logo

Genes within 1Mb (chr1:48231334:G:A):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 7.04e-01 -0.0429 0.113 0.19 B L1
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 9.83e-01 0.00167 0.0782 0.19 B L1
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 3.37e-01 -0.0625 0.065 0.19 B L1
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 7.77e-01 0.032 0.113 0.19 CD4T L1
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 6.26e-01 0.0367 0.0753 0.19 CD4T L1
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 8.82e-01 -0.0149 0.1 0.19 CD4T L1
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 5.85e-02 0.129 0.0678 0.19 CD8T L1
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 3.68e-01 -0.0576 0.0639 0.19 CD8T L1
ENSG00000123473 STIL 917187 sc-eQTL 5.42e-01 -0.062 0.102 0.187 DC L1
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 4.86e-01 0.0794 0.114 0.187 DC L1
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 7.79e-01 -0.0268 0.0952 0.187 DC L1
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 8.68e-01 0.016 0.0965 0.187 DC L1
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 9.14e-01 0.00884 0.082 0.19 Mono L1
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 2.11e-02 -0.187 0.0803 0.19 Mono L1
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 4.77e-01 -0.0488 0.0685 0.191 NK L1
ENSG00000123473 STIL 917187 sc-eQTL 7.69e-01 0.0173 0.0588 0.19 Other_T L1
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 5.14e-01 0.0608 0.093 0.19 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 4.75e-01 -0.0736 0.103 0.194 B_Activated L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 5.03e-01 -0.0826 0.123 0.194 B_Activated L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 8.68e-01 0.0205 0.123 0.194 B_Activated L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 3.61e-01 0.102 0.111 0.191 B_Intermediate L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 1.46e-01 0.136 0.0933 0.191 B_Intermediate L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 4.28e-01 0.0803 0.101 0.191 B_Intermediate L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 2.82e-01 -0.11 0.102 0.188 B_Memory L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 6.10e-01 -0.0512 0.1 0.188 B_Memory L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 3.70e-01 -0.106 0.118 0.188 B_Memory L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 2.95e-01 -0.12 0.115 0.19 B_Naive1 L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 9.09e-01 0.0106 0.0925 0.19 B_Naive1 L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 8.74e-02 -0.13 0.0759 0.19 B_Naive1 L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 7.59e-01 -0.0357 0.116 0.189 B_Naive2 L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 8.76e-01 0.0151 0.0965 0.189 B_Naive2 L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 2.66e-01 0.0963 0.0864 0.189 B_Naive2 L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 1.78e-01 -0.133 0.0983 0.191 CD4_CTL L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 4.71e-01 0.0806 0.112 0.191 CD4_CTL L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 3.64e-01 -0.069 0.0759 0.191 CD4_CTL L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 7.66e-01 0.0346 0.116 0.19 CD4_Naive L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 4.66e-01 0.0521 0.0714 0.19 CD4_Naive L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 6.03e-01 -0.0582 0.112 0.19 CD4_Naive L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 7.04e-01 -0.0436 0.115 0.19 CD4_TCM L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 8.55e-01 0.0145 0.0794 0.19 CD4_TCM L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 7.73e-01 0.034 0.118 0.19 CD4_TCM L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 5.53e-01 0.0713 0.12 0.19 CD4_TEM L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 5.35e-01 0.0616 0.099 0.19 CD4_TEM L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 5.82e-01 -0.0548 0.0994 0.19 CD4_TEM L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 3.47e-02 0.188 0.0887 0.19 CD8_CTL L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 6.25e-01 0.0435 0.0889 0.19 CD8_CTL L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 2.98e-01 0.0906 0.0869 0.19 CD8_Naive L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 7.17e-01 -0.0389 0.107 0.19 CD8_Naive L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 1.91e-01 0.128 0.0976 0.19 CD8_TCM L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 3.25e-02 -0.241 0.112 0.19 CD8_TCM L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 4.58e-01 0.0812 0.109 0.192 CD8_TEM L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 2.12e-02 0.211 0.0906 0.192 CD8_TEM L2
ENSG00000123473 STIL 917187 sc-eQTL 1.28e-01 0.145 0.0948 0.186 MAIT L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 9.63e-01 0.00442 0.0954 0.186 MAIT L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 5.25e-01 -0.0695 0.109 0.189 NK_CD56bright L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 8.43e-01 -0.0166 0.0835 0.192 NK_CD56dim L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 6.15e-01 0.0568 0.113 0.187 NK_HLA L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 7.48e-02 0.177 0.0989 0.192 NK_cytokine L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 8.53e-01 -0.0191 0.103 0.215 PB L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 5.65e-01 -0.0789 0.137 0.215 PB L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 8.76e-01 0.0229 0.146 0.215 PB L2
ENSG00000123473 STIL 917187 sc-eQTL 3.30e-01 0.0718 0.0735 0.191 Pro_T L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 3.76e-01 -0.0956 0.108 0.191 Pro_T L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 4.65e-01 -0.0718 0.0981 0.19 Treg L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 7.65e-01 0.0267 0.0892 0.19 Treg L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 1.08e-01 -0.155 0.0962 0.19 Treg L2
ENSG00000123473 STIL 917187 sc-eQTL 4.04e-01 0.0858 0.103 0.183 cDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 3.18e-01 0.121 0.121 0.183 cDC L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 4.74e-01 -0.0801 0.112 0.183 cDC L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 4.38e-01 -0.0763 0.0982 0.183 cDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 4.18e-01 0.0798 0.0985 0.19 cMono_IL1B L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 5.78e-01 -0.0498 0.0894 0.19 cMono_IL1B L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 2.31e-01 -0.129 0.107 0.19 cMono_S100A L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 3.47e-02 -0.218 0.102 0.19 cMono_S100A L2
ENSG00000123473 STIL 917187 sc-eQTL 5.77e-01 -0.0593 0.106 0.194 gdT L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 1.00e-02 0.315 0.121 0.194 gdT L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 8.54e-01 -0.0217 0.118 0.191 intMono L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 3.55e-01 -0.107 0.116 0.191 intMono L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 4.29e-02 -0.183 0.0898 0.192 ncMono L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 7.56e-01 -0.0328 0.106 0.192 ncMono L2
ENSG00000123473 STIL 917187 sc-eQTL 1.61e-01 -0.143 0.101 0.186 pDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 1.97e-01 -0.149 0.115 0.186 pDC L2
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 9.99e-02 0.184 0.111 0.186 pDC L2
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 3.83e-01 0.0958 0.11 0.186 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 9.45e-01 -0.0077 0.112 0.19 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 6.16e-01 0.045 0.0896 0.19 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 5.97e-01 0.0497 0.0939 0.19 B_Memory LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 3.71e-01 -0.104 0.116 0.19 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 7.01e-01 0.0348 0.0904 0.19 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162373 BEND5 -545635 sc-eQTL 2.68e-01 -0.0738 0.0665 0.19 B_Naive LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 7.84e-01 0.026 0.0948 0.19 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 4.33e-02 -0.165 0.0813 0.19 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 sc-eQTL 1.10e-01 -0.133 0.083 0.192 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 6.13e-01 -0.0494 0.0974 0.192 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 897537 sc-eQTL 4.86e-01 -0.0492 0.0705 0.192 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000117834 SLC5A9 8649 eQTL 1.48e-05 -0.089 0.0204 0.00688 0.00891 0.165
ENSG00000132122 SPATA6 -240874 eQTL 0.016 -0.0579 0.024 0.0 0.0 0.165
ENSG00000272491 AL109659.2 1773 eQTL 1.3e-05 -0.18 0.0412 0.00108 0.0 0.165

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000117834 SLC5A9 8649 3.49e-05 3.22e-05 6e-06 1.51e-05 5.94e-06 1.42e-05 4.33e-05 4.92e-06 3.11e-05 1.55e-05 3.84e-05 1.79e-05 4.74e-05 1.42e-05 7.12e-06 1.94e-05 1.8e-05 2.52e-05 7.83e-06 6.6e-06 1.52e-05 3.3e-05 3.15e-05 8.82e-06 4.44e-05 8.02e-06 1.39e-05 1.29e-05 3.09e-05 2.5e-05 2.03e-05 1.63e-06 2.56e-06 7.05e-06 1.2e-05 5.84e-06 3.11e-06 3.16e-06 4.58e-06 3.24e-06 1.77e-06 3.89e-05 3.68e-06 3.63e-07 2.45e-06 3.9e-06 4.11e-06 1.65e-06 1.53e-06
ENSG00000272491 AL109659.2 1773 6.33e-05 5.98e-05 1.4e-05 2.74e-05 1.37e-05 2.78e-05 8.38e-05 1.2e-05 7.14e-05 4.14e-05 9.7e-05 3.73e-05 0.000103 3.19e-05 1.6e-05 5.11e-05 4.05e-05 5.46e-05 1.69e-05 1.76e-05 3.58e-05 7.82e-05 6.27e-05 2.24e-05 9.35e-05 2.3e-05 3.4e-05 3.28e-05 6.7e-05 5.78e-05 4.64e-05 5.55e-06 8.44e-06 1.54e-05 2.33e-05 1.34e-05 8.21e-06 9.43e-06 1.26e-05 7.14e-06 3.8e-06 6.42e-05 7.32e-06 1.38e-06 6.8e-06 1.04e-05 1.01e-05 5.53e-06 3.89e-06