logo

Genes within 1Mb (chr1:31553100:A:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000025800 KPNA6 -554956 sc-eQTL 6.14e-01 0.114 0.227 0.054 B_Activated L2
ENSG00000060688 SNRNP40 256312 sc-eQTL 9.59e-01 0.0116 0.222 0.054 B_Activated L2
ENSG00000084623 EIF3I -668828 sc-eQTL 2.03e-02 0.492 0.21 0.054 B_Activated L2
ENSG00000084652 TXLNA -626575 sc-eQTL 6.24e-01 0.105 0.213 0.054 B_Activated L2
ENSG00000116478 HDAC1 -738983 sc-eQTL 7.70e-02 -0.358 0.201 0.054 B_Activated L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 256118 sc-eQTL 2.44e-01 -0.261 0.223 0.054 B_Activated L2
ENSG00000121774 KHDRBS1 -460768 sc-eQTL 5.02e-01 0.136 0.202 0.054 B_Activated L2
ENSG00000121775 TMEM39B -518931 sc-eQTL 9.58e-01 0.0113 0.213 0.054 B_Activated L2
ENSG00000134644 PUM1 487109 sc-eQTL 6.82e-01 0.0856 0.208 0.054 B_Activated L2
ENSG00000160050 CCDC28B -647286 sc-eQTL 4.17e-01 -0.155 0.19 0.054 B_Activated L2
ENSG00000160055 TMEM234 -669259 sc-eQTL 8.80e-01 -0.0318 0.21 0.054 B_Activated L2
ENSG00000160058 BSDC1 -841631 sc-eQTL 4.49e-01 -0.172 0.227 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162510 MATN1 829515 sc-eQTL 4.10e-01 -0.15 0.182 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162511 LAPTM5 795326 sc-eQTL 4.90e-01 0.0877 0.127 0.054 B_Activated L2
ENSG00000162517 PEF1 -91796 sc-eQTL 1.33e-01 0.324 0.215 0.054 B_Activated L2
ENSG00000175130 MARCKSL1 -783133 sc-eQTL 7.61e-01 0.0604 0.198 0.054 B_Activated L2
ENSG00000182866 LCK -698139 sc-eQTL 5.44e-01 0.0901 0.148 0.054 B_Activated L2
ENSG00000184007 PTP4A2 -391756 sc-eQTL 1.48e-01 0.227 0.156 0.054 B_Activated L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 834596 sc-eQTL 8.67e-01 -0.0344 0.205 0.054 B_Activated L2
ENSG00000287510 AL137857.1 821407 sc-eQTL 7.13e-01 -0.0668 0.181 0.054 B_Activated L2
ENSG00000025800 KPNA6 -554956 sc-eQTL 2.34e-01 -0.246 0.206 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000060688 SNRNP40 256312 sc-eQTL 9.19e-01 0.0214 0.21 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000084623 EIF3I -668828 sc-eQTL 4.38e-01 0.122 0.157 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000084652 TXLNA -626575 sc-eQTL 1.62e-01 -0.242 0.172 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000116478 HDAC1 -738983 sc-eQTL 9.62e-01 0.00832 0.173 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000121753 ADGRB2 -211793 sc-eQTL 7.01e-01 -0.0631 0.164 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 256118 sc-eQTL 3.04e-02 -0.382 0.175 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000121774 KHDRBS1 -460768 sc-eQTL 6.81e-01 -0.0651 0.158 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000121775 TMEM39B -518931 sc-eQTL 7.58e-01 -0.0623 0.202 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000134644 PUM1 487109 sc-eQTL 6.03e-02 0.349 0.185 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000160050 CCDC28B -647286 sc-eQTL 5.45e-01 0.103 0.17 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000160055 TMEM234 -669259 sc-eQTL 3.06e-01 -0.192 0.187 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000160058 BSDC1 -841631 sc-eQTL 1.28e-01 -0.301 0.197 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000162511 LAPTM5 795326 sc-eQTL 8.96e-01 0.0241 0.184 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000162517 PEF1 -91796 sc-eQTL 6.25e-01 -0.0874 0.178 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000175130 MARCKSL1 -783133 sc-eQTL 1.36e-01 0.223 0.149 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000182866 LCK -698139 sc-eQTL 1.35e-01 -0.203 0.135 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000184007 PTP4A2 -391756 sc-eQTL 7.48e-02 0.272 0.152 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 834596 sc-eQTL 1.14e-01 -0.291 0.183 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000287510 AL137857.1 821407 sc-eQTL 5.92e-01 0.0974 0.182 0.051 NK_CD56bright L2
ENSG00000025800 KPNA6 -554956 sc-eQTL 7.70e-01 0.0742 0.253 0.052 PB L2
ENSG00000060688 SNRNP40 256312 sc-eQTL 3.94e-01 0.197 0.23 0.052 PB L2
ENSG00000084623 EIF3I -668828 sc-eQTL 1.33e-01 0.223 0.148 0.052 PB L2
ENSG00000084652 TXLNA -626575 sc-eQTL 3.34e-01 -0.191 0.197 0.052 PB L2
ENSG00000116478 HDAC1 -738983 sc-eQTL 9.97e-01 0.000729 0.229 0.052 PB L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 256118 sc-eQTL 3.21e-01 -0.265 0.266 0.052 PB L2
ENSG00000121774 KHDRBS1 -460768 sc-eQTL 1.31e-01 -0.311 0.204 0.052 PB L2
ENSG00000121775 TMEM39B -518931 sc-eQTL 4.19e-01 0.192 0.237 0.052 PB L2
ENSG00000134644 PUM1 487109 sc-eQTL 5.97e-01 -0.123 0.232 0.052 PB L2
ENSG00000160050 CCDC28B -647286 sc-eQTL 6.24e-01 0.111 0.226 0.052 PB L2
ENSG00000160055 TMEM234 -669259 sc-eQTL 3.70e-01 -0.233 0.259 0.052 PB L2
ENSG00000160058 BSDC1 -841631 sc-eQTL 1.84e-01 -0.377 0.282 0.052 PB L2
ENSG00000162510 MATN1 829515 sc-eQTL 8.62e-01 -0.0379 0.217 0.052 PB L2
ENSG00000162511 LAPTM5 795326 sc-eQTL 2.95e-01 0.162 0.154 0.052 PB L2
ENSG00000162517 PEF1 -91796 sc-eQTL 8.40e-01 0.0482 0.238 0.052 PB L2
ENSG00000175130 MARCKSL1 -783133 sc-eQTL 5.06e-01 0.125 0.187 0.052 PB L2
ENSG00000182866 LCK -698139 sc-eQTL 3.52e-01 0.219 0.235 0.052 PB L2
ENSG00000184007 PTP4A2 -391756 sc-eQTL 5.72e-01 0.0916 0.161 0.052 PB L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 834596 sc-eQTL 7.62e-01 0.0643 0.212 0.052 PB L2
ENSG00000287510 AL137857.1 821407 sc-eQTL 6.21e-01 -0.112 0.225 0.052 PB L2
ENSG00000025800 KPNA6 -554956 sc-eQTL 7.80e-01 -0.0587 0.21 0.05 Pro_T L2
ENSG00000060688 SNRNP40 256312 sc-eQTL 9.05e-01 0.0187 0.156 0.05 Pro_T L2
ENSG00000084623 EIF3I -668828 sc-eQTL 4.43e-01 -0.104 0.135 0.05 Pro_T L2
ENSG00000084652 TXLNA -626575 sc-eQTL 1.15e-02 0.457 0.18 0.05 Pro_T L2
ENSG00000116478 HDAC1 -738983 sc-eQTL 5.48e-01 0.0957 0.159 0.05 Pro_T L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 256118 sc-eQTL 6.19e-03 -0.536 0.194 0.05 Pro_T L2
ENSG00000121774 KHDRBS1 -460768 sc-eQTL 4.15e-01 -0.126 0.155 0.05 Pro_T L2
ENSG00000121775 TMEM39B -518931 sc-eQTL 1.90e-01 0.244 0.186 0.05 Pro_T L2
ENSG00000134644 PUM1 487109 sc-eQTL 8.80e-01 0.0277 0.184 0.05 Pro_T L2
ENSG00000160050 CCDC28B -647286 sc-eQTL 4.95e-01 0.0951 0.139 0.05 Pro_T L2
ENSG00000160055 TMEM234 -669259 sc-eQTL 5.82e-01 0.108 0.196 0.05 Pro_T L2
ENSG00000160058 BSDC1 -841631 sc-eQTL 7.02e-01 -0.0829 0.216 0.05 Pro_T L2
ENSG00000162511 LAPTM5 795326 sc-eQTL 4.81e-01 0.0931 0.132 0.05 Pro_T L2
ENSG00000162517 PEF1 -91796 sc-eQTL 3.64e-01 0.176 0.193 0.05 Pro_T L2
ENSG00000175130 MARCKSL1 -783133 sc-eQTL 3.18e-01 -0.16 0.16 0.05 Pro_T L2
ENSG00000182866 LCK -698139 sc-eQTL 3.63e-01 0.0894 0.0981 0.05 Pro_T L2
ENSG00000184007 PTP4A2 -391756 sc-eQTL 8.71e-01 0.0248 0.153 0.05 Pro_T L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 834596 sc-eQTL 3.76e-01 -0.164 0.184 0.05 Pro_T L2
ENSG00000287510 AL137857.1 821407 sc-eQTL 2.05e-01 0.215 0.169 0.05 Pro_T L2
ENSG00000025800 KPNA6 -554956 sc-eQTL 7.89e-01 -0.054 0.201 0.054 cDC L2
ENSG00000060688 SNRNP40 256312 sc-eQTL 9.96e-01 0.001 0.193 0.054 cDC L2
ENSG00000084623 EIF3I -668828 sc-eQTL 3.44e-01 -0.153 0.162 0.054 cDC L2
ENSG00000084652 TXLNA -626575 sc-eQTL 1.98e-01 0.271 0.209 0.054 cDC L2
ENSG00000116478 HDAC1 -738983 sc-eQTL 5.47e-01 0.111 0.184 0.054 cDC L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 256118 sc-eQTL 9.19e-01 0.0212 0.209 0.054 cDC L2
ENSG00000121774 KHDRBS1 -460768 sc-eQTL 9.00e-01 -0.0191 0.152 0.054 cDC L2
ENSG00000121775 TMEM39B -518931 sc-eQTL 4.92e-01 -0.124 0.18 0.054 cDC L2
ENSG00000134644 PUM1 487109 sc-eQTL 1.94e-01 0.233 0.179 0.054 cDC L2
ENSG00000160050 CCDC28B -647286 sc-eQTL 8.97e-01 0.0259 0.2 0.054 cDC L2
ENSG00000160055 TMEM234 -669259 sc-eQTL 9.43e-01 -0.0131 0.185 0.054 cDC L2
ENSG00000160058 BSDC1 -841631 sc-eQTL 1.95e-01 -0.262 0.201 0.054 cDC L2
ENSG00000160062 ZBTB8A -986327 sc-eQTL 7.07e-01 -0.0575 0.153 0.054 cDC L2
ENSG00000162511 LAPTM5 795326 sc-eQTL 9.36e-01 0.0101 0.126 0.054 cDC L2
ENSG00000162517 PEF1 -91796 sc-eQTL 9.35e-01 -0.015 0.182 0.054 cDC L2
ENSG00000168528 SERINC2 143535 sc-eQTL 2.91e-01 -0.171 0.161 0.054 cDC L2
ENSG00000175130 MARCKSL1 -783133 sc-eQTL 9.78e-01 0.00348 0.127 0.054 cDC L2
ENSG00000182866 LCK -698139 sc-eQTL 1.98e-01 -0.182 0.141 0.054 cDC L2
ENSG00000184007 PTP4A2 -391756 sc-eQTL 6.95e-01 0.0599 0.153 0.054 cDC L2
ENSG00000225828 FAM229A -811178 sc-eQTL 2.36e-01 0.222 0.187 0.054 cDC L2
ENSG00000284543 LINC01226 46874 sc-eQTL 8.72e-01 -0.0255 0.159 0.054 cDC L2
ENSG00000287510 AL137857.1 821407 sc-eQTL 6.76e-01 0.0716 0.171 0.054 cDC L2
ENSG00000025800 KPNA6 -554956 sc-eQTL 3.84e-01 -0.169 0.193 0.051 intMono L2
ENSG00000060688 SNRNP40 256312 sc-eQTL 2.55e-02 -0.413 0.183 0.051 intMono L2
ENSG00000084623 EIF3I -668828 sc-eQTL 9.64e-01 -0.00803 0.178 0.051 intMono L2
ENSG00000084652 TXLNA -626575 sc-eQTL 3.88e-01 -0.174 0.202 0.051 intMono L2
ENSG00000116478 HDAC1 -738983 sc-eQTL 5.30e-01 -0.12 0.191 0.051 intMono L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 256118 sc-eQTL 5.01e-01 -0.134 0.199 0.051 intMono L2
ENSG00000121774 KHDRBS1 -460768 sc-eQTL 6.02e-01 -0.0844 0.162 0.051 intMono L2
ENSG00000121775 TMEM39B -518931 sc-eQTL 8.26e-01 -0.0441 0.2 0.051 intMono L2
ENSG00000134644 PUM1 487109 sc-eQTL 4.37e-01 0.132 0.169 0.051 intMono L2
ENSG00000160050 CCDC28B -647286 sc-eQTL 4.78e-01 -0.139 0.195 0.051 intMono L2
ENSG00000160055 TMEM234 -669259 sc-eQTL 3.00e-01 0.205 0.197 0.051 intMono L2
ENSG00000160058 BSDC1 -841631 sc-eQTL 4.77e-01 -0.147 0.206 0.051 intMono L2
ENSG00000162511 LAPTM5 795326 sc-eQTL 8.31e-01 0.0283 0.133 0.051 intMono L2
ENSG00000162512 SDC3 644342 sc-eQTL 6.05e-01 0.094 0.182 0.051 intMono L2
ENSG00000162517 PEF1 -91796 sc-eQTL 2.61e-01 0.215 0.19 0.051 intMono L2
ENSG00000168528 SERINC2 143535 sc-eQTL 2.63e-02 -0.421 0.188 0.051 intMono L2
ENSG00000175130 MARCKSL1 -783133 sc-eQTL 5.15e-01 0.0883 0.135 0.051 intMono L2
ENSG00000184007 PTP4A2 -391756 sc-eQTL 5.46e-01 0.0742 0.123 0.051 intMono L2
ENSG00000225828 FAM229A -811178 sc-eQTL 5.43e-01 0.114 0.187 0.051 intMono L2
ENSG00000284543 LINC01226 46874 sc-eQTL 1.90e-02 0.421 0.178 0.051 intMono L2
ENSG00000287510 AL137857.1 821407 sc-eQTL 1.00e-01 0.296 0.179 0.051 intMono L2
ENSG00000025800 KPNA6 -554956 sc-eQTL 7.27e-01 -0.0638 0.183 0.056 pDC L2
ENSG00000060688 SNRNP40 256312 sc-eQTL 3.47e-01 -0.177 0.187 0.056 pDC L2
ENSG00000084623 EIF3I -668828 sc-eQTL 8.84e-01 -0.0255 0.175 0.056 pDC L2
ENSG00000084652 TXLNA -626575 sc-eQTL 5.54e-01 0.107 0.18 0.056 pDC L2
ENSG00000116478 HDAC1 -738983 sc-eQTL 5.50e-01 -0.111 0.185 0.056 pDC L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 256118 sc-eQTL 7.61e-01 -0.0629 0.206 0.056 pDC L2
ENSG00000121774 KHDRBS1 -460768 sc-eQTL 6.09e-01 0.0826 0.161 0.056 pDC L2
ENSG00000121775 TMEM39B -518931 sc-eQTL 2.30e-01 0.207 0.171 0.056 pDC L2
ENSG00000134644 PUM1 487109 sc-eQTL 6.84e-01 -0.0696 0.171 0.056 pDC L2
ENSG00000160050 CCDC28B -647286 sc-eQTL 4.55e-01 0.129 0.172 0.056 pDC L2
ENSG00000160055 TMEM234 -669259 sc-eQTL 6.94e-01 -0.0781 0.198 0.056 pDC L2
ENSG00000160058 BSDC1 -841631 sc-eQTL 2.34e-01 0.227 0.19 0.056 pDC L2
ENSG00000160062 ZBTB8A -986327 sc-eQTL 7.69e-01 -0.0497 0.169 0.056 pDC L2
ENSG00000162511 LAPTM5 795326 sc-eQTL 6.20e-01 -0.079 0.159 0.056 pDC L2
ENSG00000162517 PEF1 -91796 sc-eQTL 9.85e-01 0.00399 0.206 0.056 pDC L2
ENSG00000168528 SERINC2 143535 sc-eQTL 1.59e-02 -0.461 0.189 0.056 pDC L2
ENSG00000175130 MARCKSL1 -783133 sc-eQTL 7.70e-01 -0.0346 0.118 0.056 pDC L2
ENSG00000182866 LCK -698139 sc-eQTL 9.85e-01 0.00275 0.146 0.056 pDC L2
ENSG00000184007 PTP4A2 -391756 sc-eQTL 7.83e-01 0.0427 0.155 0.056 pDC L2
ENSG00000225828 FAM229A -811178 sc-eQTL 5.77e-02 -0.356 0.186 0.056 pDC L2
ENSG00000284543 LINC01226 46874 sc-eQTL 7.81e-01 -0.0416 0.15 0.056 pDC L2
ENSG00000287510 AL137857.1 821407 sc-eQTL 5.65e-01 0.101 0.176 0.056 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000168528 SERINC2 143535 eQTL 2.04e-07 -0.452 0.0864 0.0 0.0 0.0496
ENSG00000184007 PTP4A2 -391756 eQTL 0.00723 -0.0724 0.0269 0.0 0.0 0.0496
ENSG00000222046 DCDC2B -655994 eQTL 0.0148 0.142 0.0582 0.0014 0.0 0.0496

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000184007 PTP4A2 -391756 7.3e-07 6.76e-07 6.57e-08 3.58e-07 1.07e-07 1.64e-07 5.31e-07 7.98e-08 2.78e-07 1.39e-07 3.32e-07 3.61e-07 4.88e-07 1.23e-07 2.48e-07 1.14e-07 2.48e-07 2.96e-07 9.69e-08 1.28e-07 1.33e-07 2.3e-07 3.07e-07 5.11e-08 6.59e-07 2e-07 1.87e-07 1.7e-07 2.31e-07 2.01e-07 2.43e-07 4.78e-08 6.08e-08 1.21e-07 3e-07 5.23e-08 1e-07 7.68e-08 5.25e-08 5.12e-08 3.31e-08 3.06e-07 2.32e-08 1.43e-08 5.32e-08 1.75e-08 7.52e-08 0.0 4.85e-08
ENSG00000225828 \N -811178 2.64e-07 1.25e-07 3.65e-08 1.82e-07 9.02e-08 9.87e-08 1.44e-07 5.33e-08 1.41e-07 4.38e-08 1.6e-07 8.36e-08 1.3e-07 6.38e-08 6.17e-08 7.89e-08 3.9e-08 1.14e-07 5.19e-08 4.42e-08 1.05e-07 1.28e-07 1.32e-07 4.54e-08 1.33e-07 1.19e-07 1.11e-07 8.71e-08 1.03e-07 1.09e-07 9.73e-08 4.07e-08 3.3e-08 8.65e-08 8.94e-08 3.77e-08 5.03e-08 9.44e-08 7.47e-08 3.77e-08 3.98e-08 1.35e-07 4.04e-08 2.96e-08 6.38e-08 1.67e-08 1.25e-07 4.04e-09 4.77e-08