logo

Genes within 1Mb (chr1:62885163:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 6.67e-01 0.0483 0.112 0.12 B L1
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.39e-01 -0.171 0.115 0.12 B L1
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 4.88e-01 0.0805 0.116 0.12 B L1
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 3.21e-01 0.08 0.0804 0.12 B L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 3.52e-01 -0.119 0.128 0.12 B L1
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 5.36e-01 -0.069 0.111 0.12 B L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 6.17e-01 -0.0658 0.131 0.12 B L1
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 4.21e-01 0.077 0.0955 0.12 CD4T L1
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.72e-03 -0.327 0.103 0.12 CD4T L1
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 9.40e-01 -0.00808 0.107 0.12 CD4T L1
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 3.27e-01 -0.0846 0.0861 0.12 CD4T L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.97e-01 -0.0158 0.122 0.12 CD4T L1
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 2.48e-01 -0.0967 0.0835 0.12 CD4T L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 6.78e-01 0.0458 0.11 0.12 CD4T L1
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 2.08e-01 -0.133 0.105 0.12 CD8T L1
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 8.96e-01 -0.0152 0.116 0.12 CD8T L1
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 2.02e-01 -0.15 0.118 0.12 CD8T L1
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 3.07e-01 -0.114 0.112 0.12 CD8T L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 4.12e-01 -0.103 0.125 0.12 CD8T L1
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 1.19e-01 0.152 0.0971 0.12 CD8T L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 1.28e-01 -0.19 0.124 0.12 CD8T L1
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 4.88e-01 -0.0856 0.123 0.115 DC L1
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.30e-01 -0.193 0.127 0.115 DC L1
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 8.87e-01 0.0186 0.13 0.115 DC L1
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 2.34e-01 -0.121 0.102 0.115 DC L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 6.35e-01 0.0679 0.143 0.115 DC L1
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 2.44e-01 -0.145 0.124 0.115 DC L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 5.56e-01 0.0732 0.124 0.115 DC L1
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 3.09e-03 -0.332 0.111 0.12 Mono L1
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.15e-03 -0.379 0.115 0.12 Mono L1
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 2.54e-01 -0.13 0.114 0.12 Mono L1
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 6.14e-01 0.0389 0.0771 0.12 Mono L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 9.39e-01 0.00938 0.122 0.12 Mono L1
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 9.08e-01 0.0115 0.1 0.12 Mono L1
ENSG00000240563 L1TD1 690314 sc-eQTL 9.21e-01 -0.00922 0.0935 0.12 Mono L1
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 3.14e-01 0.102 0.101 0.116 NK L1
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 9.86e-01 0.00209 0.119 0.116 NK L1
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 3.87e-02 -0.201 0.0967 0.116 NK L1
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 7.29e-01 0.0363 0.105 0.116 NK L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 7.12e-01 -0.0481 0.13 0.116 NK L1
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 5.50e-02 -0.223 0.115 0.116 NK L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 1.39e-01 -0.209 0.141 0.116 NK L1
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 1.80e-01 -0.148 0.11 0.12 Other_T L1
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 3.07e-01 0.113 0.111 0.12 Other_T L1
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 3.80e-01 0.0994 0.113 0.12 Other_T L1
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 5.27e-01 0.062 0.0979 0.12 Other_T L1
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 1.91e-01 -0.113 0.0865 0.12 Other_T L1
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 2.27e-01 0.0909 0.075 0.12 Other_T L1
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 6.64e-01 -0.0583 0.134 0.12 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 4.69e-01 0.114 0.157 0.112 B_Activated L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 8.10e-01 -0.0363 0.151 0.112 B_Activated L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 6.67e-02 -0.256 0.139 0.112 B_Activated L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 2.18e-01 -0.181 0.147 0.112 B_Activated L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 5.06e-01 -0.0959 0.144 0.112 B_Activated L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 1.47e-01 -0.226 0.155 0.112 B_Activated L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 8.32e-01 0.0289 0.136 0.112 B_Activated L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 3.88e-01 -0.12 0.139 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 6.73e-01 -0.0598 0.142 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 4.90e-01 -0.0935 0.135 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 2.77e-01 0.125 0.114 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.97e-01 -0.0177 0.136 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 9.54e-01 -0.00782 0.136 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 7.37e-01 -0.0453 0.135 0.118 B_Intermediate L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 9.94e-01 -0.00092 0.132 0.121 B_Memory L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 4.79e-02 -0.266 0.133 0.121 B_Memory L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 5.42e-01 0.077 0.126 0.121 B_Memory L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 9.52e-01 0.00726 0.12 0.121 B_Memory L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 3.32e-01 0.133 0.137 0.121 B_Memory L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 9.87e-01 -0.00229 0.139 0.121 B_Memory L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 6.25e-01 0.0668 0.136 0.121 B_Memory L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 9.21e-01 0.0132 0.134 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.54e-01 -0.191 0.134 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 2.59e-01 0.145 0.128 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 1.37e-01 0.147 0.0985 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 4.52e-01 -0.0988 0.131 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 3.33e-01 -0.112 0.115 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 7.76e-01 0.0399 0.14 0.12 B_Naive1 L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 5.76e-01 0.0738 0.132 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 6.84e-01 -0.0561 0.138 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 5.01e-01 0.0892 0.132 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 4.54e-01 -0.0955 0.127 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.70e-01 0.0226 0.138 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 4.90e-01 0.0909 0.131 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 8.41e-01 -0.0275 0.137 0.12 B_Naive2 L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 1.80e-01 0.19 0.141 0.116 CD4_CTL L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 6.33e-01 -0.0716 0.15 0.116 CD4_CTL L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 4.11e-02 0.267 0.13 0.116 CD4_CTL L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 4.22e-01 0.109 0.135 0.116 CD4_CTL L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 6.13e-01 -0.0734 0.145 0.116 CD4_CTL L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 1.38e-01 0.204 0.137 0.116 CD4_CTL L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 6.81e-01 -0.0567 0.138 0.116 CD4_CTL L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 6.12e-01 0.0546 0.107 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 2.30e-02 -0.264 0.115 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 8.23e-01 -0.0257 0.115 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 4.25e-01 -0.0809 0.101 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.39e-01 -0.0251 0.124 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 4.12e-01 -0.0777 0.0945 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 8.98e-01 0.0158 0.123 0.12 CD4_Naive L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 2.92e-01 0.118 0.112 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.54e-02 -0.314 0.129 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 8.49e-01 -0.022 0.116 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 3.24e-01 -0.111 0.112 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 7.48e-01 -0.0427 0.133 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 2.81e-01 -0.117 0.109 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 6.44e-01 0.0595 0.128 0.12 CD4_TCM L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 5.98e-01 0.0699 0.132 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.94e-01 -0.173 0.133 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 5.08e-01 -0.0861 0.13 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 7.65e-01 -0.0377 0.126 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 4.90e-01 -0.0899 0.13 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 9.93e-01 -0.00113 0.123 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 7.66e-01 -0.0402 0.135 0.12 CD4_TEM L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 4.95e-01 -0.0825 0.121 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 6.24e-01 0.0629 0.128 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 4.03e-01 -0.102 0.122 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 8.31e-02 -0.224 0.129 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 4.76e-01 -0.0961 0.135 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 4.02e-01 0.101 0.12 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 5.06e-01 -0.0919 0.138 0.12 CD8_CTL L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 6.91e-01 -0.0499 0.125 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 4.48e-01 -0.0984 0.129 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 7.67e-01 -0.0397 0.134 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 9.54e-01 -0.00736 0.129 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 3.64e-01 -0.118 0.13 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 3.77e-01 0.0973 0.11 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 9.45e-01 -0.00853 0.123 0.12 CD8_Naive L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 4.50e-02 -0.281 0.139 0.116 CD8_TCM L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 6.94e-01 -0.0563 0.143 0.116 CD8_TCM L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 4.53e-01 0.105 0.139 0.116 CD8_TCM L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 5.67e-01 -0.0817 0.142 0.116 CD8_TCM L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 4.67e-01 -0.101 0.138 0.116 CD8_TCM L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 4.81e-01 0.0939 0.133 0.116 CD8_TCM L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 5.35e-01 -0.0875 0.141 0.116 CD8_TCM L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 9.68e-01 0.00553 0.139 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 6.66e-01 0.0603 0.139 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 9.74e-01 -0.00442 0.135 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 5.60e-01 0.0758 0.13 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.46e-01 -0.0273 0.141 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 9.58e-01 0.00709 0.134 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 4.22e-02 -0.276 0.135 0.119 CD8_TEM L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 3.44e-01 -0.124 0.131 0.119 MAIT L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 2.63e-01 0.146 0.13 0.119 MAIT L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 6.71e-02 0.228 0.124 0.119 MAIT L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 2.35e-01 0.156 0.131 0.119 MAIT L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 1.79e-01 -0.177 0.131 0.119 MAIT L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 2.65e-01 -0.146 0.13 0.119 MAIT L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 9.70e-01 -0.00506 0.136 0.119 MAIT L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 4.18e-01 -0.109 0.134 0.12 NK_CD56bright L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 7.44e-01 -0.0449 0.137 0.12 NK_CD56bright L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 2.20e-02 -0.271 0.117 0.12 NK_CD56bright L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 1.21e-01 -0.206 0.132 0.12 NK_CD56bright L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 4.28e-02 -0.279 0.137 0.12 NK_CD56bright L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 2.54e-01 -0.163 0.142 0.12 NK_CD56bright L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 1.25e-02 -0.339 0.135 0.12 NK_CD56bright L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 7.47e-01 0.0342 0.106 0.116 NK_CD56dim L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 4.10e-01 -0.11 0.134 0.116 NK_CD56dim L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 4.49e-01 -0.0883 0.116 0.116 NK_CD56dim L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 2.27e-01 -0.143 0.118 0.116 NK_CD56dim L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.08e-01 -0.0328 0.135 0.116 NK_CD56dim L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 2.08e-01 -0.164 0.13 0.116 NK_CD56dim L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 1.63e-01 -0.203 0.145 0.116 NK_CD56dim L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 8.62e-01 -0.0247 0.142 0.121 NK_HLA L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 2.98e-01 -0.154 0.147 0.121 NK_HLA L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 3.85e-01 0.0979 0.113 0.121 NK_HLA L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 1.72e-01 0.179 0.131 0.121 NK_HLA L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.77e-01 0.0213 0.138 0.121 NK_HLA L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 8.88e-01 0.0204 0.144 0.121 NK_HLA L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 3.98e-01 -0.111 0.131 0.121 NK_HLA L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 2.09e-01 0.144 0.115 0.116 NK_cytokine L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 2.62e-01 0.146 0.13 0.116 NK_cytokine L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 2.64e-02 -0.266 0.119 0.116 NK_cytokine L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 3.00e-02 0.266 0.122 0.116 NK_cytokine L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 6.99e-01 -0.0493 0.128 0.116 NK_cytokine L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 7.81e-02 -0.236 0.133 0.116 NK_cytokine L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 8.07e-01 0.0332 0.136 0.116 NK_cytokine L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 1.78e-01 -0.222 0.164 0.115 PB L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 8.57e-01 0.0312 0.173 0.115 PB L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 4.34e-01 0.145 0.185 0.115 PB L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 5.59e-03 0.442 0.156 0.115 PB L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 2.01e-01 -0.206 0.16 0.115 PB L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 3.98e-01 -0.136 0.16 0.115 PB L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 6.18e-01 -0.0887 0.177 0.115 PB L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 2.71e-01 -0.133 0.121 0.12 Pro_T L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 9.70e-01 -0.0047 0.123 0.12 Pro_T L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 6.52e-01 0.0557 0.123 0.12 Pro_T L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 6.99e-01 -0.0418 0.108 0.12 Pro_T L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 7.56e-01 -0.0337 0.108 0.12 Pro_T L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 9.08e-01 -0.00861 0.0745 0.12 Pro_T L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 6.15e-01 0.0634 0.126 0.12 Pro_T L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 3.34e-01 -0.126 0.13 0.12 Treg L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.24e-01 -0.215 0.139 0.12 Treg L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 1.65e-01 -0.178 0.128 0.12 Treg L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 7.21e-01 -0.0469 0.131 0.12 Treg L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 2.61e-01 0.154 0.137 0.12 Treg L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 8.68e-01 0.0221 0.133 0.12 Treg L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 3.15e-01 -0.132 0.131 0.12 Treg L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 5.30e-01 -0.0835 0.133 0.112 cDC L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 4.40e-01 -0.104 0.134 0.112 cDC L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 5.94e-01 0.0706 0.132 0.112 cDC L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 2.35e-01 -0.136 0.114 0.112 cDC L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 1.05e-01 0.235 0.144 0.112 cDC L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 5.76e-01 -0.0725 0.129 0.112 cDC L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 4.06e-01 -0.0971 0.117 0.112 cDC L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 2.26e-03 -0.357 0.116 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 3.34e-03 -0.344 0.116 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 5.66e-01 -0.0716 0.125 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 8.14e-01 0.0207 0.0877 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.35e-02 -0.214 0.123 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 8.92e-01 0.0149 0.11 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000240563 L1TD1 690314 sc-eQTL 8.82e-01 0.0163 0.11 0.12 cMono_IL1B L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 5.49e-02 -0.251 0.13 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 7.55e-02 -0.235 0.132 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 5.09e-02 -0.239 0.122 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 4.19e-01 0.0862 0.106 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 4.58e-02 0.239 0.119 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 7.44e-01 0.0404 0.124 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000240563 L1TD1 690314 sc-eQTL 9.22e-01 -0.0101 0.103 0.12 cMono_S100A L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 4.38e-01 0.122 0.157 0.109 gdT L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.29e-01 0.254 0.166 0.109 gdT L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 7.01e-01 -0.0633 0.164 0.109 gdT L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 8.85e-01 0.0228 0.157 0.109 gdT L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.68e-01 -0.0277 0.167 0.109 gdT L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 6.33e-01 0.0756 0.158 0.109 gdT L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 8.18e-02 -0.285 0.162 0.109 gdT L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 1.29e-01 -0.204 0.134 0.12 intMono L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 3.44e-02 -0.264 0.124 0.12 intMono L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 2.14e-01 0.159 0.128 0.12 intMono L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 7.87e-01 -0.0331 0.122 0.12 intMono L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 3.52e-01 0.125 0.135 0.12 intMono L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 4.27e-01 -0.109 0.137 0.12 intMono L2
ENSG00000240563 L1TD1 690314 sc-eQTL 6.94e-01 -0.0397 0.101 0.12 intMono L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 8.59e-01 -0.0214 0.121 0.118 ncMono L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 2.59e-02 0.295 0.131 0.118 ncMono L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 5.80e-01 -0.0724 0.131 0.118 ncMono L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 7.81e-02 0.215 0.121 0.118 ncMono L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.48e-01 0.0246 0.128 0.118 ncMono L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 2.94e-01 -0.137 0.13 0.118 ncMono L2
ENSG00000240563 L1TD1 690314 sc-eQTL 9.18e-01 -0.0096 0.0926 0.118 ncMono L2
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 6.21e-01 -0.0731 0.148 0.121 pDC L2
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 5.08e-01 -0.0953 0.144 0.121 pDC L2
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 6.10e-01 -0.075 0.147 0.121 pDC L2
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 9.93e-01 0.00117 0.132 0.121 pDC L2
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 5.99e-01 0.0778 0.148 0.121 pDC L2
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 7.45e-01 -0.049 0.151 0.121 pDC L2
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 4.80e-01 0.0925 0.131 0.121 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 2.95e-01 -0.133 0.126 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 4.43e-02 -0.281 0.139 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 9.60e-01 0.00617 0.122 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 6.73e-01 0.0415 0.0983 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 9.76e-01 0.00383 0.129 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 9.79e-01 -0.00338 0.125 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 6.66e-01 -0.0581 0.135 0.12 B_Memory LOneK1K
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 6.27e-01 0.0632 0.13 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 1.42e-01 -0.196 0.133 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 2.83e-01 0.134 0.125 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 4.12e-01 0.0782 0.0951 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 5.83e-01 -0.074 0.135 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 6.50e-01 -0.0526 0.116 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 7.62e-01 -0.041 0.135 0.12 B_Naive LOneK1K
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 2.79e-03 -0.358 0.118 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 2.33e-04 -0.424 0.113 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 1.94e-01 -0.153 0.117 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 7.19e-01 0.0294 0.0814 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 8.64e-01 -0.0207 0.121 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 6.96e-01 0.0403 0.103 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000240563 L1TD1 690314 sc-eQTL 7.92e-01 0.0294 0.112 0.12 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 1.52e-01 -0.171 0.119 0.116 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 7.49e-01 0.0435 0.136 0.116 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 5.57e-01 0.0789 0.134 0.116 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 1.75e-01 0.155 0.114 0.116 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 1.44e-01 0.194 0.132 0.116 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 4.96e-01 -0.085 0.125 0.116 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000240563 L1TD1 690314 sc-eQTL 7.07e-01 0.032 0.085 0.116 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000079739 PGM1 -708248 sc-eQTL 4.13e-01 0.0842 0.103 0.116 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000088035 ALG6 -482412 sc-eQTL 8.00e-01 -0.0314 0.124 0.116 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000116641 DOCK7 196777 sc-eQTL 1.15e-01 -0.174 0.11 0.116 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000125703 ATG4C 101031 sc-eQTL 5.96e-01 0.0586 0.11 0.116 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000142856 ITGB3BP -708558 sc-eQTL 6.94e-01 -0.0516 0.131 0.116 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 448866 sc-eQTL 3.29e-02 -0.252 0.118 0.116 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000203965 EFCAB7 -638209 sc-eQTL 4.13e-01 -0.119 0.144 0.116 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000125703 ATG4C 101031 eQTL 0.00751 0.068 0.0254 0.0 0.0 0.117

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000125703 ATG4C 101031 5.13e-06 5.09e-06 6.5e-07 3.29e-06 1.72e-06 1.53e-06 6.45e-06 1.22e-06 4.83e-06 2.76e-06 6.19e-06 3.18e-06 8.21e-06 1.71e-06 9.55e-07 3.78e-06 2.24e-06 3.99e-06 1.75e-06 2.02e-06 2.74e-06 5.39e-06 4.85e-06 1.95e-06 7.94e-06 2.2e-06 2.69e-06 1.74e-06 5.45e-06 5.73e-06 2.62e-06 5.72e-07 6.67e-07 2.75e-06 2.07e-06 1.68e-06 1.3e-06 5.41e-07 1.38e-06 8.05e-07 1.01e-06 6.04e-06 6.47e-07 1.58e-07 6.74e-07 1.1e-06 1.05e-06 6.26e-07 5.59e-07