01 0.0292 0.108 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 7.79e-01 -0.0414 0.147 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 1.42e-01 0.204 0.139 0.121 NK_CD56dim L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 4.75e-02 -0.144 0.0721 0.121 NK_CD56dim L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 5.46e-01 0.0643 0.106 0.121 NK_CD56dim L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 2.88e-01 -0.156 0.147 0.121 NK_CD56dim L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 8.53e-02 -0.214 0.124 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 5.46e-01 0.0585 0.0968 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 1.38e-01 -0.175 0.117 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 2.85e-01 -0.161 0.15 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 7.59e-01 -0.0412 0.134 0.121 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 2.77e-01 -0.0847 0.0777 0.121 NK_cytokine L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 3.54e-01 -0.113 0.122 0.121 NK_cytokine L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 1.71e-01 -0.194 0.141 0.121 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 2.21e-01 -0.17 0.138 0.1 PB L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 6.22e-01 -0.0871 0.176 0.1 PB L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 2.88e-01 -0.207 0.194 0.1 PB L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 5.52e-01 0.0537 0.0901 0.124 Pro_T L2
ENSG00000162437 RAVER2 864358 sc-eQTL 4.50e-01 -0.0898 0.119 0.124 Pro_T L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 7.72e-01 0.0322 0.111 0.124 Pro_T L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 5.12e-01 -0.0921 0.14 0.124 Pro_T L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 8.28e-01 -0.0245 0.113 0.124 Treg L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 2.27e-01 -0.124 0.103 0.124 Treg L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 9.63e-01 -0.00682 0.146 0.124 Treg L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 9.02e-01 -0.0184 0.149 0.117 cDC L2
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 2.96e-02 0.284 0.13 0.117 cDC L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 2.77e-01 -0.133 0.122 0.117 cDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 864358 sc-eQTL 2.35e-01 0.16 0.134 0.117 cDC L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 1.44e-01 0.12 0.0818 0.117 cDC L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 3.66e-01 -0.135 0.149 0.117 cDC L2
ENSG00000285079 AL513493.1 -94509 sc-eQTL 3.84e-01 -0.0468 0.0535 0.117 cDC L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 6.36e-03 -0.369 0.134 0.124 cMono_IL1B L2
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 2.40e-01 -0.147 0.125 0.124 cMono_IL1B L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 3.99e-01 -0.0961 0.114 0.124 cMono_IL1B L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 1.50e-01 0.0908 0.0628 0.124 cMono_IL1B L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 4.81e-01 -0.0649 0.0919 0.124 cMono_IL1B L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 6.37e-01 0.063 0.133 0.124 cMono_S100A L2
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 8.16e-01 0.0295 0.127 0.124 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 7.57e-01 0.0362 0.117 0.124 cMono_S100A L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 1.61e-01 0.0925 0.0658 0.124 cMono_S100A L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 7.14e-03 -0.292 0.107 0.124 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 7.23e-02 -0.296 0.163 0.127 gdT L2
ENSG00000162437 RAVER2 864358 sc-eQTL 6.52e-02 -0.267 0.144 0.127 gdT L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 5.47e-01 0.0581 0.0962 0.127 gdT L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 7.44e-01 -0.0571 0.174 0.127 gdT L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 5.73e-01 -0.0758 0.134 0.124 intMono L2
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 1.05e-01 0.205 0.126 0.124 intMono L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 6.19e-01 0.0584 0.117 0.124 intMono L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 3.18e-01 0.0677 0.0676 0.124 intMono L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 1.29e-01 -0.171 0.112 0.124 intMono L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 1.66e-01 -0.19 0.137 0.12 ncMono L2
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 9.56e-02 0.204 0.122 0.12 ncMono L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 1.94e-03 -0.304 0.0967 0.12 ncMono L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 3.33e-01 0.0761 0.0785 0.12 ncMono L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 1.59e-01 -0.198 0.14 0.12 ncMono L2
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 6.58e-01 -0.0668 0.151 0.113 pDC L2
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 7.30e-01 0.034 0.0982 0.113 pDC L2
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 5.93e-01 -0.0701 0.131 0.113 pDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 864358 sc-eQTL 5.43e-01 0.09 0.148 0.113 pDC L2
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 8.79e-01 -0.0175 0.114 0.113 pDC L2
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 7.03e-02 -0.294 0.161 0.113 pDC L2
ENSG00000285079 AL513493.1 -94509 sc-eQTL 5.02e-01 0.0825 0.123 0.113 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 9.84e-01 -0.00217 0.105 0.124 B_Memory LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 7.75e-01 -0.0246 0.0861 0.124 B_Memory LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 1.66e-01 -0.186 0.134 0.124 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 5.22e-01 -0.0661 0.103 0.124 B_Naive LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 9.49e-01 -0.00596 0.0927 0.124 B_Naive LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 4.92e-01 -0.0896 0.13 0.124 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 3.09e-02 -0.287 0.132 0.124 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 6.56e-01 -0.057 0.128 0.124 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 8.90e-01 -0.0148 0.107 0.124 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 2.13e-01 0.0678 0.0543 0.124 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 7.70e-02 -0.158 0.089 0.124 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 7.32e-02 -0.245 0.136 0.123 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 461904 sc-eQTL 2.16e-01 0.153 0.124 0.123 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 1.59e-01 -0.118 0.0831 0.123 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 4.05e-01 0.0531 0.0637 0.123 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 4.78e-02 -0.23 0.115 0.123 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR 188801 sc-eQTL 4.62e-01 0.101 0.136 0.121 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 541699 sc-eQTL 3.50e-02 -0.134 0.0634 0.121 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -183061 sc-eQTL 4.94e-01 -0.068 0.0992 0.121 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 188866 sc-eQTL 9.34e-02 -0.237 0.141 0.121 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000116675 DNAJC6 361234 pQTL 0.0126 0.0454 0.0182 0.0 0.0 0.136
ENSG00000116678 LEPR 188801 pQTL 0.0372 -0.0852 0.0409 0.0 0.0 0.136
ENSG00000213625 LEPROT 188866 eQTL 0.00515 -0.0752 0.0268 0.0 0.0 0.138

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000226891 \N 606964 1.25e-06 1.19e-06 2.7e-07 7.39e-07 3.37e-07 4.77e-07 1.16e-06 3.28e-07 1.16e-06 3.77e-07 1.41e-06 5.81e-07 1.95e-06 3.07e-07 4.95e-07 6e-07 9.08e-07 7.21e-07 3.77e-07 4.52e-07 6.36e-07 1.3e-06 7.52e-07 3.53e-07 1.92e-06 2.44e-07 5.49e-07 7.03e-07 8.47e-07 9.25e-07 5.88e-07 2.74e-07 1.08e-07 3.66e-07 3.54e-07 4.32e-07 5.03e-07 1.55e-07 1.5e-07 2.93e-07 4.32e-08 1.46e-06 7.23e-08 5.8e-09 1.95e-07 9.77e-08 1.77e-07 8.18e-08 6.51e-08