logo

Genes within 1Mb (chr1:34768377:G:A):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000020129 NCDN -789096 sc-eQTL 6.19e-01 0.101 0.204 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116544 DLGAP3 -161273 sc-eQTL 3.50e-01 0.177 0.189 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000116560 SFPQ -424768 sc-eQTL 4.10e-01 -0.112 0.136 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000126067 PSMB2 -873149 sc-eQTL 5.21e-01 -0.124 0.193 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000142686 C1orf216 -950517 sc-eQTL 5.48e-01 -0.112 0.187 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -789573 sc-eQTL 6.10e-01 0.106 0.207 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000146463 ZMYM4 -500332 sc-eQTL 6.42e-01 -0.0954 0.205 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000163866 SMIM12 -91378 sc-eQTL 4.20e-01 0.156 0.193 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000163867 ZMYM6 -263568 sc-eQTL 7.59e-01 0.0644 0.21 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000197056 ZMYM1 -263795 sc-eQTL 3.30e-01 -0.206 0.211 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -597700 sc-eQTL 8.17e-01 -0.0441 0.19 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -809352 sc-eQTL 3.20e-01 0.189 0.19 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000243749 TMEM35B -216976 sc-eQTL 2.37e-01 0.19 0.16 0.05 CD4_CTL L2
ENSG00000020129 NCDN -789096 sc-eQTL 8.48e-01 -0.0378 0.196 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000116544 DLGAP3 -161273 sc-eQTL 8.76e-01 0.0302 0.193 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000116560 SFPQ -424768 sc-eQTL 5.69e-01 0.0625 0.11 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000126067 PSMB2 -873149 sc-eQTL 1.79e-01 -0.247 0.183 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000142686 C1orf216 -950517 sc-eQTL 2.96e-01 0.191 0.182 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -789573 sc-eQTL 7.16e-01 -0.0645 0.177 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000146463 ZMYM4 -500332 sc-eQTL 2.02e-01 -0.241 0.188 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000163866 SMIM12 -91378 sc-eQTL 2.99e-01 -0.195 0.187 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000163867 ZMYM6 -263568 sc-eQTL 5.97e-01 0.109 0.205 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000197056 ZMYM1 -263795 sc-eQTL 3.83e-01 -0.164 0.188 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -597700 sc-eQTL 6.17e-01 -0.0891 0.178 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -809352 sc-eQTL 3.60e-01 0.17 0.186 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000243749 TMEM35B -216976 sc-eQTL 7.48e-01 -0.0488 0.151 0.053 CD8_TCM L2
ENSG00000020129 NCDN -789096 sc-eQTL 3.02e-01 0.216 0.209 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000116544 DLGAP3 -161273 sc-eQTL 8.02e-01 0.0457 0.182 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000116560 SFPQ -424768 sc-eQTL 3.22e-01 -0.115 0.116 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000126067 PSMB2 -873149 sc-eQTL 7.00e-02 0.323 0.177 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000142686 C1orf216 -950517 sc-eQTL 6.62e-01 0.0813 0.186 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -789573 sc-eQTL 9.48e-01 -0.0129 0.197 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000146463 ZMYM4 -500332 sc-eQTL 7.12e-01 -0.0757 0.204 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000163866 SMIM12 -91378 sc-eQTL 1.27e-02 0.502 0.199 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000163867 ZMYM6 -263568 sc-eQTL 4.03e-01 -0.169 0.201 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000197056 ZMYM1 -263795 sc-eQTL 2.91e-01 -0.199 0.188 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -597700 sc-eQTL 9.39e-01 0.014 0.182 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -809352 sc-eQTL 9.50e-01 0.0121 0.192 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000243749 TMEM35B -216976 sc-eQTL 5.69e-01 -0.0823 0.144 0.053 CD8_TEM L2
ENSG00000020129 NCDN -789096 sc-eQTL 8.38e-01 -0.0398 0.195 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116544 DLGAP3 -161273 sc-eQTL 8.92e-01 0.0254 0.187 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000116560 SFPQ -424768 sc-eQTL 3.63e-01 -0.126 0.138 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000126067 PSMB2 -873149 sc-eQTL 4.32e-01 -0.16 0.204 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000142686 C1orf216 -950517 sc-eQTL 6.94e-01 -0.0771 0.196 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -789573 sc-eQTL 6.60e-01 -0.088 0.2 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000146463 ZMYM4 -500332 sc-eQTL 7.59e-01 -0.0583 0.19 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000163866 SMIM12 -91378 sc-eQTL 8.68e-01 0.0333 0.199 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000163867 ZMYM6 -263568 sc-eQTL 2.15e-01 -0.258 0.207 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000197056 ZMYM1 -263795 sc-eQTL 1.76e-01 0.265 0.195 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -597700 sc-eQTL 2.73e-01 -0.196 0.178 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -809352 sc-eQTL 1.71e-02 0.484 0.201 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000243749 TMEM35B -216976 sc-eQTL 4.57e-01 -0.122 0.164 0.05 NK_HLA L2
ENSG00000020129 NCDN -789096 sc-eQTL 8.10e-01 -0.046 0.192 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116544 DLGAP3 -161273 sc-eQTL 5.93e-01 -0.096 0.179 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116560 SFPQ -424768 sc-eQTL 3.16e-01 -0.137 0.136 0.05 Pro_T L2
ENSG00000126067 PSMB2 -873149 sc-eQTL 8.21e-01 -0.0244 0.107 0.05 Pro_T L2
ENSG00000142686 C1orf216 -950517 sc-eQTL 1.70e-01 0.254 0.184 0.05 Pro_T L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -789573 sc-eQTL 9.48e-01 0.0138 0.21 0.05 Pro_T L2
ENSG00000146463 ZMYM4 -500332 sc-eQTL 2.31e-01 -0.243 0.203 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163866 SMIM12 -91378 sc-eQTL 7.79e-01 0.0548 0.196 0.05 Pro_T L2
ENSG00000163867 ZMYM6 -263568 sc-eQTL 5.35e-01 0.132 0.212 0.05 Pro_T L2
ENSG00000197056 ZMYM1 -263795 sc-eQTL 6.21e-01 0.0876 0.177 0.05 Pro_T L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -597700 sc-eQTL 4.08e-01 -0.155 0.187 0.05 Pro_T L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -809352 sc-eQTL 9.94e-01 0.00149 0.19 0.05 Pro_T L2
ENSG00000243749 TMEM35B -216976 sc-eQTL 9.14e-01 0.0172 0.159 0.05 Pro_T L2
ENSG00000020129 NCDN -789096 sc-eQTL 3.68e-01 -0.203 0.225 0.055 gdT L2
ENSG00000116544 DLGAP3 -161273 sc-eQTL 3.50e-01 0.205 0.218 0.055 gdT L2
ENSG00000116560 SFPQ -424768 sc-eQTL 8.40e-01 -0.0292 0.144 0.055 gdT L2
ENSG00000126067 PSMB2 -873149 sc-eQTL 5.00e-01 0.137 0.202 0.055 gdT L2
ENSG00000142686 C1orf216 -950517 sc-eQTL 5.53e-01 -0.129 0.217 0.055 gdT L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -789573 sc-eQTL 1.84e-02 -0.512 0.214 0.055 gdT L2
ENSG00000146463 ZMYM4 -500332 sc-eQTL 8.09e-01 0.0512 0.211 0.055 gdT L2
ENSG00000163866 SMIM12 -91378 sc-eQTL 4.11e-01 0.188 0.228 0.055 gdT L2
ENSG00000163867 ZMYM6 -263568 sc-eQTL 1.13e-01 0.374 0.235 0.055 gdT L2
ENSG00000197056 ZMYM1 -263795 sc-eQTL 4.18e-01 0.172 0.212 0.055 gdT L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -597700 sc-eQTL 2.69e-02 -0.443 0.198 0.055 gdT L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -809352 sc-eQTL 5.22e-01 0.126 0.196 0.055 gdT L2
ENSG00000243749 TMEM35B -216976 sc-eQTL 2.21e-01 0.205 0.167 0.055 gdT L2
ENSG00000020129 NCDN -789096 sc-eQTL 3.78e-01 0.176 0.199 0.052 ncMono L2
ENSG00000116544 DLGAP3 -161273 sc-eQTL 1.64e-01 0.231 0.165 0.052 ncMono L2
ENSG00000116560 SFPQ -424768 sc-eQTL 6.84e-01 -0.0618 0.151 0.052 ncMono L2
ENSG00000126067 PSMB2 -873149 sc-eQTL 4.11e-01 0.126 0.153 0.052 ncMono L2
ENSG00000142686 C1orf216 -950517 sc-eQTL 3.32e-01 0.185 0.19 0.052 ncMono L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -789573 sc-eQTL 4.11e-01 -0.156 0.189 0.052 ncMono L2
ENSG00000146463 ZMYM4 -500332 sc-eQTL 1.92e-01 -0.211 0.161 0.052 ncMono L2
ENSG00000163866 SMIM12 -91378 sc-eQTL 8.94e-01 -0.0241 0.181 0.052 ncMono L2
ENSG00000163867 ZMYM6 -263568 sc-eQTL 1.20e-01 0.291 0.186 0.052 ncMono L2
ENSG00000197056 ZMYM1 -263795 sc-eQTL 4.21e-01 -0.143 0.178 0.052 ncMono L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -597700 sc-eQTL 2.25e-01 -0.212 0.174 0.052 ncMono L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -809352 sc-eQTL 8.68e-02 0.321 0.186 0.052 ncMono L2
ENSG00000243749 TMEM35B -216976 sc-eQTL 8.42e-03 0.452 0.17 0.052 ncMono L2
ENSG00000020129 NCDN -789096 sc-eQTL 4.30e-01 -0.164 0.207 0.056 pDC L2
ENSG00000116544 DLGAP3 -161273 sc-eQTL 6.29e-02 -0.377 0.201 0.056 pDC L2
ENSG00000116560 SFPQ -424768 sc-eQTL 8.37e-01 0.0277 0.134 0.056 pDC L2
ENSG00000126067 PSMB2 -873149 sc-eQTL 2.55e-01 -0.207 0.181 0.056 pDC L2
ENSG00000142686 C1orf216 -950517 sc-eQTL 4.54e-01 -0.123 0.164 0.056 pDC L2
ENSG00000142687 KIAA0319L -789573 sc-eQTL 3.93e-01 -0.192 0.224 0.056 pDC L2
ENSG00000146463 ZMYM4 -500332 sc-eQTL 8.01e-01 -0.0514 0.203 0.056 pDC L2
ENSG00000163866 SMIM12 -91378 sc-eQTL 4.36e-01 -0.166 0.212 0.056 pDC L2
ENSG00000163867 ZMYM6 -263568 sc-eQTL 2.54e-01 0.216 0.189 0.056 pDC L2
ENSG00000197056 ZMYM1 -263795 sc-eQTL 5.43e-01 -0.119 0.196 0.056 pDC L2
ENSG00000227409 ZMYM4-AS1 -597700 sc-eQTL 6.82e-01 -0.0808 0.197 0.056 pDC L2
ENSG00000239636 AC004865.2 -809352 sc-eQTL 6.22e-01 0.105 0.212 0.056 pDC L2
ENSG00000243749 TMEM35B -216976 sc-eQTL 5.46e-01 -0.105 0.174 0.056 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000126067 PSMB2 -873149 eQTL 0.007 -0.0689 0.0255 0.0 0.0 0.0491
ENSG00000142687 KIAA0319L -789573 eQTL 0.149 -0.0363 0.0251 0.00123 0.0 0.0491
ENSG00000163866 SMIM12 -91378 eQTL 0.0138 0.135 0.0548 0.0 0.0 0.0491
ENSG00000187513 GJA4 -24622 eQTL 0.000366 0.214 0.0597 0.0 0.0 0.0491
ENSG00000189280 GJB5 13330 eQTL 0.0274 -0.186 0.0841 0.0 0.0 0.0491
ENSG00000197056 ZMYM1 -263795 eQTL 0.0118 0.0893 0.0354 0.00132 0.0 0.0491
ENSG00000241014 AC114490.1 -210329 eQTL 0.00831 0.193 0.0731 0.00111 0.0012 0.0491

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000142686 \N -950517 2.56e-07 1.16e-07 3.49e-08 1.67e-07 1.03e-07 8.95e-08 1.31e-07 5.29e-08 1.33e-07 3.99e-08 1.55e-07 7.4e-08 1.19e-07 6.1e-08 4.48e-08 7.4e-08 5.2e-08 1.02e-07 4.91e-08 2.93e-08 1.04e-07 1.31e-07 1.31e-07 5.23e-08 1.32e-07 1.03e-07 1.12e-07 8.27e-08 1.04e-07 1.08e-07 9.43e-08 3.29e-08 2.6e-08 8.21e-08 1.06e-07 4.32e-08 4.01e-08 8e-08 8.39e-08 3.96e-08 2.6e-08 1.43e-07 4.33e-08 1.13e-08 1.15e-07 1.86e-08 1.47e-07 4.96e-09 4.72e-08