logo

Genes within 1Mb (chr1:35785453:TG:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000020129 NCDN 227980 sc-eQTL 4.35e-01 -0.164 0.21 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -370600 sc-eQTL 2.87e-01 0.205 0.192 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000054118 THRAP3 -438979 sc-eQTL 7.97e-01 -0.0505 0.196 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000092847 AGO1 -84355 sc-eQTL 1.71e-01 -0.292 0.213 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116544 DLGAP3 855803 sc-eQTL 7.72e-01 0.0565 0.195 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116560 SFPQ 592308 sc-eQTL 4.48e-01 -0.107 0.14 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -303439 sc-eQTL 6.67e-02 0.383 0.208 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -370126 sc-eQTL 6.94e-01 -0.067 0.17 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116898 MRPS15 -678931 sc-eQTL 3.03e-01 0.221 0.214 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000126067 PSMB2 143927 sc-eQTL 6.66e-01 -0.0861 0.199 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000126070 AGO3 -145265 sc-eQTL 6.58e-01 -0.0905 0.204 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000134698 AGO4 -22563 sc-eQTL 8.68e-01 -0.0316 0.189 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000142686 C1orf216 66559 sc-eQTL 9.18e-01 0.0198 0.193 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000142687 KIAA0319L 227503 sc-eQTL 9.54e-01 0.0123 0.214 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000142694 EVA1B -538701 sc-eQTL 7.96e-01 0.0481 0.186 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000146463 ZMYM4 516744 sc-eQTL 4.73e-01 0.152 0.211 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000163866 SMIM12 925698 sc-eQTL 9.19e-01 -0.0203 0.2 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000163867 ZMYM6 753508 sc-eQTL 8.47e-01 -0.0419 0.216 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000181817 LSM10 -612455 sc-eQTL 8.69e-01 -0.032 0.193 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000196182 STK40 -600443 sc-eQTL 7.97e-01 -0.0496 0.192 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000197056 ZMYM1 753281 sc-eQTL 6.19e-01 0.108 0.218 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 419376 sc-eQTL 7.56e-01 -0.061 0.196 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000239636 AC004865.2 207724 sc-eQTL 7.69e-02 0.345 0.194 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000243749 TMEM35B 800100 sc-eQTL 8.00e-01 0.0421 0.166 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000020129 NCDN 227980 sc-eQTL 2.88e-01 -0.22 0.206 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -370600 sc-eQTL 6.69e-01 -0.0866 0.202 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000054118 THRAP3 -438979 sc-eQTL 1.22e-01 -0.342 0.22 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000092847 AGO1 -84355 sc-eQTL 2.21e-01 0.25 0.204 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116544 DLGAP3 855803 sc-eQTL 3.32e-01 0.193 0.199 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116560 SFPQ 592308 sc-eQTL 2.78e-01 -0.159 0.146 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -303439 sc-eQTL 6.31e-01 0.107 0.222 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -370126 sc-eQTL 1.61e-01 0.242 0.172 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116898 MRPS15 -678931 sc-eQTL 7.94e-01 -0.0607 0.232 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000126067 PSMB2 143927 sc-eQTL 1.73e-01 -0.295 0.216 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000126070 AGO3 -145265 sc-eQTL 1.48e-01 -0.309 0.213 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000134698 AGO4 -22563 sc-eQTL 2.00e-01 -0.277 0.216 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000142686 C1orf216 66559 sc-eQTL 3.21e-01 0.207 0.208 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000142687 KIAA0319L 227503 sc-eQTL 7.33e-01 -0.0725 0.212 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000142694 EVA1B -538701 sc-eQTL 4.94e-01 0.133 0.194 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000146463 ZMYM4 516744 sc-eQTL 2.83e-01 -0.217 0.201 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000163866 SMIM12 925698 sc-eQTL 1.10e-01 -0.338 0.211 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000163867 ZMYM6 753508 sc-eQTL 6.00e-01 0.116 0.221 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000181817 LSM10 -612455 sc-eQTL 3.52e-01 0.198 0.212 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000196182 STK40 -600443 sc-eQTL 5.48e-02 0.37 0.191 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000197056 ZMYM1 753281 sc-eQTL 8.72e-01 0.0335 0.208 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 419376 sc-eQTL 2.16e-01 -0.235 0.19 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000239636 AC004865.2 207724 sc-eQTL 2.36e-03 0.653 0.212 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000243749 TMEM35B 800100 sc-eQTL 5.33e-02 0.336 0.173 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000020129 NCDN 227980 sc-eQTL 3.11e-01 0.245 0.241 0.055 gdT L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -370600 sc-eQTL 3.38e-02 0.443 0.207 0.055 gdT L2
ENSG00000054118 THRAP3 -438979 sc-eQTL 3.07e-01 0.25 0.243 0.055 gdT L2
ENSG00000092847 AGO1 -84355 sc-eQTL 1.31e-02 0.63 0.251 0.055 gdT L2
ENSG00000092853 CLSPN 15475 sc-eQTL 5.92e-01 -0.108 0.201 0.055 gdT L2
ENSG00000116544 DLGAP3 855803 sc-eQTL 8.89e-01 0.0328 0.235 0.055 gdT L2
ENSG00000116560 SFPQ 592308 sc-eQTL 1.91e-01 -0.202 0.154 0.055 gdT L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -303439 sc-eQTL 6.83e-01 -0.0967 0.236 0.055 gdT L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -370126 sc-eQTL 8.81e-01 -0.0301 0.201 0.055 gdT L2
ENSG00000116898 MRPS15 -678931 sc-eQTL 1.67e-01 0.34 0.244 0.055 gdT L2
ENSG00000126067 PSMB2 143927 sc-eQTL 1.75e-01 -0.294 0.216 0.055 gdT L2
ENSG00000126070 AGO3 -145265 sc-eQTL 7.04e-01 0.0894 0.235 0.055 gdT L2
ENSG00000134698 AGO4 -22563 sc-eQTL 1.00e-01 0.377 0.228 0.055 gdT L2
ENSG00000142686 C1orf216 66559 sc-eQTL 8.84e-01 0.0341 0.233 0.055 gdT L2
ENSG00000142687 KIAA0319L 227503 sc-eQTL 5.12e-01 -0.154 0.234 0.055 gdT L2
ENSG00000142694 EVA1B -538701 sc-eQTL 4.24e-01 -0.178 0.221 0.055 gdT L2
ENSG00000146463 ZMYM4 516744 sc-eQTL 1.90e-01 -0.296 0.225 0.055 gdT L2
ENSG00000163866 SMIM12 925698 sc-eQTL 7.49e-01 -0.0786 0.245 0.055 gdT L2
ENSG00000163867 ZMYM6 753508 sc-eQTL 3.63e-01 -0.231 0.253 0.055 gdT L2
ENSG00000181817 LSM10 -612455 sc-eQTL 7.41e-01 0.0745 0.225 0.055 gdT L2
ENSG00000196182 STK40 -600443 sc-eQTL 3.90e-01 -0.184 0.213 0.055 gdT L2
ENSG00000197056 ZMYM1 753281 sc-eQTL 1.45e-01 0.331 0.226 0.055 gdT L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 419376 sc-eQTL 6.49e-01 0.0983 0.216 0.055 gdT L2
ENSG00000239636 AC004865.2 207724 sc-eQTL 6.85e-01 0.0855 0.21 0.055 gdT L2
ENSG00000243749 TMEM35B 800100 sc-eQTL 3.38e-01 -0.172 0.179 0.055 gdT L2
ENSG00000020129 NCDN 227980 sc-eQTL 7.28e-02 0.409 0.226 0.054 pDC L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -370600 sc-eQTL 6.74e-01 -0.097 0.23 0.054 pDC L2
ENSG00000054118 THRAP3 -438979 sc-eQTL 9.61e-01 -0.0102 0.207 0.054 pDC L2
ENSG00000092847 AGO1 -84355 sc-eQTL 2.23e-01 -0.285 0.233 0.054 pDC L2
ENSG00000092853 CLSPN 15475 sc-eQTL 4.19e-02 0.344 0.168 0.054 pDC L2
ENSG00000116544 DLGAP3 855803 sc-eQTL 1.69e-01 -0.308 0.223 0.054 pDC L2
ENSG00000116560 SFPQ 592308 sc-eQTL 2.86e-01 -0.157 0.147 0.054 pDC L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -303439 sc-eQTL 3.64e-01 0.202 0.222 0.054 pDC L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -370126 sc-eQTL 3.99e-01 -0.17 0.201 0.054 pDC L2
ENSG00000116898 MRPS15 -678931 sc-eQTL 4.50e-01 0.167 0.22 0.054 pDC L2
ENSG00000119535 CSF3R -697825 sc-eQTL 2.74e-01 -0.152 0.138 0.054 pDC L2
ENSG00000126067 PSMB2 143927 sc-eQTL 4.52e-01 -0.151 0.2 0.054 pDC L2
ENSG00000126070 AGO3 -145265 sc-eQTL 5.74e-01 -0.121 0.214 0.054 pDC L2
ENSG00000134698 AGO4 -22563 sc-eQTL 3.58e-01 0.193 0.209 0.054 pDC L2
ENSG00000142686 C1orf216 66559 sc-eQTL 7.85e-01 0.0496 0.181 0.054 pDC L2
ENSG00000142687 KIAA0319L 227503 sc-eQTL 7.50e-01 0.0789 0.247 0.054 pDC L2
ENSG00000142694 EVA1B -538701 sc-eQTL 4.68e-01 0.126 0.173 0.054 pDC L2
ENSG00000146463 ZMYM4 516744 sc-eQTL 6.88e-01 -0.0899 0.224 0.054 pDC L2
ENSG00000163866 SMIM12 925698 sc-eQTL 7.47e-01 -0.0754 0.234 0.054 pDC L2
ENSG00000163867 ZMYM6 753508 sc-eQTL 1.96e-01 0.269 0.207 0.054 pDC L2
ENSG00000171812 COL8A2 -339769 sc-eQTL 4.00e-01 -0.186 0.22 0.054 pDC L2
ENSG00000181817 LSM10 -612455 sc-eQTL 7.86e-01 -0.0576 0.211 0.054 pDC L2
ENSG00000196182 STK40 -600443 sc-eQTL 4.32e-01 -0.174 0.221 0.054 pDC L2
ENSG00000197056 ZMYM1 753281 sc-eQTL 8.37e-01 -0.0443 0.215 0.054 pDC L2
ENSG00000214193 SH3D21 -520915 sc-eQTL 2.57e-01 -0.239 0.21 0.054 pDC L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 419376 sc-eQTL 1.52e-01 -0.31 0.215 0.054 pDC L2
ENSG00000239636 AC004865.2 207724 sc-eQTL 3.21e-01 0.232 0.233 0.054 pDC L2
ENSG00000243749 TMEM35B 800100 sc-eQTL 5.44e-01 0.116 0.191 0.054 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000092850 TEKT2 -298641 eQTL 0.0141 -0.301 0.123 0.0 0.0 0.0294
ENSG00000119535 CSF3R -697825 pQTL 0.00371 0.174 0.0597 0.0 0.0 0.0343
ENSG00000134698 AGO4 -22563 eQTL 0.0197 0.0584 0.025 0.0 0.0 0.0294
ENSG00000142686 C1orf216 66559 eQTL 3.22e-13 0.374 0.0506 0.0 0.0 0.0294
ENSG00000197056 ZMYM1 753281 eQTL 0.0147 0.113 0.0461 0.00233 0.0 0.0294
ENSG00000239636 AC004865.2 207724 eQTL 3.99e-07 0.433 0.0848 0.0 0.0 0.0294
ENSG00000243749 TMEM35B 800100 eQTL 0.00223 0.141 0.0461 0.0 0.0 0.0294

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina