logo

Genes within 1Mb (chr1:35317389:C:T):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000020129 NCDN -240084 sc-eQTL 3.28e-02 0.437 0.203 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -838664 sc-eQTL 7.10e-01 0.0703 0.188 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000054118 THRAP3 -907043 sc-eQTL 6.05e-01 0.0993 0.192 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000092847 AGO1 -552419 sc-eQTL 3.11e-01 0.212 0.209 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116544 DLGAP3 387739 sc-eQTL 8.95e-01 -0.0251 0.191 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116560 SFPQ 124244 sc-eQTL 2.78e-01 0.149 0.137 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -771503 sc-eQTL 8.02e-01 -0.0516 0.205 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -838190 sc-eQTL 2.18e-01 -0.205 0.166 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000126067 PSMB2 -324137 sc-eQTL 7.49e-01 0.0627 0.195 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000126070 AGO3 -613329 sc-eQTL 2.18e-01 0.246 0.199 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000134698 AGO4 -490627 sc-eQTL 9.80e-01 -0.00464 0.185 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000142686 C1orf216 -401505 sc-eQTL 2.13e-01 -0.234 0.188 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -240561 sc-eQTL 3.71e-01 -0.187 0.209 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000146463 ZMYM4 48680 sc-eQTL 7.15e-01 -0.0758 0.207 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000163866 SMIM12 457634 sc-eQTL 3.59e-01 0.179 0.195 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000163867 ZMYM6 285444 sc-eQTL 5.52e-02 0.405 0.21 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000197056 ZMYM1 285217 sc-eQTL 8.99e-01 -0.0272 0.214 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -48688 sc-eQTL 3.95e-01 -0.164 0.192 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -260340 sc-eQTL 6.04e-01 -0.0995 0.191 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000243749 TMEM35B 332036 sc-eQTL 6.16e-01 0.0813 0.162 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000020129 NCDN -240084 sc-eQTL 6.38e-01 -0.0978 0.208 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -838664 sc-eQTL 7.29e-01 0.0687 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000054118 THRAP3 -907043 sc-eQTL 5.47e-02 0.372 0.193 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000092847 AGO1 -552419 sc-eQTL 1.30e-01 -0.302 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116544 DLGAP3 387739 sc-eQTL 8.07e-01 0.05 0.204 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116560 SFPQ 124244 sc-eQTL 8.90e-01 0.0161 0.116 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -771503 sc-eQTL 1.55e-01 0.304 0.213 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -838190 sc-eQTL 9.72e-01 -0.00564 0.158 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000126067 PSMB2 -324137 sc-eQTL 7.04e-01 -0.0741 0.195 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000126070 AGO3 -613329 sc-eQTL 2.10e-02 0.465 0.2 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000134698 AGO4 -490627 sc-eQTL 9.46e-01 -0.0141 0.208 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000142686 C1orf216 -401505 sc-eQTL 2.64e-01 0.216 0.193 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -240561 sc-eQTL 5.60e-01 -0.109 0.187 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000146463 ZMYM4 48680 sc-eQTL 2.62e-01 0.225 0.2 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000163866 SMIM12 457634 sc-eQTL 2.46e-01 -0.231 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000163867 ZMYM6 285444 sc-eQTL 8.75e-01 -0.0344 0.218 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000197056 ZMYM1 285217 sc-eQTL 2.01e-01 0.255 0.199 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -48688 sc-eQTL 8.56e-01 0.0342 0.189 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -260340 sc-eQTL 9.56e-01 0.0108 0.197 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000243749 TMEM35B 332036 sc-eQTL 9.85e-01 0.00295 0.16 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000020129 NCDN -240084 sc-eQTL 8.66e-01 0.0382 0.226 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -838664 sc-eQTL 3.80e-01 -0.178 0.203 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000054118 THRAP3 -907043 sc-eQTL 6.52e-01 0.0912 0.202 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000092847 AGO1 -552419 sc-eQTL 7.64e-01 -0.0636 0.212 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116544 DLGAP3 387739 sc-eQTL 8.88e-02 -0.335 0.196 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116560 SFPQ 124244 sc-eQTL 7.23e-01 -0.0446 0.125 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -771503 sc-eQTL 3.96e-01 -0.184 0.216 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -838190 sc-eQTL 9.96e-01 -0.00105 0.19 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000126067 PSMB2 -324137 sc-eQTL 9.12e-01 0.0214 0.194 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000126070 AGO3 -613329 sc-eQTL 3.91e-01 0.182 0.212 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000134698 AGO4 -490627 sc-eQTL 6.30e-01 0.103 0.214 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000142686 C1orf216 -401505 sc-eQTL 4.85e-01 -0.14 0.201 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -240561 sc-eQTL 9.34e-01 0.0176 0.213 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000146463 ZMYM4 48680 sc-eQTL 8.10e-01 -0.0534 0.221 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000163866 SMIM12 457634 sc-eQTL 2.38e-01 -0.259 0.219 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000163867 ZMYM6 285444 sc-eQTL 3.80e-01 0.192 0.218 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000197056 ZMYM1 285217 sc-eQTL 5.61e-01 0.119 0.203 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -48688 sc-eQTL 8.63e-01 0.0341 0.197 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -260340 sc-eQTL 7.23e-02 0.373 0.206 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000243749 TMEM35B 332036 sc-eQTL 9.10e-01 -0.0177 0.156 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000020129 NCDN -240084 sc-eQTL 6.57e-01 0.0946 0.212 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -838664 sc-eQTL 3.78e-01 -0.162 0.184 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000054118 THRAP3 -907043 sc-eQTL 5.12e-02 0.388 0.198 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000092847 AGO1 -552419 sc-eQTL 4.81e-02 -0.412 0.207 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116544 DLGAP3 387739 sc-eQTL 7.63e-01 0.0611 0.203 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116560 SFPQ 124244 sc-eQTL 4.99e-01 -0.0898 0.133 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -771503 sc-eQTL 1.88e-01 -0.278 0.211 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -838190 sc-eQTL 2.33e-01 -0.203 0.17 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000126067 PSMB2 -324137 sc-eQTL 5.75e-02 -0.315 0.165 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000126070 AGO3 -613329 sc-eQTL 9.10e-03 -0.55 0.209 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000134698 AGO4 -490627 sc-eQTL 7.59e-01 0.0609 0.199 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000142686 C1orf216 -401505 sc-eQTL 1.61e-01 -0.286 0.203 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -240561 sc-eQTL 4.82e-01 0.144 0.205 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000146463 ZMYM4 48680 sc-eQTL 1.68e-01 0.258 0.186 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000163866 SMIM12 457634 sc-eQTL 8.81e-01 0.0334 0.223 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000163867 ZMYM6 285444 sc-eQTL 8.32e-01 -0.0471 0.222 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000197056 ZMYM1 285217 sc-eQTL 9.38e-01 0.0153 0.198 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -48688 sc-eQTL 6.82e-02 0.352 0.192 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -260340 sc-eQTL 7.77e-01 0.0598 0.211 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000243749 TMEM35B 332036 sc-eQTL 7.48e-01 0.0554 0.173 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000020129 NCDN -240084 sc-eQTL 7.07e-02 0.37 0.204 0.05 Pro_T L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -838664 sc-eQTL 7.74e-01 0.0481 0.167 0.05 Pro_T L2
ENSG00000054118 THRAP3 -907043 sc-eQTL 3.19e-01 -0.188 0.188 0.05 Pro_T L2
ENSG00000092847 AGO1 -552419 sc-eQTL 9.14e-01 0.0246 0.226 0.05 Pro_T L2
ENSG00000092853 CLSPN -452589 sc-eQTL 5.51e-01 -0.0609 0.102 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116544 DLGAP3 387739 sc-eQTL 4.43e-01 -0.148 0.192 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116560 SFPQ 124244 sc-eQTL 5.92e-02 0.275 0.145 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -771503 sc-eQTL 3.22e-02 0.455 0.211 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -838190 sc-eQTL 6.81e-02 0.279 0.152 0.05 Pro_T L2
ENSG00000126067 PSMB2 -324137 sc-eQTL 4.61e-01 -0.0849 0.115 0.05 Pro_T L2
ENSG00000126070 AGO3 -613329 sc-eQTL 9.74e-02 0.344 0.207 0.05 Pro_T L2
ENSG00000134698 AGO4 -490627 sc-eQTL 1.86e-01 0.253 0.191 0.05 Pro_T L2
ENSG00000142686 C1orf216 -401505 sc-eQTL 7.30e-03 -0.528 0.195 0.05 Pro_T L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -240561 sc-eQTL 3.86e-01 0.195 0.224 0.05 Pro_T L2
ENSG00000146463 ZMYM4 48680 sc-eQTL 6.98e-01 0.0846 0.218 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163866 SMIM12 457634 sc-eQTL 8.00e-01 -0.053 0.209 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163867 ZMYM6 285444 sc-eQTL 1.19e-01 0.354 0.226 0.05 Pro_T L2
ENSG00000197056 ZMYM1 285217 sc-eQTL 7.72e-01 -0.055 0.19 0.05 Pro_T L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -48688 sc-eQTL 2.22e-01 -0.245 0.2 0.05 Pro_T L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -260340 sc-eQTL 2.52e-01 0.233 0.203 0.05 Pro_T L2
ENSG00000243749 TMEM35B 332036 sc-eQTL 3.74e-01 0.152 0.17 0.05 Pro_T L2
ENSG00000020129 NCDN -240084 sc-eQTL 7.25e-01 0.0862 0.244 0.055 gdT L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -838664 sc-eQTL 7.52e-01 0.0672 0.212 0.055 gdT L2
ENSG00000054118 THRAP3 -907043 sc-eQTL 2.52e-01 0.283 0.246 0.055 gdT L2
ENSG00000092847 AGO1 -552419 sc-eQTL 2.64e-01 -0.29 0.258 0.055 gdT L2
ENSG00000092853 CLSPN -452589 sc-eQTL 4.84e-01 -0.143 0.203 0.055 gdT L2
ENSG00000116544 DLGAP3 387739 sc-eQTL 7.75e-01 0.0681 0.238 0.055 gdT L2
ENSG00000116560 SFPQ 124244 sc-eQTL 2.10e-01 -0.196 0.156 0.055 gdT L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -771503 sc-eQTL 7.30e-01 0.0827 0.239 0.055 gdT L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -838190 sc-eQTL 8.36e-01 0.0423 0.204 0.055 gdT L2
ENSG00000126067 PSMB2 -324137 sc-eQTL 2.35e-01 0.261 0.219 0.055 gdT L2
ENSG00000126070 AGO3 -613329 sc-eQTL 3.20e-01 0.237 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000134698 AGO4 -490627 sc-eQTL 3.11e-01 0.236 0.232 0.055 gdT L2
ENSG00000142686 C1orf216 -401505 sc-eQTL 9.85e-01 -0.00459 0.236 0.055 gdT L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -240561 sc-eQTL 3.80e-01 -0.209 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000146463 ZMYM4 48680 sc-eQTL 4.20e-01 0.185 0.229 0.055 gdT L2
ENSG00000163866 SMIM12 457634 sc-eQTL 5.97e-01 -0.131 0.248 0.055 gdT L2
ENSG00000163867 ZMYM6 285444 sc-eQTL 2.81e-02 0.56 0.253 0.055 gdT L2
ENSG00000197056 ZMYM1 285217 sc-eQTL 5.34e-01 0.144 0.23 0.055 gdT L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -48688 sc-eQTL 3.48e-01 -0.205 0.218 0.055 gdT L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -260340 sc-eQTL 2.85e-01 0.228 0.212 0.055 gdT L2
ENSG00000243749 TMEM35B 332036 sc-eQTL 6.15e-02 -0.339 0.18 0.055 gdT L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000054116 TRAPPC3 -838664 eQTL 0.00944 0.0628 0.0241 0.0 0.0 0.0535
ENSG00000126067 PSMB2 -324137 eQTL 3.36e-17 -0.206 0.024 0.0 0.0 0.0535
ENSG00000142686 C1orf216 -401505 eQTL 0.081 0.0679 0.0388 0.00227 0.0 0.0535
ENSG00000239636 AC004865.2 -260340 eQTL 0.000476 0.224 0.0638 0.00234 0.00198 0.0535
ENSG00000243749 TMEM35B 332036 eQTL 0.000616 0.118 0.0344 0.0 0.0 0.0535

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina