logo

Genes within 1Mb (chr1:57949043:T:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 2.23e-01 0.0864 0.0707 0.201 B L1
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 8.89e-01 0.0104 0.0746 0.201 B L1
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 8.65e-01 -0.0114 0.067 0.201 B L1
ENSG00000237352 LINC01358 -984600 sc-eQTL 2.78e-01 -0.086 0.0792 0.201 B L1
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 9.04e-01 0.00675 0.0557 0.201 CD4T L1
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 1.23e-01 -0.0857 0.0553 0.201 CD4T L1
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 5.32e-01 -0.0396 0.0633 0.201 CD4T L1
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 4.24e-01 -0.0604 0.0754 0.201 CD8T L1
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 5.01e-01 0.0466 0.0691 0.201 CD8T L1
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 3.63e-01 -0.0535 0.0586 0.201 CD8T L1
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 6.77e-01 -0.0391 0.0937 0.203 DC L1
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 2.78e-01 0.118 0.108 0.203 DC L1
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 5.43e-01 0.057 0.0934 0.203 DC L1
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 7.51e-01 -0.0221 0.0696 0.201 Mono L1
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 2.63e-01 -0.0923 0.0822 0.201 Mono L1
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 9.28e-01 -0.00657 0.0728 0.201 Mono L1
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 8.58e-01 -0.0157 0.088 0.202 NK L1
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 2.31e-01 -0.0873 0.0727 0.202 NK L1
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 5.48e-01 -0.0396 0.0658 0.202 NK L1
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 2.48e-01 0.103 0.0887 0.201 Other_T L1
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 4.05e-01 0.0848 0.102 0.201 Other_T L1
ENSG00000173406 DAB1 -597691 sc-eQTL 8.38e-01 0.0186 0.0905 0.201 Other_T L1
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 6.50e-01 0.0268 0.059 0.201 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 4.39e-02 0.224 0.11 0.199 B_Activated L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 5.45e-01 -0.0738 0.122 0.199 B_Activated L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 7.39e-01 0.034 0.102 0.199 B_Activated L2
ENSG00000237352 LINC01358 -984600 sc-eQTL 8.90e-01 0.0144 0.103 0.199 B_Activated L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 4.07e-01 0.082 0.0986 0.202 B_Intermediate L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 8.38e-01 0.0199 0.0975 0.202 B_Intermediate L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 5.43e-01 0.0424 0.0696 0.202 B_Intermediate L2
ENSG00000237352 LINC01358 -984600 sc-eQTL 2.88e-01 -0.0995 0.0934 0.202 B_Intermediate L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 5.05e-01 0.0644 0.0965 0.203 B_Memory L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 7.08e-01 -0.0395 0.105 0.203 B_Memory L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 1.70e-01 0.108 0.0782 0.203 B_Memory L2
ENSG00000237352 LINC01358 -984600 sc-eQTL 7.44e-01 0.031 0.0948 0.203 B_Memory L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 4.47e-01 -0.0693 0.091 0.201 B_Naive1 L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 4.17e-01 0.064 0.0788 0.201 B_Naive1 L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 7.74e-01 0.0188 0.0654 0.201 B_Naive1 L2
ENSG00000237352 LINC01358 -984600 sc-eQTL 3.80e-01 0.0821 0.0933 0.201 B_Naive1 L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 5.47e-02 0.195 0.101 0.202 B_Naive2 L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 7.38e-01 0.0332 0.0993 0.202 B_Naive2 L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 8.93e-01 0.0102 0.0759 0.202 B_Naive2 L2
ENSG00000237352 LINC01358 -984600 sc-eQTL 2.44e-03 -0.27 0.088 0.202 B_Naive2 L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 4.21e-02 0.226 0.11 0.189 CD4_CTL L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 8.65e-01 -0.0196 0.115 0.189 CD4_CTL L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 9.27e-01 -0.0084 0.0919 0.189 CD4_CTL L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 8.77e-01 0.0105 0.0681 0.201 CD4_Naive L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 2.29e-01 -0.0775 0.0643 0.201 CD4_Naive L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 4.90e-01 -0.0429 0.062 0.201 CD4_Naive L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 7.57e-01 0.0226 0.0728 0.201 CD4_TCM L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 7.19e-01 -0.0273 0.0758 0.201 CD4_TCM L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 4.03e-01 -0.0587 0.0701 0.201 CD4_TCM L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 3.25e-01 0.0994 0.101 0.201 CD4_TEM L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 4.22e-01 -0.0773 0.0961 0.201 CD4_TEM L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 8.69e-01 -0.0132 0.0802 0.201 CD4_TEM L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 5.31e-01 0.0646 0.103 0.201 CD8_CTL L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 7.76e-01 0.0241 0.0843 0.201 CD8_CTL L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 2.00e-01 -0.0917 0.0714 0.201 CD8_CTL L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 8.01e-01 -0.0222 0.0878 0.201 CD8_Naive L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 5.01e-01 0.0599 0.0889 0.201 CD8_Naive L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 6.09e-01 -0.0391 0.0762 0.201 CD8_Naive L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 9.02e-02 -0.177 0.104 0.206 CD8_TCM L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 7.56e-01 -0.0355 0.114 0.206 CD8_TCM L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 1.62e-01 -0.113 0.0803 0.206 CD8_TCM L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 4.94e-01 -0.0752 0.11 0.203 CD8_TEM L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 8.73e-01 -0.0178 0.111 0.203 CD8_TEM L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 6.41e-01 -0.0374 0.0799 0.203 CD8_TEM L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 2.89e-01 0.114 0.107 0.195 MAIT L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 3.66e-01 0.103 0.114 0.195 MAIT L2
ENSG00000173406 DAB1 -597691 sc-eQTL 7.35e-01 0.034 0.1 0.195 MAIT L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 9.33e-01 0.00653 0.0781 0.195 MAIT L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 9.48e-01 -0.00706 0.109 0.198 NK_CD56bright L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 3.01e-01 -0.109 0.105 0.198 NK_CD56bright L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 3.74e-01 -0.0715 0.0802 0.198 NK_CD56bright L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 6.45e-01 0.0441 0.0956 0.198 NK_CD56dim L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 5.66e-01 -0.0486 0.0847 0.198 NK_CD56dim L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 2.03e-01 -0.0941 0.0738 0.198 NK_CD56dim L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 2.74e-01 -0.127 0.116 0.194 NK_HLA L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 1.57e-01 -0.162 0.114 0.194 NK_HLA L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 6.50e-01 0.0472 0.104 0.194 NK_HLA L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 6.96e-01 0.0397 0.102 0.198 NK_cytokine L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 5.62e-01 -0.0535 0.0921 0.198 NK_cytokine L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 2.35e-01 -0.0854 0.0717 0.198 NK_cytokine L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 6.38e-01 0.0617 0.131 0.174 PB L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 2.99e-01 -0.128 0.123 0.174 PB L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 3.76e-01 -0.114 0.128 0.174 PB L2
ENSG00000237352 LINC01358 -984600 sc-eQTL 3.45e-02 -0.221 0.103 0.174 PB L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 4.77e-01 -0.0671 0.0941 0.202 Pro_T L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 7.10e-01 0.0409 0.11 0.202 Pro_T L2
ENSG00000173406 DAB1 -597691 sc-eQTL 5.17e-01 -0.0482 0.0743 0.202 Pro_T L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 3.96e-01 0.0603 0.0709 0.202 Pro_T L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 8.67e-01 -0.0161 0.096 0.201 Treg L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 5.59e-01 -0.0596 0.102 0.201 Treg L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 3.66e-01 0.0525 0.0579 0.201 Treg L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 9.83e-01 -0.00216 0.102 0.2 cDC L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 3.39e-01 0.109 0.114 0.2 cDC L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 5.22e-01 0.0586 0.0913 0.2 cDC L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 9.62e-01 0.00389 0.0821 0.201 cMono_IL1B L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 9.42e-01 -0.00634 0.0867 0.201 cMono_IL1B L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 4.74e-01 0.0541 0.0756 0.201 cMono_IL1B L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 8.18e-01 0.0214 0.093 0.201 cMono_S100A L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 7.87e-01 -0.0256 0.0947 0.201 cMono_S100A L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 6.89e-01 0.0346 0.0865 0.201 cMono_S100A L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 6.26e-01 0.0573 0.117 0.203 gdT L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 8.17e-01 0.0327 0.141 0.203 gdT L2
ENSG00000173406 DAB1 -597691 sc-eQTL 9.05e-01 0.0107 0.0891 0.203 gdT L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 8.39e-01 -0.018 0.0881 0.203 gdT L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 1.86e-02 0.237 0.1 0.204 intMono L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 3.64e-01 -0.101 0.111 0.204 intMono L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 7.06e-01 -0.0323 0.0856 0.204 intMono L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 2.74e-01 -0.0943 0.0859 0.206 ncMono L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 2.03e-02 -0.256 0.109 0.206 ncMono L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 9.90e-01 -0.00104 0.084 0.206 ncMono L2
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 5.72e-01 0.0633 0.112 0.195 pDC L2
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 6.91e-01 -0.0478 0.12 0.195 pDC L2
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 7.87e-01 -0.028 0.103 0.195 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 1.40e-01 0.135 0.0915 0.201 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 6.50e-01 -0.0398 0.0877 0.201 B_Memory LOneK1K
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 1.70e-01 0.093 0.0676 0.201 B_Memory LOneK1K
ENSG00000237352 LINC01358 -984600 sc-eQTL 9.01e-01 -0.0125 0.1 0.201 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 9.21e-01 -0.00798 0.0802 0.201 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 6.48e-01 0.0366 0.0801 0.201 B_Naive LOneK1K
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 8.54e-01 0.0124 0.0673 0.201 B_Naive LOneK1K
ENSG00000237352 LINC01358 -984600 sc-eQTL 3.17e-01 -0.1 0.0997 0.201 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 7.86e-01 -0.0213 0.0782 0.201 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 7.08e-01 -0.0296 0.0788 0.201 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 4.53e-01 0.0568 0.0756 0.201 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 9.46e-01 0.00555 0.0817 0.2 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 7.15e-03 -0.274 0.101 0.2 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 4.85e-01 -0.0551 0.0788 0.2 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162600 OMA1 -597759 sc-eQTL 9.06e-01 0.0105 0.0891 0.198 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162601 MYSM1 -751034 sc-eQTL 6.73e-01 -0.0315 0.0744 0.198 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000177606 JUN -835004 sc-eQTL 5.07e-01 -0.0444 0.0668 0.198 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000021852 C8B 982903 pQTL 0.0131 -0.0836 0.0336 0.0 0.0 0.182

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina