logo

Genes within 1Mb (chr1:35395373:A:ATC):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000020129 NCDN -162100 sc-eQTL 3.28e-02 0.437 0.203 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -760680 sc-eQTL 7.10e-01 0.0703 0.188 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000054118 THRAP3 -829059 sc-eQTL 6.05e-01 0.0993 0.192 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000092847 AGO1 -474435 sc-eQTL 3.11e-01 0.212 0.209 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116544 DLGAP3 465723 sc-eQTL 8.95e-01 -0.0251 0.191 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116560 SFPQ 202228 sc-eQTL 2.78e-01 0.149 0.137 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -693519 sc-eQTL 8.02e-01 -0.0516 0.205 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -760206 sc-eQTL 2.18e-01 -0.205 0.166 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000126067 PSMB2 -246153 sc-eQTL 7.49e-01 0.0627 0.195 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000126070 AGO3 -535345 sc-eQTL 2.18e-01 0.246 0.199 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000134698 AGO4 -412643 sc-eQTL 9.80e-01 -0.00464 0.185 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000142686 C1orf216 -323521 sc-eQTL 2.13e-01 -0.234 0.188 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -162577 sc-eQTL 3.71e-01 -0.187 0.209 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000142694 EVA1B -928781 sc-eQTL 7.03e-01 0.0695 0.182 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000146463 ZMYM4 126664 sc-eQTL 7.15e-01 -0.0758 0.207 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000163866 SMIM12 535618 sc-eQTL 3.59e-01 0.179 0.195 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000163867 ZMYM6 363428 sc-eQTL 5.52e-02 0.405 0.21 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000196182 STK40 -990523 sc-eQTL 4.31e-02 0.379 0.186 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000197056 ZMYM1 363201 sc-eQTL 8.99e-01 -0.0272 0.214 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 29296 sc-eQTL 3.95e-01 -0.164 0.192 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -182356 sc-eQTL 6.04e-01 -0.0995 0.191 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000243749 TMEM35B 410020 sc-eQTL 6.16e-01 0.0813 0.162 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000020129 NCDN -162100 sc-eQTL 6.38e-01 -0.0978 0.208 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -760680 sc-eQTL 7.29e-01 0.0687 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000054118 THRAP3 -829059 sc-eQTL 5.47e-02 0.372 0.193 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000092847 AGO1 -474435 sc-eQTL 1.30e-01 -0.302 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116544 DLGAP3 465723 sc-eQTL 8.07e-01 0.05 0.204 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116560 SFPQ 202228 sc-eQTL 8.90e-01 0.0161 0.116 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -693519 sc-eQTL 1.55e-01 0.304 0.213 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -760206 sc-eQTL 9.72e-01 -0.00564 0.158 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000126067 PSMB2 -246153 sc-eQTL 7.04e-01 -0.0741 0.195 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000126070 AGO3 -535345 sc-eQTL 2.10e-02 0.465 0.2 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000134698 AGO4 -412643 sc-eQTL 9.46e-01 -0.0141 0.208 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000142686 C1orf216 -323521 sc-eQTL 2.64e-01 0.216 0.193 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -162577 sc-eQTL 5.60e-01 -0.109 0.187 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000142694 EVA1B -928781 sc-eQTL 3.52e-01 0.177 0.189 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000146463 ZMYM4 126664 sc-eQTL 2.62e-01 0.225 0.2 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000163866 SMIM12 535618 sc-eQTL 2.46e-01 -0.231 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000163867 ZMYM6 363428 sc-eQTL 8.75e-01 -0.0344 0.218 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000196182 STK40 -990523 sc-eQTL 8.24e-01 -0.0444 0.199 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000197056 ZMYM1 363201 sc-eQTL 2.01e-01 0.255 0.199 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 29296 sc-eQTL 8.56e-01 0.0342 0.189 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -182356 sc-eQTL 9.56e-01 0.0108 0.197 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000243749 TMEM35B 410020 sc-eQTL 9.85e-01 0.00295 