logo

Genes within 1Mb (chr1:30720098:CTA:C):

View on , UCSC , GTEx , gnomAD

Immune cell-type specific single cell cis-eQTLs in OASIS
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 8.61e-01 -0.0224 0.127 0.096 B L1
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 6.59e-01 -0.0451 0.102 0.096 B L1
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 1.17e-01 0.134 0.085 0.096 B L1
ENSG00000162510 MATN1 -3487 sc-eQTL 1.71e-01 0.123 0.0895 0.096 B L1
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 7.55e-01 0.022 0.0704 0.096 B L1
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 9.03e-01 0.013 0.106 0.096 B L1
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 4.46e-01 -0.0629 0.0824 0.096 B L1
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 6.22e-01 0.0482 0.0976 0.096 B L1
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 4.93e-01 -0.0745 0.109 0.096 CD4T L1
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 7.67e-02 0.15 0.0843 0.096 CD4T L1
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 5.56e-01 0.0445 0.0755 0.096 CD4T L1
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 7.63e-01 -0.0253 0.0837 0.096 CD4T L1
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 2.58e-01 0.0989 0.0873 0.096 CD4T L1
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 1.69e-01 -0.103 0.0746 0.096 CD4T L1
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 8.95e-01 0.0119 0.0897 0.096 CD4T L1
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 7.75e-01 0.0415 0.145 0.096 CD8T L1
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 1.60e-01 0.135 0.096 0.096 CD8T L1
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 5.04e-01 0.0568 0.0848 0.096 CD8T L1
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 6.01e-01 0.0432 0.0824 0.096 CD8T L1
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 6.24e-01 0.0498 0.102 0.096 CD8T L1
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 3.39e-02 -0.204 0.0956 0.096 CD8T L1
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 9.22e-01 -0.012 0.121 0.096 CD8T L1
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 4.04e-01 0.117 0.14 0.088 DC L1
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 8.22e-03 0.435 0.163 0.088 DC L1
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 8.49e-01 -0.0248 0.13 0.088 DC L1
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 2.12e-02 -0.213 0.0916 0.088 DC L1
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 3.99e-01 -0.127 0.15 0.088 DC L1
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 4.67e-01 -0.111 0.153 0.088 DC L1
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 5.17e-01 -0.0658 0.101 0.088 DC L1
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 5.36e-01 -0.091 0.147 0.088 DC L1
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 9.16e-01 -0.0108 0.102 0.096 Mono L1
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 3.63e-01 0.115 0.126 0.096 Mono L1
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.10e-01 -0.0301 0.0809 0.096 Mono L1
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 2.76e-01 0.0811 0.0742 0.096 Mono L1
ENSG00000162512 SDC3 -188660 sc-eQTL 5.05e-01 -0.0955 0.143 0.096 Mono L1
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 1.38e-01 0.149 0.0998 0.096 Mono L1
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 8.66e-01 0.0259 0.153 0.096 Mono L1
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 3.02e-01 -0.14 0.135 0.096 Mono L1
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 5.77e-01 -0.0659 0.118 0.096 Mono L1
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 7.90e-03 -0.364 0.136 0.097 NK L1
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 4.03e-01 0.0791 0.0944 0.097 NK L1
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 6.76e-01 0.0414 0.0991 0.097 NK L1
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 2.33e-01 -0.136 0.114 0.097 NK L1
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 2.72e-01 -0.0915 0.0831 0.097 NK L1
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 3.70e-02 -0.266 0.127 0.097 NK L1
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 3.97e-01 -0.1 0.118 0.097 NK L1
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 7.12e-01 -0.0395 0.107 0.096 Other_T L1
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 2.83e-01 0.123 0.114 0.096 Other_T L1
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.29e-01 0.0356 0.103 0.096 Other_T L1
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 2.24e-01 -0.102 0.0839 0.096 Other_T L1
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 8.71e-01 -0.0183 0.112 0.096 Other_T L1
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 5.66e-01 -0.0792 0.138 0.096 Other_T L1
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 2.98e-01 0.149 0.143 0.096 Other_T L1
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 1.76e-01 -0.232 0.171 0.092 B_Activated L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 2.01e-01 -0.221 0.172 0.092 B_Activated L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 4.19e-01 0.13 0.16 0.092 B_Activated L2
ENSG00000162510 MATN1 -3487 sc-eQTL 6.41e-01 0.0655 0.14 0.092 B_Activated L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 7.65e-01 0.0293 0.0979 0.092 B_Activated L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 5.92e-01 0.0893 0.167 0.092 B_Activated L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 6.83e-01 0.0647 0.158 0.092 B_Activated L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 1.05e-01 0.226 0.139 0.092 B_Activated L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 2.18e-01 0.201 0.162 0.094 B_Intermediate L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 6.47e-01 0.0623 0.136 0.094 B_Intermediate L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.39e-01 0.0428 0.128 0.094 B_Intermediate L2
ENSG00000162510 MATN1 -3487 sc-eQTL 2.99e-01 0.138 0.133 0.094 B_Intermediate L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 3.16e-01 0.0821 0.0817 0.094 B_Intermediate L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 9.52e-01 -0.00909 0.152 0.094 B_Intermediate L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 4.61e-01 -0.0847 0.115 0.094 B_Intermediate L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 1.03e-01 -0.209 0.128 0.094 B_Intermediate L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 8.08e-01 -0.0393 0.162 0.097 B_Memory L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 7.83e-01 0.0411 0.149 0.097 B_Memory L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 4.89e-01 -0.0897 0.13 0.097 B_Memory L2
ENSG00000162510 MATN1 -3487 sc-eQTL 9.81e-01 0.00293 0.124 0.097 B_Memory L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 1.86e-01 0.145 0.11 0.097 B_Memory L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 1.57e-01 -0.208 0.146 0.097 B_Memory L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 4.71e-01 -0.0908 0.126 0.097 B_Memory L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 9.17e-01 -0.0154 0.147 0.097 B_Memory L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 4.36e-01 -0.109 0.14 0.096 B_Naive1 L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 4.65e-02 -0.24 0.12 0.096 B_Naive1 L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 4.32e-01 0.084 0.107 0.096 B_Naive1 L2
ENSG00000162510 MATN1 -3487 sc-eQTL 4.89e-01 0.075 0.108 0.096 B_Naive1 L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 7.66e-01 0.0215 0.0723 0.096 B_Naive1 L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 5.69e-02 0.242 0.126 0.096 B_Naive1 L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 3.25e-01 -0.0935 0.0948 0.096 B_Naive1 L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 5.07e-01 0.0779 0.117 0.096 B_Naive1 L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 8.69e-01 0.0248 0.15 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 1.97e-01 0.16 0.124 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 9.21e-02 0.204 0.121 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000162510 MATN1 -3487 sc-eQTL 6.53e-01 0.0526 0.117 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 1.46e-01 0.115 0.0788 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 4.34e-01 -0.113 0.144 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 6.72e-02 -0.211 0.114 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 5.77e-01 0.0695 0.125 0.097 B_Naive2 L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 2.83e-01 -0.159 0.148 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 5.28e-01 0.092 0.145 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 8.12e-01 -0.034 0.143 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 4.23e-01 -0.102 0.127 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 6.85e-01 0.053 0.13 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 6.06e-01 -0.0718 0.139 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 9.94e-01 -0.000935 0.123 0.091 CD4_CTL L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 6.16e-01 0.0578 0.115 0.096 CD4_Naive L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 5.29e-01 0.0643 0.102 0.096 CD4_Naive L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 1.08e-01 0.131 0.081 0.096 CD4_Naive L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 7.76e-01 -0.0249 0.0873 0.096 CD4_Naive L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 1.55e-01 0.136 0.0953 0.096 CD4_Naive L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 5.61e-01 -0.0515 0.0886 0.096 CD4_Naive L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 9.61e-01 -0.00504 0.102 0.096 CD4_Naive L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 7.26e-01 -0.0501 0.143 0.096 CD4_TCM L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 2.03e-01 0.146 0.115 0.096 CD4_TCM L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 3.59e-01 -0.0935 0.102 0.096 CD4_TCM L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 9.30e-01 0.00745 0.0845 0.096 CD4_TCM L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 7.08e-01 0.0425 0.113 0.096 CD4_TCM L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 7.80e-02 -0.189 0.106 0.096 CD4_TCM L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 7.16e-02 -0.215 0.119 0.096 CD4_TCM L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 6.72e-01 -0.0615 0.145 0.096 CD4_TEM L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 6.45e-01 0.0638 0.138 0.096 CD4_TEM L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 4.48e-01 -0.0876 0.115 0.096 CD4_TEM L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 9.44e-01 0.00825 0.117 0.096 CD4_TEM L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 1.44e-01 0.191 0.13 0.096 CD4_TEM L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 1.99e-01 -0.175 0.136 0.096 CD4_TEM L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 2.52e-01 0.154 0.134 0.096 CD4_TEM L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 2.80e-01 0.171 0.158 0.096 CD8_CTL L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 1.18e-01 0.19 0.121 0.096 CD8_CTL L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 6.79e-01 -0.0489 0.118 0.096 CD8_CTL L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 5.40e-01 -0.0801 0.131 0.096 CD8_CTL L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 3.96e-01 0.0966 0.114 0.096 CD8_CTL L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 8.80e-02 -0.234 0.136 0.096 CD8_CTL L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 9.51e-01 0.00789 0.129 0.096 CD8_CTL L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 1.46e-01 -0.209 0.143 0.096 CD8_Naive L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 3.75e-01 0.11 0.124 0.096 CD8_Naive L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 9.01e-01 0.0124 0.0998 0.096 CD8_Naive L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 6.21e-01 0.0473 0.0955 0.096 CD8_Naive L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 2.67e-01 -0.147 0.133 0.096 CD8_Naive L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 7.48e-02 -0.212 0.118 0.096 CD8_Naive L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 5.63e-01 -0.0753 0.13 0.096 CD8_Naive L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 7.69e-01 -0.0515 0.175 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 3.72e-01 -0.143 0.16 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 8.33e-01 -0.032 0.151 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 8.19e-01 -0.0361 0.158 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 7.13e-01 0.0595 0.161 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 6.52e-01 0.066 0.146 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 3.82e-01 -0.129 0.148 0.093 CD8_TCM L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 9.06e-01 -0.0183 0.154 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 5.78e-01 0.0825 0.148 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.38e-01 -0.0506 0.151 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 5.55e-01 0.084 0.142 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 2.44e-01 0.156 0.134 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 3.17e-01 -0.148 0.147 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 2.53e-01 -0.153 0.133 0.091 CD8_TEM L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 9.38e-01 -0.0123 0.156 0.095 MAIT L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 6.92e-01 -0.0549 0.139 0.095 MAIT L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.82e-01 0.0367 0.133 0.095 MAIT L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 5.48e-02 -0.24 0.124 0.095 MAIT L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 8.05e-01 -0.034 0.138 0.095 MAIT L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 9.20e-01 -0.0141 0.14 0.095 MAIT L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 1.59e-01 0.202 0.143 0.095 MAIT L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 1.70e-01 -0.215 0.156 0.096 NK_CD56bright L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 1.31e-01 0.2 0.132 0.096 NK_CD56bright L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.09e-01 -0.0519 0.139 0.096 NK_CD56bright L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 7.21e-01 -0.049 0.137 0.096 NK_CD56bright L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 4.81e-01 -0.0939 0.133 0.096 NK_CD56bright L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 4.26e-02 0.279 0.137 0.096 NK_CD56bright L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 3.64e-01 0.123 0.136 0.096 NK_CD56bright L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 8.25e-02 -0.258 0.148 0.095 NK_CD56dim L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 2.43e-01 0.128 0.11 0.095 NK_CD56dim L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.33e-01 0.0386 0.113 0.095 NK_CD56dim L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 4.57e-01 -0.0896 0.12 0.095 NK_CD56dim L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 6.67e-01 -0.0462 0.107 0.095 NK_CD56dim L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 4.13e-02 -0.307 0.149 0.095 NK_CD56dim L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 1.59e-01 -0.175 0.124 0.095 NK_CD56dim L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 1.44e-01 -0.222 0.151 0.096 NK_HLA L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 8.79e-01 0.0208 0.136 0.096 NK_HLA L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 5.26e-01 0.0839 0.132 0.096 NK_HLA L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 6.22e-02 -0.235 0.125 0.096 NK_HLA L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 3.71e-01 -0.127 0.142 0.096 NK_HLA L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 9.08e-01 0.0155 0.134 0.096 NK_HLA L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 2.17e-01 -0.16 0.129 0.096 NK_HLA L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 5.16e-01 -0.0927 0.143 0.095 NK_cytokine L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 5.65e-01 0.0641 0.111 0.095 NK_cytokine L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 8.92e-01 0.0163 0.12 0.095 NK_cytokine L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 5.02e-01 -0.0892 0.132 0.095 NK_cytokine L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 6.88e-01 -0.0454 0.113 0.095 NK_cytokine L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 9.42e-02 -0.235 0.14 0.095 NK_cytokine L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 9.28e-01 0.0119 0.131 0.095 NK_cytokine L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 6.66e-01 -0.0676 0.156 0.111 PB L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 6.60e-01 0.0797 0.181 0.111 PB L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 2.86e-01 0.168 0.157 0.111 PB L2
ENSG00000162510 MATN1 -3487 sc-eQTL 5.72e-01 0.0829 0.147 0.111 PB L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 5.41e-01 -0.0642 0.105 0.111 PB L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 2.41e-01 0.189 0.16 0.111 PB L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 4.24e-01 -0.115 0.143 0.111 PB L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 8.43e-01 -0.0304 0.153 0.111 PB L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 8.83e-01 0.017 0.116 0.096 Pro_T L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 2.30e-01 0.177 0.147 0.096 Pro_T L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 2.12e-01 0.171 0.137 0.096 Pro_T L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 1.01e-01 0.161 0.0978 0.096 Pro_T L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 3.01e-02 0.312 0.143 0.096 Pro_T L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 4.52e-01 -0.103 0.137 0.096 Pro_T L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 4.26e-01 0.101 0.126 0.096 Pro_T L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 8.30e-01 0.032 0.149 0.096 Treg L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 4.45e-01 0.11 0.144 0.096 Treg L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 5.70e-01 -0.0655 0.115 0.096 Treg L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 2.18e-01 -0.162 0.131 0.096 Treg L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 5.51e-02 -0.272 0.141 0.096 Treg L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 3.23e-01 -0.133 0.134 0.096 Treg L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 6.25e-01 -0.0657 0.134 0.096 Treg L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 9.93e-01 -0.00149 0.167 0.085 cDC L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 6.68e-01 -0.0773 0.18 0.085 cDC L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.82e-01 0.043 0.155 0.085 cDC L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 7.51e-01 -0.0344 0.109 0.085 cDC L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 3.46e-01 -0.148 0.157 0.085 cDC L2
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 7.15e-01 0.051 0.139 0.085 cDC L2
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 5.50e-01 0.082 0.137 0.085 cDC L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 6.51e-01 0.0667 0.147 0.085 cDC L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 1.14e-01 -0.194 0.122 0.096 cMono_IL1B L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 2.67e-01 0.152 0.137 0.096 cMono_IL1B L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 1.43e-01 -0.136 0.0925 0.096 cMono_IL1B L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 1.64e-01 0.113 0.0812 0.096 cMono_IL1B L2
ENSG00000162512 SDC3 -188660 sc-eQTL 5.52e-01 0.0914 0.154 0.096 cMono_IL1B L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 5.94e-01 -0.0669 0.125 0.096 cMono_IL1B L2
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 7.06e-01 -0.0587 0.155 0.096 cMono_IL1B L2
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 3.01e-01 -0.142 0.137 0.096 cMono_IL1B L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 5.59e-01 0.075 0.128 0.096 cMono_IL1B L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 3.34e-01 -0.127 0.131 0.096 cMono_S100A L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 6.46e-01 -0.0712 0.155 0.096 cMono_S100A L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 2.88e-01 0.119 0.112 0.096 cMono_S100A L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 8.60e-01 0.0152 0.0861 0.096 cMono_S100A L2
ENSG00000162512 SDC3 -188660 sc-eQTL 7.29e-01 -0.0515 0.149 0.096 cMono_S100A L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 7.84e-02 0.236 0.133 0.096 cMono_S100A L2
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 8.23e-01 -0.0353 0.158 0.096 cMono_S100A L2
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 8.62e-01 -0.0222 0.128 0.096 cMono_S100A L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 5.97e-01 -0.0681 0.128 0.096 cMono_S100A L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 4.68e-01 -0.145 0.199 0.085 gdT L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 8.88e-01 -0.0242 0.171 0.085 gdT L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.62e-01 0.0534 0.176 0.085 gdT L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 9.62e-01 -0.00908 0.192 0.085 gdT L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 7.93e-01 0.0461 0.175 0.085 gdT L2
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 3.20e-01 -0.176 0.176 0.085 gdT L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 7.65e-01 0.0512 0.171 0.085 gdT L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 1.72e-01 -0.204 0.149 0.089 intMono L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 4.83e-01 0.113 0.16 0.089 intMono L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 9.32e-01 -0.0116 0.136 0.089 intMono L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 3.73e-01 0.0952 0.107 0.089 intMono L2
ENSG00000162512 SDC3 -188660 sc-eQTL 7.27e-01 -0.0511 0.146 0.089 intMono L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 6.01e-01 -0.0805 0.154 0.089 intMono L2
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 3.09e-01 0.156 0.153 0.089 intMono L2
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 9.46e-01 -0.00992 0.145 0.089 intMono L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 5.59e-02 -0.277 0.144 0.089 intMono L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 2.45e-01 0.167 0.143 0.088 ncMono L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 6.84e-01 -0.0626 0.153 0.088 ncMono L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 4.14e-01 0.102 0.125 0.088 ncMono L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 6.69e-01 -0.0488 0.114 0.088 ncMono L2
ENSG00000162512 SDC3 -188660 sc-eQTL 6.57e-01 0.0567 0.128 0.088 ncMono L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 7.00e-01 -0.0564 0.146 0.088 ncMono L2
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 8.83e-01 0.0206 0.139 0.088 ncMono L2
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 2.29e-01 -0.167 0.139 0.088 ncMono L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 3.88e-01 -0.124 0.144 0.088 ncMono L2
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 7.56e-01 0.0504 0.162 0.079 pDC L2
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 1.66e-02 0.424 0.175 0.079 pDC L2
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 9.77e-02 -0.244 0.146 0.079 pDC L2
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 3.57e-01 -0.127 0.137 0.079 pDC L2
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 7.76e-01 -0.0507 0.178 0.079 pDC L2
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 3.58e-02 -0.348 0.164 0.079 pDC L2
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 6.22e-01 -0.0638 0.129 0.079 pDC L2
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 3.74e-01 0.135 0.152 0.079 pDC L2
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
MAF
Cell type
Cluster resolution
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 9.11e-01 -0.0174 0.156 0.096 B_Memory LOneK1K
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 3.80e-01 0.114 0.13 0.096 B_Memory LOneK1K
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 9.10e-01 0.0131 0.115 0.096 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162510 MATN1 -3487 sc-eQTL 2.16e-01 0.163 0.131 0.096 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 5.86e-01 0.0451 0.0825 0.096 B_Memory LOneK1K
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 7.86e-01 -0.0371 0.137 0.096 B_Memory LOneK1K
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 3.73e-01 -0.0973 0.109 0.096 B_Memory LOneK1K
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 3.44e-01 -0.113 0.119 0.096 B_Memory LOneK1K
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 5.92e-01 -0.0732 0.136 0.096 B_Naive LOneK1K
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 5.05e-01 -0.072 0.108 0.096 B_Naive LOneK1K
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 4.08e-01 0.0845 0.102 0.096 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162510 MATN1 -3487 sc-eQTL 4.62e-01 0.0723 0.0981 0.096 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 6.26e-01 0.0338 0.0691 0.096 B_Naive LOneK1K
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 1.47e-01 0.183 0.126 0.096 B_Naive LOneK1K
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 2.79e-01 -0.0967 0.0891 0.096 B_Naive LOneK1K
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 2.82e-01 0.114 0.106 0.096 B_Naive LOneK1K
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 3.19e-01 -0.115 0.116 0.096 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 5.29e-01 0.0827 0.131 0.096 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 6.28e-01 -0.0406 0.0836 0.096 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 2.67e-01 0.0817 0.0733 0.096 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162512 SDC3 -188660 sc-eQTL 9.50e-01 0.00943 0.15 0.096 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 2.53e-01 0.121 0.105 0.096 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 9.70e-01 0.00584 0.154 0.096 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 2.13e-01 -0.157 0.126 0.096 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 9.58e-01 -0.00621 0.118 0.096 CD14_Mono LOneK1K
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 9.95e-01 0.000831 0.131 0.095 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 2.43e-01 0.167 0.142 0.095 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 6.22e-01 0.0578 0.117 0.095 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 2.89e-01 0.0993 0.0934 0.095 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162512 SDC3 -188660 sc-eQTL 7.20e-01 0.0492 0.137 0.095 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 9.94e-01 0.000955 0.124 0.095 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000168528 SERINC2 -689467 sc-eQTL 3.62e-01 0.129 0.142 0.095 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000284543 LINC01226 -786128 sc-eQTL 5.70e-01 -0.0765 0.135 0.095 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 6.04e-02 -0.252 0.134 0.095 CD16_Mono LOneK1K
ENSG00000060688 SNRNP40 -576690 sc-eQTL 1.72e-02 -0.33 0.137 0.095 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000121766 ZCCHC17 -576884 sc-eQTL 5.43e-01 0.0579 0.095 0.095 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000134644 PUM1 -345893 sc-eQTL 7.05e-01 0.0396 0.104 0.095 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 sc-eQTL 1.91e-01 -0.152 0.116 0.095 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000162517 PEF1 -924798 sc-eQTL 4.99e-01 -0.0599 0.0884 0.095 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 sc-eQTL 6.61e-03 -0.362 0.132 0.095 NK_CD56dim LOneK1K
ENSG00000287510 AL137857.1 -11595 sc-eQTL 1.59e-01 -0.163 0.115 0.095 NK_CD56dim LOneK1K

Statistical fine-mapping results from Japan COVID-19 Task Force
(Shown only for PIP>0.001)
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Category
P-value
Effect Size
Effect Size (se)
PIP (SuSiE)
PIP (FINEMAP)
MAF
ENSG00000162510 MATN1 -3487 eQTL 0.000463 -0.116 0.0331 0.00897 0.00672 0.0932
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 eQTL 8.26e-12 0.115 0.0166 0.0 0.0 0.0932
ENSG00000186056 MATN1-AS1 1594 eQTL 2.05e-05 -0.0906 0.0212 0.00178 0.00295 0.0932
ENSG00000284543 LINC01226 -786183 eQTL 0.00552 -0.149 0.0536 0.002 0.0 0.0932

Expression Modifier Score(EMS) for GTEx 49tissues
Gene ID
Gene Symbol
TSS Distance
Whole Blood
Muscle Skeletal
Liver
Brain Cerebellum
Prostate
Spleen
Skin Sun Exposed Lower leg
Artery Coronary
Esophagus Muscularis
Esophagus Gastroesophageal Junction
Artery Tibial
Heart Atrial Appendage
Nerve Tibial
Heart Left Ventricle
Adrenal Gland
Adipose Visceral Omentum
Pancreas
Lung
Pituitary
Brain Nucleus accumbens basal ganglia
Colon Transverse
Adipose Subcutaneous
Esophagus Mucosa
Brain Cortex
Thyroid
Stomach
Breast Mammary Tissue
Colon Sigmoid
Skin Not Sun Exposed Suprapubic
Testis
Artery Aorta
Brain Amygdala
Brain Anterior cingulate cortex BA24
Brain Caudate basal ganglia
Brain Cerebellar Hemisphere
Brain Frontal Cortex BA9
Brain Hippocampus
Brain Hypothalamus
Brain Putamen basal ganglia
Brain Spinal cord cervical c-1
Brain Substantia nigra
Cells Cultured fibroblasts
Cells EBV-transformed lymphocytes
Kidney Cortex
Minor Salivary Gland
Ovary
Small Intestine Terminal Ileum
Uterus
Vagina
ENSG00000162511 LAPTM5 -37676 0.000284 1.55e-05 6.48e-06 6.97e-06 2.38e-06 2.66e-05 2.83e-05 1.17e-06 1.18e-05 5.5e-06 1.38e-05 5.8e-06 2.99e-05 4.75e-06 4.37e-06 9.51e-06 7.77e-06 1.41e-05 4.64e-06 2.82e-06 6.62e-06 2.36e-05 2.27e-05 4.71e-06 1.6e-05 4.56e-06 7.44e-06 2.96e-06 2.33e-05 1.25e-05 7.69e-06 1.06e-06 1.44e-06 3.7e-06 4.14e-06 1.91e-06 1.72e-06 1.94e-06 2.19e-06 2.1e-06 9.94e-07 3.22e-05 3.58e-06 1.74e-07 1.55e-06 2.12e-06 2.32e-06 7.23e-07 4.59e-07