logo

Genes within 1Mb (chr1:63200546:T:TA):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 1.95e-01 0.158 0.121 0.103 B L1
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 1.33e-01 0.189 0.125 0.103 B L1
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 4.83e-01 0.0885 0.126 0.103 B L1
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 1.95e-01 0.113 0.0873 0.103 B L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 4.80e-02 0.275 0.138 0.103 B L1
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 1.72e-01 0.165 0.121 0.103 B L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 4.47e-01 0.109 0.143 0.103 B L1
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 4.26e-01 -0.0829 0.104 0.103 CD4T L1
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 5.23e-01 -0.0734 0.115 0.103 CD4T L1
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 2.94e-01 0.122 0.116 0.103 CD4T L1
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 3.86e-01 0.0815 0.0937 0.103 CD4T L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.27e-02 0.33 0.131 0.103 CD4T L1
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 3.29e-01 0.089 0.0909 0.103 CD4T L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 6.80e-01 0.0493 0.12 0.103 CD4T L1
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 2.61e-01 0.129 0.114 0.103 CD8T L1
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 2.50e-01 -0.145 0.126 0.103 CD8T L1
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 8.61e-01 -0.0225 0.128 0.103 CD8T L1
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 1.93e-01 0.158 0.121 0.103 CD8T L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 5.67e-02 0.258 0.135 0.103 CD8T L1
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 8.23e-01 0.0237 0.106 0.103 CD8T L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 8.45e-01 -0.0265 0.135 0.103 CD8T L1
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 8.65e-03 0.332 0.125 0.104 DC L1
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 5.60e-01 0.0767 0.131 0.104 DC L1
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 2.01e-01 0.172 0.134 0.104 DC L1
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 2.03e-01 0.134 0.105 0.104 DC L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 9.29e-01 -0.0131 0.147 0.104 DC L1
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 3.32e-01 0.125 0.128 0.104 DC L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 2.57e-01 0.145 0.128 0.104 DC L1
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 4.91e-01 0.0874 0.127 0.103 Mono L1
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 3.21e-01 -0.131 0.132 0.103 Mono L1
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 6.71e-01 -0.0545 0.128 0.103 Mono L1
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 9.80e-01 0.00218 0.0866 0.103 Mono L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 9.93e-03 0.351 0.135 0.103 Mono L1
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 2.54e-01 0.128 0.112 0.103 Mono L1
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 8.51e-01 -0.0202 0.108 0.103 NK L1
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 7.42e-01 0.0416 0.126 0.103 NK L1
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 1.41e-01 -0.153 0.103 0.103 NK L1
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 2.39e-01 0.131 0.111 0.103 NK L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 8.87e-03 0.361 0.136 0.103 NK L1
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 7.31e-01 0.0427 0.124 0.103 NK L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 2.64e-01 0.168 0.15 0.103 NK L1
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 6.77e-01 0.0503 0.121 0.103 Other_T L1
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 3.10e-01 -0.123 0.121 0.103 Other_T L1
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 3.62e-01 -0.113 0.124 0.103 Other_T L1
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 1.59e-01 0.151 0.107 0.103 Other_T L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 2.05e-01 0.121 0.0947 0.103 Other_T L1
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 1.60e-01 -0.116 0.082 0.103 Other_T L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 6.03e-01 -0.0763 0.147 0.103 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 3.47e-01 0.159 0.169 0.092 B_Activated L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 6.12e-01 0.0824 0.162 0.092 B_Activated L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 8.56e-02 -0.259 0.15 0.092 B_Activated L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 4.66e-01 0.116 0.159 0.092 B_Activated L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 3.82e-01 0.136 0.155 0.092 B_Activated L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 8.90e-01 0.0233 0.168 0.092 B_Activated L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 8.48e-01 -0.0281 0.147 0.092 B_Activated L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 4.95e-01 0.0992 0.145 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 8.05e-01 0.0364 0.148 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 7.73e-01 0.0408 0.141 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 9.23e-01 -0.0116 0.119 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 4.80e-01 0.101 0.142 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 7.92e-02 0.249 0.141 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 7.51e-01 -0.0447 0.141 0.103 B_Intermediate L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 8.64e-01 0.0243 0.142 0.103 B_Memory L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 6.12e-01 0.0732 0.144 0.103 B_Memory L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 1.54e-01 0.192 0.135 0.103 B_Memory L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 3.89e-01 -0.111 0.128 0.103 B_Memory L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 2.33e-02 0.332 0.145 0.103 B_Memory L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 7.95e-01 -0.0385 0.148 0.103 B_Memory L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 9.44e-02 0.244 0.145 0.103 B_Memory L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 6.08e-01 0.074 0.144 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 1.00e-01 0.237 0.144 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 8.48e-01 -0.0266 0.138 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 7.42e-02 0.19 0.106 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.68e-01 0.195 0.141 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 3.70e-01 0.112 0.124 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 9.15e-01 -0.0162 0.151 0.103 B_Naive1 L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 3.08e-02 0.306 0.141 0.103 B_Naive2 L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 2.25e-01 -0.18 0.148 0.103 B_Naive2 L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 5.94e-01 0.0763 0.143 0.103 B_Naive2 L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 2.41e-01 0.161 0.137 0.103 B_Naive2 L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.56e-01 0.211 0.148 0.103 B_Naive2 L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 6.79e-01 0.0588 0.142 0.103 B_Naive2 L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 9.84e-01 -0.00303 0.148 0.103 B_Naive2 L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 9.16e-01 -0.0158 0.149 0.105 CD4_CTL L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 2.37e-01 0.186 0.157 0.105 CD4_CTL L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 7.64e-01 -0.0413 0.137 0.105 CD4_CTL L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 5.31e-01 -0.0891 0.142 0.105 CD4_CTL L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 9.26e-02 -0.255 0.151 0.105 CD4_CTL L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 1.37e-01 0.215 0.144 0.105 CD4_CTL L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 6.16e-01 -0.0725 0.144 0.105 CD4_CTL L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 3.40e-01 -0.112 0.117 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 4.04e-01 -0.106 0.127 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 1.12e-01 0.199 0.124 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 5.39e-01 0.068 0.11 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 2.31e-02 0.305 0.133 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 5.79e-01 0.0573 0.103 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 6.93e-01 0.053 0.134 0.103 CD4_Naive L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 3.97e-01 -0.102 0.12 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 7.80e-01 0.0392 0.14 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 9.22e-01 -0.0122 0.124 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 1.53e-01 0.172 0.12 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 6.87e-02 0.258 0.141 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 1.20e-01 0.181 0.116 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 3.24e-01 0.136 0.137 0.103 CD4_TCM L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 4.65e-01 0.104 0.142 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 9.08e-01 0.0166 0.143 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 7.76e-01 0.0396 0.139 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 7.89e-01 0.0362 0.135 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 3.61e-01 0.128 0.139 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 7.74e-01 -0.0381 0.132 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 4.65e-01 -0.106 0.145 0.103 CD4_TEM L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 6.95e-01 -0.0511 0.13 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 9.28e-01 0.0125 0.139 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 9.13e-01 -0.0145 0.131 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 9.47e-01 0.00924 0.14 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 7.02e-01 0.0557 0.145 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 7.70e-01 -0.0381 0.13 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 9.18e-01 -0.0154 0.149 0.103 CD8_CTL L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 9.06e-01 0.0159 0.134 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 9.65e-01 0.00601 0.138 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 6.75e-02 0.261 0.142 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 3.47e-01 0.129 0.137 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 4.89e-02 0.273 0.138 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 7.46e-01 0.0381 0.117 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 1.44e-01 0.191 0.13 0.103 CD8_Naive L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 2.17e-01 0.181 0.147 0.104 CD8_TCM L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 9.80e-01 -0.00368 0.149 0.104 CD8_TCM L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 5.63e-02 -0.276 0.144 0.104 CD8_TCM L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 1.86e-01 -0.196 0.148 0.104 CD8_TCM L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.71e-01 0.197 0.144 0.104 CD8_TCM L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 3.76e-01 0.123 0.139 0.104 CD8_TCM L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 6.41e-01 -0.0687 0.147 0.104 CD8_TCM L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 1.64e-02 0.361 0.149 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 3.75e-01 0.135 0.152 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 8.33e-01 0.0312 0.147 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 5.11e-01 0.0932 0.142 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 5.39e-01 -0.0943 0.153 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 5.57e-01 -0.0861 0.146 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 9.08e-01 0.0173 0.149 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 1.13e-01 0.221 0.139 0.104 MAIT L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 7.82e-01 -0.0384 0.138 0.104 MAIT L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 6.90e-01 0.0529 0.133 0.104 MAIT L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 5.47e-01 0.0843 0.14 0.104 MAIT L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 4.58e-01 0.104 0.14 0.104 MAIT L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 7.41e-01 -0.046 0.139 0.104 MAIT L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 5.57e-01 -0.0848 0.144 0.104 MAIT L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 5.50e-01 0.0888 0.148 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 7.67e-01 -0.0452 0.152 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 4.10e-01 -0.109 0.132 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 8.25e-01 -0.0326 0.147 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 3.02e-01 0.159 0.153 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 8.17e-01 0.0368 0.158 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 3.10e-01 0.154 0.151 0.1 NK_CD56bright L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 2.87e-01 -0.119 0.112 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 8.31e-01 0.0303 0.142 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 7.20e-01 0.0444 0.124 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 8.68e-01 -0.0209 0.126 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.46e-01 0.208 0.142 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 8.79e-01 0.0211 0.139 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 7.17e-02 0.277 0.153 0.103 NK_CD56dim L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 4.85e-01 -0.113 0.161 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 3.18e-01 -0.167 0.167 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 9.96e-01 0.000611 0.128 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 9.53e-01 -0.00876 0.149 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 6.51e-01 0.0708 0.156 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 7.17e-01 0.0593 0.164 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 6.11e-01 -0.0758 0.149 0.1 NK_HLA L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 9.78e-01 0.00347 0.124 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 9.81e-01 -0.00334 0.14 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 1.43e-01 -0.19 0.129 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 1.14e-01 0.209 0.132 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.26e-02 0.341 0.135 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 4.09e-01 -0.119 0.144 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 9.47e-01 0.00972 0.146 0.103 NK_cytokine L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 6.53e-01 -0.076 0.168 0.104 PB L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 3.76e-01 -0.157 0.176 0.104 PB L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 5.16e-01 0.123 0.189 0.104 PB L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 4.71e-01 -0.119 0.165 0.104 PB L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 8.05e-01 0.0407 0.165 0.104 PB L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 3.84e-01 -0.143 0.164 0.104 PB L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 9.72e-01 0.00635 0.181 0.104 PB L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 7.03e-02 -0.239 0.131 0.104 Pro_T L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 6.27e-01 -0.0654 0.135 0.104 Pro_T L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 8.93e-01 -0.0182 0.135 0.104 Pro_T L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 6.45e-01 0.0546 0.118 0.104 Pro_T L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 2.63e-01 0.133 0.118 0.104 Pro_T L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 3.83e-01 -0.0711 0.0814 0.104 Pro_T L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 8.99e-01 -0.0176 0.138 0.104 Pro_T L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 3.04e-01 0.142 0.138 0.103 Treg L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 4.00e-02 -0.302 0.146 0.103 Treg L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 3.66e-01 -0.123 0.135 0.103 Treg L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 2.48e-01 -0.16 0.138 0.103 Treg L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 2.02e-01 0.185 0.144 0.103 Treg L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 1.15e-02 -0.352 0.138 0.103 Treg L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 6.05e-01 -0.0719 0.139 0.103 Treg L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 9.05e-01 0.0174 0.146 0.095 cDC L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 2.72e-03 0.439 0.144 0.095 cDC L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 8.53e-01 0.0269 0.145 0.095 cDC L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 8.78e-01 -0.0194 0.126 0.095 cDC L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 8.90e-01 -0.0222 0.16 0.095 cDC L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 3.03e-01 0.147 0.142 0.095 cDC L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 3.36e-01 0.124 0.128 0.095 cDC L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 5.73e-01 0.0744 0.132 0.103 cMono_IL1B L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 7.32e-02 -0.236 0.131 0.103 cMono_IL1B L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 2.71e-01 -0.153 0.139 0.103 cMono_IL1B L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 5.88e-01 -0.053 0.0979 0.103 cMono_IL1B L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 4.31e-02 0.28 0.137 0.103 cMono_IL1B L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 3.24e-01 0.121 0.122 0.103 cMono_IL1B L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 6.50e-01 0.066 0.145 0.103 cMono_S100A L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 8.63e-01 -0.0255 0.147 0.103 cMono_S100A L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 9.22e-01 -0.0133 0.137 0.103 cMono_S100A L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 8.75e-01 0.0187 0.118 0.103 cMono_S100A L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.36e-01 0.199 0.133 0.103 cMono_S100A L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 6.93e-01 0.0542 0.137 0.103 cMono_S100A L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 4.26e-01 0.124 0.156 0.112 gdT L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 9.81e-02 0.275 0.165 0.112 gdT L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 5.63e-01 -0.0945 0.163 0.112 gdT L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 2.36e-01 0.185 0.155 0.112 gdT L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 3.28e-01 -0.162 0.165 0.112 gdT L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 2.85e-01 -0.168 0.156 0.112 gdT L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 5.20e-01 -0.105 0.163 0.112 gdT L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 2.36e-01 0.177 0.149 0.104 intMono L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 6.32e-01 -0.0667 0.139 0.104 intMono L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 9.73e-01 0.00482 0.142 0.104 intMono L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 9.43e-01 -0.00972 0.136 0.104 intMono L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.81e-01 0.2 0.149 0.104 intMono L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 7.41e-01 -0.0504 0.152 0.104 intMono L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 3.03e-01 -0.147 0.143 0.093 ncMono L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 7.35e-01 0.0533 0.157 0.093 ncMono L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 6.45e-01 -0.0713 0.155 0.093 ncMono L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 5.09e-01 -0.0956 0.144 0.093 ncMono L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 3.19e-01 0.151 0.151 0.093 ncMono L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 9.66e-01 0.00661 0.155 0.093 ncMono L2
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 4.54e-01 0.123 0.164 0.096 pDC L2
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 2.07e-01 -0.201 0.159 0.096 pDC L2
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 3.60e-01 0.149 0.163 0.096 pDC L2
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 5.40e-02 0.281 0.145 0.096 pDC L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.15e-01 0.258 0.163 0.096 pDC L2
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 3.16e-01 -0.168 0.167 0.096 pDC L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 6.11e-01 -0.074 0.145 0.096 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 3.93e-01 0.115 0.135 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 1.86e-01 0.197 0.149 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 9.37e-01 0.0102 0.13 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 5.67e-01 -0.06 0.105 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 3.63e-02 0.287 0.136 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 1.99e-01 0.172 0.133 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 3.50e-01 0.134 0.143 0.103 B_Memory LOneK1K
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 9.05e-02 0.237 0.14 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 4.49e-01 0.11 0.145 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 8.69e-01 0.0223 0.135 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 9.53e-02 0.172 0.102 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 6.01e-02 0.273 0.145 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 5.05e-01 0.0836 0.125 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 9.03e-01 0.0178 0.147 0.103 B_Naive LOneK1K
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 5.98e-01 0.0708 0.134 0.103 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 1.20e-01 -0.202 0.129 0.103 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 5.13e-01 -0.0857 0.131 0.103 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 9.50e-01 0.00567 0.0904 0.103 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 8.40e-03 0.35 0.132 0.103 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 4.19e-01 0.0923 0.114 0.103 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 5.51e-01 0.0788 0.132 0.103 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 3.39e-01 0.144 0.15 0.103 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 7.74e-01 0.0427 0.148 0.103 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 9.57e-01 0.00689 0.127 0.103 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 2.67e-01 0.163 0.147 0.103 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 9.46e-01 -0.00928 0.138 0.103 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000079739 PGM1 -392865 sc-eQTL 6.46e-01 -0.0505 0.11 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -167029 sc-eQTL 9.89e-01 -0.00178 0.132 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 512160 sc-eQTL 2.14e-01 -0.147 0.118 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 416414 sc-eQTL 2.28e-01 0.142 0.117 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 sc-eQTL 1.86e-02 0.327 0.138 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 764249 sc-eQTL 8.05e-01 -0.0313 0.127 0.103 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000203965 EFCAB7 -322826 sc-eQTL 2.07e-01 0.194 0.154 0.103 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000088035 ALG6 -167029 eQTL 0.000324 -0.0813 0.0225 0.0 0.0 0.0927
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 eQTL 1.28e-07 0.263 0.0494 0.00117 0.0 0.0927

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000125703 \N 416414 1.17e-06 7.56e-07 1.76e-07 5.11e-07 1.08e-07 2.64e-07 5.31e-07 5.75e-08 4.61e-07 1.78e-07 4.97e-07 3.65e-07 9.65e-07 2.09e-07 3.35e-07 2e-07 5.06e-07 3.79e-07 1.36e-07 4.13e-07 2.3e-07 4.81e-07 4.2e-07 4.81e-08 9.71e-07 1.76e-07 2.62e-07 4.23e-07 4.15e-07 5.28e-07 3.67e-07 4.32e-08 1.18e-07 5.67e-07 3.16e-07 6.85e-08 2.57e-07 1.09e-07 4.9e-08 1.6e-08 3.31e-08 5.52e-07 6.17e-08 2.68e-08 6.21e-08 4.48e-08 9.52e-08 0.0 4.83e-08
ENSG00000142856 ITGB3BP -393175 1.29e-06 8.78e-07 2.7e-07 6.97e-07 9.82e-08 3.24e-07 6.06e-07 5.56e-08 6.18e-07 2.14e-07 6.56e-07 4.24e-07 1.03e-06 2.57e-07 4.03e-07 2.36e-07 6.07e-07 4.2e-07 1.69e-07 6.11e-07 2.49e-07 5.49e-07 4.66e-07 7.36e-08 1.28e-06 1.94e-07 3.37e-07 4.96e-07 5.16e-07 6.35e-07 3.93e-07 4.85e-08 1.76e-07 7.11e-07 3.6e-07 7.86e-08 3.77e-07 1.13e-07 4.55e-08 1.8e-08 4.4e-08 6.95e-07 1.14e-07 4.15e-08 8.43e-08 7.22e-08 8.01e-08 0.0 4.83e-08