logo

Genes within 1Mb (chr1:47620007:A:G):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 6.64e-01 -0.0274 0.0629 0.22 B L1
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 6.56e-01 -0.0467 0.105 0.22 B L1
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 1.84e-01 0.0811 0.0608 0.22 B L1
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 2.66e-01 0.0808 0.0725 0.22 B L1
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 5.48e-01 0.037 0.0614 0.22 CD4T L1
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 2.28e-01 -0.13 0.107 0.22 CD4T L1
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 3.02e-02 0.12 0.0551 0.22 CD4T L1
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 3.25e-01 0.0707 0.0717 0.22 CD4T L1
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 4.19e-01 0.0633 0.0781 0.22 CD8T L1
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 5.11e-01 0.0414 0.063 0.22 CD8T L1
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 6.10e-01 0.0334 0.0653 0.22 CD8T L1
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 3.11e-01 0.103 0.102 0.223 DC L1
ENSG00000123473 STIL 305860 sc-eQTL 1.02e-01 -0.158 0.0964 0.223 DC L1
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 5.19e-01 0.0702 0.109 0.223 DC L1
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 4.09e-01 0.0788 0.0952 0.223 DC L1
ENSG00000162366 PDZK1IP1 428963 sc-eQTL 6.50e-01 -0.0418 0.092 0.223 DC L1
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 7.25e-01 0.032 0.0908 0.223 DC L1
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 5.66e-01 -0.0496 0.0862 0.22 Mono L1
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 4.25e-01 -0.0629 0.0786 0.22 Mono L1
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 4.01e-01 0.0586 0.0696 0.22 Mono L1
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 2.67e-01 0.0867 0.0779 0.22 Mono L1
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 4.56e-01 -0.0623 0.0835 0.219 NK L1
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 1.54e-01 0.0967 0.0676 0.219 NK L1
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 6.48e-01 -0.0298 0.0653 0.219 NK L1
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 5.21e-01 -0.0446 0.0694 0.22 Other_T L1
ENSG00000123473 STIL 305860 sc-eQTL 1.86e-01 -0.0741 0.0559 0.22 Other_T L1
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 2.18e-01 -0.0845 0.0683 0.22 Other_T L1
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 6.20e-01 0.0442 0.0889 0.22 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 7.79e-01 0.0336 0.12 0.222 B_Activated L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 4.04e-01 -0.0817 0.0976 0.222 B_Activated L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 8.96e-01 0.0161 0.124 0.222 B_Activated L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 4.77e-01 0.0832 0.117 0.222 B_Activated L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 3.31e-01 -0.0913 0.0937 0.217 B_Intermediate L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 2.02e-01 0.136 0.106 0.217 B_Intermediate L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 3.68e-01 0.0837 0.0928 0.217 B_Intermediate L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 1.00e+00 -4.46e-06 0.09 0.217 B_Intermediate L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 4.85e-01 0.0719 0.103 0.22 B_Memory L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 3.75e-01 0.0861 0.0968 0.22 B_Memory L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 6.93e-02 0.176 0.0963 0.22 B_Memory L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 4.52e-01 0.0715 0.0949 0.22 B_Memory L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 4.67e-01 -0.0657 0.0902 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 9.95e-01 -0.000695 0.109 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 6.04e-01 0.0399 0.0767 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 4.69e-01 0.0638 0.0879 0.22 B_Naive1 L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 7.33e-01 0.0338 0.0991 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 6.32e-01 -0.0536 0.112 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 4.17e-01 0.069 0.0849 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 8.86e-02 0.157 0.092 0.221 B_Naive2 L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 9.89e-01 0.00148 0.108 0.22 CD4_CTL L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 9.10e-01 -0.0109 0.0961 0.22 CD4_CTL L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 1.70e-01 0.144 0.105 0.22 CD4_CTL L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 8.58e-01 0.0194 0.109 0.22 CD4_CTL L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 4.81e-01 0.0481 0.0681 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 8.23e-01 -0.025 0.111 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 8.71e-02 0.102 0.0596 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 5.74e-01 0.0385 0.0684 0.22 CD4_Naive L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 5.67e-01 -0.0489 0.0853 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 1.29e-02 -0.266 0.106 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 1.14e-01 0.115 0.0726 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 6.26e-01 0.0364 0.0746 0.22 CD4_TCM L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 2.19e-01 -0.107 0.0864 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 6.97e-01 0.0444 0.114 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 3.30e-02 0.178 0.0828 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 6.00e-01 0.0494 0.094 0.22 CD4_TEM L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 5.63e-01 -0.0508 0.0876 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 4.44e-01 0.0665 0.0867 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 9.63e-01 0.00399 0.0867 0.22 CD8_CTL L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 4.78e-01 0.0572 0.0805 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 6.26e-01 -0.0431 0.0884 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 3.52e-01 -0.0772 0.0827 0.22 CD8_Naive L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 5.37e-01 -0.0611 0.0988 0.227 CD8_TCM L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 2.39e-01 0.118 0.0999 0.227 CD8_TCM L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 1.90e-01 0.123 0.0936 0.227 CD8_TCM L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 3.39e-01 -0.102 0.107 0.217 CD8_TEM L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 8.17e-02 0.184 0.105 0.217 CD8_TEM L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 9.64e-02 0.175 0.105 0.217 CD8_TEM L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 8.50e-02 -0.158 0.0912 0.219 MAIT L2
ENSG00000123473 STIL 305860 sc-eQTL 6.19e-01 -0.0454 0.091 0.219 MAIT L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 4.47e-01 -0.0681 0.0894 0.219 MAIT L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 7.22e-01 -0.0324 0.0911 0.219 MAIT L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 1.31e-01 0.155 0.102 0.218 NK_CD56bright L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 8.12e-02 0.183 0.104 0.218 NK_CD56bright L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 2.64e-01 -0.117 0.105 0.218 NK_CD56bright L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 9.54e-01 -0.00539 0.0933 0.22 NK_CD56dim L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 8.27e-01 -0.017 0.0777 0.22 NK_CD56dim L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 3.78e-01 -0.07 0.0792 0.22 NK_CD56dim L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 8.45e-01 0.0221 0.113 0.215 NK_HLA L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 4.34e-01 0.0738 0.0942 0.215 NK_HLA L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 5.90e-01 0.0563 0.104 0.215 NK_HLA L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 8.12e-02 -0.161 0.092 0.22 NK_cytokine L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 1.33e-02 0.216 0.0863 0.22 NK_cytokine L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 5.83e-01 -0.0526 0.0956 0.22 NK_cytokine L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 1.10e-01 0.148 0.0921 0.219 PB L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 3.02e-02 -0.202 0.0918 0.219 PB L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 7.94e-02 -0.212 0.12 0.219 PB L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 9.63e-01 0.00586 0.125 0.219 PB L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 1.60e-01 0.127 0.0898 0.222 Pro_T L2
ENSG00000123473 STIL 305860 sc-eQTL 1.26e-01 -0.107 0.0696 0.222 Pro_T L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 8.39e-01 -0.0188 0.0926 0.222 Pro_T L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 5.81e-01 0.0567 0.103 0.222 Pro_T L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 6.48e-01 -0.042 0.0919 0.22 Treg L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 7.81e-01 0.0256 0.0916 0.22 Treg L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 1.88e-01 0.119 0.0904 0.22 Treg L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 3.75e-02 0.173 0.0824 0.22 Treg L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 4.71e-01 0.0815 0.113 0.212 cDC L2
ENSG00000123473 STIL 305860 sc-eQTL 6.60e-01 -0.0432 0.0979 0.212 cDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 6.57e-01 0.0514 0.116 0.212 cDC L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 1.16e-02 0.283 0.111 0.212 cDC L2
ENSG00000162366 PDZK1IP1 428963 sc-eQTL 6.88e-01 -0.0381 0.0947 0.212 cDC L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 5.71e-01 -0.0604 0.107 0.212 cDC L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 4.71e-01 -0.0665 0.092 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 6.02e-01 -0.0496 0.095 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 3.29e-01 0.0773 0.079 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 9.54e-01 0.00501 0.0863 0.22 cMono_IL1B L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 5.38e-01 -0.0622 0.101 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 3.65e-01 -0.0925 0.102 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 2.14e-01 0.105 0.0844 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 1.49e-01 0.141 0.0976 0.22 cMono_S100A L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 7.72e-01 0.0361 0.124 0.206 gdT L2
ENSG00000123473 STIL 305860 sc-eQTL 1.98e-01 0.142 0.11 0.206 gdT L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 5.17e-02 -0.233 0.119 0.206 gdT L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 3.04e-01 -0.132 0.128 0.206 gdT L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 3.16e-01 -0.115 0.115 0.224 intMono L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 5.46e-02 -0.211 0.109 0.224 intMono L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 6.96e-01 -0.0369 0.0945 0.224 intMono L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 2.83e-01 0.117 0.108 0.224 intMono L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 2.29e-01 0.125 0.104 0.222 ncMono L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 5.08e-01 0.0576 0.0868 0.222 ncMono L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 7.59e-01 -0.0318 0.103 0.222 ncMono L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 7.91e-01 0.0269 0.101 0.222 ncMono L2
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 8.86e-01 0.0181 0.126 0.212 pDC L2
ENSG00000123473 STIL 305860 sc-eQTL 8.23e-02 -0.18 0.103 0.212 pDC L2
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 8.48e-01 0.0226 0.118 0.212 pDC L2
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 4.48e-01 -0.0812 0.107 0.212 pDC L2
ENSG00000162366 PDZK1IP1 428963 sc-eQTL 5.41e-01 -0.0584 0.0954 0.212 pDC L2
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 1.19e-01 0.177 0.113 0.212 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 7.78e-01 -0.024 0.0853 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 4.06e-01 0.0898 0.108 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 2.61e-01 0.0955 0.0847 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 7.48e-01 0.0278 0.0864 0.22 B_Memory LOneK1K
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 4.53e-01 -0.0683 0.0908 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 7.42e-01 -0.0367 0.111 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 2.75e-01 0.0775 0.0709 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 1.98e-01 0.112 0.0865 0.22 B_Naive LOneK1K
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 3.83e-01 -0.0772 0.0883 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 5.18e-01 -0.059 0.0912 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 2.59e-01 0.0822 0.0727 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 2.51e-01 0.0909 0.0788 0.22 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 7.06e-01 0.0374 0.099 0.22 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000132122 SPATA6 -852201 sc-eQTL 3.68e-01 -0.072 0.0797 0.22 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 5.32e-01 -0.0582 0.093 0.22 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 5.15e-01 0.0608 0.0931 0.22 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000123472 ATPAF1 946140 sc-eQTL 3.00e-01 -0.0882 0.0849 0.22 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000159658 EFCAB14 900893 sc-eQTL 1.31e-01 0.107 0.0704 0.22 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162368 CMPK1 286210 sc-eQTL 6.57e-01 -0.0297 0.0668 0.22 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000272491 AL109659.2 -609554 eQTL 0.00214 0.106 0.0343 0.0012 0.0 0.271

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000159658 \N 900893 2.69e-07 1.25e-07 4.08e-08 1.82e-07 9.16e-08 1e-07 1.49e-07 5.4e-08 1.45e-07 4.94e-08 1.57e-07 8.55e-08 1.45e-07 6.56e-08 6.02e-08 7.53e-08 3.87e-08 1.26e-07 5.82e-08 4.1e-08 1.13e-07 1.28e-07 1.39e-07 3.23e-08 1.4e-07 1.14e-07 1.07e-07 9.61e-08 1.09e-07 1.02e-07 9.7e-08 3.87e-08 3.61e-08 8.44e-08 8.21e-08 3.65e-08 4.95e-08 9.36e-08 6.55e-08 3.76e-08 4.69e-08 1.36e-07 4.89e-08 1.52e-08 4.7e-08 1.83e-08 1.19e-07 3.83e-09 4.94e-08