logo

Genes within 1Mb (chr1:65513246:T:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 5.34e-01 0.0513 0.0824 0.12 B L1
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 8.22e-02 -0.149 0.0855 0.12 B L1
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 1.78e-01 -0.142 0.105 0.12 B L1
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 9.84e-01 0.00167 0.0812 0.12 CD4T L1
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 3.03e-01 -0.0997 0.0966 0.12 CD4T L1
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 2.53e-02 -0.283 0.126 0.12 CD4T L1
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 4.30e-02 -0.273 0.134 0.12 CD8T L1
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 2.19e-01 0.129 0.105 0.12 CD8T L1
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 4.61e-01 -0.0662 0.0896 0.12 CD8T L1
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 8.12e-02 -0.242 0.138 0.12 CD8T L1
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 8.95e-01 0.0176 0.133 0.124 DC L1
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 8.32e-01 0.0237 0.112 0.124 DC L1
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 7.47e-01 -0.03 0.0928 0.124 DC L1
ENSG00000162437 RAVER2 768151 sc-eQTL 9.73e-01 0.004 0.119 0.124 DC L1
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 4.89e-01 -0.0498 0.0719 0.124 DC L1
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 8.93e-01 -0.0177 0.132 0.124 DC L1
ENSG00000285079 AL513493.1 -190716 sc-eQTL 4.27e-03 0.201 0.0695 0.124 DC L1
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 9.80e-01 -0.0034 0.135 0.12 Mono L1
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 8.52e-01 -0.023 0.123 0.12 Mono L1
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 4.96e-01 0.0599 0.0878 0.12 Mono L1
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 3.86e-01 -0.0422 0.0486 0.12 Mono L1
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 8.38e-01 -0.0178 0.0871 0.12 Mono L1
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 7.54e-01 -0.0408 0.13 0.12 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 8.30e-01 0.0132 0.0613 0.12 NK L1
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 4.36e-02 -0.168 0.0829 0.12 NK L1
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 6.45e-01 -0.0646 0.14 0.12 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 7.08e-01 0.0328 0.0875 0.12 Other_T L1
ENSG00000162437 RAVER2 768151 sc-eQTL 7.76e-01 -0.0362 0.127 0.12 Other_T L1
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.99e-01 -0.122 0.0947 0.12 Other_T L1
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 3.26e-02 -0.293 0.136 0.12 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 9.60e-01 0.00729 0.147 0.105 B_Activated L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 8.73e-01 0.0187 0.117 0.105 B_Activated L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 4.72e-01 0.111 0.153 0.105 B_Activated L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 1.35e-01 0.174 0.116 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 8.12e-01 -0.0226 0.0951 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 6.91e-01 -0.0545 0.137 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 1.26e-01 0.179 0.116 0.121 B_Memory L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 9.42e-02 -0.2 0.119 0.121 B_Memory L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 8.13e-01 -0.0322 0.136 0.121 B_Memory L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 8.08e-02 0.183 0.104 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.28e-01 -0.154 0.101 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 2.48e-01 -0.158 0.136 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 5.39e-01 0.0681 0.111 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.85e-01 -0.116 0.0871 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 2.21e-01 -0.163 0.133 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 1.96e-01 -0.167 0.129 0.12 CD4_CTL L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 5.42e-01 -0.0699 0.114 0.12 CD4_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 1.38e-01 -0.22 0.148 0.12 CD4_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 6.77e-01 -0.0331 0.0793 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 3.73e-01 -0.0885 0.0991 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 5.35e-02 -0.248 0.128 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 3.10e-01 0.0915 0.0899 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 5.32e-01 -0.0645 0.103 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 1.49e-01 -0.188 0.13 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 1.77e-01 0.159 0.118 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 6.11e-01 0.0556 0.109 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 8.85e-02 -0.238 0.139 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 9.85e-01 0.00241 0.131 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 6.60e-01 0.0485 0.11 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 2.08e-01 -0.129 0.102 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 2.46e-01 -0.156 0.134 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 1.72e-02 -0.316 0.132 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 2.38e-01 0.131 0.111 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 7.67e-01 -0.0278 0.0935 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 8.91e-01 -0.0187 0.136 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 6.61e-01 0.0592 0.135 0.113 CD8_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 9.49e-02 0.195 0.116 0.113 CD8_TCM L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 7.29e-01 0.0446 0.129 0.113 CD8_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 3.95e-01 -0.124 0.146 0.113 CD8_TCM L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 9.20e-01 -0.013 0.129 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 7.28e-01 0.0508 0.146 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 2.34e-01 -0.147 0.123 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 5.52e-01 -0.0894 0.15 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 9.62e-01 0.00577 0.12 0.121 MAIT L2
ENSG00000162437 RAVER2 768151 sc-eQTL 7.31e-01 -0.0441 0.128 0.121 MAIT L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.50e-01 -0.148 0.102 0.121 MAIT L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 3.06e-01 -0.142 0.138 0.121 MAIT L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 5.68e-01 -0.075 0.131 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 6.99e-01 0.0348 0.0899 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 4.31e-02 -0.217 0.107 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 7.35e-01 -0.0501 0.148 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 9.33e-01 0.0115 0.137 0.119 NK_CD56dim L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 2.34e-01 0.0852 0.0713 0.119 NK_CD56dim L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 9.79e-01 -0.00276 0.104 0.119 NK_CD56dim L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 7.34e-01 0.0492 0.145 0.119 NK_CD56dim L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 5.87e-01 -0.0669 0.123 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 8.35e-01 0.0199 0.0957 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 3.43e-01 -0.111 0.116 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 1.84e-01 -0.197 0.148 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 8.18e-01 0.0302 0.131 0.119 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 9.13e-01 -0.00832 0.0763 0.119 NK_cytokine L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 9.11e-03 -0.31 0.118 0.119 NK_cytokine L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 8.70e-01 0.0227 0.139 0.119 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 8.74e-02 -0.218 0.126 0.13 PB L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 9.98e-01 -0.000334 0.162 0.13 PB L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 2.25e-01 -0.217 0.178 0.13 PB L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 5.25e-01 0.0557 0.0876 0.12 Pro_T L2
ENSG00000162437 RAVER2 768151 sc-eQTL 6.17e-01 -0.058 0.116 0.12 Pro_T L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 9.67e-01 -0.0045 0.108 0.12 Pro_T L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 1.39e-01 -0.201 0.136 0.12 Pro_T L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 1.56e-01 0.159 0.112 0.12 Treg L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.49e-01 -0.147 0.102 0.12 Treg L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 7.85e-01 0.0397 0.145 0.12 Treg L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 8.04e-01 -0.0346 0.139 0.117 cDC L2
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 9.61e-01 -0.00599 0.123 0.117 cDC L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 7.93e-01 0.0303 0.115 0.117 cDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 768151 sc-eQTL 3.83e-01 0.11 0.126 0.117 cDC L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 5.20e-01 -0.0497 0.0771 0.117 cDC L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 6.88e-01 0.0564 0.14 0.117 cDC L2
ENSG00000285079 AL513493.1 -190716 sc-eQTL 4.63e-01 0.037 0.0503 0.117 cDC L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 3.48e-01 -0.127 0.135 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 3.49e-01 -0.117 0.125 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 2.31e-01 0.136 0.113 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.71e-01 -0.0861 0.0627 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 4.95e-01 -0.0626 0.0917 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 1.71e-01 0.183 0.133 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 9.15e-01 -0.0136 0.127 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 4.39e-01 0.0904 0.117 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.38e-01 -0.098 0.0658 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 6.50e-01 0.0497 0.109 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 3.50e-01 0.156 0.166 0.124 gdT L2
ENSG00000162437 RAVER2 768151 sc-eQTL 8.87e-01 0.0209 0.147 0.124 gdT L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 8.78e-02 -0.165 0.096 0.124 gdT L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 5.96e-01 -0.0932 0.175 0.124 gdT L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 1.72e-01 -0.18 0.132 0.118 intMono L2
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 3.14e-01 0.126 0.124 0.118 intMono L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 1.58e-01 0.162 0.115 0.118 intMono L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.17e-01 -0.104 0.0661 0.118 intMono L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 1.26e-01 0.17 0.11 0.118 intMono L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 6.83e-01 0.0549 0.134 0.115 ncMono L2
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 4.39e-01 -0.0927 0.119 0.115 ncMono L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 7.10e-01 0.036 0.0967 0.115 ncMono L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 7.39e-01 -0.0256 0.0768 0.115 ncMono L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 2.08e-01 -0.173 0.137 0.115 ncMono L2
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 1.47e-01 0.203 0.139 0.116 pDC L2
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 7.11e-01 0.0339 0.0913 0.116 pDC L2
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 3.19e-01 -0.122 0.122 0.116 pDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 768151 sc-eQTL 7.00e-01 -0.0531 0.137 0.116 pDC L2
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 6.13e-01 -0.0538 0.106 0.116 pDC L2
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 6.39e-01 -0.0711 0.151 0.116 pDC L2
ENSG00000285079 AL513493.1 -190716 sc-eQTL 7.67e-04 0.378 0.11 0.116 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 6.14e-01 0.053 0.105 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 4.36e-01 -0.0672 0.0861 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 5.19e-01 -0.0871 0.135 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 1.85e-01 0.135 0.101 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.44e-01 -0.133 0.0909 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 3.27e-02 -0.274 0.127 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 8.32e-01 0.0282 0.133 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 5.18e-01 -0.0821 0.127 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 2.03e-01 0.135 0.106 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 1.23e-01 -0.0834 0.0538 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 8.40e-01 -0.018 0.0889 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 5.14e-01 -0.0872 0.134 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 365697 sc-eQTL 7.51e-01 -0.0384 0.121 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 5.65e-01 0.0469 0.0814 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 5.12e-01 -0.0409 0.0622 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 7.39e-01 0.0379 0.113 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR 92594 sc-eQTL 9.46e-01 -0.00917 0.135 0.119 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 445492 sc-eQTL 7.70e-01 0.0185 0.0631 0.119 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -279268 sc-eQTL 9.67e-02 -0.162 0.0972 0.119 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 92659 sc-eQTL 9.03e-01 0.0169 0.139 0.119 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000116678 LEPR 92594 eQTL 0.000237 -0.122 0.0329 0.0 0.0 0.136

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000116678 LEPR 92594 1.49e-05 2.04e-05 1.56e-06 9.13e-06 2.28e-06 6.2e-06 2.01e-05 2.16e-06 1.48e-05 6.13e-06 1.85e-05 6.84e-06 2.71e-05 5.15e-06 4.05e-06 6.93e-06 7.72e-06 1.04e-05 3.37e-06 3.12e-06 6.52e-06 1.28e-05 1.31e-05 3.66e-06 2.31e-05 4.4e-06 6.59e-06 5.4e-06 1.45e-05 1.18e-05 9.4e-06 1.03e-06 1.25e-06 3.26e-06 5.44e-06 2.67e-06 1.87e-06 1.87e-06 2.05e-06 1.15e-06 8.61e-07 1.97e-05 1.6e-06 1.58e-07 7.91e-07 1.7e-06 1.4e-06 7.5e-07 4.55e-07