logo

Genes within 1Mb (chr1:65506835:G:A):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 5.34e-01 0.0513 0.0824 0.12 B L1
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 8.22e-02 -0.149 0.0855 0.12 B L1
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 1.78e-01 -0.142 0.105 0.12 B L1
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 9.84e-01 0.00167 0.0812 0.12 CD4T L1
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 3.03e-01 -0.0997 0.0966 0.12 CD4T L1
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 2.53e-02 -0.283 0.126 0.12 CD4T L1
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 4.30e-02 -0.273 0.134 0.12 CD8T L1
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 2.19e-01 0.129 0.105 0.12 CD8T L1
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 4.61e-01 -0.0662 0.0896 0.12 CD8T L1
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 8.12e-02 -0.242 0.138 0.12 CD8T L1
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 8.95e-01 0.0176 0.133 0.124 DC L1
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 8.32e-01 0.0237 0.112 0.124 DC L1
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 7.47e-01 -0.03 0.0928 0.124 DC L1
ENSG00000162437 RAVER2 761740 sc-eQTL 9.73e-01 0.004 0.119 0.124 DC L1
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 4.89e-01 -0.0498 0.0719 0.124 DC L1
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 8.93e-01 -0.0177 0.132 0.124 DC L1
ENSG00000285079 AL513493.1 -197127 sc-eQTL 4.27e-03 0.201 0.0695 0.124 DC L1
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 9.80e-01 -0.0034 0.135 0.12 Mono L1
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 8.52e-01 -0.023 0.123 0.12 Mono L1
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 4.96e-01 0.0599 0.0878 0.12 Mono L1
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 3.86e-01 -0.0422 0.0486 0.12 Mono L1
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 8.38e-01 -0.0178 0.0871 0.12 Mono L1
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 7.54e-01 -0.0408 0.13 0.12 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 8.30e-01 0.0132 0.0613 0.12 NK L1
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 4.36e-02 -0.168 0.0829 0.12 NK L1
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 6.45e-01 -0.0646 0.14 0.12 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 7.08e-01 0.0328 0.0875 0.12 Other_T L1
ENSG00000162437 RAVER2 761740 sc-eQTL 7.76e-01 -0.0362 0.127 0.12 Other_T L1
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.99e-01 -0.122 0.0947 0.12 Other_T L1
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 3.26e-02 -0.293 0.136 0.12 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 9.60e-01 0.00729 0.147 0.105 B_Activated L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 8.73e-01 0.0187 0.117 0.105 B_Activated L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 4.72e-01 0.111 0.153 0.105 B_Activated L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 1.35e-01 0.174 0.116 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 8.12e-01 -0.0226 0.0951 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 6.91e-01 -0.0545 0.137 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 1.26e-01 0.179 0.116 0.121 B_Memory L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 9.42e-02 -0.2 0.119 0.121 B_Memory L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 8.13e-01 -0.0322 0.136 0.121 B_Memory L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 8.08e-02 0.183 0.104 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.28e-01 -0.154 0.101 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 2.48e-01 -0.158 0.136 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 5.39e-01 0.0681 0.111 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.85e-01 -0.116 0.0871 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 2.21e-01 -0.163 0.133 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 1.96e-01 -0.167 0.129 0.12 CD4_CTL L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 5.42e-01 -0.0699 0.114 0.12 CD4_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 1.38e-01 -0.22 0.148 0.12 CD4_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 6.77e-01 -0.0331 0.0793 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 3.73e-01 -0.0885 0.0991 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 5.35e-02 -0.248 0.128 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 3.10e-01 0.0915 0.0899 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 5.32e-01 -0.0645 0.103 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 1.49e-01 -0.188 0.13 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 1.77e-01 0.159 0.118 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 6.11e-01 0.0556 0.109 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 8.85e-02 -0.238 0.139 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 9.85e-01 0.00241 0.131 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 6.60e-01 0.0485 0.11 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 2.08e-01 -0.129 0.102 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 2.46e-01 -0.156 0.134 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 1.72e-02 -0.316 0.132 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 2.38e-01 0.131 0.111 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 7.67e-01 -0.0278 0.0935 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 8.91e-01 -0.0187 0.136 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 6.61e-01 0.0592 0.135 0.113 CD8_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 9.49e-02 0.195 0.116 0.113 CD8_TCM L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 7.29e-01 0.0446 0.129 0.113 CD8_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 3.95e-01 -0.124 0.146 0.113 CD8_TCM L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 9.20e-01 -0.013 0.129 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 7.28e-01 0.0508 0.146 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 2.34e-01 -0.147 0.123 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 5.52e-01 -0.0894 0.15 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 9.62e-01 0.00577 0.12 0.121 MAIT L2
ENSG00000162437 RAVER2 761740 sc-eQTL 7.31e-01 -0.0441 0.128 0.121 MAIT L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.50e-01 -0.148 0.102 0.121 MAIT L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 3.06e-01 -0.142 0.138 0.121 MAIT L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 5.68e-01 -0.075 0.131 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 6.99e-01 0.0348 0.0899 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 4.31e-02 -0.217 0.107 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 7.35e-01 -0.0501 0.148 0.122 NK_CD56bright L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 9.33e-01 0.0115 0.137 0.119 NK_CD56dim L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 2.34e-01 0.0852 0.0713 0.119 NK_CD56dim L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 9.79e-01 -0.00276 0.104 0.119 NK_CD56dim L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 7.34e-01 0.0492 0.145 0.119 NK_CD56dim L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 5.87e-01 -0.0669 0.123 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 8.35e-01 0.0199 0.0957 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 3.43e-01 -0.111 0.116 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 1.84e-01 -0.197 0.148 0.116 NK_HLA L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 8.18e-01 0.0302 0.131 0.119 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 9.13e-01 -0.00832 0.0763 0.119 NK_cytokine L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 9.11e-03 -0.31 0.118 0.119 NK_cytokine L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 8.70e-01 0.0227 0.139 0.119 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 8.74e-02 -0.218 0.126 0.13 PB L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 9.98e-01 -0.000334 0.162 0.13 PB L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 2.25e-01 -0.217 0.178 0.13 PB L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 5.25e-01 0.0557 0.0876 0.12 Pro_T L2
ENSG00000162437 RAVER2 761740 sc-eQTL 6.17e-01 -0.058 0.116 0.12 Pro_T L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 9.67e-01 -0.0045 0.108 0.12 Pro_T L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 1.39e-01 -0.201 0.136 0.12 Pro_T L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 1.56e-01 0.159 0.112 0.12 Treg L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.49e-01 -0.147 0.102 0.12 Treg L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 7.85e-01 0.0397 0.145 0.12 Treg L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 8.04e-01 -0.0346 0.139 0.117 cDC L2
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 9.61e-01 -0.00599 0.123 0.117 cDC L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 7.93e-01 0.0303 0.115 0.117 cDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 761740 sc-eQTL 3.83e-01 0.11 0.126 0.117 cDC L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 5.20e-01 -0.0497 0.0771 0.117 cDC L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 6.88e-01 0.0564 0.14 0.117 cDC L2
ENSG00000285079 AL513493.1 -197127 sc-eQTL 4.63e-01 0.037 0.0503 0.117 cDC L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 3.48e-01 -0.127 0.135 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 3.49e-01 -0.117 0.125 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 2.31e-01 0.136 0.113 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.71e-01 -0.0861 0.0627 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 4.95e-01 -0.0626 0.0917 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 1.71e-01 0.183 0.133 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 9.15e-01 -0.0136 0.127 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 4.39e-01 0.0904 0.117 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.38e-01 -0.098 0.0658 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 6.50e-01 0.0497 0.109 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 3.50e-01 0.156 0.166 0.124 gdT L2
ENSG00000162437 RAVER2 761740 sc-eQTL 8.87e-01 0.0209 0.147 0.124 gdT L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 8.78e-02 -0.165 0.096 0.124 gdT L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 5.96e-01 -0.0932 0.175 0.124 gdT L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 1.72e-01 -0.18 0.132 0.118 intMono L2
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 3.14e-01 0.126 0.124 0.118 intMono L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 1.58e-01 0.162 0.115 0.118 intMono L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.17e-01 -0.104 0.0661 0.118 intMono L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 1.26e-01 0.17 0.11 0.118 intMono L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 6.83e-01 0.0549 0.134 0.115 ncMono L2
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 4.39e-01 -0.0927 0.119 0.115 ncMono L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 7.10e-01 0.036 0.0967 0.115 ncMono L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 7.39e-01 -0.0256 0.0768 0.115 ncMono L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 2.08e-01 -0.173 0.137 0.115 ncMono L2
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 1.47e-01 0.203 0.139 0.116 pDC L2
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 7.11e-01 0.0339 0.0913 0.116 pDC L2
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 3.19e-01 -0.122 0.122 0.116 pDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 761740 sc-eQTL 7.00e-01 -0.0531 0.137 0.116 pDC L2
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 6.13e-01 -0.0538 0.106 0.116 pDC L2
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 6.39e-01 -0.0711 0.151 0.116 pDC L2
ENSG00000285079 AL513493.1 -197127 sc-eQTL 7.67e-04 0.378 0.11 0.116 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 6.14e-01 0.053 0.105 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 4.36e-01 -0.0672 0.0861 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 5.19e-01 -0.0871 0.135 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 1.85e-01 0.135 0.101 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.44e-01 -0.133 0.0909 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 3.27e-02 -0.274 0.127 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 8.32e-01 0.0282 0.133 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 5.18e-01 -0.0821 0.127 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 2.03e-01 0.135 0.106 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 1.23e-01 -0.0834 0.0538 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 8.40e-01 -0.018 0.0889 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 5.14e-01 -0.0872 0.134 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 359286 sc-eQTL 7.51e-01 -0.0384 0.121 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 5.65e-01 0.0469 0.0814 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 5.12e-01 -0.0409 0.0622 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 7.39e-01 0.0379 0.113 0.121 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR 86183 sc-eQTL 9.46e-01 -0.00917 0.135 0.119 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 439081 sc-eQTL 7.70e-01 0.0185 0.0631 0.119 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000184588 PDE4B -285679 sc-eQTL 9.67e-02 -0.162 0.0972 0.119 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT 86248 sc-eQTL 9.03e-01 0.0169 0.139 0.119 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000116678 LEPR 86183 eQTL 0.000246 -0.121 0.033 0.0 0.0 0.136

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000116678 LEPR 86183 7.25e-06 9.55e-06 9.56e-07 5.03e-06 1.71e-06 3.88e-06 9.61e-06 1.44e-06 6.39e-06 4.12e-06 1.05e-05 4.86e-06 1.14e-05 3.95e-06 1.54e-06 6.35e-06 3.81e-06 4.84e-06 1.75e-06 2.15e-06 3.52e-06 7.65e-06 6.46e-06 2.28e-06 1.25e-05 2.38e-06 4.34e-06 3.33e-06 7.05e-06 7.15e-06 4.1e-06 7.78e-07 8.08e-07 2.79e-06 3.81e-06 2.05e-06 1.57e-06 6.94e-07 1.37e-06 1e-06 8.36e-07 9.44e-06 1.09e-06 1.52e-07 6.7e-07 1.36e-06 9.61e-07 7.28e-07 4.89e-07