logo

Genes within 1Mb (chr1:61630492:G:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 6.33e-01 0.0541 0.113 0.09 B L1
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 4.20e-01 -0.0914 0.113 0.09 B L1
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 8.96e-01 -0.0169 0.129 0.09 B L1
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 7.46e-01 -0.0264 0.0814 0.09 CD4T L1
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 6.90e-03 -0.333 0.122 0.09 CD4T L1
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 7.34e-01 -0.0337 0.099 0.09 CD4T L1
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 3.65e-01 -0.0882 0.0972 0.09 CD4T L1
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 6.78e-01 -0.0337 0.0811 0.09 CD8T L1
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 5.43e-01 0.0786 0.129 0.09 CD8T L1
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 4.48e-01 -0.0924 0.122 0.09 CD8T L1
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 7.16e-01 0.0423 0.116 0.09 CD8T L1
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 7.01e-01 0.0493 0.128 0.092 DC L1
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 7.65e-01 -0.0398 0.133 0.092 DC L1
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 8.30e-01 -0.0299 0.139 0.092 DC L1
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 6.07e-03 -0.246 0.0887 0.09 Mono L1
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 6.57e-01 -0.0447 0.101 0.09 Mono L1
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 4.71e-01 -0.0848 0.117 0.09 Mono L1
ENSG00000240563 L1TD1 -564357 sc-eQTL 6.92e-01 -0.0435 0.11 0.09 Mono L1
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 3.44e-01 0.11 0.116 0.09 NK L1
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 1.22e-01 -0.209 0.134 0.09 NK L1
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 2.50e-01 -0.137 0.119 0.09 NK L1
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 2.19e-01 -0.162 0.131 0.09 NK L1
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 5.07e-01 0.0717 0.108 0.09 Other_T L1
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 6.69e-02 -0.258 0.14 0.09 Other_T L1
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 8.97e-01 -0.0164 0.127 0.09 Other_T L1
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 1.06e-01 0.144 0.0886 0.09 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 4.99e-01 -0.0968 0.143 0.094 B_Activated L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 8.36e-01 -0.0376 0.182 0.094 B_Activated L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 8.32e-01 0.0378 0.178 0.094 B_Activated L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 1.23e-01 0.212 0.137 0.09 B_Intermediate L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 5.27e-01 0.0918 0.145 0.09 B_Intermediate L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 9.72e-01 0.00539 0.152 0.09 B_Intermediate L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 9.24e-01 0.0131 0.138 0.091 B_Memory L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 2.04e-01 -0.196 0.154 0.091 B_Memory L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 6.46e-01 0.0732 0.159 0.091 B_Memory L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 1.46e-01 0.213 0.146 0.09 B_Naive1 L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 2.06e-01 -0.171 0.134 0.09 B_Naive1 L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 9.90e-01 -0.00161 0.133 0.09 B_Naive1 L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 6.05e-02 -0.279 0.148 0.09 B_Naive2 L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 7.17e-02 0.271 0.149 0.09 B_Naive2 L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 4.73e-01 0.108 0.15 0.09 B_Naive2 L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 9.25e-02 -0.195 0.115 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 5.65e-01 -0.0812 0.141 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 8.51e-01 -0.0279 0.148 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 7.93e-01 -0.0388 0.148 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 8.36e-01 0.0173 0.0833 0.09 CD4_Naive L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 5.85e-02 -0.247 0.13 0.09 CD4_Naive L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 3.23e-01 0.118 0.12 0.09 CD4_Naive L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 4.30e-01 -0.0875 0.111 0.09 CD4_Naive L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 5.70e-03 -0.285 0.102 0.09 CD4_TCM L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 2.18e-01 -0.172 0.139 0.09 CD4_TCM L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 7.49e-01 -0.0389 0.121 0.09 CD4_TCM L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 7.69e-01 -0.0367 0.125 0.09 CD4_TCM L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 3.70e-02 0.282 0.134 0.09 CD4_TEM L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 9.52e-02 -0.252 0.15 0.09 CD4_TEM L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 8.10e-02 -0.249 0.142 0.09 CD4_TEM L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 5.06e-01 0.0948 0.142 0.09 CD4_TEM L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 9.51e-04 -0.467 0.139 0.09 CD8_CTL L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 6.55e-01 0.0676 0.151 0.09 CD8_CTL L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 1.33e-01 -0.197 0.131 0.09 CD8_CTL L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 1.35e-01 -0.21 0.14 0.09 CD8_CTL L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 8.44e-01 0.022 0.112 0.09 CD8_Naive L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 9.48e-01 -0.00946 0.146 0.09 CD8_Naive L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 8.18e-01 -0.0315 0.137 0.09 CD8_Naive L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 2.33e-01 0.149 0.125 0.09 CD8_Naive L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 5.76e-01 0.0822 0.147 0.09 CD8_TCM L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 6.99e-01 0.0612 0.158 0.09 CD8_TCM L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 5.77e-01 -0.0835 0.149 0.09 CD8_TCM L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 9.90e-01 0.00193 0.149 0.09 CD8_TCM L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 3.23e-01 0.149 0.15 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 3.86e-01 0.135 0.156 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 4.65e-01 -0.112 0.153 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 7.40e-02 -0.274 0.152 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 7.35e-01 -0.0432 0.128 0.089 MAIT L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 1.68e-01 -0.202 0.146 0.089 MAIT L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 2.34e-01 0.173 0.145 0.089 MAIT L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 7.23e-01 -0.0531 0.15 0.089 MAIT L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 3.02e-01 0.152 0.147 0.091 NK_CD56bright L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 5.90e-01 -0.0794 0.147 0.091 NK_CD56bright L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 3.09e-02 0.323 0.148 0.091 NK_CD56bright L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 1.55e-01 -0.229 0.161 0.091 NK_CD56bright L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 7.27e-01 0.0506 0.145 0.091 NK_CD56dim L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 3.20e-01 -0.145 0.145 0.091 NK_CD56dim L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 1.33e-01 -0.206 0.137 0.091 NK_CD56dim L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 2.64e-01 -0.164 0.147 0.091 NK_CD56dim L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 9.09e-02 -0.236 0.139 0.089 NK_HLA L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 4.41e-02 -0.298 0.147 0.089 NK_HLA L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 7.14e-01 -0.0582 0.159 0.089 NK_HLA L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 3.68e-02 -0.344 0.164 0.089 NK_HLA L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 2.30e-01 0.177 0.147 0.091 NK_cytokine L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 2.33e-01 -0.173 0.144 0.091 NK_cytokine L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 3.16e-01 -0.145 0.144 0.091 NK_cytokine L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 7.85e-01 0.0417 0.152 0.091 NK_cytokine L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 7.40e-01 -0.0589 0.177 0.111 PB L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 2.01e-01 0.22 0.171 0.111 PB L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 2.33e-01 -0.202 0.169 0.111 PB L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 5.48e-01 0.0817 0.136 0.089 Pro_T L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 7.15e-02 -0.248 0.137 0.089 Pro_T L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 8.73e-01 0.0244 0.152 0.089 Pro_T L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 9.89e-01 0.00122 0.086 0.089 Pro_T L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 4.66e-01 0.1 0.137 0.09 Treg L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 3.40e-01 -0.139 0.145 0.09 Treg L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 2.74e-01 -0.166 0.151 0.09 Treg L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 1.01e-01 -0.246 0.149 0.09 Treg L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 6.43e-01 -0.0638 0.138 0.088 cDC L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 8.71e-01 0.0263 0.162 0.088 cDC L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 7.18e-01 -0.0529 0.146 0.088 cDC L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 1.03e-01 -0.158 0.0963 0.09 cMono_IL1B L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 7.51e-01 -0.0339 0.107 0.09 cMono_IL1B L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 6.90e-01 -0.0516 0.129 0.09 cMono_IL1B L2
ENSG00000240563 L1TD1 -564357 sc-eQTL 9.04e-01 -0.0157 0.13 0.09 cMono_IL1B L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 3.89e-02 -0.22 0.106 0.09 cMono_S100A L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 7.80e-01 -0.0358 0.128 0.09 cMono_S100A L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 8.99e-01 -0.0185 0.146 0.09 cMono_S100A L2
ENSG00000240563 L1TD1 -564357 sc-eQTL 4.22e-01 -0.0975 0.121 0.09 cMono_S100A L2
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 6.47e-01 -0.0799 0.174 0.085 gdT L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 6.60e-01 0.0785 0.178 0.085 gdT L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 8.22e-01 0.0414 0.184 0.085 gdT L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 4.91e-01 0.124 0.179 0.085 gdT L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 9.71e-01 -0.00502 0.137 0.087 intMono L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 5.58e-01 -0.0889 0.152 0.087 intMono L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 3.39e-01 0.154 0.16 0.087 intMono L2
ENSG00000240563 L1TD1 -564357 sc-eQTL 5.79e-01 0.0656 0.118 0.087 intMono L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 3.42e-01 -0.142 0.149 0.09 ncMono L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 6.34e-01 -0.0723 0.152 0.09 ncMono L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 6.00e-01 -0.0789 0.15 0.09 ncMono L2
ENSG00000240563 L1TD1 -564357 sc-eQTL 4.26e-01 0.085 0.106 0.09 ncMono L2
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 5.52e-01 0.0865 0.145 0.093 pDC L2
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 2.29e-01 -0.177 0.147 0.093 pDC L2
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 7.94e-01 -0.0451 0.172 0.093 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 4.06e-01 0.103 0.124 0.09 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 6.80e-01 -0.0582 0.141 0.09 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 6.93e-01 0.0566 0.143 0.09 B_Memory LOneK1K
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 6.59e-01 0.0582 0.132 0.09 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 6.61e-01 -0.0553 0.126 0.09 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 8.55e-01 0.0244 0.134 0.09 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 1.46e-02 -0.223 0.0905 0.09 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 7.34e-01 -0.034 0.1 0.09 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 8.54e-01 -0.0224 0.121 0.09 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000240563 L1TD1 -564357 sc-eQTL 6.27e-01 -0.0641 0.132 0.09 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 5.98e-01 -0.0676 0.128 0.088 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 5.30e-01 -0.0954 0.152 0.088 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 9.13e-01 0.0155 0.142 0.088 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000240563 L1TD1 -564357 sc-eQTL 7.03e-01 0.0368 0.0967 0.088 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000132849 PATJ -111914 sc-eQTL 4.33e-01 0.106 0.134 0.091 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162599 NFIA 765233 sc-eQTL 1.54e-01 -0.196 0.137 0.091 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162604 TM2D1 -94931 sc-eQTL 7.04e-02 -0.223 0.122 0.091 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162607 USP1 -805805 sc-eQTL 5.32e-01 -0.084 0.134 0.091 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000162599 \N 765233 2.6e-07 1.11e-07 3.34e-08 1.68e-07 1.02e-07 9.05e-08 1.39e-07 5.24e-08 1.36e-07 4.23e-08 1.61e-07 7.49e-08 1.23e-07 6.07e-08 5.14e-08 7.76e-08 5.12e-08 1.06e-07 5.12e-08 2.85e-08 1.03e-07 1.31e-07 1.31e-07 5.19e-08 1.32e-07 1.09e-07 1.11e-07 8.49e-08 1.05e-07 1.09e-07 9.5e-08 3.52e-08 2.75e-08 8e-08 9.69e-08 4.26e-08 4.96e-08 8.78e-08 8.14e-08 3.74e-08 3.66e-08 1.37e-07 4.12e-08 2.24e-08 1.09e-07 1.78e-08 1.46e-07 4.7e-09 4.61e-08