0.16 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000020129 NCDN -162100 sc-eQTL 8.66e-01 0.0382 0.226 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -760680 sc-eQTL 3.80e-01 -0.178 0.203 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000054118 THRAP3 -829059 sc-eQTL 6.52e-01 0.0912 0.202 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000092847 AGO1 -474435 sc-eQTL 7.64e-01 -0.0636 0.212 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116544 DLGAP3 465723 sc-eQTL 8.88e-02 -0.335 0.196 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116560 SFPQ 202228 sc-eQTL 7.23e-01 -0.0446 0.125 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -693519 sc-eQTL 3.96e-01 -0.184 0.216 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -760206 sc-eQTL 9.96e-01 -0.00105 0.19 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000126067 PSMB2 -246153 sc-eQTL 9.12e-01 0.0214 0.194 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000126070 AGO3 -535345 sc-eQTL 3.91e-01 0.182 0.212 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000134698 AGO4 -412643 sc-eQTL 6.30e-01 0.103 0.214 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000142686 C1orf216 -323521 sc-eQTL 4.85e-01 -0.14 0.201 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -162577 sc-eQTL 9.34e-01 0.0176 0.213 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000142694 EVA1B -928781 sc-eQTL 6.40e-01 -0.0977 0.208 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000146463 ZMYM4 126664 sc-eQTL 8.10e-01 -0.0534 0.221 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000163866 SMIM12 535618 sc-eQTL 2.38e-01 -0.259 0.219 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000163867 ZMYM6 363428 sc-eQTL 3.80e-01 0.192 0.218 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000196182 STK40 -990523 sc-eQTL 8.27e-01 0.0445 0.203 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000197056 ZMYM1 363201 sc-eQTL 5.61e-01 0.119 0.203 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 29296 sc-eQTL 8.63e-01 0.0341 0.197 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -182356 sc-eQTL 7.23e-02 0.373 0.206 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000243749 TMEM35B 410020 sc-eQTL 9.10e-01 -0.0177 0.156 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000020129 NCDN -162100 sc-eQTL 6.57e-01 0.0946 0.212 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -760680 sc-eQTL 3.78e-01 -0.162 0.184 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000054118 THRAP3 -829059 sc-eQTL 5.12e-02 0.388 0.198 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000092847 AGO1 -474435 sc-eQTL 4.81e-02 -0.412 0.207 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116544 DLGAP3 465723 sc-eQTL 7.63e-01 0.0611 0.203 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116560 SFPQ 202228 sc-eQTL 4.99e-01 -0.0898 0.133 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -693519 sc-eQTL 1.88e-01 -0.278 0.211 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -760206 sc-eQTL 2.33e-01 -0.203 0.17 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000126067 PSMB2 -246153 sc-eQTL 5.75e-02 -0.315 0.165 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000126070 AGO3 -535345 sc-eQTL 9.10e-03 -0.55 0.209 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000134698 AGO4 -412643 sc-eQTL 7.59e-01 0.0609 0.199 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000142686 C1orf216 -323521 sc-eQTL 1.61e-01 -0.286 0.203 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -162577 sc-eQTL 4.82e-01 0.144 0.205 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000142694 EVA1B -928781 sc-eQTL 5.87e-02 0.314 0.165 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000146463 ZMYM4 126664 sc-eQTL 1.68e-01 0.258 0.186 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000163866 SMIM12 535618 sc-eQTL 8.81e-01 0.0334 0.223 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000163867 ZMYM6 363428 sc-eQTL 8.32e-01 -0.0471 0.222 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000196182 STK40 -990523 sc-eQTL 6.59e-01 -0.0819 0.185 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000197056 ZMYM1 363201 sc-eQTL 9.38e-01 0.0153 0.198 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 29296 sc-eQTL 6.82e-02 0.352 0.192 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -182356 sc-eQTL 7.77e-01 0.0598 0.211 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000243749 TMEM35B 410020 sc-eQTL 7.48e-01 0.0554 0.173 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000020129 NCDN -162100 sc-eQTL 7.07e-02 0.37 0.204 0.05 Pro_T L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -760680 sc-eQTL 7.74e-01 0.0481 0.167 0.05 Pro_T L2
ENSG00000054118 THRAP3 -829059 sc-eQTL 3.19e-01 -0.188 0.188 0.05 Pro_T L2
ENSG00000092847 AGO1 -474435 sc-eQTL 9.14e-01 0.0246 0.226 0.05 Pro_T L2
ENSG00000092853 CLSPN -374605 sc-eQTL 5.51e-01 -0.0609 0.102 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116544 DLGAP3 465723 sc-eQTL 4.43e-01 -0.148 0.192 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116560 SFPQ 202228 sc-eQTL 5.92e-02 0.275 0.145 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -693519 sc-eQTL 3.22e-02 0.455 0.211 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -760206 sc-eQTL 6.81e-02 0.279 0.152 0.05 Pro_T L2
ENSG00000126067 PSMB2 -246153 sc-eQTL 4.61e-01 -0.0849 0.115 0.05 Pro_T L2
ENSG00000126070 AGO3 -535345 sc-eQTL 9.74e-02 0.344 0.207 0.05 Pro_T L2
ENSG00000134698 AGO4 -412643 sc-eQTL 1.86e-01 0.253 0.191 0.05 Pro_T L2
ENSG00000142686 C1orf216 -323521 sc-eQTL 7.30e-03 -0.528 0.195 0.05 Pro_T L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -162577 sc-eQTL 3.86e-01 0.195 0.224 0.05 Pro_T L2
ENSG00000142694 EVA1B -928781 sc-eQTL 6.00e-01 -0.104 0.197 0.05 Pro_T L2
ENSG00000146463 ZMYM4 126664 sc-eQTL 6.98e-01 0.0846 0.218 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163866 SMIM12 535618 sc-eQTL 8.00e-01 -0.053 0.209 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163867 ZMYM6 363428 sc-eQTL 1.19e-01 0.354 0.226 0.05 Pro_T L2
ENSG00000196182 STK40 -990523 sc-eQTL 7.67e-02 -0.38 0.214 0.05 Pro_T L2
ENSG00000197056 ZMYM1 363201 sc-eQTL 7.72e-01 -0.055 0.19 0.05 Pro_T L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 29296 sc-eQTL 2.22e-01 -0.245 0.2 0.05 Pro_T L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -182356 sc-eQTL 2.52e-01 0.233 0.203 0.05 Pro_T L2
ENSG00000243749 TMEM35B 410020 sc-eQTL 3.74e-01 0.152 0.17 0.05 Pro_T L2
ENSG00000020129 NCDN -162100 sc-eQTL 7.25e-01 0.0862 0.244 0.055 gdT L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -760680 sc-eQTL 7.52e-01 0.0672 0.212 0.055 gdT L2
ENSG00000054118 THRAP3 -829059 sc-eQTL 2.52e-01 0.283 0.246 0.055 gdT L2
ENSG00000092847 AGO1 -474435 sc-eQTL 2.64e-01 -0.29 0.258 0.055 gdT L2
ENSG00000092853 CLSPN -374605 sc-eQTL 4.84e-01 -0.143 0.203 0.055 gdT L2
ENSG00000116544 DLGAP3 465723 sc-eQTL 7.75e-01 0.0681 0.238 0.055 gdT L2
ENSG00000116560 SFPQ 202228 sc-eQTL 2.10e-01 -0.196 0.156 0.055 gdT L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -693519 sc-eQTL 7.30e-01 0.0827 0.239 0.055 gdT L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -760206 sc-eQTL 8.36e-01 0.0423 0.204 0.055 gdT L2
ENSG00000126067 PSMB2 -246153 sc-eQTL 2.35e-01 0.261 0.219 0.055 gdT L2
ENSG00000126070 AGO3 -535345 sc-eQTL 3.20e-01 0.237 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000134698 AGO4 -412643 sc-eQTL 3.11e-01 0.236 0.232 0.055 gdT L2
ENSG00000142686 C1orf216 -323521 sc-eQTL 9.85e-01 -0.00459 0.236 0.055 gdT L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -162577 sc-eQTL 3.80e-01 -0.209 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000142694 EVA1B -928781 sc-eQTL 1.31e-01 -0.338 0.223 0.055 gdT L2
ENSG00000146463 ZMYM4 126664 sc-eQTL 4.20e-01 0.185 0.229 0.055 gdT L2
ENSG00000163866 SMIM12 535618 sc-eQTL 5.97e-01 -0.131 0.248 0.055 gdT L2
ENSG00000163867 ZMYM6 363428 sc-eQTL 2.81e-02 0.56 0.253 0.055 gdT L2
ENSG00000196182 STK40 -990523 sc-eQTL 6.60e-01 -0.0954 0.216 0.055 gdT L2
ENSG00000197056 ZMYM1 363201 sc-eQTL 5.34e-01 0.144 0.23 0.055 gdT L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 29296 sc-eQTL 3.48e-01 -0.205 0.218 0.055 gdT L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -182356 sc-eQTL 2.85e-01 0.228 0.212 0.055 gdT L2
ENSG00000243749 TMEM35B 410020 sc-eQTL 6.15e-02 -0.339 0.18 0.055 gdT L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000054116 TRAPPC3 -760680 eQTL 0.00823 0.0648 0.0245 0.0 0.0 0.0515
ENSG00000054118 THRAP3 -829059 eQTL 0.0379 -0.0501 0.0241 0.0 0.0 0.0515
ENSG00000126067 PSMB2 -246153 eQTL 1.43e-17 -0.212 0.0243 0.0 0.0 0.0515
ENSG00000142686 C1orf216 -323521 eQTL 0.109 0.0632 0.0394 0.00165 0.0 0.0515
ENSG00000171812 COL8A2 -729849 eQTL 0.0452 -0.0989 0.0493 0.0 0.0 0.0515
ENSG00000239636 AC004865.2 -182356 eQTL 0.00148 0.207 0.0648 0.00221 0.00195 0.0515
ENSG00000243749 TMEM35B 410020 eQTL 0.00228 0.107 0.035 0.0 0.0 0.0515

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina