logo

Genes within 1Mb (chr1:47643553:T:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 1.94e-01 0.11 0.0846 0.098 B L1
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 9.41e-01 -0.0106 0.141 0.098 B L1
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 6.69e-01 0.0352 0.0823 0.098 B L1
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 8.03e-01 -0.0245 0.0981 0.098 B L1
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 6.40e-01 0.0376 0.0803 0.098 CD4T L1
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 7.18e-02 0.252 0.139 0.098 CD4T L1
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 6.23e-01 -0.0358 0.0727 0.098 CD4T L1
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 8.88e-01 -0.0133 0.0938 0.098 CD4T L1
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 8.33e-01 0.0217 0.103 0.098 CD8T L1
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 5.67e-01 0.0476 0.0829 0.098 CD8T L1
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 3.52e-01 -0.0802 0.0859 0.098 CD8T L1
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 8.18e-01 -0.0306 0.132 0.104 DC L1
ENSG00000123473 STIL 329406 sc-eQTL 9.57e-01 -0.00681 0.126 0.104 DC L1
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 5.10e-01 0.0931 0.141 0.104 DC L1
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 3.04e-01 -0.127 0.124 0.104 DC L1
ENSG00000162366 PDZK1IP1 452509 sc-eQTL 7.62e-01 -0.0363 0.12 0.104 DC L1
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 8.48e-01 0.0226 0.118 0.104 DC L1
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 8.09e-01 -0.0277 0.115 0.098 Mono L1
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 4.49e-01 0.0792 0.104 0.098 Mono L1
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 8.01e-01 -0.0234 0.0926 0.098 Mono L1
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 2.18e-01 0.128 0.103 0.098 Mono L1
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 9.14e-02 0.187 0.11 0.099 NK L1
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 8.18e-01 -0.0208 0.0901 0.099 NK L1
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 5.85e-01 -0.0472 0.0865 0.099 NK L1
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 1.67e-01 0.128 0.0926 0.098 Other_T L1
ENSG00000123473 STIL 329406 sc-eQTL 5.00e-02 -0.147 0.0745 0.098 Other_T L1
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 7.79e-01 0.0258 0.0918 0.098 Other_T L1
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 9.86e-01 0.00216 0.119 0.098 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 8.84e-01 -0.0277 0.189 0.087 B_Activated L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 8.78e-01 0.0239 0.155 0.087 B_Activated L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 1.33e-03 0.619 0.19 0.087 B_Activated L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 6.74e-01 -0.0779 0.185 0.087 B_Activated L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 7.34e-01 0.0425 0.125 0.099 B_Intermediate L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 8.49e-01 -0.027 0.142 0.099 B_Intermediate L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 4.70e-01 -0.0893 0.124 0.099 B_Intermediate L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 7.06e-01 -0.0451 0.12 0.099 B_Intermediate L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 1.36e-01 0.206 0.138 0.097 B_Memory L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 4.50e-01 -0.0988 0.13 0.097 B_Memory L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 9.41e-01 0.00965 0.131 0.097 B_Memory L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 5.63e-01 0.0741 0.128 0.097 B_Memory L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 1.91e-01 0.158 0.12 0.098 B_Naive1 L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 7.41e-01 0.0483 0.146 0.098 B_Naive1 L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 5.78e-01 0.0571 0.103 0.098 B_Naive1 L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 6.61e-01 0.0517 0.118 0.098 B_Naive1 L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 7.67e-01 0.0398 0.134 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 2.16e-01 -0.187 0.151 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 6.23e-01 0.0566 0.115 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 2.34e-01 -0.149 0.125 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 8.60e-01 0.0249 0.141 0.1 CD4_CTL L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 7.07e-01 0.0474 0.126 0.1 CD4_CTL L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 3.85e-01 0.12 0.138 0.1 CD4_CTL L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 1.64e-01 -0.198 0.142 0.1 CD4_CTL L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 8.03e-01 -0.0225 0.0901 0.098 CD4_Naive L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 1.67e-01 0.203 0.147 0.098 CD4_Naive L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 3.71e-01 -0.071 0.0792 0.098 CD4_Naive L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 7.71e-01 0.0264 0.0905 0.098 CD4_Naive L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 9.91e-01 -0.00131 0.112 0.098 CD4_TCM L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 6.09e-01 0.0727 0.142 0.098 CD4_TCM L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 7.47e-01 -0.0311 0.0962 0.098 CD4_TCM L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 1.67e-01 -0.136 0.0979 0.098 CD4_TCM L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 7.05e-01 0.0436 0.115 0.098 CD4_TEM L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 4.58e-01 0.112 0.151 0.098 CD4_TEM L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 1.12e-01 0.176 0.11 0.098 CD4_TEM L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 4.50e-01 0.0942 0.125 0.098 CD4_TEM L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 3.70e-01 -0.104 0.116 0.098 CD8_CTL L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 7.64e-01 -0.0346 0.115 0.098 CD8_CTL L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 7.95e-01 -0.0298 0.115 0.098 CD8_CTL L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 4.98e-01 0.0733 0.108 0.098 CD8_Naive L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 3.14e-01 0.12 0.118 0.098 CD8_Naive L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 2.60e-01 -0.125 0.111 0.098 CD8_Naive L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 4.98e-01 0.0904 0.133 0.097 CD8_TCM L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 3.56e-01 -0.125 0.135 0.097 CD8_TCM L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 8.47e-01 0.0246 0.127 0.097 CD8_TCM L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 9.01e-01 0.0177 0.143 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 6.85e-01 0.0576 0.142 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 4.60e-01 0.104 0.141 0.103 CD8_TEM L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 5.78e-01 0.0675 0.121 0.1 MAIT L2
ENSG00000123473 STIL 329406 sc-eQTL 1.68e-01 -0.165 0.12 0.1 MAIT L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 2.64e-01 -0.132 0.118 0.1 MAIT L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 6.15e-01 0.0605 0.12 0.1 MAIT L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 1.26e-01 0.207 0.135 0.102 NK_CD56bright L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 8.50e-02 0.237 0.137 0.102 NK_CD56bright L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 4.38e-01 -0.107 0.138 0.102 NK_CD56bright L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 3.06e-01 0.127 0.124 0.099 NK_CD56dim L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 2.88e-01 -0.11 0.103 0.099 NK_CD56dim L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 5.35e-01 0.0655 0.105 0.099 NK_CD56dim L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 6.13e-01 -0.0729 0.144 0.105 NK_HLA L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 2.68e-01 0.133 0.12 0.105 NK_HLA L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 9.57e-01 -0.00728 0.133 0.105 NK_HLA L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 1.14e-01 0.195 0.122 0.099 NK_cytokine L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 6.91e-01 -0.0464 0.116 0.099 NK_cytokine L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 4.03e-01 -0.106 0.127 0.099 NK_cytokine L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 8.03e-01 -0.0319 0.128 0.096 PB L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 1.61e-01 0.18 0.127 0.096 PB L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 8.50e-01 -0.0315 0.166 0.096 PB L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 3.90e-01 -0.147 0.171 0.096 PB L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 6.02e-01 -0.0648 0.124 0.096 Pro_T L2
ENSG00000123473 STIL 329406 sc-eQTL 4.76e-01 -0.0687 0.0962 0.096 Pro_T L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 1.28e-01 0.194 0.127 0.096 Pro_T L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 1.44e-02 -0.344 0.139 0.096 Pro_T L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 7.17e-01 0.0454 0.125 0.098 Treg L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 4.50e-01 -0.0943 0.125 0.098 Treg L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 8.28e-01 0.0268 0.124 0.098 Treg L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 5.85e-01 -0.062 0.113 0.098 Treg L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 4.01e-01 0.124 0.147 0.098 cDC L2
ENSG00000123473 STIL 329406 sc-eQTL 2.30e-02 0.289 0.126 0.098 cDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 5.00e-01 0.102 0.151 0.098 cDC L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 1.63e-01 -0.205 0.147 0.098 cDC L2
ENSG00000162366 PDZK1IP1 452509 sc-eQTL 4.54e-01 -0.0925 0.123 0.098 cDC L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 6.21e-01 -0.0689 0.139 0.098 cDC L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 7.61e-01 -0.0372 0.122 0.098 cMono_IL1B L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 3.85e-01 0.11 0.126 0.098 cMono_IL1B L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 7.47e-01 0.0339 0.105 0.098 cMono_IL1B L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 4.16e-01 0.0931 0.114 0.098 cMono_IL1B L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 5.72e-01 -0.0768 0.136 0.098 cMono_S100A L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 6.88e-01 -0.0553 0.138 0.098 cMono_S100A L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 9.19e-01 -0.0116 0.114 0.098 cMono_S100A L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 9.69e-01 -0.00509 0.132 0.098 cMono_S100A L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 7.09e-01 0.0577 0.154 0.109 gdT L2
ENSG00000123473 STIL 329406 sc-eQTL 2.29e-02 -0.31 0.135 0.109 gdT L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 6.39e-01 -0.0705 0.15 0.109 gdT L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 3.97e-01 -0.135 0.159 0.109 gdT L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 7.61e-01 -0.0455 0.15 0.098 intMono L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 5.79e-01 0.0797 0.143 0.098 intMono L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 7.85e-01 -0.0337 0.123 0.098 intMono L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 1.30e-01 0.214 0.141 0.098 intMono L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 9.91e-01 0.00173 0.146 0.097 ncMono L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 8.78e-01 -0.0187 0.121 0.097 ncMono L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 1.67e-01 -0.199 0.144 0.097 ncMono L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 7.28e-01 0.0491 0.141 0.097 ncMono L2
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 5.97e-02 -0.291 0.153 0.11 pDC L2
ENSG00000123473 STIL 329406 sc-eQTL 2.50e-01 -0.146 0.127 0.11 pDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 8.67e-01 -0.0242 0.144 0.11 pDC L2
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 9.03e-01 -0.016 0.131 0.11 pDC L2
ENSG00000162366 PDZK1IP1 452509 sc-eQTL 7.88e-01 -0.0316 0.117 0.11 pDC L2
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 8.82e-01 0.0208 0.14 0.11 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 1.26e-01 0.172 0.112 0.098 B_Memory LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 7.57e-01 -0.044 0.142 0.098 B_Memory LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 9.85e-01 0.00217 0.112 0.098 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 7.15e-01 0.0416 0.114 0.098 B_Memory LOneK1K
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 2.55e-01 0.137 0.12 0.098 B_Naive LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 6.61e-01 -0.0648 0.148 0.098 B_Naive LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 3.51e-01 0.0881 0.0942 0.098 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 5.18e-01 -0.0746 0.115 0.098 B_Naive LOneK1K
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 9.70e-01 -0.00437 0.117 0.098 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 4.66e-01 0.0883 0.121 0.098 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 7.31e-01 0.0333 0.0965 0.098 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 7.26e-01 0.0367 0.105 0.098 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 3.93e-01 -0.112 0.131 0.099 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -828655 sc-eQTL 9.76e-01 0.00318 0.106 0.099 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 3.23e-01 -0.122 0.123 0.099 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 2.22e-01 0.151 0.123 0.099 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000123472 ATPAF1 969686 sc-eQTL 3.56e-01 0.104 0.113 0.099 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 sc-eQTL 4.22e-01 -0.0755 0.0939 0.099 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 309756 sc-eQTL 5.89e-01 -0.048 0.0887 0.099 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000159658 EFCAB14 924439 eQTL 0.015 -0.0749 0.0307 0.0 0.0 0.103
ENSG00000162366 PDZK1IP1 452509 eQTL 0.0423 0.0924 0.0454 0.0 0.0 0.103

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina