logo

Genes within 1Mb (chr1:40611029:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000010803 SCMH1 -631125 sc-eQTL 2.07e-01 -0.261 0.206 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000043514 TRIT1 727518 sc-eQTL 3.77e-01 0.175 0.198 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000049089 COL9A2 293216 sc-eQTL 9.90e-01 -0.00193 0.152 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000066136 NFYC -80619 sc-eQTL 2.51e-01 0.24 0.209 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000084070 SMAP2 266179 sc-eQTL 8.34e-01 0.0286 0.136 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000084072 PPIE 918847 sc-eQTL 3.37e-01 -0.199 0.207 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 352793 sc-eQTL 2.04e-01 0.263 0.207 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116983 HPCAL4 919544 sc-eQTL 3.36e-01 0.174 0.18 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000117000 RLF 449642 sc-eQTL 4.73e-01 0.143 0.199 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000117010 ZNF684 79456 sc-eQTL 7.25e-01 0.0662 0.188 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000131236 CAP1 570796 sc-eQTL 9.04e-01 0.0162 0.135 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000131238 PPT1 513302 sc-eQTL 2.79e-01 -0.226 0.208 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000164002 EXO5 102288 sc-eQTL 5.30e-01 -0.124 0.196 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000171793 CTPS1 -368659 sc-eQTL 2.33e-01 -0.229 0.191 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000179862 CITED4 -251334 sc-eQTL 8.43e-01 -0.0326 0.165 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000187801 ZFP69B 160927 sc-eQTL 2.18e-01 0.219 0.177 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000187815 ZFP69 133739 sc-eQTL 7.03e-01 -0.0736 0.193 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000259943 AL050341.2 353062 sc-eQTL 4.62e-01 0.138 0.188 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 -81037 sc-eQTL 3.96e-01 0.166 0.196 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000010803 SCMH1 -631125 sc-eQTL 7.14e-01 0.0792 0.216 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000043514 TRIT1 727518 sc-eQTL 3.16e-01 -0.206 0.205 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000066136 NFYC -80619 sc-eQTL 7.14e-01 -0.0794 0.216 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000084070 SMAP2 266179 sc-eQTL 9.36e-01 -0.0105 0.13 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000084072 PPIE 918847 sc-eQTL 7.60e-01 0.0592 0.194 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 352793 sc-eQTL 9.78e-01 -0.0062 0.224 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000116983 HPCAL4 919544 sc-eQTL 4.64e-01 -0.135 0.184 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000117000 RLF 449642 sc-eQTL 8.22e-01 0.0355 0.158 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000117010 ZNF684 79456 sc-eQTL 8.68e-01 -0.0341 0.205 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000131236 CAP1 570796 sc-eQTL 1.66e-01 -0.2 0.144 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000131238 PPT1 513302 sc-eQTL 5.18e-01 0.145 0.224 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000164002 EXO5 102288 sc-eQTL 9.49e-01 -0.0134 0.209 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000171793 CTPS1 -368659 sc-eQTL 7.71e-01 0.0546 0.187 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000179862 CITED4 -251334 sc-eQTL 3.89e-01 0.137 0.159 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000187801 ZFP69B 160927 sc-eQTL 6.06e-01 0.102 0.197 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000187815 ZFP69 133739 sc-eQTL 9.85e-01 -0.00364 0.198 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000259943 AL050341.2 353062 sc-eQTL 2.26e-01 0.254 0.209 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 -81037 sc-eQTL 2.19e-01 -0.242 0.196 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000010803 SCMH1 -631125 sc-eQTL 6.30e-01 0.104 0.215 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000043514 TRIT1 727518 sc-eQTL 1.79e-01 -0.285 0.212 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000066136 NFYC -80619 sc-eQTL 5.52e-01 -0.13 0.218 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000084070 SMAP2 266179 sc-eQTL 2.27e-01 -0.184 0.152 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000084072 PPIE 918847 sc-eQTL 7.84e-01 -0.0556 0.203 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 352793 sc-eQTL 3.93e-01 -0.185 0.216 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000116983 HPCAL4 919544 sc-eQTL 9.74e-01 0.00589 0.178 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000117000 RLF 449642 sc-eQTL 7.26e-01 -0.0621 0.177 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000117010 ZNF684 79456 sc-eQTL 9.22e-01 -0.0207 0.211 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000131236 CAP1 570796 sc-eQTL 7.14e-01 -0.0537 0.146 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000131238 PPT1 513302 sc-eQTL 8.51e-01 0.0412 0.219 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000164002 EXO5 102288 sc-eQTL 7.17e-01 0.0742 0.205 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000171793 CTPS1 -368659 sc-eQTL 8.35e-02 0.335 0.193 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000179862 CITED4 -251334 sc-eQTL 6.55e-01 0.0884 0.198 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000187801 ZFP69B 160927 sc-eQTL 3.10e-01 0.195 0.191 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000187815 ZFP69 133739 sc-eQTL 4.54e-02 -0.415 0.206 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000259943 AL050341.2 353062 sc-eQTL 6.72e-01 0.0895 0.211 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 -81037 sc-eQTL 8.16e-01 0.0477 0.205 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000010803 SCMH1 -631125 sc-eQTL 1.98e-01 0.253 0.196 0.05 Pro_T L2
ENSG00000043514 TRIT1 727518 sc-eQTL 6.31e-01 -0.098 0.204 0.05 Pro_T L2
ENSG00000066136 NFYC -80619 sc-eQTL 4.79e-01 0.134 0.189 0.05 Pro_T L2
ENSG00000084070 SMAP2 266179 sc-eQTL 1.48e-01 -0.234 0.161 0.05 Pro_T L2
ENSG00000084072 PPIE 918847 sc-eQTL 1.61e-01 0.263 0.187 0.05 Pro_T L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 352793 sc-eQTL 9.36e-01 -0.0128 0.161 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116985 BMP8B 822164 sc-eQTL 6.89e-01 0.0477 0.119 0.05 Pro_T L2
ENSG00000117000 RLF 449642 sc-eQTL 9.53e-01 -0.0116 0.195 0.05 Pro_T L2
ENSG00000117010 ZNF684 79456 sc-eQTL 3.44e-01 -0.184 0.194 0.05 Pro_T L2
ENSG00000131236 CAP1 570796 sc-eQTL 9.01e-01 -0.0195 0.156 0.05 Pro_T L2
ENSG00000131238 PPT1 513302 sc-eQTL 6.52e-01 -0.0794 0.176 0.05 Pro_T L2
ENSG00000164002 EXO5 102288 sc-eQTL 4.68e-01 -0.151 0.208 0.05 Pro_T L2
ENSG00000168389 MFSD2A 655917 sc-eQTL 6.92e-01 -0.0591 0.149 0.05 Pro_T L2
ENSG00000171793 CTPS1 -368659 sc-eQTL 2.69e-01 0.204 0.184 0.05 Pro_T L2
ENSG00000179862 CITED4 -251334 sc-eQTL 3.29e-01 0.169 0.173 0.05 Pro_T L2
ENSG00000187801 ZFP69B 160927 sc-eQTL 9.01e-01 -0.0214 0.172 0.05 Pro_T L2
ENSG00000187815 ZFP69 133739 sc-eQTL 8.98e-01 -0.0252 0.196 0.05 Pro_T L2
ENSG00000198754 OXCT2 839681 sc-eQTL 2.33e-01 0.12 0.101 0.05 Pro_T L2
ENSG00000259943 AL050341.2 353062 sc-eQTL 9.07e-01 -0.0233 0.198 0.05 Pro_T L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 -81037 sc-eQTL 3.10e-01 0.195 0.192 0.05 Pro_T L2
ENSG00000010803 SCMH1 -631125 sc-eQTL 5.10e-01 -0.158 0.239 0.055 gdT L2
ENSG00000043514 TRIT1 727518 sc-eQTL 5.56e-02 -0.436 0.226 0.055 gdT L2
ENSG00000066136 NFYC -80619 sc-eQTL 8.76e-01 -0.0415 0.266 0.055 gdT L2
ENSG00000084070 SMAP2 266179 sc-eQTL 9.88e-01 -0.00266 0.172 0.055 gdT L2
ENSG00000084072 PPIE 918847 sc-eQTL 4.02e-01 -0.207 0.246 0.055 gdT L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 352793 sc-eQTL 3.46e-01 0.236 0.25 0.055 gdT L2
ENSG00000116985 BMP8B 822164 sc-eQTL 5.76e-01 -0.116 0.207 0.055 gdT L2
ENSG00000117000 RLF 449642 sc-eQTL 2.18e-01 -0.254 0.205 0.055 gdT L2
ENSG00000117010 ZNF684 79456 sc-eQTL 9.76e-01 0.00723 0.239 0.055 gdT L2
ENSG00000131236 CAP1 570796 sc-eQTL 8.29e-01 0.0369 0.171 0.055 gdT L2
ENSG00000131238 PPT1 513302 sc-eQTL 6.88e-01 -0.0974 0.242 0.055 gdT L2
ENSG00000164002 EXO5 102288 sc-eQTL 9.79e-01 0.00642 0.243 0.055 gdT L2
ENSG00000168389 MFSD2A 655917 sc-eQTL 8.94e-01 -0.0275 0.206 0.055 gdT L2
ENSG00000171793 CTPS1 -368659 sc-eQTL 7.69e-01 0.0665 0.226 0.055 gdT L2
ENSG00000179862 CITED4 -251334 sc-eQTL 4.58e-02 -0.459 0.228 0.055 gdT L2
ENSG00000187801 ZFP69B 160927 sc-eQTL 1.18e-01 0.352 0.224 0.055 gdT L2
ENSG00000187815 ZFP69 133739 sc-eQTL 8.21e-03 0.635 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000198754 OXCT2 839681 sc-eQTL 8.66e-01 0.0289 0.171 0.055 gdT L2
ENSG00000259943 AL050341.2 353062 sc-eQTL 4.35e-01 -0.182 0.232 0.055 gdT L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 -81037 sc-eQTL 6.09e-01 0.122 0.238 0.055 gdT L2
ENSG00000010803 SCMH1 -631125 sc-eQTL 6.15e-01 -0.101 0.2 0.056 pDC L2
ENSG00000043514 TRIT1 727518 sc-eQTL 3.31e-01 -0.18 0.185 0.056 pDC L2
ENSG00000049089 COL9A2 293216 sc-eQTL 8.18e-01 -0.0448 0.194 0.056 pDC L2
ENSG00000066136 NFYC -80619 sc-eQTL 6.98e-01 -0.0881 0.227 0.056 pDC L2
ENSG00000084070 SMAP2 266179 sc-eQTL 1.36e-01 -0.235 0.157 0.056 pDC L2
ENSG00000084072 PPIE 918847 sc-eQTL 9.84e-01 0.00459 0.228 0.056 pDC L2
ENSG00000084073 ZMPSTE24 352793 sc-eQTL 9.51e-01 -0.0116 0.187 0.056 pDC L2
ENSG00000116990 MYCL 708773 sc-eQTL 8.05e-01 0.0397 0.16 0.056 pDC L2
ENSG00000117000 RLF 449642 sc-eQTL 5.59e-01 0.127 0.217 0.056 pDC L2
ENSG00000117010 ZNF684 79456 sc-eQTL 7.26e-01 -0.073 0.208 0.056 pDC L2
ENSG00000117016 RIMS3 -54653 sc-eQTL 2.41e-01 -0.219 0.186 0.056 pDC L2
ENSG00000131236 CAP1 570796 sc-eQTL 5.17e-01 -0.117 0.18 0.056 pDC L2
ENSG00000131238 PPT1 513302 sc-eQTL 8.63e-01 0.0315 0.182 0.056 pDC L2
ENSG00000164002 EXO5 102288 sc-eQTL 5.60e-01 -0.108 0.185 0.056 pDC L2
ENSG00000168389 MFSD2A 655917 sc-eQTL 4.55e-02 0.358 0.178 0.056 pDC L2
ENSG00000171793 CTPS1 -368659 sc-eQTL 7.97e-01 -0.0465 0.18 0.056 pDC L2
ENSG00000179862 CITED4 -251334 sc-eQTL 5.32e-01 -0.113 0.18 0.056 pDC L2
ENSG00000187815 ZFP69 133739 sc-eQTL 7.58e-01 -0.0591 0.191 0.056 pDC L2
ENSG00000198754 OXCT2 839681 sc-eQTL 7.22e-01 -0.069 0.194 0.056 pDC L2
ENSG00000236546 AL033527.2 713284 sc-eQTL 3.30e-01 0.177 0.181 0.056 pDC L2
ENSG00000259943 AL050341.2 353062 sc-eQTL 2.44e-01 -0.23 0.197 0.056 pDC L2
ENSG00000272145 NFYC-AS1 -81037 sc-eQTL 1.56e-01 -0.275 0.193 0.056 pDC L2
ENSG00000284719 AL033527.4 811607 sc-eQTL 1.66e-01 0.256 0.184 0.056 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000066136 NFYC -80660 eQTL 0.00197 -0.0621 0.02 0.00125 0.0 0.0564
ENSG00000084070 SMAP2 266179 eQTL 0.0338 0.0484 0.0228 0.0 0.0 0.0564
ENSG00000117016 RIMS3 -54653 eQTL 1.20e-04 -0.255 0.0659 0.0 0.0 0.0564
ENSG00000204060 FOXO6 -750893 eQTL 0.0536 0.0963 0.0499 0.00107 0.0 0.0564
ENSG00000238287 AL603839.3 102368 eQTL 3.87e-05 0.384 0.093 0.0 0.0 0.0564
ENSG00000260920 AL031985.3 146710 eQTL 0.0118 0.137 0.0542 0.00137 0.0 0.0564

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000066136 NFYC -80660 1.2e-05 1.53e-05 2.5e-06 9.77e-06 2.57e-06 6.28e-06 2.01e-05 3.42e-06 1.67e-05 8.22e-06 1.97e-05 8.01e-06 2.53e-05 5.8e-06 4.38e-06 9.23e-06 8.03e-06 1.23e-05 3.6e-06 4.2e-06 7.26e-06 1.41e-05 1.37e-05 4.94e-06 2.45e-05 5.11e-06 7.82e-06 7.58e-06 1.56e-05 1.21e-05 1.03e-05 1.31e-06 1.38e-06 3.99e-06 6.9e-06 3.77e-06 1.76e-06 2.4e-06 2.66e-06 2.38e-06 1.55e-06 1.85e-05 2.34e-06 3.05e-07 1.7e-06 2.44e-06 2.48e-06 1.21e-06 1.01e-06