logo

Genes within 1Mb (chr1:59577810:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 1.82e-01 0.127 0.0949 0.19 B L1
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.60e-01 -0.0837 0.074 0.19 B L1
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 4.81e-01 0.0733 0.104 0.19 B L1
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 2.55e-01 0.0759 0.0665 0.19 B L1
ENSG00000237352 LINC01358 644167 sc-eQTL 3.03e-01 -0.0813 0.0788 0.19 B L1
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 2.28e-01 -0.0747 0.0618 0.19 CD4T L1
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 7.72e-01 -0.0159 0.055 0.19 CD4T L1
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 7.40e-01 0.0352 0.106 0.19 CD4T L1
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 6.03e-01 -0.0327 0.0627 0.19 CD4T L1
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 8.23e-01 0.0134 0.0595 0.19 CD8T L1
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.61e-02 -0.153 0.0683 0.19 CD8T L1
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 4.03e-01 0.0893 0.107 0.19 CD8T L1
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 9.06e-01 -0.00697 0.0587 0.19 CD8T L1
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 4.04e-01 0.0886 0.106 0.194 DC L1
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 7.37e-01 -0.033 0.0979 0.194 DC L1
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 6.78e-01 0.0381 0.0915 0.194 DC L1
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.34e-01 0.098 0.082 0.19 Mono L1
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 7.92e-01 -0.0284 0.108 0.19 Mono L1
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 6.41e-01 -0.0339 0.0726 0.19 Mono L1
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 9.13e-01 0.00789 0.0719 0.191 NK L1
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 8.27e-01 0.0229 0.105 0.191 NK L1
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 7.90e-01 0.0173 0.0649 0.191 NK L1
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 9.14e-01 0.00991 0.0921 0.19 Other_T L1
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 1.95e-01 -0.131 0.101 0.19 Other_T L1
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 2.19e-01 0.134 0.109 0.19 Other_T L1
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 1.62e-01 -0.0819 0.0583 0.19 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 5.12e-01 0.0632 0.0961 0.189 B_Activated L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 6.32e-01 0.0592 0.123 0.189 B_Activated L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 7.87e-01 -0.0305 0.113 0.189 B_Activated L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 8.17e-01 -0.0239 0.103 0.189 B_Activated L2
ENSG00000237352 LINC01358 644167 sc-eQTL 2.03e-01 0.133 0.104 0.189 B_Activated L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 9.21e-02 0.179 0.106 0.191 B_Intermediate L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.81e-01 -0.103 0.0958 0.191 B_Intermediate L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 6.37e-01 0.0487 0.103 0.191 B_Intermediate L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 5.10e-01 0.0452 0.0685 0.191 B_Intermediate L2
ENSG00000237352 LINC01358 644167 sc-eQTL 3.36e-02 -0.195 0.0913 0.191 B_Intermediate L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 8.72e-01 -0.0155 0.0962 0.19 B_Memory L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.32e-01 0.127 0.106 0.19 B_Memory L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 6.11e-01 -0.0565 0.111 0.19 B_Memory L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 1.23e-01 0.122 0.0788 0.19 B_Memory L2
ENSG00000237352 LINC01358 644167 sc-eQTL 6.16e-01 -0.0481 0.0957 0.19 B_Memory L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 8.51e-01 0.0194 0.103 0.19 B_Naive1 L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 3.35e-01 -0.075 0.0776 0.19 B_Naive1 L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 3.81e-01 0.0982 0.112 0.19 B_Naive1 L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 4.58e-01 0.0479 0.0644 0.19 B_Naive1 L2
ENSG00000237352 LINC01358 644167 sc-eQTL 3.30e-01 0.0898 0.0919 0.19 B_Naive1 L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 8.86e-01 -0.015 0.104 0.191 B_Naive2 L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 1.44e-01 -0.142 0.0965 0.191 B_Naive2 L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 1.91e-01 0.139 0.106 0.191 B_Naive2 L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 6.46e-01 0.0341 0.0742 0.191 B_Naive2 L2
ENSG00000237352 LINC01358 644167 sc-eQTL 9.60e-01 0.00443 0.0878 0.191 B_Naive2 L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 1.36e-01 -0.139 0.0931 0.184 CD4_CTL L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 7.21e-01 0.0404 0.113 0.184 CD4_CTL L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 3.36e-01 0.0968 0.1 0.184 CD4_CTL L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 4.37e-01 -0.07 0.0898 0.184 CD4_CTL L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 1.09e-01 -0.119 0.074 0.19 CD4_Naive L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 9.94e-01 -0.00047 0.0639 0.19 CD4_Naive L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 4.60e-01 0.0802 0.108 0.19 CD4_Naive L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 6.28e-01 -0.0299 0.0615 0.19 CD4_Naive L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 3.60e-01 -0.0756 0.0824 0.19 CD4_TCM L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 8.04e-01 -0.0188 0.0757 0.19 CD4_TCM L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 3.01e-01 -0.112 0.108 0.19 CD4_TCM L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 9.89e-01 0.000933 0.0701 0.19 CD4_TCM L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 4.69e-01 -0.0789 0.109 0.19 CD4_TEM L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 8.62e-01 -0.0167 0.096 0.19 CD4_TEM L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 2.21e-01 0.128 0.104 0.19 CD4_TEM L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 1.65e-01 -0.111 0.0796 0.19 CD4_TEM L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 5.33e-01 0.0594 0.095 0.19 CD8_CTL L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 3.73e-02 -0.172 0.082 0.19 CD8_CTL L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 3.35e-01 0.103 0.106 0.19 CD8_CTL L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 1.91e-01 -0.0921 0.0701 0.19 CD8_CTL L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 3.74e-01 -0.0813 0.0912 0.19 CD8_Naive L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.56e-01 -0.1 0.0881 0.19 CD8_Naive L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 8.83e-01 0.0163 0.111 0.19 CD8_Naive L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 9.86e-01 0.00132 0.0756 0.19 CD8_Naive L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 5.37e-01 0.064 0.103 0.194 CD8_TCM L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 7.93e-01 -0.0301 0.115 0.194 CD8_TCM L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 6.67e-01 0.0476 0.11 0.194 CD8_TCM L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 2.69e-01 -0.0897 0.0809 0.194 CD8_TCM L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 3.27e-01 -0.0929 0.0945 0.192 CD8_TEM L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 9.55e-01 0.00623 0.111 0.192 CD8_TEM L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 4.42e-01 0.0838 0.109 0.192 CD8_TEM L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 2.57e-01 -0.0902 0.0793 0.192 CD8_TEM L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 7.25e-01 -0.0351 0.0994 0.19 MAIT L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 5.94e-02 -0.208 0.11 0.19 MAIT L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 2.78e-01 0.116 0.107 0.19 MAIT L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 4.07e-01 -0.063 0.0758 0.19 MAIT L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 5.32e-01 -0.0655 0.105 0.193 NK_CD56bright L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 8.26e-01 -0.0234 0.106 0.193 NK_CD56bright L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 9.75e-01 -0.00254 0.0801 0.193 NK_CD56bright L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.69e-01 0.0916 0.0825 0.19 NK_CD56dim L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 1.70e-01 0.151 0.109 0.19 NK_CD56dim L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 6.85e-01 -0.0294 0.0723 0.19 NK_CD56dim L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.65e-01 0.118 0.105 0.196 NK_HLA L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 9.72e-01 -0.00377 0.106 0.196 NK_HLA L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 8.87e-01 -0.0136 0.0959 0.196 NK_HLA L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 6.01e-02 -0.166 0.088 0.19 NK_cytokine L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 6.17e-02 -0.19 0.101 0.19 NK_cytokine L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 8.92e-01 0.00943 0.0693 0.19 NK_cytokine L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 9.99e-02 0.195 0.118 0.211 PB L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 3.28e-01 -0.114 0.116 0.211 PB L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 8.74e-01 0.0185 0.117 0.211 PB L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 4.15e-01 -0.099 0.121 0.211 PB L2
ENSG00000237352 LINC01358 644167 sc-eQTL 1.84e-01 -0.132 0.0987 0.211 PB L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 4.58e-01 -0.067 0.0901 0.191 Pro_T L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 7.09e-01 -0.0414 0.111 0.191 Pro_T L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 2.82e-01 -0.113 0.105 0.191 Pro_T L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 2.41e-01 -0.0838 0.0712 0.191 Pro_T L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 8.31e-01 -0.0193 0.0904 0.19 Treg L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 3.85e-01 -0.087 0.0999 0.19 Treg L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 1.36e-01 0.155 0.103 0.19 Treg L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 8.93e-01 -0.0077 0.057 0.19 Treg L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 1.79e-01 0.147 0.109 0.198 cDC L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 7.06e-01 0.037 0.098 0.198 cDC L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 8.97e-01 -0.0114 0.0878 0.198 cDC L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 7.34e-01 0.0295 0.0868 0.19 cMono_IL1B L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 9.87e-01 0.00163 0.103 0.19 cMono_IL1B L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 3.14e-01 -0.0763 0.0756 0.19 cMono_IL1B L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 7.20e-01 -0.0341 0.0949 0.19 cMono_S100A L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 4.90e-01 -0.0732 0.106 0.19 cMono_S100A L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 5.71e-01 0.0492 0.0866 0.19 cMono_S100A L2
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 5.41e-02 0.216 0.111 0.191 gdT L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 6.60e-01 0.0603 0.137 0.191 gdT L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 5.93e-01 0.0657 0.123 0.191 gdT L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 1.97e-01 -0.11 0.0851 0.191 gdT L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.58e-01 0.128 0.113 0.196 intMono L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 5.78e-01 -0.0551 0.0989 0.196 intMono L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 4.12e-01 -0.0712 0.0866 0.196 intMono L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 1.88e-01 0.145 0.11 0.192 ncMono L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 7.78e-01 -0.0291 0.103 0.192 ncMono L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 7.76e-01 -0.0239 0.0839 0.192 ncMono L2
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 7.13e-01 -0.0421 0.114 0.201 pDC L2
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 8.12e-01 -0.0243 0.102 0.201 pDC L2
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 5.16e-01 -0.0638 0.0981 0.201 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 2.86e-01 0.1 0.0937 0.19 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 6.41e-01 0.041 0.0878 0.19 B_Memory LOneK1K
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 7.52e-01 -0.0311 0.098 0.19 B_Memory LOneK1K
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 1.41e-01 0.1 0.0677 0.19 B_Memory LOneK1K
ENSG00000237352 LINC01358 644167 sc-eQTL 6.17e-01 -0.0502 0.1 0.19 B_Memory LOneK1K
ENSG00000134709 HOOK1 -236976 sc-eQTL 9.01e-01 -0.0123 0.0991 0.19 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 1.25e-01 -0.12 0.0782 0.19 B_Naive LOneK1K
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 1.08e-01 0.169 0.104 0.19 B_Naive LOneK1K
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 4.96e-02 0.129 0.0655 0.19 B_Naive LOneK1K
ENSG00000237352 LINC01358 644167 sc-eQTL 3.29e-01 0.0958 0.0979 0.19 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 8.24e-01 0.0176 0.079 0.19 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 7.51e-01 -0.0334 0.105 0.19 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 9.83e-01 -0.00164 0.0758 0.19 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 2.30e-02 0.231 0.101 0.19 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 6.62e-01 -0.0466 0.106 0.19 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 5.00e-01 -0.053 0.0783 0.19 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 877733 sc-eQTL 8.52e-01 0.0136 0.0727 0.19 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000172456 FGGY 281172 sc-eQTL 6.62e-01 0.0459 0.105 0.19 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000177606 JUN 793763 sc-eQTL 7.82e-01 0.0181 0.0653 0.19 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000162601 MYSM1 877730 eQTL 0.00252 -0.0387 0.0128 0.00217 0.0 0.197
ENSG00000172456 FGGY 281172 eQTL 0.0268 0.0652 0.0294 0.0 0.0 0.197

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina