logo

Genes within 1Mb (chr1:48055508:G:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 1.55e-01 0.185 0.13 0.13 B L1
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 3.99e-01 0.0762 0.0902 0.13 B L1
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 8.83e-03 -0.196 0.074 0.13 B L1
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 9.97e-01 -0.000424 0.129 0.13 CD4T L1
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 4.64e-01 0.0633 0.0863 0.13 CD4T L1
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 4.21e-01 -0.0924 0.115 0.13 CD4T L1
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 7.73e-01 0.0233 0.0807 0.13 CD8T L1
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 1.65e-01 -0.105 0.0752 0.13 CD8T L1
ENSG00000123473 STIL 741361 sc-eQTL 6.17e-01 0.0607 0.121 0.128 DC L1
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 1.32e-01 -0.204 0.135 0.128 DC L1
ENSG00000162366 PDZK1IP1 864464 sc-eQTL 1.80e-01 -0.154 0.114 0.128 DC L1
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 9.83e-01 0.00245 0.113 0.128 DC L1
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 8.81e-01 0.0173 0.115 0.128 DC L1
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 5.11e-01 -0.064 0.097 0.13 Mono L1
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 4.42e-01 0.0742 0.0962 0.13 Mono L1
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 8.06e-02 0.14 0.0797 0.131 NK L1
ENSG00000123473 STIL 741361 sc-eQTL 6.16e-01 0.0362 0.0721 0.13 Other_T L1
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 1.62e-01 0.159 0.114 0.13 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 8.08e-01 -0.0285 0.117 0.133 B_Activated L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 1.79e-01 -0.188 0.14 0.133 B_Activated L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 9.17e-01 0.0147 0.141 0.133 B_Activated L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 4.75e-01 0.0943 0.132 0.131 B_Intermediate L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 1.76e-02 0.262 0.11 0.131 B_Intermediate L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 5.83e-01 -0.0659 0.12 0.131 B_Intermediate L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 8.26e-01 -0.0264 0.12 0.129 B_Memory L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 5.88e-01 0.0637 0.117 0.129 B_Memory L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 8.58e-01 0.0248 0.139 0.129 B_Memory L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 5.07e-01 0.0897 0.135 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 8.65e-01 -0.0185 0.109 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 1.59e-02 -0.215 0.0885 0.13 B_Naive1 L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 4.67e-01 0.1 0.138 0.129 B_Naive2 L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 9.56e-01 -0.00626 0.114 0.129 B_Naive2 L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 6.92e-01 -0.0406 0.102 0.129 B_Naive2 L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 4.67e-01 0.0852 0.117 0.13 CD4_CTL L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 4.54e-01 0.0992 0.132 0.13 CD4_CTL L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 1.96e-01 0.117 0.0898 0.13 CD4_CTL L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 9.07e-01 -0.0156 0.134 0.13 CD4_Naive L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 4.10e-01 0.0678 0.0822 0.13 CD4_Naive L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 2.95e-01 -0.135 0.128 0.13 CD4_Naive L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 8.76e-01 -0.0207 0.133 0.13 CD4_TCM L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 9.95e-01 0.000569 0.0919 0.13 CD4_TCM L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 3.98e-01 -0.115 0.136 0.13 CD4_TCM L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 4.02e-01 0.117 0.139 0.13 CD4_TEM L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 6.77e-01 -0.048 0.115 0.13 CD4_TEM L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 2.46e-01 -0.134 0.115 0.13 CD4_TEM L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 1.02e-01 0.177 0.108 0.13 CD8_CTL L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 9.62e-01 -0.00516 0.108 0.13 CD8_CTL L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 4.06e-01 -0.0854 0.103 0.13 CD8_Naive L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 1.60e-01 -0.178 0.126 0.13 CD8_Naive L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 3.76e-01 0.105 0.119 0.125 CD8_TCM L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 7.24e-01 -0.0487 0.137 0.125 CD8_TCM L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 6.60e-01 -0.0579 0.132 0.128 CD8_TEM L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 7.26e-01 -0.0389 0.111 0.128 CD8_TEM L2
ENSG00000123473 STIL 741361 sc-eQTL 9.48e-01 0.00733 0.112 0.13 MAIT L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 5.58e-01 0.066 0.112 0.13 MAIT L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 3.89e-01 0.111 0.128 0.131 NK_CD56bright L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 1.73e-01 0.134 0.0977 0.131 NK_CD56dim L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 5.32e-01 0.0796 0.127 0.132 NK_HLA L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 3.54e-01 0.11 0.119 0.131 NK_cytokine L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 8.95e-01 -0.0148 0.112 0.144 PB L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 4.77e-01 -0.106 0.149 0.144 PB L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 5.18e-01 0.103 0.159 0.144 PB L2
ENSG00000123473 STIL 741361 sc-eQTL 3.43e-01 0.0828 0.0872 0.126 Pro_T L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 5.28e-01 0.081 0.128 0.126 Pro_T L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 8.99e-01 -0.0151 0.118 0.13 Treg L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 6.68e-01 0.0462 0.108 0.13 Treg L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 6.39e-01 0.0549 0.117 0.13 Treg L2
ENSG00000123473 STIL 741361 sc-eQTL 5.76e-01 0.0673 0.12 0.127 cDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 2.06e-01 -0.179 0.141 0.127 cDC L2
ENSG00000162366 PDZK1IP1 864464 sc-eQTL 4.03e-01 -0.0973 0.116 0.127 cDC L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 2.81e-01 0.141 0.13 0.127 cDC L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 5.25e-01 0.0732 0.115 0.127 cDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 3.26e-01 -0.113 0.115 0.13 cMono_IL1B L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 4.99e-01 0.0708 0.105 0.13 cMono_IL1B L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 4.20e-01 -0.103 0.127 0.13 cMono_S100A L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 5.68e-02 0.233 0.121 0.13 cMono_S100A L2
ENSG00000123473 STIL 741361 sc-eQTL 4.14e-01 -0.105 0.129 0.133 gdT L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 1.09e-01 0.24 0.149 0.133 gdT L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 4.58e-01 0.102 0.138 0.129 intMono L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 4.66e-01 -0.0992 0.136 0.129 intMono L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 3.39e-01 0.109 0.114 0.12 ncMono L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 8.12e-01 0.0316 0.133 0.12 ncMono L2
ENSG00000123473 STIL 741361 sc-eQTL 5.76e-01 0.0741 0.132 0.124 pDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 2.65e-01 -0.167 0.15 0.124 pDC L2
ENSG00000162366 PDZK1IP1 864464 sc-eQTL 8.98e-01 -0.0157 0.122 0.124 pDC L2
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 6.87e-01 -0.0586 0.145 0.124 pDC L2
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 6.82e-01 0.0585 0.143 0.124 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 2.67e-01 0.147 0.132 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 4.86e-02 0.209 0.105 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 8.15e-01 -0.026 0.111 0.13 B_Memory LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 4.65e-01 0.0998 0.137 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 8.96e-01 -0.014 0.107 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162373 BEND5 -721461 sc-eQTL 1.03e-02 -0.201 0.0776 0.13 B_Naive LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 4.76e-01 -0.0807 0.113 0.13 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 9.94e-01 -0.000773 0.0981 0.13 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -416700 sc-eQTL 1.16e-01 0.156 0.0986 0.129 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 8.91e-01 0.0159 0.116 0.129 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 721711 sc-eQTL 1.01e-01 0.135 0.0818 0.131 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000117834 SLC5A9 -167177 eQTL 0.0395 -0.0499 0.0242 0.00134 0.0 0.114
ENSG00000237424 FOXD2-AS1 620867 eQTL 0.0232 0.0865 0.038 0.0 0.0 0.114

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina