logo

Genes within 1Mb (chr1:35299530:A:G):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000020129 NCDN -257943 sc-eQTL 3.28e-02 0.437 0.203 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -856523 sc-eQTL 7.10e-01 0.0703 0.188 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000054118 THRAP3 -924902 sc-eQTL 6.05e-01 0.0993 0.192 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000092847 AGO1 -570278 sc-eQTL 3.11e-01 0.212 0.209 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116544 DLGAP3 369880 sc-eQTL 8.95e-01 -0.0251 0.191 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116560 SFPQ 106385 sc-eQTL 2.78e-01 0.149 0.137 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -789362 sc-eQTL 8.02e-01 -0.0516 0.205 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -856049 sc-eQTL 2.18e-01 -0.205 0.166 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000126067 PSMB2 -341996 sc-eQTL 7.49e-01 0.0627 0.195 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000126070 AGO3 -631188 sc-eQTL 2.18e-01 0.246 0.199 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000134698 AGO4 -508486 sc-eQTL 9.80e-01 -0.00464 0.185 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000142686 C1orf216 -419364 sc-eQTL 2.13e-01 -0.234 0.188 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -258420 sc-eQTL 3.71e-01 -0.187 0.209 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000146463 ZMYM4 30821 sc-eQTL 7.15e-01 -0.0758 0.207 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000163866 SMIM12 439775 sc-eQTL 3.59e-01 0.179 0.195 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000163867 ZMYM6 267585 sc-eQTL 5.52e-02 0.405 0.21 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000197056 ZMYM1 267358 sc-eQTL 8.99e-01 -0.0272 0.214 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -66547 sc-eQTL 3.95e-01 -0.164 0.192 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -278199 sc-eQTL 6.04e-01 -0.0995 0.191 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000243749 TMEM35B 314177 sc-eQTL 6.16e-01 0.0813 0.162 0.052 CD4_CTL L2
ENSG00000020129 NCDN -257943 sc-eQTL 6.38e-01 -0.0978 0.208 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -856523 sc-eQTL 7.29e-01 0.0687 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000054118 THRAP3 -924902 sc-eQTL 5.47e-02 0.372 0.193 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000092847 AGO1 -570278 sc-eQTL 1.30e-01 -0.302 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116544 DLGAP3 369880 sc-eQTL 8.07e-01 0.05 0.204 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116560 SFPQ 106385 sc-eQTL 8.90e-01 0.0161 0.116 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -789362 sc-eQTL 1.55e-01 0.304 0.213 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -856049 sc-eQTL 9.72e-01 -0.00564 0.158 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000126067 PSMB2 -341996 sc-eQTL 7.04e-01 -0.0741 0.195 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000126070 AGO3 -631188 sc-eQTL 2.10e-02 0.465 0.2 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000134698 AGO4 -508486 sc-eQTL 9.46e-01 -0.0141 0.208 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000142686 C1orf216 -419364 sc-eQTL 2.64e-01 0.216 0.193 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -258420 sc-eQTL 5.60e-01 -0.109 0.187 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000146463 ZMYM4 30821 sc-eQTL 2.62e-01 0.225 0.2 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000163866 SMIM12 439775 sc-eQTL 2.46e-01 -0.231 0.198 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000163867 ZMYM6 267585 sc-eQTL 8.75e-01 -0.0344 0.218 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000197056 ZMYM1 267358 sc-eQTL 2.01e-01 0.255 0.199 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -66547 sc-eQTL 8.56e-01 0.0342 0.189 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -278199 sc-eQTL 9.56e-01 0.0108 0.197 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000243749 TMEM35B 314177 sc-eQTL 9.85e-01 0.00295 0.16 0.051 CD8_TCM L2
ENSG00000020129 NCDN -257943 sc-eQTL 8.66e-01 0.0382 0.226 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -856523 sc-eQTL 3.80e-01 -0.178 0.203 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000054118 THRAP3 -924902 sc-eQTL 6.52e-01 0.0912 0.202 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000092847 AGO1 -570278 sc-eQTL 7.64e-01 -0.0636 0.212 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116544 DLGAP3 369880 sc-eQTL 8.88e-02 -0.335 0.196 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116560 SFPQ 106385 sc-eQTL 7.23e-01 -0.0446 0.125 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -789362 sc-eQTL 3.96e-01 -0.184 0.216 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -856049 sc-eQTL 9.96e-01 -0.00105 0.19 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000126067 PSMB2 -341996 sc-eQTL 9.12e-01 0.0214 0.194 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000126070 AGO3 -631188 sc-eQTL 3.91e-01 0.182 0.212 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000134698 AGO4 -508486 sc-eQTL 6.30e-01 0.103 0.214 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000142686 C1orf216 -419364 sc-eQTL 4.85e-01 -0.14 0.201 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -258420 sc-eQTL 9.34e-01 0.0176 0.213 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000146463 ZMYM4 30821 sc-eQTL 8.10e-01 -0.0534 0.221 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000163866 SMIM12 439775 sc-eQTL 2.38e-01 -0.259 0.219 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000163867 ZMYM6 267585 sc-eQTL 3.80e-01 0.192 0.218 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000197056 ZMYM1 267358 sc-eQTL 5.61e-01 0.119 0.203 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -66547 sc-eQTL 8.63e-01 0.0341 0.197 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -278199 sc-eQTL 7.23e-02 0.373 0.206 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000243749 TMEM35B 314177 sc-eQTL 9.10e-01 -0.0177 0.156 0.05 CD8_TEM L2
ENSG00000020129 NCDN -257943 sc-eQTL 6.57e-01 0.0946 0.212 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -856523 sc-eQTL 3.78e-01 -0.162 0.184 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000054118 THRAP3 -924902 sc-eQTL 5.12e-02 0.388 0.198 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000092847 AGO1 -570278 sc-eQTL 4.81e-02 -0.412 0.207 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116544 DLGAP3 369880 sc-eQTL 7.63e-01 0.0611 0.203 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116560 SFPQ 106385 sc-eQTL 4.99e-01 -0.0898 0.133 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -789362 sc-eQTL 1.88e-01 -0.278 0.211 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -856049 sc-eQTL 2.33e-01 -0.203 0.17 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000126067 PSMB2 -341996 sc-eQTL 5.75e-02 -0.315 0.165 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000126070 AGO3 -631188 sc-eQTL 9.10e-03 -0.55 0.209 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000134698 AGO4 -508486 sc-eQTL 7.59e-01 0.0609 0.199 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000142686 C1orf216 -419364 sc-eQTL 1.61e-01 -0.286 0.203 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -258420 sc-eQTL 4.82e-01 0.144 0.205 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000146463 ZMYM4 30821 sc-eQTL 1.68e-01 0.258 0.186 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000163866 SMIM12 439775 sc-eQTL 8.81e-01 0.0334 0.223 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000163867 ZMYM6 267585 sc-eQTL 8.32e-01 -0.0471 0.222 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000197056 ZMYM1 267358 sc-eQTL 9.38e-01 0.0153 0.198 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -66547 sc-eQTL 6.82e-02 0.352 0.192 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -278199 sc-eQTL 7.77e-01 0.0598 0.211 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000243749 TMEM35B 314177 sc-eQTL 7.48e-01 0.0554 0.173 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000020129 NCDN -257943 sc-eQTL 7.07e-02 0.37 0.204 0.05 Pro_T L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -856523 sc-eQTL 7.74e-01 0.0481 0.167 0.05 Pro_T L2
ENSG00000054118 THRAP3 -924902 sc-eQTL 3.19e-01 -0.188 0.188 0.05 Pro_T L2
ENSG00000092847 AGO1 -570278 sc-eQTL 9.14e-01 0.0246 0.226 0.05 Pro_T L2
ENSG00000092853 CLSPN -470448 sc-eQTL 5.51e-01 -0.0609 0.102 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116544 DLGAP3 369880 sc-eQTL 4.43e-01 -0.148 0.192 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116560 SFPQ 106385 sc-eQTL 5.92e-02 0.275 0.145 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -789362 sc-eQTL 3.22e-02 0.455 0.211 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -856049 sc-eQTL 6.81e-02 0.279 0.152 0.05 Pro_T L2
ENSG00000126067 PSMB2 -341996 sc-eQTL 4.61e-01 -0.0849 0.115 0.05 Pro_T L2
ENSG00000126070 AGO3 -631188 sc-eQTL 9.74e-02 0.344 0.207 0.05 Pro_T L2
ENSG00000134698 AGO4 -508486 sc-eQTL 1.86e-01 0.253 0.191 0.05 Pro_T L2
ENSG00000142686 C1orf216 -419364 sc-eQTL 7.30e-03 -0.528 0.195 0.05 Pro_T L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -258420 sc-eQTL 3.86e-01 0.195 0.224 0.05 Pro_T L2
ENSG00000146463 ZMYM4 30821 sc-eQTL 6.98e-01 0.0846 0.218 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163866 SMIM12 439775 sc-eQTL 8.00e-01 -0.053 0.209 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163867 ZMYM6 267585 sc-eQTL 1.19e-01 0.354 0.226 0.05 Pro_T L2
ENSG00000197056 ZMYM1 267358 sc-eQTL 7.72e-01 -0.055 0.19 0.05 Pro_T L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -66547 sc-eQTL 2.22e-01 -0.245 0.2 0.05 Pro_T L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -278199 sc-eQTL 2.52e-01 0.233 0.203 0.05 Pro_T L2
ENSG00000243749 TMEM35B 314177 sc-eQTL 3.74e-01 0.152 0.17 0.05 Pro_T L2
ENSG00000020129 NCDN -257943 sc-eQTL 7.25e-01 0.0862 0.244 0.055 gdT L2
ENSG00000054116 TRAPPC3 -856523 sc-eQTL 7.52e-01 0.0672 0.212 0.055 gdT L2
ENSG00000054118 THRAP3 -924902 sc-eQTL 2.52e-01 0.283 0.246 0.055 gdT L2
ENSG00000092847 AGO1 -570278 sc-eQTL 2.64e-01 -0.29 0.258 0.055 gdT L2
ENSG00000092853 CLSPN -470448 sc-eQTL 4.84e-01 -0.143 0.203 0.055 gdT L2
ENSG00000116544 DLGAP3 369880 sc-eQTL 7.75e-01 0.0681 0.238 0.055 gdT L2
ENSG00000116560 SFPQ 106385 sc-eQTL 2.10e-01 -0.196 0.156 0.055 gdT L2
ENSG00000116863 ADPRHL2 -789362 sc-eQTL 7.30e-01 0.0827 0.239 0.055 gdT L2
ENSG00000116871 MAP7D1 -856049 sc-eQTL 8.36e-01 0.0423 0.204 0.055 gdT L2
ENSG00000126067 PSMB2 -341996 sc-eQTL 2.35e-01 0.261 0.219 0.055 gdT L2
ENSG00000126070 AGO3 -631188 sc-eQTL 3.20e-01 0.237 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000134698 AGO4 -508486 sc-eQTL 3.11e-01 0.236 0.232 0.055 gdT L2
ENSG00000142686 C1orf216 -419364 sc-eQTL 9.85e-01 -0.00459 0.236 0.055 gdT L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -258420 sc-eQTL 3.80e-01 -0.209 0.237 0.055 gdT L2
ENSG00000146463 ZMYM4 30821 sc-eQTL 4.20e-01 0.185 0.229 0.055 gdT L2
ENSG00000163866 SMIM12 439775 sc-eQTL 5.97e-01 -0.131 0.248 0.055 gdT L2
ENSG00000163867 ZMYM6 267585 sc-eQTL 2.81e-02 0.56 0.253 0.055 gdT L2
ENSG00000197056 ZMYM1 267358 sc-eQTL 5.34e-01 0.144 0.23 0.055 gdT L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -66547 sc-eQTL 3.48e-01 -0.205 0.218 0.055 gdT L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -278199 sc-eQTL 2.85e-01 0.228 0.212 0.055 gdT L2
ENSG00000243749 TMEM35B 314177 sc-eQTL 6.15e-02 -0.339 0.18 0.055 gdT L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000054116 TRAPPC3 -856523 eQTL 0.00657 0.0654 0.024 0.0 0.0 0.054
ENSG00000126067 PSMB2 -341996 eQTL 3.69e-17 -0.205 0.0239 0.0 0.0 0.054
ENSG00000142686 C1orf216 -419364 eQTL 0.062 0.0722 0.0386 0.00171 0.0 0.054
ENSG00000163867 ZMYM6 267585 eQTL 0.0486 -0.0601 0.0304 0.0 0.0 0.054
ENSG00000171812 COL8A2 -825692 eQTL 0.0363 -0.101 0.0483 0.0 0.0 0.054
ENSG00000239636 AC004865.2 -278199 eQTL 0.000321 0.229 0.0635 0.00183 0.00127 0.054
ENSG00000243749 TMEM35B 314177 eQTL 0.00111 0.112 0.0343 0.0 0.0 0.054

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina