logo

Genes within 1Mb (chr1:41112256:T:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 9.57e-02 -0.297 0.177 0.052 DC L1
ENSG00000049089 COL9A2 794443 sc-eQTL 5.31e-02 0.233 0.12 0.052 DC L1
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 6.88e-01 -0.074 0.184 0.052 DC L1
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 4.27e-01 0.102 0.129 0.052 DC L1
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 4.00e-01 -0.156 0.185 0.052 DC L1
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 1.91e-03 -0.539 0.171 0.052 DC L1
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 9.26e-01 -0.0185 0.2 0.052 DC L1
ENSG00000117016 RIMS3 446574 sc-eQTL 4.03e-02 0.305 0.148 0.052 DC L1
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 2.96e-01 -0.2 0.19 0.052 DC L1
ENSG00000164002 EXO5 603515 sc-eQTL 7.05e-01 -0.0671 0.177 0.052 DC L1
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 3.48e-01 0.145 0.154 0.052 DC L1
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 2.21e-01 0.195 0.159 0.052 DC L1
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 5.05e-01 0.121 0.182 0.052 DC L1
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 3.43e-02 0.425 0.199 0.052 DC L1
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 1.90e-01 -0.261 0.199 0.052 DC L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 8.79e-01 0.0328 0.215 0.051 B_Activated L2
ENSG00000049089 COL9A2 794443 sc-eQTL 1.27e-01 -0.323 0.21 0.051 B_Activated L2
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 1.98e-01 -0.306 0.237 0.051 B_Activated L2
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 6.40e-01 0.056 0.12 0.051 B_Activated L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 2.43e-01 -0.265 0.226 0.051 B_Activated L2
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 7.61e-01 -0.0642 0.211 0.051 B_Activated L2
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 3.69e-01 0.183 0.203 0.051 B_Activated L2
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 4.99e-01 -0.154 0.228 0.051 B_Activated L2
ENSG00000164002 EXO5 603515 sc-eQTL 1.65e-01 -0.253 0.182 0.051 B_Activated L2
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 5.76e-01 -0.12 0.214 0.051 B_Activated L2
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 2.66e-01 -0.196 0.176 0.051 B_Activated L2
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 1.32e-02 0.478 0.191 0.051 B_Activated L2
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 2.71e-01 -0.203 0.184 0.051 B_Activated L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 5.78e-01 -0.111 0.2 0.051 B_Activated L2
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 6.86e-01 0.0787 0.194 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 1.32e-01 0.319 0.211 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 3.67e-01 0.125 0.138 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 4.88e-01 0.147 0.212 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 1.19e-01 -0.278 0.178 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 3.93e-01 0.171 0.2 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 7.93e-02 0.341 0.194 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000164002 EXO5 603515 sc-eQTL 9.33e-01 0.0163 0.194 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 9.11e-01 0.0198 0.177 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 5.51e-02 -0.354 0.183 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 3.39e-01 -0.189 0.197 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 2.03e-01 0.258 0.202 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 9.69e-01 0.00758 0.196 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 6.60e-01 -0.0884 0.2 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 2.25e-01 0.257 0.211 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 9.15e-01 -0.0144 0.135 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 1.51e-01 0.306 0.213 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 5.99e-01 -0.094 0.179 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 1.75e-01 -0.28 0.206 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 5.43e-01 0.126 0.207 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000164002 EXO5 603515 sc-eQTL 5.50e-01 -0.125 0.209 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 8.15e-01 0.0431 0.184 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 9.75e-02 -0.313 0.188 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 2.42e-01 -0.235 0.2 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 6.10e-01 0.1 0.196 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 7.94e-01 -0.0534 0.205 0.053 NK_HLA L2
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 6.69e-01 -0.083 0.194 0.05 Pro_T L2
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 7.27e-01 0.065 0.186 0.05 Pro_T L2
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 1.51e-02 0.386 0.158 0.05 Pro_T L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 7.22e-02 -0.284 0.157 0.05 Pro_T L2
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 6.04e-01 -0.0999 0.192 0.05 Pro_T L2
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 5.05e-01 -0.128 0.192 0.05 Pro_T L2
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 6.35e-01 0.0787 0.166 0.05 Pro_T L2
ENSG00000164002 EXO5 603515 sc-eQTL 7.74e-01 0.0591 0.205 0.05 Pro_T L2
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 7.87e-01 -0.0491 0.182 0.05 Pro_T L2
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 6.03e-01 -0.0891 0.171 0.05 Pro_T L2
ENSG00000187801 ZFP69B 662154 sc-eQTL 1.40e-01 -0.25 0.169 0.05 Pro_T L2
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 4.91e-01 -0.133 0.193 0.05 Pro_T L2
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 5.32e-01 0.123 0.196 0.05 Pro_T L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 4.66e-01 -0.138 0.189 0.05 Pro_T L2
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 5.99e-01 -0.108 0.205 0.054 cDC L2
ENSG00000049089 COL9A2 794443 sc-eQTL 3.00e-02 0.28 0.128 0.054 cDC L2
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 5.73e-01 -0.124 0.22 0.054 cDC L2
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 5.22e-01 0.102 0.16 0.054 cDC L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 3.60e-01 0.185 0.202 0.054 cDC L2
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 5.09e-02 -0.379 0.193 0.054 cDC L2
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 6.56e-01 0.0802 0.18 0.054 cDC L2
ENSG00000117016 RIMS3 446574 sc-eQTL 9.60e-01 0.00744 0.146 0.054 cDC L2
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 1.31e-01 -0.28 0.185 0.054 cDC L2
ENSG00000164002 EXO5 603515 sc-eQTL 7.13e-01 -0.0675 0.183 0.054 cDC L2
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 1.76e-01 0.269 0.198 0.054 cDC L2
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 4.35e-01 0.141 0.18 0.054 cDC L2
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 8.92e-01 -0.0252 0.185 0.054 cDC L2
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 2.54e-01 0.215 0.188 0.054 cDC L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 8.52e-01 -0.0357 0.191 0.054 cDC L2
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 8.14e-01 0.0556 0.235 0.052 gdT L2
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 5.52e-01 0.155 0.26 0.052 gdT L2
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 1.85e-01 0.224 0.168 0.052 gdT L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 5.79e-01 0.137 0.246 0.052 gdT L2
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 2.92e-01 0.213 0.202 0.052 gdT L2
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 2.54e-01 -0.267 0.233 0.052 gdT L2
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 3.97e-01 0.196 0.231 0.052 gdT L2
ENSG00000164002 EXO5 603515 sc-eQTL 5.41e-01 0.146 0.238 0.052 gdT L2
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 6.93e-01 0.0876 0.221 0.052 gdT L2
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 1.41e-02 -0.552 0.222 0.052 gdT L2
ENSG00000187801 ZFP69B 662154 sc-eQTL 8.18e-01 0.0511 0.222 0.052 gdT L2
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 3.44e-01 -0.226 0.238 0.052 gdT L2
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 3.40e-01 0.218 0.227 0.052 gdT L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 4.29e-01 -0.184 0.233 0.052 gdT L2
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 3.10e-01 -0.206 0.202 0.051 intMono L2
ENSG00000049089 COL9A2 794443 sc-eQTL 5.85e-01 0.1 0.183 0.051 intMono L2
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 8.07e-01 0.0519 0.212 0.051 intMono L2
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 4.49e-01 0.105 0.138 0.051 intMono L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 9.39e-01 -0.0154 0.199 0.051 intMono L2
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 6.38e-01 -0.0923 0.196 0.051 intMono L2
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 3.90e-01 -0.17 0.197 0.051 intMono L2
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 1.42e-01 0.237 0.161 0.051 intMono L2
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 2.22e-02 0.475 0.206 0.051 intMono L2
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 1.97e-03 0.527 0.168 0.051 intMono L2
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 1.64e-01 -0.264 0.189 0.051 intMono L2
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 7.02e-01 -0.0657 0.172 0.051 intMono L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 7.92e-01 -0.0528 0.2 0.051 intMono L2
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 9.55e-01 -0.0109 0.192 0.052 ncMono L2
ENSG00000049089 COL9A2 794443 sc-eQTL 9.89e-01 -0.00182 0.136 0.052 ncMono L2
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 5.49e-01 -0.121 0.201 0.052 ncMono L2
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 8.05e-02 0.263 0.15 0.052 ncMono L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 2.90e-01 0.208 0.196 0.052 ncMono L2
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 2.89e-01 0.18 0.169 0.052 ncMono L2
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 4.42e-02 -0.423 0.209 0.052 ncMono L2
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 1.83e-01 0.234 0.175 0.052 ncMono L2
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 1.40e-01 0.322 0.217 0.052 ncMono L2
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 2.27e-05 0.636 0.147 0.052 ncMono L2
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 4.49e-01 -0.14 0.185 0.052 ncMono L2
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 9.13e-03 0.502 0.191 0.052 ncMono L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 4.01e-01 -0.164 0.195 0.052 ncMono L2
ENSG00000010803 SCMH1 -129898 sc-eQTL 4.09e-01 -0.173 0.209 0.051 pDC L2
ENSG00000049089 COL9A2 794443 sc-eQTL 2.97e-01 0.212 0.202 0.051 pDC L2
ENSG00000066136 NFYC 420608 sc-eQTL 7.66e-01 -0.0705 0.237 0.051 pDC L2
ENSG00000084070 SMAP2 767406 sc-eQTL 9.58e-01 0.00877 0.165 0.051 pDC L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 854020 sc-eQTL 1.98e-01 -0.251 0.194 0.051 pDC L2
ENSG00000117000 RLF 950869 sc-eQTL 2.14e-03 -0.687 0.22 0.051 pDC L2
ENSG00000117010 ZNF684 580683 sc-eQTL 7.07e-01 -0.0817 0.217 0.051 pDC L2
ENSG00000117016 RIMS3 446574 sc-eQTL 1.20e-01 0.302 0.193 0.051 pDC L2
ENSG00000127124 HIVEP3 -923669 sc-eQTL 6.87e-01 0.0935 0.232 0.051 pDC L2
ENSG00000164002 EXO5 603515 sc-eQTL 9.07e-01 -0.0227 0.194 0.051 pDC L2
ENSG00000171793 CTPS1 132568 sc-eQTL 1.58e-01 -0.266 0.187 0.051 pDC L2
ENSG00000179862 CITED4 249893 sc-eQTL 3.62e-01 0.172 0.188 0.051 pDC L2
ENSG00000187815 ZFP69 634966 sc-eQTL 4.26e-01 0.159 0.2 0.051 pDC L2
ENSG00000259943 AL050341.2 854289 sc-eQTL 8.92e-02 0.35 0.204 0.051 pDC L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 sc-eQTL 7.52e-02 -0.36 0.201 0.051 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000010803 SCMH1 -129860 eQTL 0.0077 0.0939 0.0351 0.00142 0.00154 0.0383
ENSG00000117016 RIMS3 446574 eQTL 2.58e-03 0.228 0.0755 0.0 0.0 0.0383
ENSG00000179862 CITED4 249890 eQTL 6.93e-05 0.272 0.0681 0.0 0.0 0.0383
ENSG00000187801 ZFP69B 662149 eQTL 0.0422 -0.139 0.0684 0.001 0.0 0.0383
ENSG00000272145 NFYC-AS1 420190 eQTL 0.0185 -0.205 0.0869 0.0 0.0 0.0383

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000171793 \N 132921 4.3e-06 4.48e-06 6.52e-07 2.14e-06 8.48e-07 1.21e-06 2.96e-06 9.75e-07 3.13e-06 1.7e-06 4.29e-06 2.61e-06 6.47e-06 1.82e-06 1.3e-06 2.38e-06 1.81e-06 2.54e-06 1.36e-06 9.15e-07 1.98e-06 3.91e-06 3.51e-06 1.87e-06 4.89e-06 1.29e-06 1.87e-06 1.43e-06 4.15e-06 3.81e-06 2.04e-06 5.09e-07 7.75e-07 1.87e-06 1.92e-06 8.52e-07 9.23e-07 4.71e-07 1.19e-06 3.63e-07 2.79e-07 4.84e-06 5.41e-07 1.77e-07 3.81e-07 3.93e-07 6.65e-07 2.41e-07 1.78e-07
ENSG00000179862 CITED4 249890 1.28e-06 1.13e-06 3.04e-07 1.18e-06 3.57e-07 5.83e-07 1.53e-06 3.98e-07 1.41e-06 6.14e-07 1.88e-06 7.63e-07 2.51e-06 2.59e-07 5.4e-07 9.24e-07 9.05e-07 7.78e-07 8.83e-07 5.73e-07 7.37e-07 1.72e-06 9.73e-07 5.54e-07 2.26e-06 5.67e-07 9.15e-07 8.53e-07 1.48e-06 1.2e-06 7.69e-07 2.09e-07 2.5e-07 6.24e-07 5.28e-07 4.77e-07 6.08e-07 2.31e-07 4.82e-07 2.93e-07 2.68e-07 1.58e-06 5.07e-08 4.15e-08 1.79e-07 1.97e-07 2.19e-07 3.7e-08 1.23e-07