logo

Genes within 1Mb (chr1:38127002:A:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000116922 C1orf109 434753 sc-eQTL 3.25e-01 0.216 0.219 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116954 RRAGC -732770 sc-eQTL 3.85e-01 0.188 0.216 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000127603 MACF1 -954314 sc-eQTL 3.44e-01 -0.158 0.167 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000134697 GNL2 531065 sc-eQTL 3.52e-01 0.204 0.219 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000163874 ZC3H12A 652422 sc-eQTL 7.59e-02 0.351 0.197 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000163875 MEAF6 612228 sc-eQTL 7.05e-01 0.0836 0.221 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000163877 SNIP1 572709 sc-eQTL 2.71e-01 -0.236 0.214 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000168653 NDUFS5 -899316 sc-eQTL 6.67e-01 0.0866 0.201 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000174574 AKIRIN1 -864274 sc-eQTL 6.94e-01 -0.0831 0.211 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000183386 FHL3 121396 sc-eQTL 8.59e-01 -0.0362 0.204 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000183431 SF3A3 136927 sc-eQTL 5.76e-01 -0.117 0.21 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000183520 UTP11 117744 sc-eQTL 1.87e-01 0.277 0.209 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000188786 MTF1 267410 sc-eQTL 2.10e-01 0.28 0.222 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000196449 YRDC 318794 sc-eQTL 4.87e-01 0.148 0.213 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000197982 C1orf122 320023 sc-eQTL 7.50e-03 -0.559 0.207 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000204084 INPP5B 179945 sc-eQTL 2.78e-01 -0.241 0.222 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000214114 MYCBP -746366 sc-eQTL 2.97e-01 -0.214 0.205 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000233621 LINC01137 652591 sc-eQTL 7.23e-01 0.0732 0.206 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116922 C1orf109 434753 sc-eQTL 9.01e-01 -0.0256 0.205 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116954 RRAGC -732770 sc-eQTL 2.13e-01 -0.247 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000127603 MACF1 -954314 sc-eQTL 8.50e-01 -0.0286 0.151 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000134697 GNL2 531065 sc-eQTL 5.39e-01 -0.127 0.206 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000163874 ZC3H12A 652422 sc-eQTL 4.58e-01 -0.13 0.174 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000163875 MEAF6 612228 sc-eQTL 8.78e-01 -0.0286 0.185 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000163877 SNIP1 572709 sc-eQTL 4.08e-01 0.15 0.181 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000168653 NDUFS5 -899316 sc-eQTL 6.97e-01 0.0773 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000174574 AKIRIN1 -864274 sc-eQTL 9.03e-01 0.0242 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000183386 FHL3 121396 sc-eQTL 3.03e-01 -0.212 0.205 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000183431 SF3A3 136927 sc-eQTL 2.86e-01 -0.199 0.186 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000183520 UTP11 117744 sc-eQTL 9.73e-01 0.00707 0.21 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000185090 MANEAL 333200 sc-eQTL 8.33e-01 -0.036 0.171 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000185668 POU3F1 80209 sc-eQTL 8.76e-03 -0.495 0.187 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000188786 MTF1 267410 sc-eQTL 5.77e-01 -0.122 0.219 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000196449 YRDC 318794 sc-eQTL 3.53e-01 -0.169 0.181 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000197982 C1orf122 320023 sc-eQTL 2.94e-01 0.204 0.194 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000204084 INPP5B 179945 sc-eQTL 1.66e-02 0.445 0.184 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000214114 MYCBP -746366 sc-eQTL 3.47e-01 -0.171 0.182 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000233621 LINC01137 652591 sc-eQTL 7.35e-01 -0.0685 0.202 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116922 C1orf109 434753 sc-eQTL 6.61e-01 -0.0848 0.193 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000116954 RRAGC -732770 sc-eQTL 6.99e-01 0.0793 0.205 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000127603 MACF1 -954314 sc-eQTL 9.34e-01 0.0141 0.169 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000134697 GNL2 531065 sc-eQTL 3.87e-01 -0.185 0.214 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000163874 ZC3H12A 652422 sc-eQTL 7.48e-01 0.0517 0.161 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000163875 MEAF6 612228 sc-eQTL 4.46e-01 -0.136 0.178 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000163877 SNIP1 572709 sc-eQTL 4.74e-01 0.141 0.196 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000168653 NDUFS5 -899316 sc-eQTL 3.28e-01 -0.192 0.195 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000174574 AKIRIN1 -864274 sc-eQTL 6.90e-01 0.0857 0.215 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000183386 FHL3 121396 sc-eQTL 8.45e-01 0.0415 0.212 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000183431 SF3A3 136927 sc-eQTL 1.77e-01 -0.298 0.22 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000183520 UTP11 117744 sc-eQTL 3.64e-01 0.191 0.21 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000185090 MANEAL 333200 sc-eQTL 4.51e-01 -0.149 0.197 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000185668 POU3F1 80209 sc-eQTL 8.47e-01 -0.0372 0.192 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000188786 MTF1 267410 sc-eQTL 3.30e-01 -0.208 0.212 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000196449 YRDC 318794 sc-eQTL 3.93e-01 -0.176 0.205 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000197982 C1orf122 320023 sc-eQTL 7.34e-01 0.0692 0.203 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000204084 INPP5B 179945 sc-eQTL 4.42e-01 -0.161 0.208 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000214114 MYCBP -746366 sc-eQTL 9.75e-01 0.006 0.192 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000233621 LINC01137 652591 sc-eQTL 6.28e-03 0.545 0.197 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000116922 C1orf109 434753 sc-eQTL 6.22e-01 0.0989 0.2 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116954 RRAGC -732770 sc-eQTL 7.59e-02 0.351 0.197 0.05 Pro_T L2
ENSG00000127603 MACF1 -954314 sc-eQTL 8.33e-01 -0.0293 0.138 0.05 Pro_T L2
ENSG00000134690 CDCA8 434521 sc-eQTL 3.29e-01 -0.118 0.121 0.05 Pro_T L2
ENSG00000134697 GNL2 531065 sc-eQTL 9.41e-01 0.012 0.162 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163874 ZC3H12A 652422 sc-eQTL 6.97e-01 -0.0572 0.147 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163875 MEAF6 612228 sc-eQTL 4.98e-01 -0.107 0.157 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163877 SNIP1 572709 sc-eQTL 4.91e-01 -0.129 0.187 0.05 Pro_T L2
ENSG00000168653 NDUFS5 -899316 sc-eQTL 4.91e-01 0.0858 0.124 0.05 Pro_T L2
ENSG00000174574 AKIRIN1 -864274 sc-eQTL 1.41e-02 0.469 0.19 0.05 Pro_T L2
ENSG00000183386 FHL3 121396 sc-eQTL 5.65e-01 -0.0889 0.154 0.05 Pro_T L2
ENSG00000183431 SF3A3 136927 sc-eQTL 8.73e-02 0.295 0.171 0.05 Pro_T L2
ENSG00000183520 UTP11 117744 sc-eQTL 3.63e-01 0.135 0.148 0.05 Pro_T L2
ENSG00000185090 MANEAL 333200 sc-eQTL 9.68e-01 -0.00716 0.176 0.05 Pro_T L2
ENSG00000185668 POU3F1 80209 sc-eQTL 9.76e-01 0.00523 0.175 0.05 Pro_T L2
ENSG00000188786 MTF1 267410 sc-eQTL 8.47e-01 0.039 0.202 0.05 Pro_T L2
ENSG00000196449 YRDC 318794 sc-eQTL 8.81e-02 0.306 0.179 0.05 Pro_T L2
ENSG00000197982 C1orf122 320023 sc-eQTL 8.10e-02 -0.288 0.164 0.05 Pro_T L2
ENSG00000204084 INPP5B 179945 sc-eQTL 2.98e-01 -0.207 0.198 0.05 Pro_T L2
ENSG00000214114 MYCBP -746366 sc-eQTL 7.13e-01 0.0485 0.132 0.05 Pro_T L2
ENSG00000233621 LINC01137 652591 sc-eQTL 8.86e-01 -0.0264 0.183 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116922 C1orf109 434753 sc-eQTL 1.08e-01 -0.289 0.179 0.051 cDC L2
ENSG00000116954 RRAGC -732770 sc-eQTL 1.86e-01 -0.278 0.209 0.051 cDC L2
ENSG00000127603 MACF1 -954314 sc-eQTL 6.21e-01 0.0828 0.167 0.051 cDC L2
ENSG00000134697 GNL2 531065 sc-eQTL 4.55e-01 -0.141 0.189 0.051 cDC L2
ENSG00000163874 ZC3H12A 652422 sc-eQTL 2.90e-01 0.17 0.16 0.051 cDC L2
ENSG00000163875 MEAF6 612228 sc-eQTL 4.67e-01 -0.135 0.185 0.051 cDC L2
ENSG00000163877 SNIP1 572709 sc-eQTL 4.58e-02 -0.401 0.199 0.051 cDC L2
ENSG00000168653 NDUFS5 -899316 sc-eQTL 7.77e-01 0.0419 0.147 0.051 cDC L2
ENSG00000174574 AKIRIN1 -864274 sc-eQTL 4.27e-01 0.141 0.177 0.051 cDC L2
ENSG00000183386 FHL3 121396 sc-eQTL 8.82e-01 -0.0297 0.2 0.051 cDC L2
ENSG00000183431 SF3A3 136927 sc-eQTL 2.77e-01 -0.211 0.194 0.051 cDC L2
ENSG00000183520 UTP11 117744 sc-eQTL 3.68e-01 -0.193 0.214 0.051 cDC L2
ENSG00000188786 MTF1 267410 sc-eQTL 4.91e-01 0.142 0.205 0.051 cDC L2
ENSG00000196449 YRDC 318794 sc-eQTL 7.44e-01 -0.0639 0.196 0.051 cDC L2
ENSG00000197982 C1orf122 320023 sc-eQTL 2.51e-01 -0.204 0.177 0.051 cDC L2
ENSG00000204084 INPP5B 179945 sc-eQTL 4.53e-01 -0.153 0.204 0.051 cDC L2
ENSG00000214114 MYCBP -746366 sc-eQTL 5.94e-02 -0.34 0.179 0.051 cDC L2
ENSG00000228436 AL139260.1 -732910 sc-eQTL 7.13e-01 0.0715 0.194 0.051 cDC L2
ENSG00000233621 LINC01137 652591 sc-eQTL 2.05e-01 0.236 0.186 0.051 cDC L2
ENSG00000116922 C1orf109 434753 sc-eQTL 3.79e-02 -0.387 0.185 0.051 intMono L2
ENSG00000116954 RRAGC -732770 sc-eQTL 2.42e-01 -0.251 0.214 0.051 intMono L2
ENSG00000127603 MACF1 -954314 sc-eQTL 1.91e-01 0.222 0.169 0.051 intMono L2
ENSG00000134697 GNL2 531065 sc-eQTL 2.67e-01 -0.231 0.207 0.051 intMono L2
ENSG00000163874 ZC3H12A 652422 sc-eQTL 8.26e-01 0.0373 0.169 0.051 intMono L2
ENSG00000163875 MEAF6 612228 sc-eQTL 6.93e-01 -0.0813 0.206 0.051 intMono L2
ENSG00000163877 SNIP1 572709 sc-eQTL 7.19e-01 0.0714 0.198 0.051 intMono L2
ENSG00000168653 NDUFS5 -899316 sc-eQTL 9.52e-01 0.00827 0.137 0.051 intMono L2
ENSG00000174574 AKIRIN1 -864274 sc-eQTL 3.15e-01 0.19 0.189 0.051 intMono L2
ENSG00000183386 FHL3 121396 sc-eQTL 7.64e-01 0.0587 0.195 0.051 intMono L2
ENSG00000183431 SF3A3 136927 sc-eQTL 5.44e-01 0.122 0.201 0.051 intMono L2
ENSG00000183520 UTP11 117744 sc-eQTL 7.72e-01 -0.0545 0.188 0.051 intMono L2
ENSG00000188786 MTF1 267410 sc-eQTL 2.74e-01 0.224 0.204 0.051 intMono L2
ENSG00000196449 YRDC 318794 sc-eQTL 6.14e-02 -0.365 0.194 0.051 intMono L2
ENSG00000197982 C1orf122 320023 sc-eQTL 4.01e-01 0.148 0.177 0.051 intMono L2
ENSG00000204084 INPP5B 179945 sc-eQTL 4.96e-01 0.137 0.2 0.051 intMono L2
ENSG00000214114 MYCBP -746366 sc-eQTL 6.98e-01 0.0747 0.192 0.051 intMono L2
ENSG00000228436 AL139260.1 -732910 sc-eQTL 5.47e-02 0.362 0.187 0.051 intMono L2
ENSG00000233621 LINC01137 652591 sc-eQTL 8.60e-01 0.0325 0.184 0.051 intMono L2
ENSG00000116922 C1orf109 434753 sc-eQTL 9.04e-01 0.0224 0.186 0.054 pDC L2
ENSG00000116954 RRAGC -732770 sc-eQTL 5.57e-01 -0.102 0.173 0.054 pDC L2
ENSG00000127603 MACF1 -954314 sc-eQTL 2.97e-01 -0.208 0.199 0.054 pDC L2
ENSG00000134697 GNL2 531065 sc-eQTL 9.42e-01 0.0149 0.206 0.054 pDC L2
ENSG00000163874 ZC3H12A 652422 sc-eQTL 4.76e-01 0.15 0.21 0.054 pDC L2
ENSG00000163875 MEAF6 612228 sc-eQTL 7.84e-01 0.0562 0.204 0.054 pDC L2
ENSG00000163877 SNIP1 572709 sc-eQTL 7.73e-01 -0.0658 0.228 0.054 pDC L2
ENSG00000168653 NDUFS5 -899316 sc-eQTL 7.30e-01 -0.0598 0.173 0.054 pDC L2
ENSG00000174574 AKIRIN1 -864274 sc-eQTL 3.57e-01 -0.173 0.187 0.054 pDC L2
ENSG00000183386 FHL3 121396 sc-eQTL 6.38e-01 0.0781 0.166 0.054 pDC L2
ENSG00000183431 SF3A3 136927 sc-eQTL 6.50e-01 0.096 0.211 0.054 pDC L2
ENSG00000183520 UTP11 117744 sc-eQTL 4.41e-01 0.175 0.227 0.054 pDC L2
ENSG00000188786 MTF1 267410 sc-eQTL 1.77e-01 0.272 0.2 0.054 pDC L2
ENSG00000196449 YRDC 318794 sc-eQTL 3.08e-01 -0.193 0.189 0.054 pDC L2
ENSG00000197982 C1orf122 320023 sc-eQTL 8.52e-01 -0.0387 0.207 0.054 pDC L2
ENSG00000204084 INPP5B 179945 sc-eQTL 5.27e-01 0.125 0.198 0.054 pDC L2
ENSG00000214114 MYCBP -746366 sc-eQTL 6.20e-02 -0.307 0.163 0.054 pDC L2
ENSG00000228436 AL139260.1 -732910 sc-eQTL 9.10e-02 0.338 0.199 0.054 pDC L2
ENSG00000233621 LINC01137 652591 sc-eQTL 3.44e-01 0.16 0.169 0.054 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000174574 AKIRIN1 -864274 eQTL 2.96e-02 -0.0392 0.018 0.0 0.0 0.055
ENSG00000183431 SF3A3 136927 eQTL 0.434 0.0496 0.0634 0.00125 0.0 0.055
ENSG00000233621 LINC01137 652591 eQTL 0.0317 0.0994 0.0462 0.0 0.0 0.055

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina