logo

Genes within 1Mb (chr1:64625575:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 1.40e-01 0.0936 0.0632 0.22 B L1
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 5.84e-01 -0.0445 0.0811 0.22 B L1
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 6.79e-01 -0.0247 0.0596 0.22 CD4T L1
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 5.06e-01 -0.0415 0.0624 0.22 CD4T L1
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 2.38e-01 0.115 0.0973 0.22 CD4T L1
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 2.05e-01 -0.133 0.105 0.22 CD8T L1
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 7.08e-01 0.0194 0.0517 0.22 CD8T L1
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 6.54e-01 0.0365 0.0814 0.22 CD8T L1
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 4.68e-01 -0.0785 0.108 0.22 CD8T L1
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 2.11e-01 0.132 0.105 0.218 DC L1
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 4.14e-01 -0.0724 0.0883 0.218 DC L1
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 8.77e-01 -0.0114 0.0736 0.218 DC L1
ENSG00000162437 RAVER2 -119520 sc-eQTL 9.07e-01 0.011 0.0943 0.218 DC L1
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 2.27e-01 0.126 0.104 0.218 DC L1
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 5.65e-01 -0.0606 0.105 0.22 Mono L1
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 3.67e-04 -0.338 0.0933 0.22 Mono L1
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 7.13e-01 0.0253 0.0686 0.22 Mono L1
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 5.64e-01 0.0392 0.0679 0.22 Mono L1
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 4.24e-01 0.081 0.101 0.221 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 1.10e-01 0.0764 0.0476 0.221 NK L1
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 8.37e-01 0.0225 0.109 0.221 NK L1
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 8.72e-01 -0.0111 0.0688 0.22 Other_T L1
ENSG00000162437 RAVER2 -119520 sc-eQTL 9.17e-02 -0.168 0.0993 0.22 Other_T L1
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 6.10e-01 -0.0552 0.108 0.22 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 9.19e-01 -0.0113 0.111 0.232 B_Activated L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 7.10e-01 -0.0433 0.116 0.232 B_Activated L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 5.62e-01 0.0536 0.0923 0.219 B_Intermediate L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 5.60e-01 -0.0632 0.108 0.219 B_Intermediate L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 4.34e-01 -0.0716 0.0914 0.22 B_Memory L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 9.20e-01 0.0107 0.106 0.22 B_Memory L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 2.55e-01 0.0929 0.0814 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 7.32e-01 0.0365 0.107 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 9.41e-01 0.00633 0.086 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 8.77e-01 -0.016 0.104 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 8.71e-01 0.00658 0.0405 0.225 CD4_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 5.48e-01 -0.0599 0.0997 0.225 CD4_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 6.41e-01 -0.0535 0.115 0.225 CD4_CTL L2
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 5.71e-01 -0.0341 0.06 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 6.32e-01 -0.0293 0.0612 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 3.61e-01 0.0908 0.0991 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 3.12e-01 -0.086 0.0849 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 6.05e-01 0.036 0.0696 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 5.54e-01 0.0598 0.101 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 9.43e-01 -0.00464 0.0653 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 4.12e-01 -0.0763 0.0927 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 4.24e-01 0.0882 0.11 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 3.91e-02 -0.212 0.102 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 7.16e-01 -0.0169 0.0463 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 2.24e-01 0.105 0.0862 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 5.45e-01 0.064 0.106 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 9.76e-01 0.00324 0.106 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 4.68e-01 0.0532 0.0732 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 7.47e-01 -0.0285 0.0881 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 3.89e-01 -0.0931 0.108 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 8.25e-01 0.0239 0.108 0.215 CD8_TCM L2
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 3.26e-01 0.0572 0.0581 0.215 CD8_TCM L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 9.41e-01 0.00696 0.0937 0.215 CD8_TCM L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 4.04e-01 -0.0975 0.117 0.215 CD8_TCM L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 4.66e-01 -0.071 0.0972 0.212 CD8_TEM L2
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 3.40e-01 -0.0222 0.0232 0.212 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 5.05e-01 -0.0734 0.11 0.212 CD8_TEM L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 7.92e-01 0.03 0.113 0.212 CD8_TEM L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 5.86e-02 -0.176 0.0928 0.221 MAIT L2
ENSG00000162437 RAVER2 -119520 sc-eQTL 2.42e-01 -0.117 0.0994 0.221 MAIT L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 4.44e-01 -0.0826 0.108 0.221 MAIT L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 6.10e-01 0.0515 0.101 0.222 NK_CD56bright L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 6.94e-01 -0.0273 0.0692 0.222 NK_CD56bright L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 1.04e-01 0.185 0.113 0.222 NK_CD56bright L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 6.18e-01 -0.0532 0.107 0.222 NK_CD56dim L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 2.19e-01 0.0685 0.0555 0.222 NK_CD56dim L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 2.99e-01 -0.117 0.112 0.222 NK_CD56dim L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 9.85e-01 0.00171 0.0924 0.233 NK_HLA L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 2.21e-01 0.088 0.0716 0.233 NK_HLA L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 4.65e-01 0.0816 0.111 0.233 NK_HLA L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 1.97e-01 0.133 0.103 0.222 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 3.99e-01 0.0507 0.06 0.222 NK_cytokine L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 3.58e-01 0.101 0.109 0.222 NK_cytokine L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 9.47e-01 -0.00629 0.0945 0.248 PB L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 9.93e-01 0.00116 0.132 0.248 PB L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 3.04e-01 -0.0723 0.0701 0.22 Pro_T L2
ENSG00000162437 RAVER2 -119520 sc-eQTL 2.50e-01 -0.107 0.0925 0.22 Pro_T L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 9.41e-01 0.00805 0.109 0.22 Pro_T L2
ENSG00000158966 CACHD1 155446 sc-eQTL 2.28e-01 -0.0995 0.0824 0.22 Treg L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 9.48e-01 -0.00573 0.0881 0.22 Treg L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 3.16e-01 0.115 0.114 0.22 Treg L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 5.86e-02 0.204 0.107 0.212 cDC L2
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 5.71e-01 -0.0543 0.0957 0.212 cDC L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 3.96e-01 -0.0759 0.0892 0.212 cDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 -119520 sc-eQTL 7.47e-01 -0.0317 0.0982 0.212 cDC L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 2.49e-02 0.243 0.108 0.212 cDC L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 7.17e-01 -0.0385 0.106 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 9.39e-02 -0.163 0.0971 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 3.71e-01 0.0796 0.0887 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 9.47e-01 -0.00478 0.0718 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 3.95e-01 -0.0883 0.103 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 5.87e-04 -0.334 0.0956 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 8.80e-01 0.0137 0.0907 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 5.72e-01 0.048 0.0848 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 7.56e-01 0.0398 0.128 0.2 gdT L2
ENSG00000162437 RAVER2 -119520 sc-eQTL 9.53e-01 0.00671 0.113 0.2 gdT L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 3.75e-01 0.12 0.135 0.2 gdT L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 9.31e-01 -0.00876 0.101 0.224 intMono L2
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 2.23e-01 -0.116 0.0952 0.224 intMono L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 8.16e-02 0.154 0.0877 0.224 intMono L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 7.28e-01 0.0296 0.0852 0.224 intMono L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 3.55e-01 -0.0943 0.102 0.222 ncMono L2
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 9.29e-01 -0.00816 0.0909 0.222 ncMono L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 9.25e-01 0.00695 0.0736 0.222 ncMono L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 4.28e-01 -0.0829 0.104 0.222 ncMono L2
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 4.55e-01 -0.0813 0.109 0.232 pDC L2
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 2.40e-01 -0.0832 0.0706 0.232 pDC L2
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 1.27e-01 0.144 0.0939 0.232 pDC L2
ENSG00000162437 RAVER2 -119520 sc-eQTL 9.83e-01 0.0023 0.107 0.232 pDC L2
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 6.30e-01 0.0566 0.117 0.232 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 9.20e-01 -0.0081 0.0811 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 2.51e-01 -0.119 0.104 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 2.95e-01 0.0827 0.0788 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 8.58e-01 0.0179 0.0998 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 5.18e-01 -0.067 0.103 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 2.75e-04 -0.355 0.096 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 5.00e-01 0.056 0.0828 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 7.06e-01 0.0262 0.0695 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 7.15e-01 -0.0378 0.103 0.222 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162433 AK4 -521974 sc-eQTL 3.13e-01 -0.0945 0.0934 0.222 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 4.07e-01 0.0523 0.0629 0.222 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 6.20e-01 -0.0436 0.0878 0.222 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116678 LEPR -795077 sc-eQTL 5.93e-01 0.0558 0.104 0.222 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162434 JAK1 -442179 sc-eQTL 7.15e-02 0.0878 0.0484 0.222 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000213625 LEPROT -795012 sc-eQTL 6.11e-01 -0.0549 0.108 0.222 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000116678 LEPR -795077 eQTL 0.00506 -0.0799 0.0284 0.0 0.0 0.197

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina